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[期刊] 水产学报
[作者]
高焕 赵莲 薛蓓 朱国华 赖晓芳 陈建华 申欣 阎斌伦
为研究脊尾白虾应答饥饿的线粒体基因组表观遗传学特征,本研究在筛选适宜脊尾白虾线粒体基因组甲基化位点分析的BSP引物基础上,对不同饥饿期该虾线粒体基因组的甲基化特征进行了分析。共设计覆盖脊尾白虾线粒体全基因组序列的BSP引物51对,经验证其中10对引物可用于脊尾白虾线粒体基因组的甲基化特征分析,选用其中具有稳定扩增产物的5对引物分别对饥饿10、20和30 d的脊尾白虾线粒体基因组的甲基化特征进行了分析,结果表明,脊尾白虾耐受饥饿的平均死亡时间为19.8 d,最长耐受时间为48 d,在不同饥饿阶段线粒体基因组均可发生甲基化现象,且在第10天时甲基化比例最高,而第20和30天时甲基化比例反而降低;甲...
关键词：
脊尾白虾 线粒体基因组 甲基化 饥饿
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
秦桢 李吉涛 李明栋 王佳佳 葛倩倩 刘萍 李健
为探讨盐碱水环境对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)基因组DNA甲基化的影响，本研究利用MethylRAD-Seq技术探究了长期盐碱水养殖组(SAS)和正常海水养殖对照组(SW)脊尾白虾鳃组织中的DNA甲基化水平，并对关键通路和基因进行了差异表达分析。结果显示，脊尾白虾鳃组织基因组中CG和CWG位点(W=A或T)分别检测到2 347 003和416 176处甲基化，甲基化普遍存在于基因组的基因间区和内含子区域，共筛选到8805个(8189个CG-DMSs和616个CWG-DMSs)差异甲基化位点，盐碱水环境下DNA甲基化水平略有增强。通过KEGG富集分析发现，DMS所在差异表达基因显著富集在HIF-1信号通路和剪接体通路，通路中hif-p、hk和sf3b1等关键基因在脊尾白虾盐碱水环境适应中可能发挥着重要作用；对SW和SAS组差异甲基化基因(DMG)进行筛选，得到158个CG-DMGs和94个CWG-DMGs，其中，富集到脂质代谢和囊泡介导的转运通路中的DMG最多；此外，有一些DNA甲基化位点与基因表达呈负相关，表明DNA甲基化与基因调控之间存在复杂的联系，大部分基因组DNA甲基化对基因表达有正调控效应。本研究结果首次分析了在盐碱水环境下脊尾白虾鳃组织的DNA甲基化水平特征，为解析甲壳类盐碱水环境适应机制提供了基础信息。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
朱雷宇 朱志煌 方民杰 朱陇强 林琪
综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列，发现其线粒体基因组的长度为15 893～16 071 bp, A+T含量为64.59%～70.61%。K_a/K_s分析表明，对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中，atp8基因的K_a/K_s最高，表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力；在差异位点的分析中，发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高，是理想的分子标记，可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性；在密码子的使用中，被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时，采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树，结果显示，这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致，且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记，为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。
关键词：
对虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱雷宇 朱志煌 朱陇强 林琪
综合分析了龙虾科(Palinuridae)13个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15470～16105 bp, A+T含量为62.63%～67.11%。Ka/Ks分析表明,龙虾科中的10个龙虾属(Panulirus)物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)的Ka/Ks<
关键词：
龙虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 王海青 王敏晓 刘斌
利用长PCR扩增获得太平洋磷虾的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法测定太平洋磷虾的线粒体基因组。结果表明,太平洋磷虾线粒体基因组全长为16898bp,在最大非编码区中存在一个串联重复区域(4.7×154bp)。在15个主编码基因中,变异位点数最多的是nad5基因(319～321个),其次为nad4基因(284～285个)和cox1基因(232～233个)。因此,nad5基因和nad4基因可以作为候选的分子标记,用于分析磷虾类不同的物种和群体之间的生物多样性。对比泛甲壳动物的原始排列,太平洋磷虾和南极磷虾线粒体基因组共享3个转运RNA基因(tRNALeu(CUN)、tRNALeu(UUR)和t...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 田美 孟学平 程汉良
综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1(0.019 1~0.156 4),显示出较强的纯化(负)选择。基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支:全头亚纲和板鳃亚纲。在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为:{[(真鲨目+鼠鲨目)+须鲨目)]+虎鲨目}+角鲨目。软骨鱼线粒体基因组差异位点...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘晨阳 夏梦玉 翟卿 赵卓 李祥 杜红雨 刘晓光
【目的】了解锡金尾褐蚬蝶Abisara chela (de Nicéville， 1886)线粒体基因组特征，分析蚬蝶种间亲缘关系和蚬蝶的高级阶元分类地位。【方法】于西藏自治区野外采集蚬蝶成虫，形态鉴定后采用高通量测序获取所采集蚬蝶的线粒体基因组序列，并分析锡金尾褐蚬蝶线粒体基因组特征。分别采用贝叶斯法和最大似然法构建系统发育树。【结果】锡金尾褐蚬蝶（GenBank登录号：ON729301）线粒体基因组序列全长15 259 bp，包括37个基因：13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段控制区，也被称为A+T富含区。锡金尾褐蚬蝶线粒体全基因组中A、T、G、C含量分别为39.9%、40.6%、7.8%和11.7%，有明显的AT偏向性。13个蛋白质编码基因中，相对同义密码子使用频率最高的是UUA，其RSCU值为5.08。22个tRNA二级结构中，除trnS1缺少DHU臂外，其他21个tRNA基因均为典型的三叶草结构。锡金尾褐蚬蝶线粒体基因组特征与目前已知大多数蝶类一致。在科级分类水平上，2种系统发育分析方法得到了相似的树拓扑结构：蚬蝶和灰蝶互为姐妹群。【结论】支持5科分类法；支持将蚬蝶和灰蝶并列为灰蝶科的亚科。认可将黄带褐蚬蝶(Abisara fylla)和白带褐蚬蝶(Abisara fylloides)归入古蚬蝶族的观点，系统发育分析结果显示锡金尾褐蚬蝶仍属于褐蚬蝶族。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马朋 刘萍 李健 李吉涛 陈萍
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658bp核苷酸序列。62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53%、22.63%、27.30%、18.53%和58.83%,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似。通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析。AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P<0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
史宝 柳学周 刘永山 张言祥 高全义 徐永江 王滨 姜燕 宋雪松
通过二代测序、软件拼接获得中国黄海海域黄条鰤(Seriola aureovittata)线粒体基因组全序列。其序列全长为16609 bp,碱基组成分别为A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%);共有13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除NAD6、trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS、trnE、trnP外,其余基因均在H链上编码。黄条鰤线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为52.05%和51.085%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于NAD1基因序列正义链的中游和COX2基因序列反义链的上游。在其22个tRNA基因中,除了tRNAGly外,均具有典型的三叶草二级结构。黄条鰤线粒体基因组的蛋白编码基因起止位点与密码子除COX1、NAD5外,均与日本海域出产的黄条鰤(Seriola lalandi)完全吻合,且COX1、NAD5基因皆短于日本黄条鰤;两者间存在一定的遗传差异。基于18种隶属于13属的鲹科鱼类线粒体基因组全序列构建系统发生树,可知小甘鲹(Seriolina nigrofasciata)、黄条鰤、五条鰤(Seriola quinqueradiata)、高体鰤(Seriola dumerili)、长鳍鰤(Seriola rivoliana)同属一近支,且黄条鰤与五条鰤亲缘关系最近,与小甘鲹进化距离较远。
关键词：
黄条鰤 线粒体基因组 序列分析 系统进化
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈欣雨 朱守玟 江转转
【目的】李属植物种类庞杂，其线粒体基因组相关研究较少。利用比较基因组学对李属植物线粒体基因组进行分析，旨在为李属植物系统发育、种群鉴定等研究提供参考。【方法】基于NCBI数据库已发布的7种李属植物线粒体基因组序列，利用生物信息学的方法，对其基因组的特征、组成，基因转移，遗传变异，系统发育等方面进行分析。【结果】7种李属植物的线粒体基因组序列长度为422 215(寒樱)～535 727 bp(梅),GC含量均约为45%,编码序列数量相近。跨膜结构域分析显示，线粒体基因组部分开放阅读框可能包含信号肽。DNA从叶绿体迁移至线粒体分析显示，tRNA基因比rRNA基因更为保守。7种李属植物线粒体基因组密码子偏好性不强，但共线性较高，大多数蛋白质编码基因在进化过程中受纯化选择。线粒体全基因组和单基因系统发育分析显示，寒樱与浙闽樱桃、梅与山杏的亲缘关系更近，李与光核桃的亲缘关系也较为接近，此结果与植物学分类标准存在一致性。【结论】李属线粒体基因组是其全基因组的重要组成部分，其序列较为保守，可用于物种鉴定、系统发育等方面的研究。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙金秋 徐莞媛 马杭柯 高威 欧阳乐飞 高焕 阎斌伦
本研究根据脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)转录组序列,采用c DNA末端快速扩增技术克隆获得了脊尾白虾丝氨酸羟甲基转移酶基因(SHMT)。该基因c DNA全长为1855 bp,其中,开放阅读框为1407 bp,5?端非编码区为39 bp,3?端非编码区为409 bp,共编码468个氨基酸,预测蛋白质的分子质量为152.55 kDa,理论等电点为4.90。同源性分析显示,脊尾白虾SHMT基因与甲壳类动物真宽水蚤(Eurytemora affinis)同源性最高,为96%。荧光定量分析结果显示,SHMT基因在脊尾白虾眼柄、胃、肝胰腺、心脏、鳃、肠、肌肉、腹索神经、皮下脂肪以及卵巢中均有表达,其中,卵巢表达量最高,心脏次之。不同浓度Cd2+胁迫结果显示,其在低浓度(0.0100、0.0175和0.021 mmol/L)Cd2+胁迫中的表达模式基本一致,呈先升高后下降再升高再下降的趋势;而在高浓度(0.0278 mmol/L)Cd2+胁迫中,该基因表达量很低,甚至不表达,说明高浓度Cd2+胁迫可以抑制该基因的表达,具体机制有待进一步研究。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
白小青 王金勇 陈英 潘红梅 刘文 李军峰
【目的】探讨荣昌猪基因组DNA甲基化水平随生长发育阶段和组织类型不同而变异的规律。【方法】采用HPLC法分别检测了荣昌猪阉公猪心脏、肝脏、半膜肌3种组织在10,20,35,50,80和100 kg体质量阶段基因组DNA的甲基化水平,分别以体质量和组织类型为影响因素进行单因素方差分析。【结果】与10 kg体质量阶段的基因组DNA甲基化水平相比,3种组织基因组DNA甲基化水平均随个体体质量的增加而呈下降趋势,但不同组织下降的幅度不同:心脏基因组DNA甲基化水平在35 kg时开始明显下降(P<0...
关键词：
荣昌猪 高效液相色谱 DNA甲基化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周贝贝 文明 马庆国 裴东
以‘中宁强’核桃品种成熟叶片为材料,采用优化的MSAP反应体系,在全基因组水平对核DNA进行甲基化修饰位点分析,结果表明:选用20对引物组合,共扩增出1 060条清晰、重复性好的谱带,平均每对引物扩增出53条谱带,其中,甲基化位点241个,甲基化修饰比例为22.73%。对部分核桃DNA甲基化修饰位点进行回收测序,得到10条存在DNA甲基化修饰的DNA序列,BLASTn分析表明,核桃基因组中多种类型的DNA序列存在甲基化修饰现象。
关键词：
核桃 MSAP DNA甲基化 表观遗传学
[期刊] 林业科学
[作者]
杜会聪 王瑶 方加兴 张珍荫 张苏芳 刘福 张真 孔祥波
【目的】测定和分析马尾松毛虫线粒体基因组的特征,从线粒体基因组水平探究蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。【方法】采用Hi Seq X Ten测序仪测定马尾松毛虫线粒体的全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2. 0软件预测tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的核苷酸序列构建鳞翅目蛾类13个科50种昆虫的系统发育关系。【结果】马尾松毛虫线粒体基因组全长15 417 bp,A+T含量为79. 6%,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长度为320 bp的A+T富含区,无基因重排。13个蛋白质编码基因中,氨基酸使用较频繁的依次包括Phe、Leu、Ile、Tyr和Asn(Count>290),而Ala和Arg的使用相对较少(Count
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张丽丽 程起群
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和...
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