【目的】由芸薹根肿菌（Plasmodiophora brassicae）侵染引起的十字花科根肿病是一种世界性土传病害，病原菌长期存在于土壤中，对十字花科作物造成严重威胁。改良叠氮溴化丙锭（propidium monoazide xx,PMAxx）可选择性地穿透受损的死细胞膜，并抑制死细胞DNA的实时荧光定量PCR（qPCR）扩增。本文将PMAxx与qPCR技术相结合，建立一种快速检测芸薹根肿菌活菌的方法，为根肿病的早期诊断及制定科学的防控措施提供依据。【方法】配置浓度分别为0、5、10、20、40、60μmol·L~(-1)的叠氮溴化丙锭PMA和改良叠氮溴化丙锭PMAxx，比较两种核酸染料对芸薹根肿菌死细胞DNA扩增的抑制效果，确定最佳核酸染料及工作浓度；设置光照时间分别为0、2、5、10、15和20 min，进行最佳光照时间的优化，建立芸薹根肿菌活细胞PMAxx-qPCR快速检测体系。设置芸薹根肿菌活孢子百分比为0、0.01%、0.1%、1%、10%、25%、50%、75%和100%的混合体系，验证PMAxx-qPCR体系的准确性，并应用于田间土壤样本中芸薹根肿菌活孢子的定量检测。【结果】PMAxx对芸薹根肿菌死细胞DNA的扩增抑制效果更好，当芸薹根肿菌浓度为1×10~8个孢子/mL,PMAxx预处理的最适终浓度为4μmol·L~(-1)，最佳光照时间为10 min时，可有效地抑制死孢子DNA的扩增，仅以有活力孢子DNA为靶标选择性地扩增。利用PMAxx-qPCR技术检测已知不同活孢子比例的菌悬液样品，各样品实测孢子存活率和理论存活率之间呈正相关（R~2=0.992）。对田间采集的25份土壤样本，采用PMAxx-qPCR方法检测到11份样本中携带芸薹根肿菌，活细胞DNA浓度为32.35—6.97×10~3 fg·g~(-1)。【结论】建立了基于PMAxx-qPCR的芸薹根肿菌活细胞定量检测技术，该技术具有快速、准确、灵敏的特点，解决了qPCR不能仅对活体病原菌进行准确鉴别和定量分析的问题，为制定有效的根肿病防控策略提供了依据。

鲁氏耶尔森菌(Yersinia ruckeri)是导致虹鳟(Oncorhynchus mykiss)肠炎红嘴病的病原。本研究以鲁氏耶尔森菌毒力因子rup A基因为靶标设计1对特异性引物,以含有rup A基因部分序列的重组质粒为标准品构建标准曲线,优化建立检测鲁氏耶尔森菌的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法,并对腹腔注射鲁氏耶尔森菌菌悬液的虹鳟肝、肾、脾、血液样品进行检测。结果显示,设计的引物具有良好的种间特异性,标准曲线线性方程为y=–3.3766x+40.012(R2=0.9958);最

芸薹根肿菌是专一的活体寄生菌,通过分子技术对其群体遗传结构研究的过程中,根肿菌DNA的提取是基础之一。利用硅藻土法和改良CTAB法从根肿菌孢子中直接提取芸薹根肿菌DNA,使用PCR技术对所得到的DNA用大白菜特异引物TCR01、检测根肿菌特异引物TC01进行检测,对2种根肿菌DNA的提取方法进行比较,采用EST-SSR分子标记对纯单孢菌系4号、10号生理小种及混合菌1,2,3,4,7,10,11,14,16号生理小种进行分析。结果表明:硅藻土法操作步骤少,较改良CTAB法操作简单;且硅藻土法提取获得DNA的PCR结果优于CTAB法,能够隔离寄主DNA。EST-SSR标记能对单孢菌4号、10号生...

选取杀鲑气单胞菌A层A蛋白(VapA)保守序列,利用Primer Express 2.0软件设计引物和探针。以ATCC标准株10倍系列稀释,通过血球计数板计数后进行实时定量PCR,制作标准曲线。通过SDS软件获得细菌数量(X)与Ct值的关系为:Ct=-3.1574lgX+43.6841(相关系数R2=0.992)。实时定量PCR的检测限为6个细菌。建立的方法对杀鲑气单胞菌典型株和非典型株具有较好的特异性,与其他细菌没有交叉反应。杀鲑气单胞菌实时定量PCR方法的建立,对于快速口岸检疫、临床诊断和疫病监测具有重要的应用价值。

【目的】十字花科作物根肿病是一种世界性病害,早期准确定量检测病原是实现有效防控的基础,研究旨在建立一种应用于水体中检测根肿菌的实时荧光定量PCR方法。【方法】采用近年已研究并发表的一对引物。建立并优化RT-PCR反应体系,利用大肠杆菌TG-1、大肠杆菌T1-1、大肠杆菌DH5α、肺炎克雷伯菌E3、枯草芽孢杆菌XF-1、解淀粉芽孢杆菌Y2、柑橘黄龙病病原菌、假单胞菌E12、成团泛菌L9、阴沟肠杆菌C6、荧光假单胞菌df等11种病原物进行RT-PCR特异性检测,并对灵敏度、可重复性进行评价。利用该体系分别检测不同接种浓度的水体中的根肿菌。【结果】得出标准曲线的回归方程为Y=-3. 452X+35. 118,其回归系数R2=0. 996,扩增曲线在1×101～1×107拷贝/μl范围内,具有较好的线性关系,扩增效率94. 833%,相邻扩增曲线间距均匀,1×101拷贝/μl为最低检测值。熔解曲线显示,所有产物具有单一峰形,有高度扩增特异性。重复性试验变异系数小于1%。在人工接种的水体中,检测下限至少为102个孢子/m L。【结论】建立的实时荧光定量PCR方法具有快速、特异、敏感和稳定等优点,为检测根肿菌在水体中的含量提供了技术方法。

发现一种三级胺氮氧化物聚合物胶束（OPDEA-PS）具有革兰氏阳性细菌（G+）特异性粘附且对红细胞或其他血液成分粘附相对较弱的特性。利用这一特性研究了一种基于流式细胞术的快速血液细菌分型检测方法。结果显示，将不同比例的金黄色葡萄球菌（G+）和大肠埃希菌（G–）或肺炎链球菌（G+）和铜绿假单胞菌（G–）与血液混合，加入终浓度为0.01 mg/mL的~(Cy5)OPDEA-PS胶束，孵育10 min后用流式细胞术或平板计数法检测，得到流式检测准确率高于90%，平板计数法准确率低于80%。相比而言，流式检测法具有操作简单、快速高效、准确率高的优势。这种用流式细胞术快速分辨细菌革兰氏分型的检测方法将有助于临床上菌血症等急性血液细菌感染性疾病的细菌类型初判，达到及时诊断和治疗的目的。

为建立及应用定量检测猪促炎细胞因子mRNA表达水平的方法,从分子水平研究脑心肌炎病毒(EMCV)的致病机制,分别构建含有猪促炎细胞因子IL-1β、IL-6、TNF-α以及管家基因β-actin基因片段的重组质粒标准品,建立了检测IL-1β/β-actin、IL-6/β-actin、TNF-α/β-actin的多重TaqMan real-time PCR检测方法。标准曲线的相关系数均达到0.998以上;初始模板的检出下限均达到10拷贝/μL;只有以目标cDNA为模板,并加入特异性引物和探针的反应才能检测到荧光信号;组内与组间的变异系数均小于2%。应用所建立的检测方法,对猪源EMCV GXLC株感...

为了建立一种快速检测镰孢菌属的方法。根据Fusarium翻译延伸因子(TEF-1α)基因序列,设计并筛选其特异性引物F8-1/F8-2,能从靶标基因组DNA中特异性扩增出大小为187 bp的目的片段,建立Fusarium荧光定量PCR(RT-PCR)检测体系的灵敏度比常规PCR高104倍,且特异性良好。利用该反应体系检测不同湿度环境下病残体和土壤病残体DNA含量的动态变化。结果表明:病残体及土壤病残体DNA初始拷贝数分别为6. 90×10~(11),1. 06×10~(12)拷贝数/g,经过温度27℃、80%湿度下处理30 d病残体DNA含量下降至5. 55×10~8和0拷贝数/g,而在温度27℃、20%湿度下含量分别为8. 04×10~9,1. 30×10~9拷贝数/g。因此,建立的Fusarium实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏度高的特点,可以快速准确地定量检测病残体DNA的含量,为瓜类根腐病的早期预防和流行监测提供了有效的技术手段。

【目的】建立快速、准确的青枯菌定量检测方法,研究青枯菌与寄主植物的互作。【方法】以青枯菌hrpB为靶基因,利用实时荧光定量PCR(RTQ-PCR)方法建立青枯菌的定量检测方法,并利用该方法检测花生接种青枯菌后细菌数量的变化动态。【结果】以提取的细菌DNA为模板和以青枯菌的全细胞为模板均能对青枯菌准确定量,在未富集细菌的前提下,利用全细胞细菌定量的最低限为103 CFU/mL,检测的线性范围为103—108 CFU/mL,计数细菌的方法能准确反应青枯菌数量的差异,但该数值约是细菌平板计数法计数的1.5倍。利用RTQ-PCR计数细菌,发现接种后的3—5 d,是花生与青枯菌互作的关键时期。花生节对抑...

借助水培法，观察芸薹根肿菌侵染结球白菜过程，确定芸薹根肿菌早期侵染部位及侵染时间；以结球白菜根毛被侵染数为指标，比较休眠孢子提取前处理方式、培养液ｐ Ｈ值，孢子接种浓度、光照时间对根肿菌早期侵染的影响。结果表明：芸薹根肿菌早期侵染０～３ ｃｍ段根毛，１～２ ｃｍ段皮层，根毛与皮层均在第５天观察到游动孢子囊，皮层侵染点峰值晚于根毛。肿根腐烂、光照１２ Ｈ／ｄ、接种孢子浓度１×１０５个／ｍ Ｌ、ｐ Ｈ值４．２为芸薹根肿菌最佳侵染条件。

为了明确芸薹根肿菌种群分化与寄主、地理来源之间的关系，以采自我国１１个省份，１２个寄主上的４３份芸薹根肿菌为研究对象，根据肌动蛋白（Ａｃｔｉｎ）和多聚泛素蛋白（Ｐｏｌｙｕｂｉｑｕｉｔｉｎ）这２个位点基因序列进行系统进化分析。结果表明，我国芸薹根肿菌的遗传变异与菌株的地理来源密切相关，可划分为２个遗传类群，其中基于Ａｃｔｉｎ的遗传类群Ⅰ中菌株主要采自北京、四川、山东、河南、黑龙江、上海、陕西、海南、云南、西藏黄河中下游和南部地区，遗传类群Ⅱ中菌株主要采自辽宁、吉林、湖北、云南、西藏东北地区；基于Ｐｏｌｙｕｂｉｑｕｉｔｉｎ的遗传类群Ⅰ中菌株主要采自辽宁、山东、陕西、吉林、河南、海南、云南、西藏华北．．．

【目的】大豆根瘤菌（Bradyrhizobium japonicum）是微生物肥料重要的功能菌种之一，可通过生物固氮为大豆生长提供氮素，实现节本增效，菌株5873作为其典型代表，已广泛应用于农业生产。筛选并鉴定其特异引物，建立大豆根瘤菌5873菌株水平的快速检测方法，对微生物肥料生产菌种鉴定、产品质量检测和功能评价至关重要。【方法】以商业化菌株大豆根瘤菌5873为供试材料，基于其全基因组序列和NCBI数据库中大豆根瘤菌种内参比菌株相关序列，以及与其高度同源（基因组ANI值大于99.95%）的大豆根瘤菌USDA 6T差异片段，通过多重序列比对，进行特异引物设计和筛选，获得特异性引物对，并通过对PCR反应条件/体系优化、特异性及灵敏度检测，建立大豆根瘤菌5873的快速检测方法。然后，采用盆栽试验，将大豆根瘤菌5873与其他根瘤菌菌株混合接种于大豆根际，应用上述方法对大豆根瘤菌5873竞争结瘤能力进行评价和方法验证。【结果】筛选获得了一组特异引物4-4和Q1(4-4-F 5′-GATAAGGCCACGGGTGAACA-3′/4-4-R 5′-CACTCGATAAGCTCCGCTGT-3′和Q1-F 5′-CCGGTCGTGACTGGAATGAT-3′/Q1-R 5′-TCGAGGCCTACAAGAACGTC-3′)，优化并建立了PCR快速检测方法，即反应体系：Premix Taq~(TM) 12.5μL，引物各1.0μL，基因组DNA 15 ng左右，加ddH2O补足至25μL；反应条件：95℃预热5 min,94℃变性45 s,61℃退火45 s,72℃延伸60 s,30个循环，再72℃延伸10 min。通过凝胶电泳检测目的条带的有无（355和218 bp），即可实现大豆根瘤菌5873的快速检测，该方法检出灵敏度为1 850 CFU/μL。此外，借助该方法可以成功地评价大豆根瘤菌5873竞争结瘤能力，与传统BOX-PCR评价结果一致。【结论】大豆根瘤菌5873快速鉴定方法的建立实现了以菌体发酵液或根瘤破碎提取液为模板，直接进行PCR扩增的鉴定操作，省去了根瘤的分离、根瘤菌分离纯化、培养、DNA提取及测序鉴定等繁琐的环节，大大减少了工作量，只需短短几个小时便可准确检测大豆根瘤菌5873，为微生物肥料中根瘤菌菌剂的产品质量检测和竞争结瘤能力评价提供了参考。

为建立鳗鲡圆环病毒(Eel circovirus,EeCV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法，根据EeCV复制相关蛋白(replication-associated protein, RAP)基因的保守序列设计特异性引物，并评价其灵敏性、特异性、重复性和应用效果。qPCR的阈值循环数(Cycle threshold value,C_t值)与标准品的拷贝数线性关系良好，且线性范围广(1.0×10~8～10~2拷贝数/μL);可特异性检测EeCV,而对鳗鲡疱疹病毒(Anguillid herpesvirus)、猪圆环病毒(Porcine circovirus)、鸭圆环病毒(Duck circovirus)无扩增；重复性强，组内和组间变异系数均小于3%;灵敏性高于普通PCR法10倍。且qPCR检测后发现，在感染EeCV的鳗鲡体内重要器官均可检测到EeCV,其中鳃的病毒量显著高于其他组织；对保存的44份疑似鳗鲡病毒性感染病料进行检测，阳性检出率为98%,而普通PCR法的阳性检出率为73%。

【目的】土传病原真菌立枯丝核菌Rhizoctonia solani和齐整小核菌Sclerotium rolfsii严重威胁园林绿化植物正常生长。建立针对这2种土壤病原真菌的快速定量检测方法。【方法】通过筛选2种病原菌特异性引物，优化反应条件。【结果】初步建立了2种病原菌的实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。引物ST-RS1/ITS4和SRITSF/SRITSR可以分别用于立枯丝核菌和齐整小核菌的qPCR检测，其灵敏度分别达24×106和22×106拷贝·L-1,2次重复反应的变异系数分别为3.37%～4.61%和0.66%～8.61%。对上海绿地土壤样品的检测结果表明：立枯丝核菌和齐整小核菌的检出率分别为100%和19%。【结论】建立的qPCR检测方法具有较强特异性、较高灵敏度和较强重复性，可以用于上海城市绿地土壤中立枯丝核菌和齐整小核菌的快速、有效定量检测。图2表5参29