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[期刊] 草业科学
[作者]
孙源长 王天友 罗琳 蔡杨星 林辉 林冬梅 张积森 林占熺
目前芦竹属(Arundo)菌草形态学的鉴定方法已经建立，但是在分子水平上的研究较少。对芦竹属菌草进行分子鉴定与选择压力分析可为菌草的杂交育种奠定基础。本研究通过PCR扩增得到芦竹属菌草的ITS2基因序列，并对它们的叶片进行转录组测序，通过生物信息学方法对其进行分子鉴定与选择压力分析。结果表明：在6.21百万年-9.75百万年前，以及5.14百万年-8.07百万年前分别进行了两次大规模的分化，将它们分为3大类(‘绿洲3号’‘绿洲5号’‘绿洲6号’‘绿洲8号’、‘绿洲2号’‘绿洲4号’‘绿洲7号’‘绿洲12号’和其他菌草)。选择压力分析筛选出‘绿洲1号’和‘绿洲3号’的正选择基因，它们大部分与转录调控、抗逆与发育相关。研究结果揭示了芦竹属菌草品种之间的关系和受到正向选择的基因与位点，为芦竹属菌草的适应性进化提供见解，也为今后的遗传改良提供靶点。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李玖荣 郑焕 林辉 林占熺
为了缓解西北部荒漠化严重的问题，筛选抗寒性强的芦竹属菌草.以芦竹属菌草5个品种为试验材料，测定低温胁迫期间不同品种的超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)、过氧化氢酶(catalase, CAT)、过氧化物酶(peroxidase, POD)的活性和丙二醛(malondialdehyde, MDA)含量及其变化率.通过相关性分析、主成分分析、显著性分析等综合评价其抗寒性，筛选抗寒性较强的品种.结果显示抗寒性综合得分大小表现为：绿洲3号>绿洲6号>绿洲5号>绿洲2号>绿洲7号.由此可知，这5个品种中抗寒性最好的是绿洲3号.
关键词：
菌草 低温胁迫 生理生化指标 抗寒性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡杨星 林冬梅 曹秀明 刘斌 林辉 罗海凌 刘凤山 林占熺
【目的】筛选腋芽萌发期耐盐性较强的芦竹属菌草品种，为该类菌草耐盐品种培育提供参考。【方法】以国内外不同地区的12个芦竹属菌草品种为试材，对150 mmol·L-1 NaCl溶液处理后腋芽萌发期的各个指标（芽长、根长、芽鲜质量、根鲜质量、发芽势、发芽率、发芽指数和活力指数）进行测定。利用模糊隶属函数法和聚类分析法对供试品种的耐盐性进行综合评价。【结果】与对照组相比，在150 mmol·L-1 NaCl胁迫下，所有供试品种的发芽势均降低，芽长、根长、芽鲜质量和根鲜质量都减小；除LZ＿NO.1、LZ＿NO.3和LZ＿NO.7外，其他品种的发芽率均下降；活力指数受盐胁迫的影响最大。基于各指标耐盐系数隶属函数值的临近度对12个品种进行聚类分析，结果表明：LZ＿NO.1、LZ＿NO.3和LZ＿NO.7为一类，属高耐盐型；LZ＿NO.2、LZ＿NO.4和LZ＿NO.6为一类，属盐敏感型。【结论】腋芽萌发期耐盐性较强的芦竹属菌草品种为LZ＿NO.1、LZ＿NO.3和LZ＿NO.7;根据活力指数可判定芦竹属菌草品种的质量优劣。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李曼 李巧琪 廖真 林标声 鲁国东 林占熺
【目的】检测5种芦竹属菌草绿洲成熟期根样本内生固氮菌的丰度及nifH基因的表达,为nifH基因的快速定量检测及实时监测提供技术手段。【方法】采用实时荧光定量PCR技术(Real-time quantitative reverse transcription PCR, qRT-PCR)分析根样本内生固氮菌nifH基因的拷贝数及相对表达量。【结果】5种芦竹属菌草成熟期根样本内生固氮菌nifH基因表达量及拷贝数均有较大的差异。其中,绿洲2号nifH基因相对表达量最高,呈过表达水平,且绿洲2号样本差异达显著水平(P
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林辉 罗海凌 张双双 陈晓斌 苏德伟 林占熺 林冬梅
为筛选出高产、优质、适合不同用途的大面积推广的芦竹属菌草品种，对引种的8个芦竹品种(Lz1～8)进行农艺性状、光合特性、碳氮比等指标分析，结果表明：农艺性状中，在相同时间，Lz3、Lz5没有抽穗，其余品种有抽穗；在产量上，8个芦竹材料产量差异极显著水平可分为3个等次，按产量高低分别是Lz4、Lz2、Lz1、Lz8,Lz3、Lz7,Lz5、Lz6.Lz4产量是Lz6的5.2倍.不同地区的芦竹之间主要农艺性状变异丰富，变异系数14.55%～79.74%,其中以单株质量变异系数最大，叶片数的变异系数最小.在净光合速率方面，Lz6与其他地区的芦竹差异达到极显著水平(P<0.01),净光合速率最高的3个为Lz4、Lz2、Lz1,且差异不显著，与产量高低基本一致.8个品种碳氮比差别较小(40.42～51.92).Lz4、Lz2、Lz1、Lz8的农艺性状综合表现较好、产量潜力较大，可作为芦竹属菌草的核心种质，其碳氮比差异不显著，可作为食用菌栽培原料.
关键词：
芦竹 农艺性状 光合特性 碳氮比
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
姜晓梦 袁振 朱方捷 周晶 毛飞 林冬梅 林占熺
采用生物信息学方法鉴定了巨菌草(Cenchrus fungigraminus Z. X. Lin&D.M. Lin&S. R. Lan sp. nov.)中CAMTA(calmodulin-binding transcription activator)转录因子的家族成员，并对其蛋白序列的理化性质、基因结构、保守基序、保守功能结构域、系统进化发育关系、启动子区域顺式作用元件进行了分析；探讨了巨菌草CAMTA((CfuCAMTA))家族成员在干旱胁迫下转录水平的变化，以及CfuCAMTA转录因子对响应干旱胁迫的影响.结果表明：巨菌草CAMTA家族共有15个成员，其中仅CfuCAMTA10和CfuCAMTA11较为稳定，不稳定系数小于40;多数成员为不稳定蛋白质；巨菌草和紫象草CAMTA基因的亲缘关系最近；4个CAMTA转录因子的表达水平随干旱时间的延长，在第14天表达量达到最大，说明这些CAMTA参与了干旱胁迫的响应.
[期刊] 草业科学
[作者]
刘璇 陈虞超 郭生虎 钟楠 石磊 甘晓燕
芦竹（Arundo donax L.）生长周期短、纤维素及粗蛋白含量高，在燃烧过程中能够产生较高的热值，是一种新型的经济能源饲草，具有广阔的应用前景。TCP是一类植物特有的转录因子，在调控植物生长发育过程中具有重要作用，但目前该基因家族在芦竹中的分布以及生物学功能未见报道。本研究以芦竹为对象，利用生物信息学方法对AdTCP基因家族的基本理化性质、染色体定位、基因间的共线性关系、基因结构、蛋白的保守基序、多序列比对及与其他物种的亲缘进化关系进行了系统分析，运用实时荧光定量PCR测定了盐胁迫下7个AdTCP基因的相对表达量。结果表明，芦竹含有37个AdTCP基因，分布在不同染色体上。其蛋白理化性质各不相同，且均为亲水性、不稳定蛋白，多数定位在细胞核中。该家族基因结构中均只含有外显子，无内含子，共线性分析鉴定出22个片段复制基因对；其家族蛋白包含15个不同的保守基序，序列相似性为30.52%。通过与拟南芥、水稻TCP基因进行亲缘关系比较，结果发现82个TCPs可以分为TCP-P和TCP-C两大亚家族，其中TCP-P仅包含PCF分支，而TCP-C包含CYC与CIN两个分支。随着盐胁迫浓度的升高，7个AdTCP基因的表达量呈现先上升后下降的趋势，说明AdTCP参与盐胁迫响应过程。本研究为解析芦竹基因功能及创制芦竹新种质奠定基础。
关键词：
芦竹 TCP转录因子 基因家族鉴定
[期刊] 华北农学报
[作者]
张怡 张佩佩 马晓萌 傅露露 乔月娥 陈佩佩 李成伟
通过对河南省周口市和商丘市小麦白粉病菌进行分子鉴定及分析,以期为小麦白粉病菌的防治和系统进化奠定基础。对小麦白粉病菌进行了扫描电镜的显微形态观察、核糖体DNA转录间隔区(ITS)序列测定及进化树分析。结果显示:周口和商丘的小麦白粉病菌均属于禾本科布氏白粉菌;系统进化发现,商丘的小麦白粉病菌与地域相距较远的英国、法国、美国的小麦白粉病菌的同源性极高,而与地域很近的周口小麦白粉病菌同源性却不高,推测小麦白粉病菌的进化可能与其自身的小种进化有关。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
余红兵 曾磬 肖润林 杨知建 张树楠 赵志丽
以生态沟渠花叶芦竹(Arundo donax var.versicolor)为材料,采用便携式CID–340光合仪,在晴朗天气测定花叶芦竹成熟叶片净光合速率(Pn)和光合有效辐射(PAR)、气孔导度(Gs)、胞间CO2浓度(Ci)、叶温(Tl)、叶周围气温(Ta)和蒸腾速率(Tr)等影响因子,对花叶芦竹光合特性日动态及其影响因素进行分析。结果表明:①花叶芦竹叶片净光合速率(Pn)日变化曲线呈单峰型,峰值为19.76μmol/(m2.s),峰值出现在15:00左右;②逐步回归分析结果表明,净光合速率主要受蒸腾速率、胞间CO2浓度、叶温和气温的影响;③偏相关分析和通径分析结果表明,胞间CO2浓度、...
关键词：
花叶芦竹 光合特性 挺水植物 生态修复
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王开杰 徐永江 柳学周 崔爱君 姜燕 王滨 方璐
为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张金来 杨猛 陈陆 付仁一 杨霞 赵军 王川庆 王泽霖
【目的】确定鸡杆菌河南分离株的具体种属和进化地位。【方法】以9株鸡杆菌河南分离株为研究对象,根据GenBank上登录的相关序列,针对鸡杆菌3个管家基因rpoB、infB和atpD设计引物,并进行PCR扩增、克隆和序列测定分析;将9株鸡杆菌的3个管家基因部分核苷酸序列,与已知的鸡杆菌属和巴氏杆菌科其他属相关参考株的相应基因序列进行比较分析并构建进化树。【结果】扩增出rpoBi、nfB和atpD3个管家基因部分序列,长度分别为566,531和1 441 bp,将测序结果登陆到GenBank。鸡杆菌分离株间的同源性分别为98.3%~100%(rpoB)、90.5%~100%(infB)和98.3%~...
关键词：
鸡杆菌 管家基因 进化分析 进化树
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
成起萱 周陆 王成辉
中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)是我国极为重要的土著种类,现已移居到欧洲和北美等地。利用20对微卫星标记对中华绒螯蟹国内土著群体(长江和黄河)和国外移居群体(德国易北河、荷兰莱茵河、英国泰晤士河和美国旧金山湾)的遗传变异和多样性进行了分析。结果显示,中华绒螯蟹国内群体的遗传多样性(等位基因丰富度、多态信息含量和杂合度等)略高于国外移居群体;国内外群体间,以及国外不同群体间存在显著的遗传分化;贝叶斯遗传聚类分析显示国内土著群体、欧洲移居群体和美国移居群体分成明显的3个遗传聚类;主成分分析表明国外移居群体已产生了明显的遗传歧化;荷兰莱茵河群体检测到显著的遗传瓶颈效应。表明中华绒螯...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贾赟 张素芳 周斌 王旭东 王川庆 赵玉军 陈溥言
用分离的疑为鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)超强毒(vvIBDV)地方分离株HN01,经处理后接种SPF鸡,36h后接种鸡开始发病,发病率为100%,死亡率为70%以上。剖检可见与野外病例相同的病理变化,如肌肉、腺胃、心脏出血,法氏囊水肿且多呈"紫葡萄"样外观。经血清学试验、毒力试验、鸡胚接种试验、分子生物学和电镜形态学观察均证明该分离物为超强毒株,从而证明河南省鸡群中存在不同于IBDV一般强毒株、经典株和变异株的超强毒株。通过对IBDV不同毒株VP2基因高变区氨基酸序列的聚类分析发现,HN01与华南超强毒株G9201、欧洲超强毒株UK661关系最接近,而与HK46,OKYM,D6948,U...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王晓燕 李文凤 张荣跃 单红丽 李婕 李银煳 黄应昆
【目的】明确低纬高原云南蔗区甘蔗锈病病原种类、发生分布特征、病原间及其与柄锈菌属其他锈菌的系统进化关系。【方法】通过症状观察，病原形态特征观察和分子检测对采自云南不同蔗区的57份锈病样品进行病原鉴定；并构建NJ树分析甘蔗锈病病原与其他柄锈菌的系统进化关系。【结果】云南勐海海引1号4份锈病样品的夏孢子堆桔黄色，夏孢子梨形，栗褐色或金黄色，表面有刺，壁顶端加厚10 μm，大小为（25～50）μm × （16～35）μm，具4～5个芽孔。核苷酸序列与已报道的屈恩柄锈菌（GU058021）同源性在99.9%以上，表明这些锈病样品是由屈恩柄锈菌引起的甘蔗黄锈病；其余53份锈病样品的夏孢子堆棕红色，夏孢子球形，棕色至深棕色，表面布满小刺，壁四周均匀加厚，大小为（20～40）μm × （13～25）μm，芽孔多4个；侧丝无色，匙形。核苷酸序列与已报道的黑顶柄锈菌（GU058001）同源性在99.8%以上，表明这些锈病样品都是由黑顶柄锈菌引起的甘蔗褐锈病。系统进化树显示，文章获得的4条屈恩柄锈菌与Puccinia polysora（GU058024）聚为1组，遗传关系近；53条黑顶柄锈菌与P. nakanishikii (GU058002)、P. rufipes (AJ296545)、Aecidium deutziae (KU309317)和P. coronata (DQ354526)等柄锈菌属锈菌聚为1组，遗传关系近；而2种甘蔗锈病菌的遗传关系相对较远。【结论】在低纬高原云南蔗区首次发现引起甘蔗黄锈病的屈恩柄锈菌，并证实引起褐锈病的黑顶柄锈菌是低纬高原甘蔗锈病的主要病原。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
杨芳 贺鹏 董双林
信息素结合蛋白(PBP)是大量存在于昆虫触角感器中的一类小分子蛋白,它特异性结合并运输性信息素组分到神经树突膜上的气味受体。通过设计简并引物并利用RT-PCR技术,从斜纹夜蛾雄虫触角扩增到1个长171bp的预期cDNA片段,测序后经比对表明是PBP3基因片段,将该基因命名为SlitPBP3。利用RACE技术进一步得到SlitPBP3的cDNA全长序列(GenBank登录号:GU082321),长568bp,编码164个氨基酸,具有PBP的典型序列特征。对基因组DNA的研究显示,该基因由3个外显子和2个内含子构成。2个内含子的位置和斜纹夜蛾的另2个PBP基因相同,具有保守性;其长度分别为124b...
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