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[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴彦庆 赵大球 陶俊
【目的】芍药花色的优劣影响其观赏价值和商业价值，研究芍药花色调控基因的密码子使用偏好性和密码子使用模式的影响因素，为芍药花色调控基因在ｍ ＲＮＡ翻译、转基因设计、新基因表达与功能预测以及分子生物进化研究提供参考。【方法】根据前期芍药花色嵌合体品种‘金辉’转录组测序筛选的６ ３４５个芍药花色调控基因，并根据ＣＤＳ序列特征和大于３００ ｂｐ原则进行过滤后最终获得的２ ２３４个基因序列作为研究对象，利用ｍｏｂｙｌｅ软件计算ＧＣ含量、第１与２位密码子的平均ＧＣ含量（ＧＣ１２）、第３位密码子的ＧＣ含量（ＧＣ３Ｓ）、有效密码子数ｅＮＣ、密码子适应指数ＣＡＩ、相对同义密码子使用度ＲＳＣＵ等密码子偏性指标，其．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴彦庆 葛金涛 陶俊
在前期克隆芍药AP1基因(登录号为KC354376)的基础上,运用CHIPS、CUSP和Codon W在线程序,分析芍药AP1基因的密码子偏好性,并与其他物种的AP1基因以及模式生物的基因组进行比较。结果表明,芍药AP1基因大部分偏好使用以A/T结尾的密码子,29种偏好密码子(RSCU值>1)中,偏好性较强的有CCA、AGG、TCA、GTT(RSCU值≥2);通过比较12种植物的AP1基因密码子偏好性,发现AP1基因在芒果和梨中的表达水平相对较高,而在芍药和牡丹等植物中的表达水平一般,并且大多偏好以A/T结尾的密码子,这可能与该基因的特殊功能有关;聚类分析结果表明,芍药科中芍药与牡丹聚为一类,...
关键词：
芍药 AP1基因 密码子偏好性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
廖登群 张洪亮 李自超 Bennett John
本研究分析了水稻10个β-淀粉酶基因(OsBmy1～OsBmy10)在cDNA和蛋白质上的同源性,分析了每个基因反映密码子使用特性的参数——GC含量、同义密码子第1～3位置中的GC含量、有效密码子数和相对同义密码子使用度。结果表明:水稻β-淀粉酶家族基因序列间的同源性差异较大,在cDNA和蛋白质序列上的基因同源性分别为39.2～79.6和25.9～74.0,其中,OsBmy3和OsBmy9间的同源性最高;OsBmy3、OsBmy4、OsBmy5、OsBmy7、OsBmy9和OsBmy10等为高GC含量基因,并表现出极强的密码子使用偏好。可见,水稻β-淀粉酶基因在进化过程中不仅氨基酸组成发生了分...
[期刊] 林业科学
[作者]
朱沛煌 陈妤 朱灵芝 李荣 季孔庶
【目的】异源表达是植物蛋白功能验证和分子育种的重要手段,而密码子是异源基因高效表达的重要因素,对马尾松转录组基因编码区密码子偏好性分析可以为马尾松分子育种提供一定的理论支持。【方法】利用CodonW、EMBOSS密码子分析软件对马尾松转录组进行密码子参数分析和密码子偏好性分析,根据中性绘图、ENc-GC3s、偏倚性分析推测马尾松密码子偏好性的主要形成原因。通过比较高低表达基因样本同义密码子相对使用度(RSCU)筛选马尾松最优密码子,通过密码子使用频率比值分析马尾松与拟南芥、烟草、欧洲山杨、大肠杆菌、酿酒酵母的密码子偏好性差异。【结果】马尾松转录组编码序列(CDS)密码子平均GC含量为44. 95%,密码子第3位GC含量为38. 95%,尤为偏好A/T。高、低表达基因样本统计分析表明,马尾松转录组RSCU差异较小,筛选出TTA、CAA、TGT、GGT等27个密码子可作为马尾松的最优密码子。中性绘图、ENc-GC3s关联分析以及偏倚分析表明,马尾松密码子偏好性的形成可能主要受突变影响,其次受自然选择等多重因素共同影响。密码子使用频率分析表明马尾松密码子偏好性与烟草、拟南芥和欧洲山杨相比差异较小,与大肠杆菌差异最大,与酿酒酵母差异小于大肠杆菌。【结论】马尾松偏好第3位为A/T的密码子,筛选出27个最优密码子,其中25个密码子第3位为A/T。马尾松密码子使用偏好性形成主要受突变影响,其次受自然选择等多重因素共同影响。烟草可以作为马尾松基因异源表达的优选植物生物体,而微生物中酿酒酵母可能优于大肠杆菌。
关键词：
马尾松 转录组 密码子使用偏好性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
苏少锋 赵一萍 白东义 任秀娟 赵若阳 陶克涛 宋海燕 芒来
为了解马TBX3基因的密码子使用特性,为选择该基因最佳的受体以及合适的异源表达系统提供依据,利用CHIPS、CUSP、Codon W等软件对NCBI公布的马TBX3基因(GenBank登录号为XM_014742147.1)的密码子使用情况进行分析,并将其与马的10个肢体生长和肢体形态形成相关基因、模式生物基因组以及其他物种TBX3基因进行比较。结果表明:马TBX3基因偏好使用G/C结尾的密码子,存在19种偏好使用的密码子(RSCU>1.20),其中:GCC、CTG、AGC和GTG偏好性较强(RSCU>2.00);10个马相关基因在20种偏好密码子中偏好性较强的只有CTG,17种密码子偏好G/C结尾;通过比较30种动物的TBX3基因密码子偏好性,发现其TBX3基因表达水平一般,并且密码子偏好G/C结尾;基于RSCU值和CDS序列的聚类分析发现,奇蹄目的家马与食肉目的家猫、北极熊聚在一起,可见系统进化树更接近这30个物种的真实系统分类;在密码子的使用频率上,小鼠更适合作为马TBX3基因的外源表达宿主。本研究可为TBX3基因在动物遗传育种改良中选择适合的宿主动物、筛选最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供依据。
关键词：
马 TBX3基因 密码子偏好性 聚类分析
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
辛雅萱 黎若竹 李鑫 陈丽琼 唐军荣 屈亚亚 杨琳懿 辛培尧 李云芳
【目的】为了明确杧果叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的51条CDS蛋白质编码序列为研究对象,进行密码子偏好性分析和对应性分析。同时揭示密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组研究及其遗传改良提供理论基础。【方法】使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对杧果密码子进行组成分析,获得GC、ENC、RSCU等参数,再进行中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素,最终获得最优密码子。【结果】1)杧果叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量排序分别为GC1(47.25%)> GC2(39.74%)> GC3(29.31%),表明杧果密码子偏好使用以A或T结尾的碱基;2)中性绘图分析中,GC12和GC3的相关系数为0.137,可见这两者的相关性并不显著,说明密码子第3个位置上的碱基可能与前两个位置上的碱基构成不同;3)ENC-plot绘图分析中,大部分基因都离标准曲线有一定距离,表示ENC实际值与ENC预期值之间有一定的差异,说明这些密码子偏好性更多受到选择的影响;4)PR2-plot绘图分析显示,平面图内杧果密码子基因大部分分布在右下方,说明密码子第3位碱基的使用具有偏好性,且各碱基使用频率表现为T高于A、G高于C;5)最终筛选出AGU、UUG、CUU、CAA等17个密码子为最优密码子,其中多数以A或U结尾。【结论】杧果密码子同时受到突变和选择的影响,但更多的是受到选择的作用。通过研究杧果叶绿体基因组密码子使用偏好性特征,探究其密码子偏性的影响因素,找出最优密码子,为杧果基因组水平上的应用和研究提供数据支撑。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
黄笑宇 许在恩 郭小勤
密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点,分析物种的密码子使用偏好性对于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义。应用Codon W软件对毛竹Phyllostachys edulis基因组中的26 103个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算了位于密码子3个位置的G+C含量、有效密码子数、同义密码子的使用频率等,确定了毛竹的最优密码子。结果显示:毛竹密码子第1位和第3位的G+C含量明显高于第2位,表现出对以G或C碱基开头和结尾的密码子发生强烈偏向使用,且确定的26种最优密码子均以G/C碱基结
关键词：
植物学 毛竹 密码子偏好性 最优密码子
[期刊] 西南农业学报
[作者]
董新玉 邓浪 张亚春 陈国发 李树锋
【目的】在大蒜(Allium sativum)全基因组中鉴定WOX基因家族，并进行密码子使用偏性分析，为进一步研究大蒜WOX基因家族的功能提供重要依据。【方法】利用生物信息学方法，鉴定分析大蒜WOX基因家族及其密码子使用偏性。基于GEO测序(RNA-seq)数据，分析大蒜WOX基因家族在大蒜鳞茎不同发育时期及其他组织中的表达模式。【结果】从大蒜基因组中鉴定到16个大蒜WOX基因家族。系谱进化分析发现：大蒜WOX基因家族被划分为3个进化支，分别属于远古支、中间支和WUS支。保守结构域分析发现：它们均含有68个氨基酸组成的保守结构域。密码子使用偏性分析发现：该基因家族密码子使用偏性较弱并受GC3s的影响，同时，该基因家族存在27个高频密码子和14个最优密码子，且大多数偏向于A/U结尾。基于RSCU值和CDS序列聚类发现：基于CDS序列聚类能更加准确表达该基因家族之间的进化关系。ENC-Plot和PR2-plot分析发现：该基因家族密码子使用偏性主要受选择压力的影响。最佳外源表达系统发现：拟南芥更适合用于该基因家族的外源表达系统。表达谱分析发现：该基因家族在鳞茎发育不同时期、叶片、假茎和根中存在差异表达。【结论】本研究为进一步弄清大蒜WOX基因家族在大蒜生长发育过程中的作用提供了科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
董新玉 邓浪 张亚春 陈国发 李树锋
【目的】在大蒜（Allium sativum）全基因组中鉴定WOX家族基因，并进行密码子使用偏性分析，为进一步研究大蒜WOX家族基因的功能提供重要依据。【方法】利用生物信息学方法，鉴定分析大蒜WOX家族基因及其密码子使用偏性。基于GEO测序（RNA-seq）数据，分析大蒜WOX家族基因在大蒜鳞茎不同发育时期及其他组织中的表达模式。【结果】从大蒜基因组中鉴定到16个大蒜WOX家族基因。系谱进化分析发现：大蒜WOX家族基因被划分为3个进化支，分别属于远古支、中间支和WUS支。保守结构域分析发现：它们均含有68个氨基酸组成的保守结构域。密码子使用偏性分析发现：该家族基因密码子使用偏性较弱并受GC3s的影响，同时，该家族基因存在27个高频密码子和14个最优密码子，且大多数偏向于A/U结尾。基于RSCU值和CDS序列聚类发现：基于CDS序列聚类能更加准确表达该家族基因之间的进化关系。ENC-Plot和PR2-plot分析发现：该家族基因密码子使用偏性主要受选择压力的影响。最佳外源表达系统发现：拟南芥更适合用于该家族基因的外源表达系统。表达谱分析发现：该家族基因在鳞茎发育不同时期、叶片、假茎和根中存在差异表达。【结论】本研究为进一步弄清大蒜WOX基因在大蒜生长发育过程中的作用提供了科学依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
尚明照 刘方 华金平 王坤波
【目的】通过分析陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响密码子偏性形成的主要因素。【方法】以陆地棉叶绿体基因组为研究对象,利用Mobyle及其它软件,分析叶绿体50个基因密码子的使用模式。【结果】陆地棉叶绿体基因组密码子GC1与GC2之间的相关系数达到极显著水平,GC3含量最低,与GC12的相关系数为0.14,双尾检验未达到显著水平;单个基因ENC比值多分布在-0.05—0.05;对应性分析,第一轴上显示了10.27%的差异,与GC3、ENC的相关系数分别为0.223和-0.147,均未达到显著水平。【结论】陆地棉叶绿体密码子第三位偏好使用嘧啶,而最优密码子多以A或T结尾;密码子使用模式可能...
关键词：
陆地棉 密码子偏性 GC含量 最优密码子
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
洪森荣 张牧彤 徐子林 张钦荣 罗雨欣 田文慧 王心雨
【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var. cormosus ‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性，为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造，探索物种进化和增加外源基因表达等研究提供参考依据和理论基础。【方法】采用高通量测序技术对‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组进行测序，并利用生物信息学分析软件对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。【结果】‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组大小为155 296 bp，为经典的4段式结构。大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和反向重复区(IR)长度分别为85 737、18 373、25 593 bp，总鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比例(GC比例)为37.88%，共注释出133个基因，包含87个编码区(CDS)基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因和1个假基因。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组中共检测到38个简单重复序列位点(SSR位点，36个单碱基重复和2个双碱基重复)和32个长重复序列(16个正向重复和16个回文重复)。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组核苷酸多样性为0～0.139 27，高变区主要分布在大单拷贝区和小单拷贝区，大单拷贝区trnL-UAA-trnF-GAA、cemA、rps12-exon1-clpP1、clpP1基因变异率最高，小单拷贝区rpl32-trnL-UAG、ycf1基因变异率最高。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组87个CDS基因的平均有效密码子数(ENC)为47.29,ENC>45的基因有60个，密码子偏性较弱。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾，使用偏性很大程度上受自然选择的影响，而受突变压力的影响小。CGU、AAA、CUU、GUU、GGA、GUA、GGU、UCA、GCU、CCU为‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组的10个最优密码子。【结论】‘怀玉山’高山马铃薯与马铃薯栽培种S. tuberosum‘Desiree’亲缘关系较近。图5表3参41
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴彦庆 赵大球 王静 陶俊
为了丰富芍药ＣＨＩ基因研究的基础数据，首先利用ＲＡＣＥ技术对芍药ＣＨＩ基因的ＣＤＳ区进行克隆，并通过ＥＭＢＯＳＳ软件分析序列的密码子偏好性，其次利用生物信息学软件和在线数据库对芍药ＣＨＩ进行蛋白结构与功能预测。结果表明，克隆获得芍药ＣＨＩ基因Ｃ ＤＮＡ序列长度为８９８ Ｂｐ（ＧＥＮ ＢＡＮｋ序列号：ＪＮ１１９８７２），芍药ＣＨＩ基因偏好使用以Ａ／Ｕ结尾的密码子，２８种偏好密码子（ＲＳＣＵ＞１），其中偏好性较强的有ＵＵＧ、ＵＧＵ、ＣＡＵ、ＡＧＡ、ＡＧＧ、ＣＧＧ（ＲＳＣＵ≥２），在密码子的使用频率上，芍药ＣＨＩ基因与酵母、大肠杆菌等模式生物基因组的差异均大于拟南芥基因组。芍药ＣＨＩ为非跨膜亲水的稳．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李银聚 吴庭才 张春杰 程相朝 陈溥言
应用RT-PCR方法扩增并克隆了分离自河南省的30株IBDV超强毒和9株弱毒株VP2基因cDNA序列,研究IBDV超强毒和弱毒株的VP2高变区基因不同位点同义密码子的使用情况。结果表明,超强毒株和弱毒株除特定位点的特征性氨基酸不同外,在同义密码子的使用上也有明显的偏爱性。这预示着同义密码子的使用与VP2基因表达及其表达产物的空间结构有关,进而可能影响到IBDV的毒力。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄长兵 沈萍 侯哲
基于15种蔷薇属叶绿体全基因组图谱，筛选其matK基因并对其密码子偏好性进行分析。结果表明：(1)GC_1、GC_2、GC_3的平均值分别为39.09、31.75、27.98,密码子第1位的GC含量最高，第3位的GC含量最低，具有显著差异性；有效密码子数与第3位密码子的GC含量显著相关；(2)GC_3与GC_(12)的相关性不显著，且密码子的偏好性受自然选择的影响；(3)matK基因的有效密码子数低于预期值，位于标准曲线的下方，说明matK基因密码子的偏好性受到了选择的影响；(4)共计29个密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)大于1,其中，有27个密码子均以A/U结尾，仅有2个密码子以G结尾，说明matK基因的密码子偏好以A或者U结尾。RSCU较高的3个密码子为UGA(3.00)、UCU(2.08)、ACU(1.98)。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张涛 张跟喜 韩昆鹏 王金玉 樊庆灿 李婷婷 段炼 王永娟
为了解鸡MyoG基因的密码子特性,以便于为MyoG基因的表达选择合适的外源表达系统,使用在线工具CUSP和CHIPS以及codonW软件对鸡MyoG基因进行分析,并与鸡基因、模式动物基因组和其他动物MyoG基因进行比较。结果表明,MyoG基因偏好于G/C结尾的密码子,CDS序列中,GC含量大于AT含量。MyoG基因与鸡其他31个基因密码子偏好性相似,均偏好于G/C结尾的密码子。与其他物种基因组密码子偏好性比较结果显示,密码子偏好性与小鼠差异最小,说明小鼠可以作为MyoG基因外源表达的宿主。与其他动物MyoG基因密码子偏好性比较显示,MyoG基因在包括京海黄鸡在内的32个物种中均有较高表达,几乎...
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