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[期刊] 华北农学报
[作者]
张宇 张波 赵志常 高爱平 陈业渊 黄建峰 党志国 罗睿雄
为了研究芒果CCR基因在芒果对芒果树抗性的功能。采用传统的RT-PCR和RACE方法从芒果的枝梢中克隆得到了1个参与木质素生物合成的肉桂酰辅酶-A还原酶基因(CCR)的全长c DNA序列,进而对得到的序列采用TMHMM、DNAMAN等软件进行生物信息学分析,发现芒果CCR基因包含编码区、3'和5'非翻译区的长度为1 292 bp的c DNA序列,编码305个氨基酸;对跨膜结构域进行了预测,发现该基因无跨膜结构域;蛋白二级结构元件以无规则卷曲和β-螺旋为主;聚类分析发现,该基因与美洲山杨木、油茶等植物的亲缘关系较近,而与百合、橡胶树等亲缘关系较远。从芒果中克隆得到了一个CCR基因,并对其生物信息...
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵志常 陈业渊 高爱平 黄建峰 党志国 罗睿雄 张波
为了研究芒果果实中ANS基因的功能。利用同源克隆方法从芒果果实中克隆得到了一个ANS基因,该基因的c DNA长度为1 252 bp,开放阅读框的长度为1 056 bp,编码351个氨基酸。通过系统发育分析,发现该基因编码的蛋白与荔枝、葡萄、可可豆、桑树等聚在一类。通过序列对比分析表明,已经成功得到芒果ANS基因,并对其生物信息进行了分析,为下一步芒果ANS基因的功能研究打下了基础。
关键词：
芒果 ANS 基因克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
罗睿雄 赵志常 高爱平 黄建峰 刘宽亮
４－香豆酸：辅酶Ａ连接酶（４ＣＬ）是植物类黄酮类化合物和木质素等生物合成途径的一种关键酶，为了研究其在芒果果实中的作用机理，采用ＲＡＣＥ方法，从芒果果实克隆得到了一个类黄酮合成相关的４ＣＬ基因。该基因全长Ｃ ＤＮＡ序列为１ ７４０ ｂｐ，开放阅读框为１ ６５３ ｂｐ，编码５５０个氨基酸，分子量为６０．４７ ｋ ＤＡ，等电点为９．５１。对基因组扩增得到了２ ３１８ ｂｐ长度的片段分析发现，该基因含有５个内含子，分别在１ ０１３～１ １３９ ｂｐ，１ ３３０～１ ４１５ ｂｐ，１ ５６４～１ ６５３ ｂｐ，１ ７２２～１ ８０２ ｂｐ，１ ９０５～２ ０００ ｂｐ。通过在线软件对其二级结构和三级结．．．
关键词：
芒果 4CL 基因克隆
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵志常 陈业渊 高爱平 黄建峰 党志国 罗睿雄
为了研究芒果ＣＨＳ基因的功能及其在果实着色中的分子机理，以芒果果实的Ｃ ＤＮＡ和ＤＮＡ为模板，采用同源克隆的方法克隆得到了一个ＣＨＳ基因，该基因的开放阅读框１ １９４ ｂｐ，编码３９７个氨基酸，等电点为６．０３，分子重量为４３．２９ ｋ ＤＡ。基因组扩增得到了１ ３１５ ｂｐ的片段，通过序列比对发现该基因含有１个内含子，对其在幼嫩叶片和成熟叶片中的表达进行分析，发现该基因在不同时期的叶片中都有表达，在红色幼嫩的叶片中表达量较高，成熟叶片中表达较低，初步推断该基因可能的叶片中黄酮类物质合成有密切的关系。通过聚类分析发现该基因编码的蛋白与兜兰、白芨等的ＣＨＳ蛋白序列亲缘关系较近，可以与白芨、问荆草．．．
关键词：
芒果 CHS 基因克隆 表达分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵志常 高爱平 黄建峰 党志国 罗睿雄 陈业渊
花色素苷的合成是红色芒果果实着色的主要代谢途径，而类黄酮３’羟化酶（Ｆ３’Ｈ）基因是花色素苷合成的一个关键酶，其参与决定了花色、果实颜色、种皮颜色、茎叶表面等花色素苷的生物合成。本研究根据已经报道的Ｆ３’Ｈ基因的序列设计兼并引物，采用３’ＲＡＣＥ和５’ＲＡＣＥ方法，克隆得到了芒果果实Ｆ３’Ｈ基因的全长Ｃ ＤＮＡ序列为１７８２ ｂｐ。该基因开放阅读框为１５４８ ｂｐ，编码５１５个氨基酸，分子重量为５７．４４ ｋ Ｄ。通过系统发育分析发现该基因编码的蛋白与西洋梨、草莓、大豆等具有较近的亲缘关系。对不同芒果品种的Ｆ３’Ｈ基因的表达进行分析发现：红色的贵妃品种中表达量较高，而黄色的金煌品种中表达量较低．．．
关键词：
芒果 花色素苷 F3’H 基因克隆
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈鸿鹏 朱凤云 吴志华 谢耀坚
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是高等植物糖酵解和糖异生反应中的关键酶,是维持生命活动能量形成的最基本酶之一,它氧化甘油醛-3-磷酸生成1,3-二磷酸甘油酸,由此为糖酵解过程提供产生ATP的底物[1-4]。此外,由于该酶基因为管家基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或组织中的蛋白质表达量较为恒定,故被广泛用作实时荧光定量PCR的内参基因[5-9]。近年来,随着研究
[期刊] 水产学报
[作者]
杨国坤 徐双阳 梁晓敏 秦超彬 张艳敏 孟晓林 聂国兴
为研究GIP（葡萄糖依赖性肠促胰岛素，glucose-dependent insulinotropic polypeptide）在鲤体内的生理功能，实验利用RT-PCR（reverse transcription-polymerase chain reaction）技术从鲤前肠克隆得到gip，对其进行生物信息学分析，并对其mRNA的表达进行检测。结果显示，鲤gip的开放阅读框（open reading frame，ORF）为324 bp，编码107个氨基酸。经过结构预测鲤Gip前体蛋白包括信号肽、N端结构域、Gip成熟肽和C端结构域。氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示，鲤Gip蛋白与斑马鱼Gip蛋白的亲缘关系最近。Real-time PCR结果显示，gip在鲤各个组织中均有表达，但在前肠和垂体组织表达量最高。葡萄糖灌喂实验结果表明，鲤的脑和前肠中gip的表达量在灌喂葡萄糖1和2 h后显著增加。在饥饿再投喂实验中，鲤前肠中gip的表达量在饥饿后显著降低，而再投喂后表达量显著升高。在饲养实验中，高糖和高脂均能显著增加鲤前肠中gip基因的表达量。本研究克隆了鲤gip，并且不同的营养状态可以调节其表达水平。研究结果可初步阐明Gip的生理功能，为探究Gip调节鱼类糖脂代谢的机制提供理论依据。
关键词：
鲤 Gip 鉴定 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁春年 王宏博 吴晓云 褚敏 郭宪 阎萍
为研究牦牛胰岛素样生长因子1受体基因(IGF-IR)的结构和功能,采用同源克隆和RT-PCR方法分段扩增牦牛IGF-IR,拼接获得全长序列,利用生物学软件进行分析。结果表明,牦牛IGF-IR基因ORF长约4 104 bp,编码1 367个氨基酸;理论分子量约154. 95 ku,等电点p I值约5. 71。与黄牛IGF-IR比较,牦牛IGF-IR基因序列有20处碱基改变,其中G到T碱基颠换2次,G到A碱基转换2次,C到T碱基转换7次,A到G碱基转换3次,T到C碱基转换6次,以及3个位点氨基酸改变(G6R、T29I和S30I)。系统进化分析表明,牦牛与黄牛、猪、人、狗、小鼠、猩猩等物种IGF-IR氨基酸相似性均大于92%,处于同一进化分支,具有高度同源性。蛋白结构预测表明,牦牛IGF-IR包含半胱氨酸富集区(FU)、纤连蛋白Ⅲ型结构域(FN3)、跨膜结构域(TM)及酪氨酸蛋白激酶区(Tyr Kc),具有该受体家族的特征结构域。同源建模表明,其成熟区段氨基酸序列与人的IGF-IR有98. 68%的相似性。为后续牦牛IGF-IR基因的功能研究奠定了基础。
关键词：
牦牛 IGF-IR基因 克隆 序列分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
赵志常 胡福初 胡桂兵 杨转英 肖靖
采用同源克隆的方法从荔枝果皮中克隆得到一个二氢黄酮醇4-还原酶(DFR)基因,该基因开放阅读框全长1062 bp,编码353个氨基酸.基因组扩增得到长度为2321 bp的片段,分析发现:该基因含有5个内含子,分别在119-255、426-1158、1353-1470、1632-1819、2013-2095 bp之间.通过系统发育分析发现,该基因编码的蛋白与山葡萄、海棠和山竹子等果树具有较近的亲缘关系.
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李昊 郭虎 王春生 宋红卫 朴善花 安铁洙
为探明绵羊Ｏｃｔ４基因启动子的结构特点，用ＰｃＲ方法克隆获得了绵羊Ｏｃｔ４基因启动子，并对绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列进行对比分析。结果显示，成功扩增获得长度为２ ９５１ ｂＰ的绵羊Ｏｃｔ４基因启动子；绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列均含有４个保守区域（ｃＲ１–ｃＲ４），且４个保守区域在３个物种间具有高度同源性；ｃＲ１区域富含Ｇｃ碱基对，且序列上的ＳＰ１／ＳＰ３位点与激素反应元件ＨＲＥ在３个物种中具有１００％的同源性；绵羊和牛、猪的上游调控序列富含Ｇｃ，并存在大量的ｃｃｃ（Ａ／ｔ）ｃｃｃ位点。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾成霞 张照斌 张清靖 刘盼 朱华
克隆了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptor,PPAR)αmRNA全序列。对其序列分析发现,虹鳟PPARα与其他脊椎动物PPARα有较高的同源性,其中mRNA序列有66.4%~97.5%相同,氨基酸序列有69.2%~98.9%相同。DNA结合结构域和配体结合结构域从鱼类到人类高度保守,其中DNA结合结构域有88.0%~98.8%的氨基酸序列相同;配体结合结构域有74.6%~99.6%的氨基酸序列相同。系统发生树分析表明,虹鳟的PPARα基因与同属鲑科鱼类的大西洋鲑(Salmo...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
黄发平 张林生 王路平 蒋斌 文建雷
【目的】对小麦类脱水素基因进行克隆与分析,为深入研究植物脱水素的结构及其在耐旱中的可能功能提供理论依据。【方法】利用PEG胁迫处理小麦幼苗,采用RACE方法,从干旱诱导的郑引1号小麦中获得脱水素基因,采用生物信息学方法对该基因进行耐旱功能分析。【结果】获得了小麦脱水素基因新成员WZY2的全长序列,其长度为849 bp,含1个459 bp的开放阅读框,编码152个氨基酸。该氨基酸序列具有明显的脱水素类蛋白特征(K片段),由2个K片段、1个S片段和1个Y片段组成,属于YSK2型脱水素。该脱水素具有较高的亲水性,表明该蛋白在束缚自由水、稳定膜结构方面有一定作用。【结论】从水分胁迫的郑引1号小麦中克隆...
[期刊] 华北农学报
[作者]
冯海燕 莫斯科 房永祥 景志忠
旨在为研究猪T细胞受体分子结构与功能,并首次在国内克隆了猪T细胞受体α链基因。以GenBank上登载的猪T细胞受体(Tcell receptor,TCR)α链(AB087988)为参考序列,从甘肃合作猪外周血液淋巴细胞中用RT-PCR的方法克隆了TCR-α链基因(pTCR-α)。结果表明:克隆的TCR-α基因具有完整的ORF,全长819 bp,编码272个氨基酸,预测蛋白分子量为30 kDa,含18个强碱性氨基酸,23个强酸性氨基酸,87个疏水性氨基酸和103个极性氨基酸,含有一段20个氨基酸的信号肽序列;与GenBank上登载的TCR-α参考序列(AB087988)的同源性为94.6%,与其...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
占思远 董尧 李利 仲涛 王林杰 张红平
【目的】克隆获得南江黄羊ＩＧＦＢＰ－２（ＩｎｓｕｌＩｎ－ｌＩｋｅ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ ＢＩｎｄＩｎＧ ＰｒｏｔｅＩｎ－２）基因的ｃｄｓ区全序列，对其进行生物信息学分析，并分析ＩＧＦＢＰ－２的ｍｒｎａ和蛋白组织表达特征，为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载ｎｃＢＩ的Ｇｅｎ Ｂａｎｋ数据库中公布的绵羊（ｏｖＩｓ ａｒＩｅｓ，ｎｍ＿００１００９４３６）和牛（Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ，ｎｍ＿１７４５５５）的ＩＧＦＢＰ－２基因的ｍｒｎａ序列，经序列比对后采用保守区域序列并利用ＰｒＩｍｅｒ ＰｒｅｍＩｅｒ ６．０软件设计克隆引物，经Ｐｃｒ扩增后采用ｔ．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
余晶 董晓丽 张颖 刘晓勇 潘鹏 买丽坎 孙大江
采用RT-PCR和RACE技术,克隆了小体鲟(Acipenser ruthenus)雄激素受体(AR)基因c DNA全长序列,应用real-time q PCR法对雌、雄个体不同组织中AR m RNA的表达进行检测。序列分析表明,AR基因c DNA全长为2 953 bp,包括5′端68 bp的非编码区(untranslation region,UTR),2 528 bp的开放阅读框ORF(open reading frame)和3′端327 bp的非编码区(不包括ploy A的尾巴)。AR前体蛋白由843个氨基酸组成,理论分子质量为94.24 k D。同源比较结果表明,小体鲟AR氨基酸序列与其...
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