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[期刊] 华北农学报
[作者]
黄玲 韦树谷 赖佳 代顺冬 张骞方 曾华兰 刘佳 刘杭 叶鹏盛
为探明芦笋两性花、雄花发育与碳氮比及氮化合物的关系,测定了芦笋两性花与雄花性别分化的前期、中期、后期3个时期花蕾的碳、氮化合物含量,并采用RNA-seq技术分析了6个样品中相关氮化合物基因的可变剪接及表达量的差异。结果发现,在性别分化的前期、中期,两性花蕾中含碳量低于雄花蕾,但含氮量却显著高于雄花蕾;在性别分化后期,两性花蕾中含碳量与雄花蕾相当,但含氮量仍然显著高于雄花蕾。可见,较低的碳氮比有利于两性花蕾中雌蕊的发育。RNA-seq测序及GO富集分析表明,有86个氮化合物相关基因只在两性花蕾中发生可变剪接,这些基因主要编码核糖体蛋白、MADS-box转录因子和一些酶类物质等,并且在性别分化的前期、中期,分别有52,47个基因表达量高于雄花蕾。这与两性花蕾中氮化合物含量高于雄花蕾的差异一致。综上所述,氮化合物代谢相关基因的可变剪接及较高的表达量和较低的碳氮比有利于两性花雌蕊的发育。
关键词：
芦笋 两性花 雄花 碳氮比 可变剪接
[期刊] 华北农学报
[作者]
邹志明 邹海霞 张焕 李绍波 王鑫 欧阳解秀
为了克隆水稻HD2蛋白基因OsHDT703,并分析其存在的可变剪接体。利用生物信息学分析,结合RT-PCR、TA克隆和测序等方法,鉴定1个水稻中全新的HD2蛋白成员(OsHDT703)。结构域分析发现,在其N端含有HD2家族的NPL保守结构域。选取来源于7个物种的16个HD2蛋白,构建蛋白进化树,结果发现,OsHDT703蛋白与OsHDT702蛋白处于同一分支; OsHDT701则处于另一分支,说明水稻中HD2家族蛋白可能存在功能分化。根据预测的不同剪接体设计4对特异性引物,以粳稻中花11叶片和幼穗c DNA为模板,利用RT-PCR扩增,结合TA克隆,通过测序比对,成功鉴定到4种不同可变剪接体序列。由于3号(OsHDT703. 3)和4号(OsHDT703. 4)剪接体的CDS序列完全相同,所以证明OsHDT703至少存在4种不同可变剪接体。综上所述,鉴定到水稻中1个全新的HD2蛋白,命名为OsHDT703,并且鉴定出至少4种存在可变剪接体,为后续深入研究该基因生物学功能奠定基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
熊翔 何勇 刘焕焕 刘之恩 田志宏
为进一步探究水稻多胚候选基因OsPE的生物学功能，以粳稻品种日本晴和籼稻品种巴斯马蒂370为研究材料，选取正常生长条件下供试材料的成熟叶片，综合运用生物信息学、RT-PCR、TA克隆、半定量及qPCR等技术鉴定并分析水稻多胚候选基因OsPE的可变剪接体。结果表明，虽然生物信息学分析显示OsPE基因在粳稻中存在3种可变剪接体，在籼稻中无可变剪接体，但通过特异引物进行RT-PCR扩增，结合TA克隆及测序验证，在粳稻品种日本晴中鉴定到了OsPE基因3种可变剪接体的真实存在；在籼稻品种巴斯马蒂370中鉴定到2种新的可变剪接体。同时，半定量及qPCR结果显示：正常生长条件下，供试材料成熟叶片中OsPE基因可变剪接体存在表达差异，依次为OsPEc>OsPEa>OsPEb,且该基因在不同水稻品种中存在相同的表达趋势。最后，水稻OsPE基因编码蛋白进化分析及功能预测分析结果显示：OsPE蛋白在禾本科，尤其是稻属中高度保守(蛋白序列一致性普遍高于99%),有待于进一步研究该基因是否参与调控水稻抗逆响应、细胞分裂及细胞凋亡等生物学功能，而不是调控水稻多胚产生。综上所述，OsPE基因在禾本科，尤其是稻属中高度保守，该基因在粳稻和籼稻中可能有着相同的剪接模式，其可变剪接体在正常生长条件下存在表达差异，但表达趋势相同，OsPEc剪接体在OsPE基因功能发挥中占主导，有待于进一步研究该基因是否参与调控水稻抗逆响应、细胞分裂及细胞凋亡等生物学功能，而不是调控水稻多胚产生。
关键词：
水稻 多胚候选基因 OsPE 可变剪接体
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李树战 王艺儒 孙鹏 李华威 傅建敏
【目的】旨在了解雄全同株性别类型‘龙岩野柿1号’雄花和两性花花芽转录组中的SSR位点及序列特征，为SSR分子标记开发提供理论依据。【方法】基于雄全同株种质‘龙岩野柿1号’花芽分化的两个形态学关键时期的雄花和两性花花芽转录组序列，运用MISA软件的默认参数即单碱基类型SSR重复数≥10、双碱基类型重复数≥6和三、四、五、六碱基类型重复数≥5对转录组获得的unigenes序列中的SSR位点进行搜索，分析SSR位点的序列特征。【结果】对‘龙岩野柿1号’转录组的82 910条unigenes进行搜索，共在25 349条unigenes上获得了38 751条SSR序列，发生频率为30.57%，出现频率为46.74%，平均每2.94 kb会出现1个SSR序列；双碱基重复类型SSR位点数目最多，占总SSR数的50.59%，单碱基重复类型SSR数目次之，占比24.59%；单碱基重复至三碱基重复类型的优势重复基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT，分别占比22.8%、35.15%和7.77%，四碱基重复至六碱基重复类型的优势重复基元分别为AAAG/CTTT、AAAAG/CTTTT和AGGGCG/CCCTCG，占比分别为0.45%、0.09%和0.05%;SSR位点的基元重复次数以5～20为主，序列长度变化范围较大，为10～94 bp，共有11 731个SSR位点的序列长度≥20 bp，占比为30.27%。【结论】‘龙岩野柿1号’花芽的转录组中SSR位点丰富，具有较高的多态性，在柿属植物性别类型相关的分子标记开发、分子标记辅助育种和遗传多样性分析中具有较大的应用潜力。
[期刊] 华北农学报
[作者]
喻锦莉 刘长爱 符霖 王鑫 欧阳解秀
综合运用生物信息学、RT-PCR和TA克隆技术对水稻热激蛋白基因OsHSP40的可变剪接体进行鉴定,并分析剪接体的表达。首先,利用生物信息学分析发现,该基因存在4种可变剪接体。根据不同可变剪接体的序列信息设计特异性引物进行RT-PCR扩增,结合TA克隆,成功鉴定到OsHSP40的4种可变剪接体。随后,提取野生型植株的根、茎、叶、幼穗和不同发育时期的籽粒,进行不同组织部位的表达分析,RT-PCR结果显示:可变剪接体4(OsHsp40.4)与OsHsp40.1234在不同组织部位的表达模式存在差异。最后,分析在高盐和高温条件下不同剪接本的表达,结果发现,高盐条件下OsHsp40.4和OsHsp40.1234表达上升,但OsHsp40.4上升幅度较低;高温处理后,OsHsp40.1234在处理后2 h表达变化不显著,处理后4 h其表达显著上升,而OsHsp40.4则在处理后2 h表达显著上升。综上,成功鉴定到OsHSP40基因的4种可变剪接体,发现可变剪接体OsHsp40.4和OsHsp40.1234在高盐和高温胁迫过程中的表达存在差异。上述结果为进一步研究该基因的生物学功能奠定基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
谷振军 章怀云 张党权 谢耀坚 何含杰 陈丽莉 彭宽 刘果 杨丹
通过同源克隆策略和RACE技术获得赤桉CCoAOMT亚家族2个成员的全长cDNA序列。CCoAOMT1基因的全长cDNA序列为1 020 bp,其中可读框ORF长度为738 bp,5’-UTR为106 bp,3’-UTR为176 bp;CCoAOMT2基因的全长cDNA序列为1 047 bp,其中可读框ORF长度为741 bp,5’-UTR为125 bp,3’-UTR为158bp。CCoAOMT1和CCoAOMT2基因都由5个外显子组成,主要的区别在于前者第1个内含子存在5’端可变剪接位点,形成2条不同长度的mRNA,一条的ORF长度为738 bp,而另一条比前者缺失了42 bp,但不影响其余...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
璩檾昇 浦仕奇 徐梅 方昱嘉 唐旭东 钱平
【目的】家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)感染引发的微粒子病是影响蚕业发展的重要病害。为了揭示可变剪接(AS)基因在家蚕响应微孢子虫感染中的作用，对其中肠内的AS事件进行分析。【方法】利用Illumina Hiseq TM 4000测序平台，对健康家蚕(对照组)和被微孢子虫感染的家蚕中肠组织进行转录组测序。使用rMATS软件对样品中的AS事件与差异剪接基因(DSGs)进行鉴定，并对DSGs进行GO富集和KEGG信号通路分析。【结果】在对照组和感染组中分别检测到5 346个和4 992个AS事件，两组的AS事件类型都以外显子跳跃(SE)事件为主，差异分析发现了25个显著的DSGs。GO富集分析表明，DSGs主要富集在21个条目，其中以细胞过程、物质代谢、结合、催化活性的基因数量较多；KEGG信号通路分析显示，DSGs富集数较多的是信号传导、免疫系统、多糖生物合成与降解、能量代谢等通路。【结论】家蚕中肠组织存在大量AS事件，在微孢子虫感染过程中存在25个DSGs,其功能涉及新陈代谢和细胞免疫等。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
向双 孙维红 乐易迅 陈德强 邹双全
以圆齿野鸦椿为材料，比较叶片、枝条和果皮的5,7-二羟基-2-甲基-色原酮-6-c-β-d-葡萄糖苷(biflorin)和5,7-二羟基-2-甲基-色原酮-8-c-β-d-葡萄糖苷(isobiflorin)含量差异，并利用高通量测序平台构建圆齿野鸦椿的转录组数据库并注释unigenes的功能，对biflorin和isobiflorin的生物合成相关基因进行筛选与分析.结果表明：圆齿野鸦椿果皮中的biflorin和isobiflorin含量最高，叶片次之，枝条最低.从圆齿野鸦椿转录组数据库中共获得85 342个unigenes,从差异基因中筛选出1个差异表达的CHS基因和7个差异表达的糖基转移酶UGT基因，这些基因可能参与biflorin和isobiflorin的合成.7个UGT基因可分为4个6-C UGT和3个8-C UGT.6-C UGT和8-C UGT基因的表达情况不同，6-C UGT在果皮中表达量最高，而8-C UGT在叶片中表达量最高.qRT-PCR分析验证了转录组数据的准确性.
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
姚丹 徐新建 周姝婧 周冰峰 朱翔杰
基于前期低温胁迫3日龄封盖子不同时间的转录组数据,对可变剪接基因(ASG)作数量、种类统计和表达谱等分析,进一步解释低温对蜜蜂化蛹影响的分子机制;同时利用rMATS软件及Omicshare在线工具对T18、T36处理组(在20℃低温下分别处理18和36 h)及CK(没有低温处理)的差异基因进行可变剪接(AS)事件分析.结果表明,在各组别(CK与T18、CK与T36、T18与T36)中鉴定出4 971个ASG,产生58 017个AS事件,以外显子跳跃、外显子选择性跳跃和可变3′端剪接3种剪接类型为主.各组别间的共有ASG为4 027个,其基因本体(GO)分类结果显示,这些ASG富集在41条GO条目上;KEGG代谢通路富集分析显示,这些ASG共富集在132条代谢通路上,极显著富集的有Wnt、Hippo、TGF-beta和胞吞作用等信号通路.上述结果表明,低温胁迫可通过ASG介导代谢、生长发育和免疫等多重功能调控蜜蜂的化蛹过程.
关键词：
低温 意大利蜜蜂 可变剪接 发育
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张盼娃 张夏玮 于好强 盘林秀 付凤玲 李晚忱
【目的】探讨蛋白磷酸酶2C在植物生长发育和逆境抗性中的作用。【方法】利用逆转录PCR扩增玉米蛋白磷酸酶2C基因ZmPP2C26的两个可变剪接体，用生物信息学工具预测其推导蛋白的特性后，转化野生型拟南芥，并进行功能验证和亚细胞定位。【结果】在较短剪接体中切除的213 nt第一内含子，在较长剪接体中被保留。第一个内含子的剪接位点为5′-CC..CG-3′，与植物中通常的组成型剪接位点5′-GＴ..AG-3′不同。保留内含子及其侧翼序列的G/C含量较高，相当于其他内含子及其侧翼序列的2倍。两个剪接体在野生型拟南
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周倪红 王海朋 周丁丁 付中民 祝智威 范元婵 张曦 熊翠玲 郑燕珍 陈大福 郭睿
基于前期已获得的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)工蜂中肠转录组数据,在全转录组水平上对意大利蜜蜂的可变剪接基因(alternatively spliced gene, ASG)进行鉴定和分析,旨在揭示ASG在宿主响应东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)胁迫中的作用.在正常意大利蜜蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7CK、Am10CK)和东方蜜蜂微孢子虫胁迫的意大利蜜蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7T、Am10T)样品中检测到可变剪接事件数分别为73 383、85 618、79 813和74 693次,对应的基因数分别为9 586、10 063、9 829和9 622个,平均每个ASG上发生的可变剪接事件数分别为7.66、8.50、8.12和7.76次.各样品的可变剪接事件中外显子跨越的数量最多,分别为4 411、5 247、4 993和4 629个.Venn分析结果显示,Am7CK、Am10CK、Am7T和Am10T中的共有ASG数为9 056个,特有ASG数分别为100、153、275和95个.GO分类结果显示,这些共有ASG分布在50个功能条目,特有ASG分别分布于26、30、33和24个功能条目.KEGG代谢通路富集分析结果显示,上述共有ASG富集在325个代谢通路,包括内质网蛋白加工、核糖体和RNA转运等;特有ASG分别富集在31、104、126和22个代谢通路.研究结果提供了意大利蜜蜂响应东方蜜蜂微孢子虫胁迫过程中的ASG数量和种类信息,揭示宿主ASG在胁迫响应中参与了新陈代谢和细胞免疫,为关键ASG的筛选和功能研究建立了数据基础.
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
薛宝燕 郭东锋 邵伏文 刘炎红 郭建 裴洲洋
为了考察烤烟烟气氢氰酸释放量与烟叶中主要含氮化合物的关系,采集全国主要植烟区域的60份烤烟样品,运用机器学习算法新方法 MINE对氢氰酸与主要含氮化合物之间的关系进行了分析。结果表明:烟气氢氰酸的释放量与烟叶中的含氮化合物关系最为密切,与蛋白质、烟碱、游离氨基酸总量MINE算法关系强度MIC分别达0.396 7、0.403 4和0.352 1,与游离氨基酸中的半胱氨酸、谷氨酸、精氨酸MIC也分别达0.388 7、0.326 3和0.353 7,含氮化合物含量显著影响烟气氢氰酸的释放量。
关键词：
烤烟 氢氰酸 含氮化合物 MINE
[期刊] 华北农学报
[作者]
齐仙惠 李改珍 巫东堂
利用ISSR技术,对收集自5个国家的43份芦笋品种进行了遗传多样性分析,旨在为芦笋育种工作提供更多的参考数据。试验结果表明,18条引物共扩增条带159条,其中,多态性条带121条,多态性比率为76.10%。用软件PopGene 1.32计算出供试芦笋的观察等位基因数为2,有效等位基因数为1.444 3,Nei's基因多样性指数为0.265 4,Shannon信息指数为0.411 4。根据公式计算得出,多态性信息指数(PIC)为0.317~0.840,平均为0.669;基因组的平均遗传丰富度为5.17,表明供试芦笋具有较高的遗传多样性。利用NTSYS 2.10e软件进行相似系数分析,构建聚类树状...
关键词：
芦笋 ISSR 聚类分析 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘孟 乜兰春 王珊珊 胡淑明
【目的】探究与芦笋性别分化相关的蛋白，为揭示性别分化的分子机制奠定基础。【方法】以芦笋雌株、雄株、雄性两性株两性分化期的花蕾为材料，采用双向电泳、质谱鉴定和生物信息学相结合的方法，对其进行蛋白质差异表达分析。【结果】通过双向电泳３次重复试验发现，雌、雄花蕾相比，雄花蕾特异蛋白点２５个，上调蛋白点５个；雌花蕾特异蛋白点１３个，上调蛋白点１２个；雄性两性花蕾与雄花蕾相比，特异蛋白点１９个，上调蛋白点８个。经过质谱鉴定及生物信息学分析，鉴定出雄花蕾特异或上调表达同源蛋白６个，包括１个促进α淀粉酶合成的ｌｕｍｉｎａｌ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ（ｂｉ ｐ）；３个参与糖代谢的蛋白，分别为β淀粉酶、３．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
徐冰 徐义平 鲍宝龙
MKLN1基因编码的muskelin蛋白主要通过其羧基端的kelch重复结构域与其它蛋白形成复合物行使功能。通过分析草鱼鳃组织的基因转录谱,发现其中的MKLN1基因存在(CT)15的微卫星序列,通过检测3个不同的草鱼种群,又发现(CT)9、(CT)10、(CT)11和(CT)13 4种多态性序列。通过克隆该段MKLN1基因组序列并与斑马鱼和红鳍东方鲀的MKLN1基因组序列比较,发现克隆得到的草鱼基因序列是由一个内含子和两个外显子组成,共编码144个氨基酸。通过进一步调查不同组织该基因的转录本,发现存在内含子剪接和内含子未被剪接的两个转录本。由于内含子序列未被剪接的转录本在内含子中存在"TGA"...
关键词：
草鱼 MKLN1 微卫星多态性 可变剪接
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