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[期刊] 华北农学报
[作者]
李孟军 夏晗 王兴军 赵传志 毕玉平
根据栽培花生鲁花14生物素羧基载体蛋白基因accB1和accB2cDNA序列设计基因特异引物,克隆了花生野生近缘种Arachis duranensis、A.rigonii、A.batizocoi和A.hoehnei的accB1和accB2cDNA序列。序列分析表明,accB1和accB2在栽培花生和野生近缘种中高度保守,氨基酸序列一致性分别高于98.6%和97.5%。A基因组A.duranensis、A.rigonii和B基因组A.batizocoi、A.hoehnei的accB1和accB2的氨基酸序列存在差异,但与基因组来源无关。花生野生近缘种A.duranensis、A.rigonii、...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
戴晓峰 卢长明 吴刚 武玉花 肖玲
【目的】生物素羧基载体蛋白负责将羧基从生物素羧化酶转移到羧基转移酶上,对于长链脂肪酸的从头合成与种子含油量的形成具有十分重要的作用。本研究的目的是从甘蓝型油菜品种基因组DNA中分离生物素羧基载体蛋白(BCCP)基因的全长编码区序列,通过生物信息学分析揭示该基因的结构特征(包括内含子的数量、长度与分布,蛋白质保守区疏水性特征等)和功能关系。【方法】基因克隆采取同源序列法进行。【结果】分离得到的bccp基因全长均为1600bp左右,根据其结构特点可以分成3种类型,它们均包含5个内含子。bccp1基因编码的蛋白质具备完整的生物素化功能结构域,是唯一功能完整的基因序列;bccp2和bccp3由于移码突...
[期刊] 林业科学
[作者]
崔琴琴 韩小娇 陈益存 占志勇 林丽媛 汪阳东
油桐(Vernicia fordii)属于大戟科(Euphorbiaceae)油桐属植物,原产于我国,是世界上著名的木本工业油料树种。其种子榨出的桐油是品质最好的天然干性油之一。桐油具有干燥快、抗酸碱、耐冷热、防腐蚀等特性,作为重要的工业用油广泛应用于制造涂料、高级油墨、增塑剂、医药以及化学试剂等行业(黄挺,2001;Brown et al.,2005)。同时油桐作为生物柴油原料树种具有良好的应用前景(钱能志等,2007;Shang et al.,2010;Chen et al.,2010)。在油桐种子生长发育过程中,7月为桐油的缓慢形成期,7月底到9月初为桐油的迅速累积期,而9月初至1...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
林景卫 段作文 关山越 韩笑 范文丽 李浩戈 张丽 陈水森 李天来
树舌灵芝（Ｇａｎｏｄｅｒｍａ ａｐｐｌａｎａｔｕｍ）为灵芝属内独特的一类，克隆树舌灵芝免疫调节蛋白（ｆｕｎＧａｌ ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｏｒｙ ｐｒｏｔｅｉｎ，ｆｉｐ）基因，对其进行生物信息学分析并构建真核表达载体，将为高效表达重组树舌灵芝ｆｉｐ和揭示其生物学功能奠定基础。采用染色体步移的方法从树舌灵芝菌丝体基因组ｄｎａ中扩增得到１个新型真菌免疫调节蛋白基因—ｆｉｐ－Ｇａｐ，对其核苷酸序列进行生物信息学分析，结果表明，ｆｉｐ－Ｇａｐ基因属于灵芝属ｆｉｐ家族，含有３４２ ｂｐ，编码１１３个氨基酸。对其氨基酸序列分析表明：树舌灵芝免疫调节蛋白ｆｉｐ－Ｇａｐ分子量为１２．７ ｋ ｄ，理论等电点为．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
纪鸿飞 彭振英 马敬 毕玉平
Clp蛋白酶通过蛋白质水解作用来清除细胞内由逆境引起的异常和具有潜在毒性的蛋白或多肽,从而保证细胞正常的生理功能。从优质大花生鲁花14种子不同发育时期混合cDNA文库中发现一条序列,全长为1 212 bp,3′端含有polyA尾,通过blastx搜索得知其为Clp蛋白酶基因。该序列与GenBank中EZ736390.1的序列相似性达到99%。以该花生cDNA序列为模板设计引物,以花生幼嫩种子cDNA为模板克隆得到花生Clp蛋白酶基因。序列分析表明,AhClpP基因的开放阅读框长度为843 bp,编码280个氨基酸,预测其分子量为30.9 kDa,等电点为9.07,编码的蛋白包含S14-ClpP...
关键词：
花生 Clp蛋白酶 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
丁红 戴良香 秦斐斐 慈敦伟 宋文武 张智猛
为挖掘花生抗逆境胁迫相关基因,克隆抗逆相关膜联蛋白Annexin基因,以花生品种花育25号为试验材料,从已知抑制消减杂交文库中获得花生膜联蛋白Annexin类似基因片段,通过RACE技术获得Annexin基因5'-RACE片段。对5'-RACE序列和抑制消减杂交文库中已知基因片段进行拼接,设计特异引物通过逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增得到该基因,命名为AhAnn1。结果表明,AhAnn1全长为1 277 bp,开放阅读框为951 bp。根据编码区预测AhAnn1编码一条316个氨基酸组成的多肽
[期刊] 华北农学报
[作者]
叶雪凌 周宝利
野生茄托鲁巴姆高抗黄萎病,是研究茄子黄萎病抗性的理想试材。胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA蛋白)是植物在逆境条件下生成的一类应激蛋白。研究以1个受黄萎病菌诱导的托鲁巴姆EST为种子序列,结合电子克隆及RT-PCR验证的策略,获得了LEA蛋白基因的全长cDNA序列,命名为StLEA1。该基因的完整开放阅读框为291 bp,编码96个氨基酸,编码蛋白的分子量为10.748 kDa,等电点为9.913。经序列分析,StLEA1为水溶性蛋白,不存在信号肽,具有LEA5家族的典型结构域和保守序列,预测含有多个磷酸化位点。表达分析表明,托鲁巴姆受黄萎病菌侵染后,StLEA1在根系中上调表达。为探讨野生茄托鲁巴...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
冀敏 曾磊 赵凤霞 陈尚武 马会勤
本研究从赤霞珠(Vitis viniferaL.cv.Cabernet Sauvignon)葡萄果实中提取RNA,克隆得到葡萄蔗糖转运蛋白基因VvSUC27;从中蔬6号番茄子叶提取DNA,克隆得到番茄果实特异启动子基因E8。以实验室保存的pCAMBIA 1301为起始载体,分别构建了2个植物表达载体pCE8-SUC27vs和pCE8-SUC27。在这两个载体中,VvSUC27的表达均受番茄果实特异启动子E8的调控,pCE8-SUC27vs含有来自拟南芥葡萄糖转运蛋白基因AtVGT1的细胞液泡膜定位的信号肽编码序列和NOS终止子;pCE8-SUC27包含来自葡萄的蛋白质细胞质膜定位的信号肽编码序...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙德慧 王晓宇 王莹 霍红雁 刘海臣 徐惠 张继星
为了探究类钙调蛋白基因家族成员在蓖麻体内的作用及表达模式，在蓖麻体内挖掘家族基因CML42,并对其进行克隆与表达分析。以哲蓖三号植株为试验材料，克隆获得RcCML42完整编码区序列(CDS),利用生物信息学方法对RcCML42基因序列进行分析，包括编码氨基酸、蛋白分子量及等电点、跨膜结构域、氨基酸序列一致性等内容。通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术，检测RcCML42基因在蓖麻植株根、茎、叶位置不同时间点的特异性表达情况。结果显示，RcCML42 CDS长度为597 bp,编码198个氨基酸，含有3个EF-hand钙结合结构域。蛋白分子量为22.27 ku,等电点为4.55,不存在跨膜结构域。氨基酸序列一致性分析表明，RcCML42与巴西橡胶树一致性最高，达86.84%。qRT-PCR结果显示，RcCML42基因在蓖麻根、茎、叶组织中均有表达，在经NaCl处理后，RcCML42在根中的表达量呈现先下降后上升的趋势。RcCML42在茎中12 h高度表达，在叶中为8 h高度表达。且在茎中的表达量显著高于其在根、叶中的表达。CML是植物体内最重要的一类钙感受器，通过与钙调素结合蛋白结合进而对植物细胞进行调控。当植物受到环境中NaCl侵害时，CML可以参加体内钙离子的调节，进而减轻盐胁迫对植物体的损害。综上，推测RcCML42在盐胁迫条件下的蓖麻信号转导中起重要作用。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
尹明安 崔鸿文 樊代明 郭立
以胡萝卜品种 Autumn King的幼苗为材料 ,用 CTAB法提取其基因组 DNA,以 PCR ( Polym eraseChain Reaction)的方法在体外扩增出胡萝卜抗冻蛋白基因 ( afp) ,以 p UCm - T Vector为载体构建成胡萝卜 afp的克隆载体 p TAF,用 Eco R 消化重组质粒 p TAF使其线性化 ,再用 DNA聚合酶 Klenow大片段补平末端 ,然后用Xba 消化 ,获得一末端粘 ,一末端平的目的片段 ( afp)。植物表达载体 p BI12 1用 X ba 和 Sma 双酶切 ,获得一末端粘 ,一末端平的线性质粒。将目的片段与线性质粒在 ...
关键词：
胡萝卜 抗冻蛋白基因 分子生物学
[期刊] 华北农学报
[作者]
王伟权 杨翠平 王景雪 梁超 刘莉
GluB-4是水稻种子谷蛋白的编码基因,在种子成熟过程中,由GluB-4启动子调控,在胚乳中特异地表达。以水稻基因组DNA为模板,通过PCR扩增技术得到GluB-4启动子片段,序列分析结果表明:获得的启动子片段的大小为1 560 bp,与已报道的该启动子序列相比较,其核苷酸序列同源性为99.8%。该启动子区域含有TATA-box,CAAT-box,GCN4基序,Skn-1基序等胚乳特异表达启动子所必需的正调控元件,同时还含有高水平转录调控因子5UTR Py-rich stretch序列。利用该启动子构建了植物种子特异表达载体pCGB4P,为进一步的研究工作奠定了基础。
关键词：
水稻 GluB-4基因 启动子 谷蛋白
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈红梅 傅光华 程龙飞 施少华 彭春香 黄瑜
运用PCR技术从表现产蛋异常的种番鸭分离鉴定的减蛋综合征病毒(EDSV)E05株中分段扩增六邻体蛋白基因,分别与克隆载体pMD18-T连接后,转化感受态细胞,对经PCR鉴定和酶切鉴定均为阳性的克隆进行测序.结果表明,E05株六邻体蛋白基因长度为2733 bp,共编码910个氨基酸.序列分析表明,该株病毒与鸡源EDSV 127株和鹌鹑源EDSV QU株六邻体蛋白基因的核苷酸同源性分别为99.6%和96.0%,氨基酸同源性分别为99.9%和99.3%.
[期刊] 水产学报
[作者]
陈文波 李卫国 赵亚军
为深入研究胰蛋白酶在鱼类中的生理功能和作用机制,利用生物信息学的方法,成功获得了鲤3种胰凝乳蛋白酶原cDNA序列(ccTRP1、ccTRP2和ccTRP3)并对其进行了序列分析。结果表明,三者均含有一个长度为729bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码由242个氨基酸组成的胰蛋白酶原,其中包括15个氨基酸组成的信号肽和5个氨基酸(LDDDK)组成的激活肽。总平均亲水性GRAVY(grand average of hydropathicity)分析表明,三者均是亲水性蛋白。氨基酸比对结果显示,三者具备胰蛋白酶原的保守结构特征,如含有催化三联体氨基酸(His-57、...
关键词：
鲤 胰蛋白酶原 表达序列标签 生物信息学
[期刊] 华北农学报
[作者]
李蕊 孟宪萍 胡英考 蔡民华 李雅轩
电子克隆(In silicocloning)是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列(GenBank登陆号为DQ139265)。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,20~955 bp),编码311个氨基酸...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张安勉 杨玉菊 王凤 李国泽 赵平 丁勇
【目的】克隆樟叶越桔稳定内参基因60S核糖体蛋白L9基因全长cDNA和基因组DNA序列，并分析其序列特征及密码子偏好性，为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考。【方法】在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上，筛选60S核糖体蛋白L9基因cDNA序列并设计特异性引物，以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板，应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列，并克隆、测序、进行序列分析。同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数（CAI）、相对密码子使用度（RSCU）、同义密码子第三位核苷酸的GC含量（GC_(S3)）、有效密码子数（ENC）。【结果】克隆获得樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因666 bp cDNA序列（NCBI:ON637115）和2 224 bp基因组DNA序列（NCBI:ON584188），将该基因命名为VdRPL9。VdRPL9基因含有2个内含子，分别为1 616 bp的intron1、144 bp的intron2。VdRPL9基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长585 bp，其翻译编码194个氨基酸残基构成VdRPL9蛋白。从动物、植物和真菌RPL9蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9基因在进化上极度保守，具有共同的祖先。相比于RSCU聚类树，RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系。VdRPL9基因偏好性强的密码子（RSCU> 1）共有25个、且多以CG结尾，CAI和ENC的值分别为0.29和51.8，故推测该基因表达水平偏低。【结论】本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9基因序列及序列特征，并分析了VdRPL9基因的密码子特征。这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子，提高其在樟叶越桔中的表达水平，探究其表达调控及作用机制奠定了基础。
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