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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
闫志强 翟少钦 张邑帆 陈春林
为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16Sr DNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明:α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
闫志强 翟少钦 张邑帆 陈春林
为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16Sr DNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明:α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。
[期刊] 草业科学
[作者]
谭春桃 李欢 曲家鹏
肠道微生物在宿主的生理活动、免疫调节以及健康方面均有重要的作用。尽管已有报道表明高原鼠兔肠道菌群和食物、环境有关,但对于野生和室内饲养条件下,取食不同食物的高原鼠兔肠道菌群是否存在差异尚不清楚。本研究利用16S rRNA基因高通量测序技术比较夏季野生和室内饲养高原鼠兔的肠道菌群发现,与野生鼠兔相比,室内鼠兔有更高丰度的拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochetes),更低丰度的变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。野生和室内饲养的鼠兔肠道共有的操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)有50.1%是重叠的,而49.9%的OTUs是各自特有的。野生和室内饲养肠道菌群的组成和群落结构(β多样性)有显著性差异。因此,室内饲养鼠兔不能有效反映野生状态下高原鼠兔肠道菌群的情况。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陶琦 刘希望 秦哲 白莉霞 李世宏 李剑勇 杨亚军
为初步分析利福昔明（Rifaximin）在人工胃/肠液和肠道菌群及动物组织样品中的稳定性，将利福昔明分别与空白人工胃液（pH=1.3，不含酶）、空白人工肠液（pH=6.8，不含酶）、人工胃液（pH=1.3，含胃蛋白酶）、人工肠液（pH=6.8，含胰蛋白酶）、SD大鼠（雄性）肠道菌群及不同组织样品的匀浆液等共孵育不同时间后，采用高效液相色谱法（HPLC）检测剩余利福昔明百分比的变化。结果表明：1）在空白人工胃液中，随孵育时间的增加，剩余利福昔明百分比虽有下降，但仍在90%以上；在人工胃液中孵育6h，其剩余百分比为84.03%；而在空白人工肠液和人工肠液中孵育6h后，其剩余百分比则分别降至81.14%和78.12%。2）利福昔明在SD大鼠肠道菌群中孵育12h后，虽发生部分降解，但剩余百分比仍在90%以上，总体呈稳定的趋势。3）利福昔明在空白SD大鼠的胃、肝、小肠和大肠及内容物的匀浆液中分别孵育6h后，其剩余百分比分别为92.09%、75.95%、78.24%和83.90%。综上，利福昔明在酸性条件下较稳定，而在碱性条件下，胰蛋白酶、胃蛋白酶和肠壁、肝脏代谢酶等对其稳定性的影响亦较为有限。本研究将为兽用利福昔明口服制剂的开发提供数据支持。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邓元告 黄琼叶 马灌楠 王晓梅 隋丽英
在配合饲料中添加不同剂量聚β－羟基丁酸酯（Ｐｏｌｙ－β－ｈｙｄｒｏｘｙｂｕｔｙｒａｔｅ，Ｐｈｂ）（０％、３％、５％和１０％Ｐｈｂ）并饲喂不同时长（１ ｄ、６ ｄ、１５ ｄ和２１ ｄ），研究Ｐｈｂ对中华绒螯蟹（ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）幼蟹肝胰腺生化组成、酶活力和肠道菌群多样性的影响。结果表明，Ｐｈｂ对中华绒螯蟹幼蟹肝胰腺粗蛋白、粗脂肪、可溶性蛋白含量、总超氧化物歧化酶（ｔ－ｓｏｄ）和各种消化酶活力，以及肠道菌群多样性均产生一定影响，并且这种影响与饲料中Ｐｈｂ水平和饲喂时间有关。与对照组相比，投喂第１天，１０％Ｐｈｂ使ｔ－ｓｏｄ、淀粉酶和脂肪酶活力显著提高（Ｐ＜０．０５），５％和１０．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
马玉仙 蒋慧颖 曾文治 雷郑延 周欢 刘芷君 倪莉 杨江帆
将用链脲佐菌素(STZ)诱导的糖尿病模型大鼠,连续灌胃高、中、低剂量的武夷岩茶和生理盐水,30 d后,采用高通量测序技术对大鼠的肠道菌群进行分析,探讨武夷岩茶对糖尿病大鼠肠道菌群的影响.结果表明:与正常对照组相比,模型对照组大鼠肠道菌群的多样性明显增多(P<0.05),而武夷岩茶可以有效抑制这一趋势,其中以武夷岩茶高剂量组的抑制效果最为显著(P<0.05);与正常对照组相比,模型对照组大鼠肠道菌群从门到属均发生显著变化,其中,拟杆菌门的比例显著下降(P<0.05),变形菌门的比例显著上升(P<0.05).灌胃武夷岩茶后,拟杆菌门的比例上升,变形菌门的比例下降,且调节效果与武夷岩茶的剂量呈正相关.提示武夷岩茶具有改善糖尿病大鼠肠道菌群结构的作用.
关键词：
武夷岩茶 糖尿病 高通量测序 肠道菌群
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张文连 黄志坚 殷光文 李清禄
将６０头试验猪随机分为２组，每组３个重复，每个重复１０头猪；对照组和试验组分别饲喂基础日粮和添加０．２％复方陈皮粉的日粮，共计６０ ｄ；饲喂过程中定期采集新鲜粪便，采用变性梯度凝胶电泳（ｄＧＧＥ）和末端限制性内切酶片段长度多态性（Ｔ－ＲＦＬＰ）指纹图谱技术研究饲喂复方陈皮粉对猪胃肠道菌群多样性的影响．结果表明，试验期间试验组的猪基本不腹泻，对照组有部分猪经常腹泻．分别对两组粪便样品的胃肠道微生物进行１６Ｓ ＲｄＮＡ Ｖ３区扩增，再通过ｄＧＧＥ技术进行条带分离，ｄＧＧＥ图谱显示，猪胃肠道菌群物种丰富，两组样品之间存在明显的条带差异．对两组粪便样品胃肠道微生物１６Ｓ ＲｄＮＡ全长进行扩增，用ＭＳＰ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
林能锋 龚晖 许斌福 潘滢 曾红
【目的】为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及宿主遗传因素对肠道菌群的影响。【方法】本研究采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术，对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼、黄姑鱼、鮸状黄姑鱼、鮸鱼和眼斑拟石首鱼)的肠道菌群进行16S rDNA V3-V4区测序分析。【结果】各样本得到unique tags的数目为20 351～43 347，上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个OTUs(operational taxonomic units)，分类注释结果显示，这些OTUs可划归33个门273个属。5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁样品均以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌为主要优势菌群，约占总菌量的70%，在大黄鱼肠道菌群中，螺旋菌门细菌占比达26.19%，也是其主要优势菌群；在属分类水平上，Bacillus、Photobacterium、Vibrio、Chryseobacterium、Sphingomonas、Pseudomonas等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别。肠道菌群多样性的分析表明，Shannon’s 群落多样性指数：黄姑鱼>鮸状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>鮸鱼>大黄鱼；这些养殖石首鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁；对上述鱼类种间的肠道菌群差异性分析显示，大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼，而黄姑鱼、鮸状黄姑鱼和鮸鱼间的相似度较高。【结论】综上所述，5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在自身特色的核心菌群，肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似，说明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关。【意义】本研究可为开发养殖石首鱼类饲料及益生制剂的开发、病害的防控提供科学依据，并为宿主遗传因素对鱼类肠道菌群的影响研究提供相关实验证据。
关键词：
石首鱼 肠道 菌群结构 16S rDNA
[期刊] 水产学报
[作者]
潘艳艳 顾晓英 张德民 钱云霞
为了研究饥饿及恢复摄食对花鲈肠道壁及内容物微生物菌群的影响，实验运用末端限制性片段长度多态性（Ｔ－ＲＦＬＰ）技术分析了花鲈经２周饥饿，恢复喂食１周和恢复喂食２周后肠道壁及其内容物菌群特征及多样性的变化。结果显示：饥饿会导致花鲈肠道壁细菌群落发生明显变化，引起差异的主要细菌为Ｔ－ＲＦｓ ４９６、４３７、４５０、１５５ ｂＰ等所代表菌；经２周饥饿，肠壁Ｔ－ＲＦ ４９６ ｂＰ大肠杆菌（ＥｓｃｈＥＲｉｃｈｉａ）相对丰度从实验开始的４３．１１％±３．９５％（ｃ０肠壁组）下降为２１．２５％±９．９７％（ｓ２Ｒ０肠壁组），细菌多样性指数ｈ′、Ｅ′和１／Ｄ均增大；恢复喂食２周后，肠道壁菌群结构逐渐恢复，Ｔ－Ｒ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李冠楠 夏雪娟 SENDEGEYA Parfait 何石宝 郭东东 朱勇
【目的】筛选对家蚕(Bombyx mori)具有益生作用的芽孢杆菌,改善家蚕肠道微环境,促进蚕业生产的发展。【方法】采用高温选育法对家蚕肠道内的芽孢杆菌进行初筛;以产胞外消化酶(蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶和淀粉酶)及能在肠道定殖为基础,结合溶血试验、抗生素药敏试验和产消化酶能力大小等对芽孢杆菌进行复筛。通过形态、生理生化特征和16S rDNA序列分析鉴定菌种,再利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术检测其在家蚕肠道内定殖情况及其对肠道内微生物菌群多样性的影响。【结果】共从57株细菌中筛选出两株能同时产蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶和淀粉酶且不产生溶血现象的芽孢杆菌SWL-17和SWL-19。14种抗生素...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
易春燕 杜超 杨明 刘昌华 郝员敏 雷应华 刘旭
【目的】研究眼斑芫菁幼虫肠道共生菌的多样性，并鉴定其相关功能，以探寻眼斑芫菁肠道共生菌在其生长发育中的作用。【方法】分别以人工饲料、蝗卵为食物饲喂眼斑芫菁幼虫，饲养至不同龄期的眼斑芫菁为材料，按相应龄期收集试验所需幼虫，提取眼斑芫菁幼虫肠道细菌基因组DNA，通过16S rDNA全长扩增子测序，分析其肠道细菌的多样性和相对丰度，并探究其肠道共生菌发挥的潜在功能。【结果】获得最终有效序列81 759条，聚类共获得230个OTUs，注释到17个门，27个纲，41个目，71个科，109个属。变形菌门（Proteobacteria）为3个组中的最优势门，各分组样品的优势菌属不相同，劳尔氏菌属为3个组的共同优势菌属。α多样性分析发现，蝗卵饲养的眼斑芫菁二龄幼虫（L.H2）肠道菌群多样性和丰度较四龄幼虫（L.H4）高，且均高于转接入人工饲料饲养的四龄幼虫（L.S4）；α与β多样性分析结果均显示眼斑芫菁肠道内共生菌多样性各组内差异大，组间有一定差异，但不同组之间差异不显著（P＞0.05）。功能分析结果发现，L.S4在氨基酸代谢、核苷酸代谢、环境适应、免疫系统等方面明显高于L.H4和L.H2，且L.S4的氨基酸代谢比L.H4显著增强（P=0.035）。【结论】明确了眼斑芫菁幼虫肠道菌多样性和群落结构受食物影响，其肠道细菌在代谢功能上能协助宿主适应相应的食物。研究眼斑芫菁幼虫肠道细菌多样性与食物之间的关系，为研究眼斑芫菁肠道微生物变化奠定了基础。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李永洙 陈常秀 金泽林 郑中华
为分析热应激环境下育成鸡肠道菌群以及黏膜结构的变化，揭示热应激下家禽肠道中正常菌群定植与黏膜结构变化的相关性，选取健康状况相似的１０周龄日照琅琊鸡９６只，设适温对照组（（２４±１）℃，Ⅰ）和高温组（（３８±１）℃），随机分在２个人工环境气候舱中饲养，试验期为１４ｄ。采用１６ＳｒｄＮＡ ＰＣｒ－ｄＧＧＥ技术，分析热应激处理后１ｄ（Ⅱ）、７ｄ（Ⅲ）和１４ｄ（Ⅳ）时十二指肠、空肠及回肠部位内容物细菌群落多样性以及组织黏膜形态变化、肠黏膜上皮内杯状细胞数量。结果表明：热应激持续时间越长，对回肠部位菌群影响越大，Ⅲ组十二指肠与回肠部位优势细菌菌群组成分离明显；Ⅳ组十二指肠、空肠与回肠部位优势细菌菌群组成．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘秋晨 李娟 刘恩 顾艳丽 王岩 王效禹 刘艳 单春乔
[目的]研究表皮生长因子(EGF)对肉鸡肠道菌群的影响。[方法]将72只1日龄AA肉鸡随机分成对照组(CK)、K组、E组和EK组,每组3个重复,每个重复6只鸡。CK组肉鸡饲喂基础饲粮,K组肉鸡饲喂添加250mg/kg盐酸金霉素的饲料,E组肉鸡饲喂添加500 mg/kg EGF的饲料,EK组肉鸡饲喂添加500 mg/kg EGF和250mg/kg盐酸金霉素的饲料。饲喂期21 d。21日龄时采集肉鸡盲肠内容物样本,采用16S rDNA基因分析方法对肉鸡盲肠中的细菌群落进行评价,利用QIIME等测序分析软件对肉鸡盲肠中的菌群进行分类。[结果]1)菌种组成结果表明,无论是OTUs总数还是独有的OTUs数量,E组的菌种数量较CK组、K组高,而与EK组的数量接近。2)优势菌群分布结果表明,在门水平上,厚壁菌门在E组中含量最高,而K组与CK组中变形菌门水平相当;在种水平上,与CK组相比,E组肉鸡肠道中乳酸菌数量显著升高。3) Alpha多样性分析表明,E组中观察到的菌种数、菌种多样性指数和菌种丰富度指数高于CK组和K组,但无显著性差异(P>0.05)。4)功能预测结果表明,CK组肠道微生物在遗传信息处理方面的功能较丰富,EK组在有机体系统、代谢作用和细胞工程方面的功能较丰富,E组各类功能较为均衡,而K组除未分类功能外,主要以环境信息处理功能较为丰富。[结论]喂饲500 mg/kg的EGF有助于提高肉鸡肠道内菌群多样性,并能改善肠道菌群结构,提高以乳酸菌为代表的厚壁菌门菌群丰度,降低以大肠杆菌为代表的变形菌门菌群含量。
关键词：
肉鸡 表皮生长因子 肠道菌群 高通量测序
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李昊霞 张道亮 薛之霖 张天琳 冯士彬 赵畅 王希春 李玉
为分析发酵乳对肥胖小鼠肝脂代谢和肠道菌群的影响，本研究将60只C57BL/6小鼠随机分为5组：正常对照组（CON）、模型组（MD）、易善复组（YG）、低浓度发酵乳干预组（LFG）和高浓度发酵乳干预组（HFG）。肥胖模型造模成功后进行为期6周的灌胃，试验结束测量小鼠的空腹体重和身长，计算LEE’S指数，采血检测生化指标，采集肝脏组织观察病理变化；采集小鼠盲肠内容物进行肠道菌群测序。结果表明：1）与CON相比，MD小鼠体重、LEE’S指数、ALT和AST均极显著提升（P<0.01），表明肥胖模型建立成功。2）与MD相比，发酵乳干预组小鼠体重、LEE’S指数、ALT和TC均极显著下降（P<0.01），其中AST和TG显著下降（P<0.05），同时发酵乳和易善复组小鼠肝组织脂肪变性有明显好转，基本没有明显的脂肪空泡。表明发酵乳可以抑制肥胖小鼠体重的增加，改善肥胖小鼠的肝脂代谢功能。3）与MD相比干预组小鼠肠道菌群的多样性水平有一定程度的恢复，尤其是厚壁菌门和拟杆菌门。表明发酵乳对于小鼠肠道菌群多样性的恢复有一定的作用。综上，本研究阐明了发酵乳对肥胖小鼠肝脂代谢和肠道菌群的影响，为功能型发酵乳的开发提供理论依据。
关键词：
发酵乳 肥胖 肝脂代谢 肠道菌群
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张琛 王岩 郑侠飞 李云梦 任幸
利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析了网箱养殖花鲈(Lateolabrax japonicus)和日本黄姑鱼(Nibea japonica)肠道细菌组成，同时分析了配合饲料和网箱中海水的细菌组成以确定鱼类肠道细菌与环境之间的关系。花鲈投喂冰鲜鱼，日本黄姑鱼投喂配合饲料。从花鲈和日本黄姑鱼前肠、中肠、后肠、配合饲料和网箱内海水中共鉴定出886个细菌OTU (operational taxonomic unit)，分别隶属8个门、40个属，其中从花鲈和日本黄姑鱼肠道中鉴定出的550个细菌OTUs分别隶属5个门、15个属。在门的水平上，厚壁菌门(Firmicutes)在两种鱼类肠道中均占优势；在属的水平上，梭菌属(Clostridium＿sensu＿ stricto＿1) 在花鲈肠道中占优势，芽孢杆菌属(Bacillus)在日本黄姑鱼肠道中占优势。花鲈与日本黄姑鱼之间肠道细菌的相似性高于日本黄姑鱼肠道细菌与配合饲料中细菌的相似性，也高于花鲈或日本黄姑鱼肠道细菌与其养殖网箱内海水中细菌的相似性。日本黄姑鱼肠道与配合饲料中共有的细菌OTU数多于日本黄姑鱼肠道与网箱内海水中共有的细菌OTU数。综上所述：(1)花鲈和日本黄姑鱼肠道细菌群落分别独立于其养殖网箱内海水细菌群落，日本黄姑鱼肠道细菌群落独立于其配合饲料中的细菌群落；(2)日本黄姑鱼肠道细菌受配合饲料中细菌的影响大于受网箱内海水中细菌的影响。
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