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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李倩 王晓媛 吴惠仙
利用Illumina HiS eq 2500高通量测序平台对船舶压载水及沉积物微生物进行测序,共获得67 255条有效序列,736个OTU,通过生物信息分析,研究了压载舱中沉积物和压载水细菌群落结构及其多样性。结果显示:船舶压载舱沉积物中可培细菌总数较压载水中可培细菌总数高3个数量级。压载水中优势类群是变形菌(Proteobacteria 70.20%)、拟杆菌(Bacteroidetes 13.38%)、放线菌(Actinobacteria 10.33%)和Marinimicrobia_SAR406_clade 2.81%。压载舱中沉积物的优势类群为变形菌(Proteobacteria 95.45%)、厚壁菌(Firmicutes 2.23%)。
关键词：
压载水 沉积物 细菌 高通量测序技术
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王琼 王飞飞 边佳胤 肖南燕 吴惠仙
为了解船舶压载水沉积物中微生物多样性,利用Illumina Mi Seq 2500高通量测序平台对上海港到港船舶压载水沉积物中细菌基因样本进行测序,并进行生物信息分析。从11份压载水沉积物样品中共检测到420 069条有效序列,微生物群落分析结果显示共有38门、98纲、226目、393科、704属细菌,优势类群为变形菌门(Proteobacteria 72.98%)、放线菌门(Actinobacteria 9.11%)、拟杆菌门(Bacteroidetes 8.71%)、绿弯菌门(Chloroflexi 4.06%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes 1.47%)、酸杆菌门(Acidobacteria 1.18%)和其他(2.50%)。本次研究在压载水沉积物中检测到了分枝杆菌属(Mycobacterium)、游动球菌属(Planococcus)、假单胞菌属(Paenibacillus)、类芽孢杆菌属(Streptomyces)和链霉菌属(Inquilinus)的致病菌或条件致病菌。结果显示压载水沉积物中微生物多样性丰富,要充分重视我国到港船舶压载水沉积物中微生物以及致病菌的研究,为阐明外来致病菌通过压载水途径入侵的机制和防控奠定基础。
关键词：
上海港 压载水沉积物 细菌 多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
于清武 胡丽琴 李菲 易湘茜 孙玉林 高程海
模拟低温（１０℃）环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌，基于１６Ｓ ｒｒＮＡ基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析，并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明，从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌３２株，分属于３个菌门（变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门）的１９个种，其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有１７株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌４种指示菌均表现出抑制作用，占分离菌株种类的８９．５％。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李一心 丁嘉苇 颜鲁杨 尹卫 高子韩 宋倩 王乐 梁健
【目的】研究玛柯河河流沉积物中细菌多样性、群落结构,以及环境因子对细菌群落分布的影响,了解玛柯河水体环境变化演替的趋势,为保护和治理玛柯河水体环境、保护珍稀鱼类物种提供了理论依据。【方法】于丰水期和枯水期,分别在玛柯河青海段设置8个采样点,采集河床底部向下1～2 cm处的沉积物,利用高通量测序分析技术对8个典型区域的河流沉积物细菌多样性进行分析,包括宏基因组测序及18S r DNA扩增子测序,利用生物信息学手段进行分析。【结果】在丰水期,玛柯河青海段河流沉积物中细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期。变形菌门(Proteobacteria)是丰水期和枯水期的主要优势门;δ-变形菌纲(Betaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)是丰水期和枯水期主要优势纲。8个采样点间细菌群落组成差异大于组内差异,且不同分组之间差异极显著。枯水期和丰水期的8个采样点中分别有83个类群和73个类群表现出显著差异,组间差异贡献较大的均是α-变形菌纲和γ-变形菌纲。沉积物Ni含量、水体NH4+是影响丰水期和枯水期河流沉积物细菌群落分布的重要环境因子,Cu、TN、TP是影响细菌群落多样性及丰富度的主要环境因子。【结论】枯水期与丰水期各采样点基于门水平的第一优势菌门均为变形菌门,丰水期细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期,TN和TP是影响细菌群落多样性及丰富度的重要因素。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 李冰 夏体渊 王定康 余磊 任禛 靳松 何峰
从滇池沉积物中提取好氧氨氧化细菌（ａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ－ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ，ａｏｂ）的ｄｎａ，通过构建硝化作用氨单加氧酶基因（ａｍｏ ａ）文库并划分操作分类单元（ｏｔｕ）的方法，揭示好氧氨氧化细菌群落结构多样性。获得了８０个ａｍｏ ａ基因克隆，利用ｍｏｔｈｕｒ软件将相似度不小于９７％的序列归为１个ｏｔｕ，共得到２２个ｏｔｕｓ，其中ｏｔｕ１、ｏｔｕ２、ｏｔｕ３单元最大，分别包含了２７、１２、９条序列。对２２个ｏｔｕｓ的代表序列进行系统发育分析表明，其序列都属于变形杆菌的β－亚纲，分布于亚硝化螺菌属、亚硝化弧菌属、亚硝化单胞菌属、亚硝化叶菌属４个属；优势种群为ｎｉｔｒ．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张驰 薛俊增 邵于豪 沈辰 吴惠仙
通过模拟实验,比较了夏季和冬季2个季节条件下4种采样方法(采水器法、隔膜泵法、潜水泵法和管道法)和4种采样体积(1 L、10 L、100 L和1 000 L)对船舶压载水浮游植物采样效果的影响。夏季4种采样方法采集到的浮游植物密度分别为1 180.00±20、971.00±20、964.00±20和676.00±20 cells/L,冬季为152.00±20、120.00±20、80.00±20和200.00±20 cells/L。夏季4种采样体积下采集到的浮游植物密度为1 000.00±50、288.40±20、45.24±10和0.05±0.01 cells/L,冬季为168.00±20、25.20±10、3.32±1和0.05±0.01 cells/L。结果显示不论夏季还是冬季,不同的采样方法和采样体积下采集到的船舶压载水浮游植物数量差异显著,因而采样方法和采样体积影响着船舶压载水浮游植物的采样效果,亟需在国际层面推动通过系统的科学研究,建立起统一准确的船舶压载水采样方法,为压载水港口国检测提供技术支撑,保护港口和海洋生态环境。
关键词：
船舶压载水 采样方法 采样体积 浮游植物
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
屈建航 曹书娟 袁红莉
以富营养化官厅水库(北京)和天然Rupa湖(尼泊尔)沉积物为对象,使用16Sr DNA克隆文库的分子生态学方法,鉴定并比较了其中的细菌群落结构。分析表明:二者pH及各形态磷含量参数差异显著。在细菌组成上,二者的主要种群均为变形杆菌门,且均以β-变形杆菌纲为主(比例高于50%),但Rupa湖沉积物中以α-变形杆菌次多,而官厅水库沉积物以γ-变形杆菌次多,2个样品中δ-变形杆菌的含量均相对较少。其他种群组成上,官厅水库沉积物中绿弯菌纲(9.21%)含量高于Rupa湖(1%),并特有芽单胞菌纲(12.2%)、放线菌纲(1.3%)和芽孢杆菌纲(0.8%)。而Rupa湖沉积物中特有的种群为螺旋菌纲(2%...
关键词：
水资源 细菌群落 沉积物 富营养化
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
叶海新 刘亮 李金杰 薛俊增
船舶压载水作为不同海域之间浮游植物传播的重要途径,可能会引发一系列生态风险。2015年4月到2016年7月选取停靠在上海洋山港且上一压载地为中国近岸海域的6艘船舶,分析船舶压载水浮游植物。共采集到浮游植物3门22种,包括硅藻门17种、甲藻门4种、金藻门1种,优势种为硅藻。其中渤海海域压载水浮游植物2门5种,包括硅藻门4种、甲藻门1种,丰度为9.66×10~2cells/L;黄海海域3门10种,包括硅藻门7种、甲藻门2种、金藻门1种,丰度为8.955×10~2cells/L;东海海域2门4种包括硅藻门3种、金藻门1种,丰度为6.83×10~2cells/L;南海海域2门11种包括硅藻门6种、甲藻门5种,丰度为22.915×10~2cells/L。调查发现到港船舶压载水中浮游植物与其压载地的浮游植物间存在差异,压载水中浮游植物种类组成可能受压载地当地受气团、季节等因素影响。压载水中少量物种为传入其他海区的外来物种或其它海区的赤潮种。
关键词：
中国海域 船舶压载水 浮游植物
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
周亦 边佳胤 王晓媛 王琼
选取9艘停泊于洋山深水港、在太平洋公海海域进行压载水交换的到港船舶,分析其压载水中浮游植物的种类组成和丰度,共检测出浮游植物4门18属29种(包括变种或变型),其中硅藻门占主要优势地位,共计13属21种,占总种类数72.4%,包括未定种8种;甲藻门3属6种,占总种类数20.7%,其中未定种1种;绿藻门1属1种,占总种类数3.5%,其中未定种1种;蓝藻门1属1种,占总种类数3.5%。所有船舶压载水样品中均发现有赤潮藻,存在潜在外来种入侵风险。在公海海域进行压载水交换后浮游植物丰度远小于在国内沿岸海域交换压载水的丰度,显示公海换水可有效降低压载水内浮游植物的密度,但仍有适应港口环境的种类存在,未能完全消除外来藻类入侵的潜在生态风险。
[期刊] 水产学报
[作者]
李晓 李冰 董玉峰 朱健
为了研究精养团头鲂池塘冬季不投饵期间沉积物不同层次细菌群落结构的特征,实验分层次采集池塘沉积物,采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳技术)及基因测序技术,对池塘沉积物垂向空间分布的微生物群落特征及多样性的组成进行分析。结果显示:精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物微生物群落的丰富度(平均为38)和多样性指数(平均为3.18)均较高,说明精养池塘沉积物中微生物数量多、种类丰富。上层(0~10 cm)和中层(10~20 cm)沉积物的微生物群落Shannon指数(3.29、3.27)略高于下层(20~30 cm)的Shannon指数(3.17),底层沉积物样品的指数最小(2.96),说明在底层沉积...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹利方 陈泽斌 夏体渊 王定康 姚丽媛 华金珠 徐胜光 王家银
【目的】为了解滇池沉积物中反硝化细菌及产甲烷菌的种类组成。【方法】采用引物NirS1F/NirS6R和Me1/Me2分别对沉积物总DNA进行PCR扩增,得到1000 bp的反硝化细菌和760 bp的产甲烷菌特异性片段。【结果】证实了滇池沉积物中存在反硝化细菌和产甲烷菌,且推测产甲烷菌的丰度高于反硝化细菌。2个克隆文库分别获得阳性克隆子55和99个,利用Mothur软件将序列分别划分为10和5个OUT,说明尽管反硝化细菌的丰度低于产甲烷菌,但物种多样性高于产甲烷菌。运用BLASTN程序在GenBank数据库
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张波 张乐
船舶压载水公约已于2017年9月8日生效实施,规定了船舶压载水排放标准。目前,船舶需要通过安装压载水处理设备的方式满足公约的排放要求。但是,船用压载水处理设备性能的不稳定性及港口国监督检查的严苛,成为现阶段制约船舶有效履行公约的最大障碍。试从航运业的实际操作出发,结合压载水公约应急措施导则的要求,探讨使用压载水港口接收处理设施作为补充,来提升船舶履行公约能力的可行性。通过对压载水港口接收处理设施技术的必要性和可行性分析,对该技术与传统压载水处理技术进行了详细比较,并对其优势及应用前景进行了客观地探索和分析。可以预见,压载水港口接收处理设施作为一种新型的船舶压载水处理技术和港口应急技术,有着更为绿色、经济和高效的特点,在为船舶提供新的选择方案的同时,也为进一步保护海洋生态环境提供了有力的保障,体现了社会、经济及生态效益的高效统一。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
唐议 苏舒
船舶压载水携带大量生物到地理隔绝水域可能引起严重的生态问题,成为引入海洋外来入侵生物的主要途径之一。2004年IMO通过了《控制和管理船舶压载水和沉积物国际公约》,制定了压载水管理的国际规则。尽管该公约尚未达到生效条件,美国、澳大利亚等国家已经开始通过国内立法单方面实施船舶压载水管理。我国现有涉及船舶压载水管理的立法主要限于防止污染和卫生防疫,尚未有从防止生物入侵的角度的专门或具体的法律规定,未能实施相应的管理。建议:(1)尽快完善船舶压载水管理立法;(2)先行要求入境船舶压载水深海置换;(3)加强港口和近岸水域本地生物本底调查;(4)加强压载水管理技术研究;(5)建立管理部门多方协调机制;(...
关键词：
船舶压载水 生物入侵 管理
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
尹冰玉 章守宇
提取枸杞岛海藻场沉积物样品总DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,经分子克隆、测序与序列分析,构建了沉积物细菌16S rDNA文库和系统发育树,进行沉积物中细菌多样性及系统发育分析。结果表明,沉积物中细菌分属5个类群,分别为变形细菌门(Proteobacteria,48.2%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.2%)、放线菌门(Actinobacteria,14.8%)、绿屈挠菌门(Chloroflexi,3.7%)和酸杆菌门(Acidobacteria,3.7%),还有一些尚未确定其分类(7.4%)。在枸杞岛海藻场沉积物变形细菌门类群中,γ-变形菌占主导地位,约为46....
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王雷 吴惠仙 王琼 袁林 刘亮
利用高通量测序技术分析了三艘公海交换压载水、一艘近岸交换压载水的远洋船舶微生物的群落组成,共检测出27门、61纲、138目、249科、481属、836种;黄海远岸的压载水样检测到的细菌种类最多,达到564种;东海远岸的压载水样细菌种类最少,只有406种。主要优势类群为变形菌门(Proteobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),其中变形菌门(Proteobacteria)占主导地位。假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)为γ-变形菌纲中绝对优势属,分布于各海域压载水样中,同温度和营养盐有一定的正相关性,同盐度、p H有较强的负相关性;蓝细菌门(Cyanobacteria)和浮霉菌门(Planctomycetes)是南海远岸交换的压载水样中检测出的优势门类,远高于其它海域压载水样,其所对应的原绿球藻属和浮霉状菌属同环境因子溶解氧(DO)有显著的正相关性,与温度、营养盐呈负相关性;Salinimicrobium是黄海远岸压载水样品独有优势属,与p H和溶解氧呈正相关性,与营养盐呈负相关性;不同海域海洋微生物及其海洋环境对压载水微生物的多样性起决定作用,压载舱独特的环境对压载水微生物有一定的选择作用。依据IMO准则结合本文研究,在公海交换压载水对压载水微生物群落组成结构有很大的影响,且对海洋环境的保护,防止生物入侵和致病菌传播具有重要的作用。
关键词：
压载水 微生物 公海换水 生物多样性
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