[目的]表型数据缺失是影响全基因组关联分析准确性的重要原因之一，利用统计学方法对缺失表型进行有效预测，可以增大样本容量并提高数据分析的准确性。多性状联合插补分析可以利用性状之间的遗传结构，并同时对多个表型缺失值进行预测，省时高效。[方法]本研究利用均值法、KNN（k-nearest neighbor）、决策树、MICE（multiple imputation by chained equations）、PHENIX（phenotype imputation expediated）和softImpute插补方法对多表型模拟缺失数据进行预测，比较在不同表型缺失率、性状个数、样本量和性状相关性下的插补效果。进一步，对拟南芥真实数据的长日照花期、短日照花期、春化长日照花期和春化短日照花期的表型缺失值进行多性状联合插补，并通过全基因组关联分析验证插补数据的可靠性。[结果]模拟研究表明，随着表型缺失率的增大，插补的准确性不断下降；随着性状个数和性状相关性增大，插补的准确性不断上升；样本量越大插补效果越稳定。在实际数据分析中，多性状联合插补的效果与模拟试验相似，并通过全基因组关联分析和已验证基因检验了插补数据的可靠性。[结论]表型缺失率、性状个数、性状相关性对缺失数据插补效果影响较大，多性状联合插补方法PHENIX、决策树和KNN可以利用性状之间的遗传结构，因此在模拟研究和实际数据分析中更精确、有效。

[目的]本文旨在探索不同情况下多性状联合插补分析对缺失表型的预测效果。利用统计学方法对缺失表型进行有效预测，可以增大样本量并提高数据分析的准确性。[方法]利用均值法、K邻近(K-nearest neighbor, KNN)、决策树、多重插补法(multiple imputation by chained equations, MICE)、PHENIX(phenotype imputation expediated)和softImpute插补方法对多表型模拟缺失数据进行预测，比较在不同表型缺失率、性状数、样本量和性状相关性下的插补效果。对拟南芥真实数据的长日照花期、短日照花期、春化长日照花期和春化短日照花期的表型缺失值进行多性状联合插补，并通过全基因组关联分析验证插补数据的可靠性。[结果]模拟研究表明，随着表型缺失率的增大，插补的准确性不断下降；随着性状数和性状相关性增大，插补的准确性不断上升；样本量越大插补效果越稳定。在实际数据分析中，多性状联合插补的效果与模拟试验相似，并通过全基因组关联分析和已验证基因检验了插补数据的可靠性。[结论]表型缺失率、性状数、性状相关性对缺失数据插补效果影响较大，多性状联合插补方法PHENIX、决策树和KNN可以利用性状之间的遗传结构，因此在模拟研究和实际数据分析中更精确、有效。

山桐子(Idesia polycarpa Maxim.)属大风子科(Flacourtiaceae)山桐子属(Idesia Maxim.)植物,主要分布于我国长江流域、华北和西北南部的17个省区。另外,朝鲜、日本的南部也有分布[1]。山桐子树干通直,树形美观,生长迅速,适应性强,材质优良,3年生实生苗木即可挂果,是我国南方主要城市园林

砂生槐(Sophora moorcroftiana)是豆科(Leguminosae)槐属落叶矮灌木,西藏高原特有植物种(吴征镒,1985;中国植物志编辑委员会,1994)。其主要分布于雅鲁藏布江流域海拔2 800~4 500 m的山坡、河谷沙地和阶地,是该流域干旱河谷耐旱灌丛的主要建群植物,也是半固定沙地上的先锋灌丛

【目的】阐明无患子(Sapindus mukorossi Gaertn.)种实表型性状间的关系及其变异规律。【方法】从浙江省天台县8年生无患子实生林分中,选择102棵无患子单株,连续2年观测102棵单株的15个种实性状,并对观测数据进行聚类、相关性和主成分等分析。【结果】102棵无患子的15个表型性状的遗传变异系数为4.91%~65.67%;基于15个种实性状划分的6个群组间性状差异明显,可为营建不同用途的无患子林提供基本材料;果实质量、单株产量、果皮皂苷含量和种仁油脂含量是无患子4个重要的经济性状,4个性状与其他性状有着不同程度的相关关系;表征产量、种实化学成分和种实形态因子的4个主成分累积...

对半滑舌鳎、黑鳃舌鳎和短吻三线舌鳎2个自然群体(Ca1和Ca2)的21个可量性状进行了测定,利用单因素方差分析(One-Way ANOVA)和Student-Newman-Keuls多重比较法,对21个可量性状进行分析和比较。结果发现,短吻三线舌鳎2个群体之间无显著性差异性状达71.43%,半滑舌鳎与短吻三线舌鳎具有显著性差异性状达71.43%,黑鳃舌鳎与短吻三线舌鳎具有显著性差异性状达66.67%~71.43%,半滑舌鳎与黑鳃舌鳎具有显著性差异性状达57.14%。对4个舌鳎群体线粒体(mt DNA)细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)和细胞色素b(Cyt b)基因进行克隆,在Gen Bank上未发...

在鱼腥蓝细菌PCC 7120中,all3555是一个乙酰羟酸合成酶的编码基因,为研究该基因在鱼腥蓝细菌PCC 7120的生长和环境适应过程中的作用,构建了该基因的超表达和缺失突变菌株,结果显示该基因缺失后鱼腥蓝细菌PCC 7120仍可继续生长,但对NaCl胁迫的敏感性有一定程度提高,而超表达该基因则会提高鱼腥蓝细菌PCC 7120对氧化胁迫和NaCl胁迫的抗性,表明all3555对鱼腥蓝细菌PCC 7120的正常生长影响较小,但对菌株的抗氧化胁迫和抗NaCl胁迫等有重要作用。

【目的】基于表型和生理性状对美洲黑杨种质资源的多样性和群体结构进行研究,为美洲黑杨种质资源的科学管理、高效利用和有效保护提供理论依据。【方法】对6个种源群体27个采样点的258个美洲黑杨无性系的1年生植株的22个表型和生理性状进行测定,通过方差分析、多重比较、相关性分析、主成分分析和聚类分析等方法研究美洲黑杨种质资源表型和生理性状的多样性和相关性、种源群体间的差异及分化水平、群体的遗传结构,采用模糊数学隶属函数的方法对无性系的表型和生理性状进行综合评价。【结果】美洲黑杨种质资源22个表型和生理性状的变异系数在0.56%～53.48%之间,茎段和根系生物量性状的变异较大,叶绿素荧光参数(Fv/Fm)的变异最小;Shannon-Wiener指数在1.844～2.097之间;方差分析结果表明,除叶绿素荧光参数外,其他21个性状在种源群体内无性系间和种源群体间均存在极显著的差异(P <0.01),表型分化系数(Vst)在1.37%～31.40%之间。与生理性状相比,种源群体间表型性状表现出更大的遗传变异。相关性分析结果表明美洲黑杨植株的株高、地径、根系生物量、茎生物量、叶片生物量、净光合速率(Pn)、叶片形状和叶片碳、氮含量之间均存在较强的正相关关系,胞间CO2浓度(Ci)和蒸腾速率(Tr)与植株生长量相关性状指标之间表现为负相关关系。通过主成分分析提取了5个主成分因子,累计贡献率达到80.51%。构建了表型生理性状评价模型,将美洲黑杨无性系分为优、良、中和差4个等级。基于种源群体间的平方欧式距离将6个种源群体划分为3类:位于南方密西西比河中下游流域的密苏里州(Mis)、田纳西州(Ten)与路易斯安那州(Lou)种源群体的无性系为一类;分布在密西西比河上游流域的艾奥瓦州(Iow)种源群体的无性系和圣劳伦斯河流域的魁北克省(Que)种源群体的无性系为一类;位于西北方向的哥伦比亚河流域的华盛顿州(Was)种源群体无性系单独分为一类。【结论】美洲黑杨表型和生理性状具有丰富的多样性,种源群体间和种源群体内无性系间植株的表型和生理性状发生了变异,同时其表型和生理性状的特征与种源群体的分布和气候类型有一定的关联。本研究的结果为美洲黑杨种质资源的保护、管理和利用及优良种质的选育和评价提供了科学依据。

以簸箕柳F1杂交群体为材料,对132个子代的木材基本密度,木材纤维素、半纤维素及木素含量进行了测定,并对所得数据进行了统计分析。研究结果表明:木材的纤维素平均含量为53.19%,变异范围为47.91%~57.00%;木质素平均含量为14.20%,变异范围为12.28%~16.43%,半纤维素的平均含量为19.80%,变异范围为16.52%~23.76%,木材基本密度为0.392 6 g/cm3,变异范围为0.241 6 g/cm3~0.504 4 g/cm3。结果显示上述性状在杂交子代中有较大的变异幅度。对上述性状的表型值进行Anderson-Darling正态分布检验,并利用BOX-COX公...

缺失值是调查中普遍存在的问题,对缺失值进行插补是处理缺失值的较好方法。如果变量之间存在相关关系,可以通过正态线形模型利用不存在缺失值的变量对有存在缺失值的变量进行插补。较之单一插补,多重插补更能有效地估计总体方差,因此更多地被使用。文章借助Bootstrap法,让模型的参数和残差来自完全观测的Bootstrap样本的最小平法估计,可进一步准确估计总体方差。通过大量模拟试验,发现Bootstrap多重插补较之单一插补和一般多重插补能构建更宽的置信区间从而有更准确的总体参数覆盖率,这点在数据缺失比重很大时优势

缺失值是调查中普遍存在的问题,对缺失值进行插补是处理缺失值的较好方法。如果变量之间存在相关关系,可以通过正态线形模型利用不存在缺失值的变量对有存在缺失值的变量进行插补。较之单一插补,多重插补更能有效地估计总体方差,因此更多地被使用。文章借助Bootstrap法,让模型的参数和残差来自完全观测的Bootstrap样本的最小平法估计,可进一步准确估计总体方差。通过大量模拟试验,发现Bootstrap多重插补较之单一插补和一般多重插补能构建更宽的置信区间从而有更准确的总体参数覆盖率,这点在数据缺失比重很大时优势更明显。

调查祁连山青海云杉天然分布区的10个群体,每群体10个个体,以系统揭示其表型变异程度和变异规律为目的,对针叶、球果、种鳞、种翅和种子的17个表型性状进行系统的比较分析。采用方差分析、多重比较,相关分析、聚类分析等多种分析方法,对群体间和群体内的表型多样性进行讨论。方差分析结果表明:各性状在群体间都存在极显著差异;除球果干质量和球果长/球果径外,其余性状在群体内都存在着极显著的差异。表型分化系数即群体间变异为31.20%,小于群体内的变异(68.80%)。17个表型性状间多数呈极显著或显著的正相关。表型性状呈现出以经度变异为主的梯度规律性。通过表型性状的聚类分析可以将青海云杉10个群体划分为4个...

为研究罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)养殖群体表型性状间的相互关系及不同类群间的性状差异,本研究对人工养殖的罗氏沼虾雌、雄及"老头虾"3个类群共490个个体的体重、体长、全长等12个表型性状进行了相关分析、形态性状对体重影响的通径分析等。结果表明, 3个类群除上、下额刺数2个可数性状外,其他9个可量形态性状与体重都呈极显著的正相关(P<0.01);影响体重的关键形态性状在3个类群中各不相同,但体长、头胸甲长、第二步足长在3个类群中均是影响体重的关键指标;分别建立了各类群体重与关键形态性状的多元回归方程。聚类分析和主成分分析结果表明,雌、雄2个类群表型上更为相似,"老头虾"与雌性个体的差异最大。腹部轮廓特征(包括腹长、腹宽、腹高)、全长、体长及第二步足长对3个类群的差异贡献较大。雌性个体腹部发达,"老头虾"则第二步足尤为发达。本研究结果可为罗氏沼虾的选择育种、基础生物学及行业标准的制定提供数据资料。

以母本尾叶紫薇与父本紫薇‘香雪云’及杂交F1代192株为试材,对株高、地径、叶长、叶宽及叶面积5个性状在群体中的遗传变异进行了统计和分析。结果表明:150对SSR引物筛选出F1群体亲本有多态性的引物对50个;5个表型性状在群体中呈连续分布,与其正态分布曲线拟合较好,并且彼此之间具有相关性。采用单因素方差分析法进行SSR分子标记和性状的连锁分析得到:SSR3-153、SSR40-131、SSR40-137与紫薇的叶宽显著性相关,贡献率分别为25.5%、12.1%、11.6%;SSR34-158、SSR34-161与紫薇的叶长显著性相关,贡献率分别为7.8%、9.1%;SSR10-172与紫薇的株...

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)养殖群体中存在真雄鱼(ZZ)和伪雄鱼(ZW)现象,进行表型和遗传特征研究对其育种及优良苗种培育具有重要的意义。本研究以半滑舌鳎真、伪雄鱼群体及母系半同胞家系为研究对象,首先测定了性成熟半滑舌鳎的真、伪雄鱼群体的表型性状,对其性状进行了比较分析。结果显示,性成熟半滑舌鳎真、伪雄鱼的体重、全长、体长、体宽、头长、眼间距和眼径7个表型性状都存在极显著差异(P<0.01),伪雄鱼的生长速度比真雄鱼快。利用半滑舌鳎22对多态性微卫星标记,对2组半滑舌鳎真、伪雄