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[期刊] 华北农学报
[作者]
赵志常 陈业渊 高爱平 黄建峰 党志国 罗睿雄
为了研究芒果ＣＨＳ基因的功能及其在果实着色中的分子机理，以芒果果实的Ｃ ＤＮＡ和ＤＮＡ为模板，采用同源克隆的方法克隆得到了一个ＣＨＳ基因，该基因的开放阅读框１ １９４ ｂｐ，编码３９７个氨基酸，等电点为６．０３，分子重量为４３．２９ ｋ ＤＡ。基因组扩增得到了１ ３１５ ｂｐ的片段，通过序列比对发现该基因含有１个内含子，对其在幼嫩叶片和成熟叶片中的表达进行分析，发现该基因在不同时期的叶片中都有表达，在红色幼嫩的叶片中表达量较高，成熟叶片中表达较低，初步推断该基因可能的叶片中黄酮类物质合成有密切的关系。通过聚类分析发现该基因编码的蛋白与兜兰、白芨等的ＣＨＳ蛋白序列亲缘关系较近，可以与白芨、问荆草．．．
关键词：
芒果 CHS 基因克隆 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
罗睿雄 赵志常 高爱平 黄建峰 刘宽亮
４－香豆酸：辅酶Ａ连接酶（４ＣＬ）是植物类黄酮类化合物和木质素等生物合成途径的一种关键酶，为了研究其在芒果果实中的作用机理，采用ＲＡＣＥ方法，从芒果果实克隆得到了一个类黄酮合成相关的４ＣＬ基因。该基因全长Ｃ ＤＮＡ序列为１ ７４０ ｂｐ，开放阅读框为１ ６５３ ｂｐ，编码５５０个氨基酸，分子量为６０．４７ ｋ ＤＡ，等电点为９．５１。对基因组扩增得到了２ ３１８ ｂｐ长度的片段分析发现，该基因含有５个内含子，分别在１ ０１３～１ １３９ ｂｐ，１ ３３０～１ ４１５ ｂｐ，１ ５６４～１ ６５３ ｂｐ，１ ７２２～１ ８０２ ｂｐ，１ ９０５～２ ０００ ｂｐ。通过在线软件对其二级结构和三级结．．．
关键词：
芒果 4CL 基因克隆
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵志常 高爱平 黄建峰 党志国 罗睿雄 陈业渊
花色素苷的合成是红色芒果果实着色的主要代谢途径，而类黄酮３’羟化酶（Ｆ３’Ｈ）基因是花色素苷合成的一个关键酶，其参与决定了花色、果实颜色、种皮颜色、茎叶表面等花色素苷的生物合成。本研究根据已经报道的Ｆ３’Ｈ基因的序列设计兼并引物，采用３’ＲＡＣＥ和５’ＲＡＣＥ方法，克隆得到了芒果果实Ｆ３’Ｈ基因的全长Ｃ ＤＮＡ序列为１７８２ ｂｐ。该基因开放阅读框为１５４８ ｂｐ，编码５１５个氨基酸，分子重量为５７．４４ ｋ Ｄ。通过系统发育分析发现该基因编码的蛋白与西洋梨、草莓、大豆等具有较近的亲缘关系。对不同芒果品种的Ｆ３’Ｈ基因的表达进行分析发现：红色的贵妃品种中表达量较高，而黄色的金煌品种中表达量较低．．．
关键词：
芒果 花色素苷 F3’H 基因克隆
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵志常 陈业渊 高爱平 黄建峰 党志国 罗睿雄 张波
为了研究芒果果实中ANS基因的功能。利用同源克隆方法从芒果果实中克隆得到了一个ANS基因,该基因的c DNA长度为1 252 bp,开放阅读框的长度为1 056 bp,编码351个氨基酸。通过系统发育分析,发现该基因编码的蛋白与荔枝、葡萄、可可豆、桑树等聚在一类。通过序列对比分析表明,已经成功得到芒果ANS基因,并对其生物信息进行了分析,为下一步芒果ANS基因的功能研究打下了基础。
关键词：
芒果 ANS 基因克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张宇 张波 赵志常 高爱平 陈业渊 黄建峰 党志国 罗睿雄
为了研究芒果CCR基因在芒果对芒果树抗性的功能。采用传统的RT-PCR和RACE方法从芒果的枝梢中克隆得到了1个参与木质素生物合成的肉桂酰辅酶-A还原酶基因(CCR)的全长c DNA序列,进而对得到的序列采用TMHMM、DNAMAN等软件进行生物信息学分析,发现芒果CCR基因包含编码区、3'和5'非翻译区的长度为1 292 bp的c DNA序列,编码305个氨基酸;对跨膜结构域进行了预测,发现该基因无跨膜结构域;蛋白二级结构元件以无规则卷曲和β-螺旋为主;聚类分析发现,该基因与美洲山杨木、油茶等植物的亲缘关系较近,而与百合、橡胶树等亲缘关系较远。从芒果中克隆得到了一个CCR基因,并对其生物信息...
[期刊] 华北农学报
[作者]
卢其能 杨清 却志群 黄友明
设计简并引物,用RT-PCR法从马铃薯野生种(Solanum pinnatisectum)克隆到了CHS(Chalcone synthase,查尔酮合酶)基因的全长cDNA,并用半定量RT-PCR法进行了表达分析。序列分析表明,CHS基因编码一个389个氨基酸残基的多肽,在氨基酸水平上与其他茄科植物的同源性达到89%~93%,多重比较和系统发育分析均表明该基因为CHS家族中的一个新成员;检测了CHS基因的空间表达模式,该基因在花和匍匐茎中表达量最高,在根和块茎中没有检测到,这与花和匍匐茎呈淡紫色有花色苷合成,而根和块茎呈白色无花色苷合成是相一致的;发现在块茎中CHS受光诱导表达,光照后的第3天...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
俞狄虎 张迟 柯甫志 敬露阳 顾雪娇 吴宝玉 张敏
为研究查尔酮合成酶基因(CHS)家族在‘无子瓯柑’ Citrus suavissima ‘Seedless’雄性不育发生过程中的作用,以克里曼丁橘Citrus clementina基因组数据库为参照,在‘无子瓯柑’和瓯柑Citrus suavissima的转录组和蛋白质组测序结果中筛选出4个CHS同源差异表达基因,并对其克隆和表达量分析,对克里曼丁橘CHS基因家族成员进行生物信息学分析。结果表明:‘无子瓯柑’和瓯柑CHS基因编码区核苷酸序列相似度达98%以上。小孢子母细胞发育各时期CHS基因表达量在瓯柑和‘无子瓯柑’间差异显著。与瓯柑相比,‘无子瓯柑’小孢子母细胞时期Ciclev10005133m, Ciclev10030093m和Ciclev10015535m的表达量显著下调;减数分裂时期Ciclev10005133m,Ciclev10001405m和Ciclev10015535m的表达量显著下调;四分体时期Ciclev10001405m和Ciclev10030093m的表达量显著减少。在花粉粒成熟时期的花蕾中,Ciclev10001405m与Ciclev10005133m在花药中特异性表达。CHS同源基因在花药不同时期中的差异表达可能是‘无子瓯柑’花药发育异常的重要原因,并最终导致‘无子瓯柑’雄性不育。图3表6参15
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙海龙 宋娟 高志红 倪照君 章镇
【目的】从‘大嵌蒂’果梅中克隆PmKNAT2,并对其结构特征及表达模式进行分析,为研究果梅雌蕊败育的分子机理和分子育种奠定基础。【方法】在NCBI中查找与果梅相似性很高的桃KNOPE2(KNAT2的同源基因)序列(EF093491),根据桃的KNOPE2序列设计特异引物;采用改良CTAB法提取‘大嵌蒂’果梅花芽总RNA;通过RT-PCR和RACE技术获得基因cDNA序列全长;使用DNAMAN软件进行序列拼接;利用NCBI数据库中的BLASTn和BLASTp程序进行相似性分析;通过生物信息学方法分析结构特征;用DNAMAN软件分析基因的ORF和氨基酸序列;MEGA4.0软件进行系统进化树的构建;...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
路蒙蒙 韩硕 杨琦 王俊秀 郭惠红
【目的】文冠果隶属无患子科,是我国北方重要的油料树种,种子含油量高,是制备食用油、生物柴油等的优质原料。本研究旨在克隆文冠果Leafy Cotyledon 1(XsLEC1)基因,进行序列及表达模式的分析。【方法】以文冠果种胚为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆文冠果LEC1基因。采用Protparam及TMHMM2.0软件预测XsLEC1蛋白的理化性质和跨膜结构域,Prot Comp9.0及Motif Scan软件预测XsLEC1蛋白的亚细胞定位及蛋白功能,BioEdit及MEGA7软件分析XsL
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘宽亮 赵志常 罗睿雄 陈业渊
为了探究杧果PAO基因在杧果果皮叶绿素降解中的作用,利用转录组测序得到PAO部分片段信息设计兼并引物,采取3’和5’cDNA末端快速克隆(RACE)的技术方法,选取了红色贵妃、黄色金煌、绿色桂七等3个不同着色杧果品种为试验材料,分别克隆得到了杧果果皮PAO基因的全长c DNA序列,生物信息学分析后将其命名为MiPAO。结果表明,3个着色品种c DNA序列只有几个碱基的差异,以红色贵妃品种为例,经过分析可得全长c DNA序列的大小为1 979 bp,开放阅读框大小为1 641 bp,总共编码546个氨基酸,其分子质量为61. 82 ku,等电点为6. 54。通过生物软件预测得到了MiPAO蛋白的二级结构和3种三级结构图,同时发现MiPAO蛋白为亲水性蛋白。对NCBI上登录的部分植物的PAO蛋白构建系统发育树发现MiPAO蛋白与橙子的亲缘关系近。成功构建出p TRV2-MiPAO基因沉默载体,希望能为后续研究杧果果皮着色的分子机理和桂七杧果的滞绿原因提供一定的试验支持。
[期刊] 华北农学报
[作者]
袁惠君 张瑞艳 关玉晨 余诗曼 徐琰莹 马倩国 鲍婧婷
为研究ATP结合转运蛋白G亚家族蛋白11(ABCG11)在旱生经济灌木扁果枸杞中的功能，以扁果枸杞为试验材料，利用逆转录(RT-PCR)技术和RACE法克隆了扁果枸杞LbABCG11基因的cDNA序列，通过生物信息学分析该序列特征，并用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)研究了LbABCG11在盐处理、渗透胁迫和脱落酸(ABA)处理下不同器官的转录水平。结果表明，LbABCG11基因全长为2 971 bp,开放阅读框长2 130 bp,编码710个氨基酸，有6个跨膜区，预测蛋白质分子质量为79.39 ku,理论等电点8.42,脂肪指数为89.63,不稳定系数为35.52,平均亲水性为0.070,其编码蛋白质分子式为C_(3590)H_(5577)N_(935)O_(1027)S_(35),属于性质稳定的碱性疏水蛋白，含有核苷酸结合域(NBD)以及跨膜结构域(TMD),并以NBD-TMD的形式排列，是一种WBC型(WBC)半分子转运蛋白。该蛋白质二级结构主要由α-螺旋及无规则卷曲组成，分别占45.21%和33.66%,与三级结构预测结果相符。系统进化树分析发现，LbABCG11蛋白与茄科番茄SlABCG11和辣椒CbABCG11的亲缘关系较近，与拟南芥AtABCG11、藜麦CqABCG11同源性较低。LbABCG11基因在叶、茎、根中均表达，其表达量受NaCl、渗透胁迫和ABA诱导，表明LbABCG11参与旱生植物盐和干旱等多种胁迫的调控。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
彭婷 王艺琴 陈曼曼 冯蓝萍 包满珠 张俊卫
为揭示梅花WRKY基因的功能,采用RT-PCR技术从梅花品种‘雪梅’(Prunus mume ‘Xuemei’)中分离得到1个WRKY转录因子基因PmWRKY40。序列分析结果显示,该基因cDNA全长1 072bp,完整开放阅读框972bp,编码323个氨基酸,包含1个WRKY结构和1个C2H2型锌指结构。系统进化分析结果显示,梅花PmWRKY40蛋白与欧洲甜樱桃亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析表明:PmWRKY40基因受低温、氧化胁迫诱导,但诱导程度存在差异。此外,SA处理显著提高PmWRKY40的表达,ABA处理则抑制该基因表达。推测PmWRKY40可能在梅花响应低温胁迫过程中起重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
许晴 林森 徐亚欧 朱江江 王永 林亚秋
旨在获得藏鸡GEM基因序列,阐明其组织表达和时序表达谱,同时分析基因表达与肌内脂肪(Intramuscular fat,IMF)沉积的关系,为进一步研究藏鸡肉质和脂肪沉积奠定基础。选取1,81,119,154,210日龄健康藏鸡为试验材料,屠宰后分别采集心、肝、脾、肺、肾、胸肌、腿肌和皮下脂肪组织,提取组织总RNA,利用RT-PCR技术克隆藏鸡GEM基因序列,利用实时荧光定量PCR技术检测该基因在藏鸡不同组织以及不同发育时期胸肌和腿肌的表达情况。结果表明,克隆获得藏鸡GEM基因序列940 bp(Gen Bank登录号:KY747399),其中,CDS为894 bp,5’UTR 24 bp和3’UTR22 bp,编码297个氨基酸,与原鸡、绿头鸭、人和小鼠GEM氨基酸序列相似性较高(83.50%~98.32%);组织表达结果显示,GEM在藏鸡肺组织中的表达水平最高,极显著高于其他组织(P<0.05)。结果表明,GEM基因可能在藏鸡脂质代谢中起重要调控作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
杨国坤 徐双阳 梁晓敏 秦超彬 张艳敏 孟晓林 聂国兴
为研究GIP（葡萄糖依赖性肠促胰岛素，glucose-dependent insulinotropic polypeptide）在鲤体内的生理功能，实验利用RT-PCR（reverse transcription-polymerase chain reaction）技术从鲤前肠克隆得到gip，对其进行生物信息学分析，并对其mRNA的表达进行检测。结果显示，鲤gip的开放阅读框（open reading frame，ORF）为324 bp，编码107个氨基酸。经过结构预测鲤Gip前体蛋白包括信号肽、N端结构域、Gip成熟肽和C端结构域。氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示，鲤Gip蛋白与斑马鱼Gip蛋白的亲缘关系最近。Real-time PCR结果显示，gip在鲤各个组织中均有表达，但在前肠和垂体组织表达量最高。葡萄糖灌喂实验结果表明，鲤的脑和前肠中gip的表达量在灌喂葡萄糖1和2 h后显著增加。在饥饿再投喂实验中，鲤前肠中gip的表达量在饥饿后显著降低，而再投喂后表达量显著升高。在饲养实验中，高糖和高脂均能显著增加鲤前肠中gip基因的表达量。本研究克隆了鲤gip，并且不同的营养状态可以调节其表达水平。研究结果可初步阐明Gip的生理功能，为探究Gip调节鱼类糖脂代谢的机制提供理论依据。
关键词：
鲤 Gip 鉴定 表达分析
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