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[期刊] 中国农业科学
[作者]
王芳 段玉玺 陈立杰 王媛媛 朱晓峰 王东
【目的】研究胞囊线虫侵染后大豆根部早期基因表达情况,从分子水平探索大豆的抗病机制。【方法】以抗大豆胞囊线虫(Heterodera glycines)3号生理小种的小粒黑豆(Glycine max)为材料,利用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,构建大豆胞囊线虫诱导大豆根部早期表达的SSH-cDNA文库,并结合反向Northern斑点杂交筛选阳性克隆。【结果】获得280个表达序列标签(EST),经CAP3软件聚类拼接,得到166个unique EST,在GenBank进行Blastn与Blastx同源比对,有119条EST与已知...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何炎森 何玮毅 陈晓静
采用抑制消减杂交(SSH)技术,以多花水仙的栽培品种‘黄花水仙2号’黄色花瓣和‘金盏银台’白色花瓣的cDNA分别作为测试子和驱动子,建立正、反向抑制消减杂交cDNA文库.随机挑选正、反向文库各216个阳性克隆测序,对已知功能的uniESTs进行基因本体论(GO)分类分析,荧光定量PCR检测部分可能参与色素形成的uniESTs.结果表明:水仙花色差异表达正、反向消减文库经检验质量可靠,为分离花色形成相关基因奠定了基础;GO功能分类分析显示,水仙花色差异可能受到多个代谢途径的影响;经初步筛选得到11个与水仙花色形成相关的uniESTs,为进一步克隆基因全长和功能验证提供参考.
关键词：
多花水仙 花色 抑制消减杂交
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洪喜 刘军龙 李有全 杨聪山 赵帅阳 刘娟 刘爱红 谢俊仁 田占成 刘志杰 刘光远 殷宏 关贵全 罗建勋
【目的】环形泰勒虫（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ ａｎｎｕｌａＴａ）可以感染牛Ｂ淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞，并可使被感染细胞发生转化，体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库，筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞（即非转化宿主细胞）为试验材料，提取总ｒｎａ和ｍ ｒｎａ，反转录合成ｃ Ｄｎａ；然后分别作为ＴｅｓＴｅｒ和Ｄｒｉｖｅｒ，进行抑制性消减杂交（ｓｓｈ），构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库；对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息．．．
关键词：
环形泰勒虫 抑制性消减杂交 ESTs
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洪喜 刘军龙 李有全 杨聪山 赵帅阳 刘娟 刘爱红 谢俊仁 田占成 刘志杰 刘光远 殷宏 关贵全 罗建勋
【目的】环形泰勒虫(Theileria annulata)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总RNA和m RNA,反转录合成c DNA;然后分别作为tester和driver,进行抑制性消减杂交(SSH),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息...
关键词：
环形泰勒虫 抑制性消减杂交 ESTs
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘大伟 陈立杰 段玉玺
本研究利用高通量测序技术对感病品种辽豆15和抗病品种灰皮支黑豆(ZDD2315)受大豆胞囊线虫侵染后早期根系基因表达谱进行了分析,研究胞囊线虫侵染后大豆根部诱导表达的差异基因。结果表明:灰皮支黑豆受大豆胞囊线虫侵染后诱导389个差异基因上调表达,344个差异基因下调表达;辽豆15受大豆胞囊线虫侵染后诱导222个差异基因上调表达,691个差异基因下调表达。这些差异表达的基因与激素应答、转录因子、蛋白激酶、热激蛋白、防御酶系、PR蛋白等有关,推测这些基因可能在大豆与胞囊线虫的非亲和互作中起重要作用。
关键词：
大豆胞囊线虫 大豆 基因表达谱
[期刊] 中国农业科学
[作者]
向飞宇 周金林 周勇志 龚海燕 沈杰
【目的】寻找镰形扇头蜱吸血后较吸血前唾液腺差异表达基因。【方法】以抑制消减杂交法分别构建镰形扇头蜱半饱血雌蜱和吸血雄蜱唾液腺以pGEM-T-easy为载体的cDNA文库,并测序进行生物信息学分析。【结果】分别测得247个雌蜱有效EST序列和168个雄蜱有效EST序列,并预测雌蜱可能含有5′末端和3′末端的EST序列分别为25个和44个,雄蜱可能含有5′末端和3′末端EST序列分别为53个和74个。随机选择非重复的24个雌蜱序列和21个雄蜱序列以RT-PCR方法验证消减效果;在吸血后唾液腺中,雌蜱有13个基因表达上调或新表达,消减效率为54%,雄蜱有9个基因表达上调或新表达,消减效率为43%。对...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李志勇 贾丽霞 董立 王楠 白辉 全建章 刘磊 董志平
为了研究十里香抗锈分子机理及其调控机制。以谷子抗锈十里香接种12,24,48,72,96 h叶片为材料,利用抑制差减杂交技术,构建了谷锈菌诱导的SSH文库,筛选十里香接种与未接种锈菌差异表达的基因片段,通过GenBank进行同源比对,对差异表达基因进行功能注释,并利用荧光定量PCR技术对部分差异表达片段进行表达分析。随机挑取差减文库中阳性克隆测序,共获得368个EST序列,插入片段大小为200~750 bp,通过网上Gen Bank非冗余数据库比对分析,发现其中32个EST与抗病相关。对与抗病相关的EST分析,推测WRKY转录因子、MAPK信号途径、钙信号途径、谷胱甘肽-S-转移酶、细胞色素P...
关键词：
抑制消减杂交 谷锈 谷子 表达序列标签
[期刊] 林业科学研究
[作者]
冯健 齐力旺 孙晓梅 韩素英 张守攻
以落叶松扦插生根率存在显著差异的2个全同胞优良无性系茎和根为材料,应用抑制消减杂交技术构建了扦插生根过程中2个差异表达cDNA文库,酶切效率检测、连接效率检测、差减效率检测结果表明:这2个落叶松扦插生根过程差异表达cDNA文库构建成功。利用PCR扩增和点杂交试验筛选阳性克隆,将阳性克隆测序,并经生物信息学分析,最终获得521个Un iEST。
关键词：
落叶松 抑制消减杂交文库 扦插
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王晗 金贺 王旭东 张顺斌 夏诗宁 段玉玺 王惠
大豆胞囊线虫病是影响大豆生产的重要病害之一,严重影响大豆的品质及产量。木质素作为植物次生细胞壁的重要组成成分之一,在抵御线虫胁迫方面有重要作用。为确定大豆胞囊线虫侵染大豆根部后,木质素合成关键酶基因肉桂酸-4-羟基化酶基因(GmC4H)和漆酶55基因(GmLac55)、漆酶85基因(GmLac85)相对表达水平的变化,以大豆感病品种Williams82和抗病品种小粒黑豆为试验材料,在人工接种大豆胞囊线虫3号生理小种(SCN3)后,利用实时荧光定量PCR技术检测上述酶基因的表达水平。结果表明:GmC4H在小粒黑豆接种线虫后第5天表达量达到最大,约为对照组的2.24倍,而在感病品种中变化不显著;GmLac55在Williams82接种线虫后第1天的表达量同对照组相比差异最为显著,约为对照组的3.48倍,在小粒黑豆中则在第9天达到最大,约为对照组的3.39倍;GmLac85表达水平在抗感品种接种线虫后的第9天均达到最大,分别约为对照组的1.7倍和2.12倍。进一步分析基因表达的组织特异性可知,GmC4H、GmLac55和GmLac85分别在抗感品种的根、茎、叶中高表达的时间点是相同的或相近的。此外,木质素的间苯三酚染色显示,基因上调表达后木质素含量也有所增加,表明GmC4H、GmLac55和GmLac85可能通过调控木质素合成参与大豆对大豆胞囊线虫的防御反应。研究结果将为大豆胞囊线虫抗性基因的筛选提供参考。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘大伟 陈立杰 段玉玺
以高抗大豆胞囊线虫3号生理小种品种灰皮支黑豆(ZDD2315)为父本,高感大豆胞囊线虫3号生理小种品种辽豆15为母本,配制杂交组合,利用分离群体分组分析法将杂交后代分为抗池和感池。采用三氯乙酸/丙酮法提取大豆根系总蛋白质,运用双向电泳和质谱分析技术研究大豆胞囊线虫3号生理小种胁迫下不同抗性大豆杂交后代根系蛋白质组的变化。结果表明:抗池、感池分别有367,372个蛋白点在银染的2-D胶上分离,经ImageMaster 2D Platinum software对2-D胶分析后,以感池为参考胶,抗池有6个蛋白点特异表达,13个蛋白点的含量上调2倍以上,4个蛋白点的含量下调2倍以上,感池有4个蛋白点特...
关键词：
大豆 大豆胞囊线虫 双向电泳 质谱分析
[期刊] 水产学报
[作者]
肖调义 葛熹凯 许宝红 苏建明 章怀云
采用抑制性消减杂交技术构建了三角帆蚌肝脏瘟病感染期抑制性消减cDNA文库。经检验,差异表达基因均被富集了210倍左右,证明构建的cDNA消减文库具有很强的消减效率。PCR鉴定发现,在随机挑取的阳性克隆中,95%的克隆均含有0.2~1.0 kb的插入片段,这些片段可能是三角帆蚌瘟病病毒感染后差异表达基因的cDNA片段。测序共获得214个有效cDNA序列,分别属于8大类,共98个基因。其中细胞分裂基因2个、细胞结构与运动基因9个、代谢基因10个、信号传导基因7个、细胞防疫基因10个、基因与蛋白表达基因20个、未知功能蛋白基因26个,GenBank中找不到任何同源序列的基因14个。结果说明,构建的差...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
董登峰 李杨瑞 白云彩
抑制消减杂交(SSH)高灵敏、易操作、高效富集低表达丰度基因和均一化目的基因片断,广泛用于差异表达基因的分离和cDNA文库构建。在实验操作中常出现低表达mRNA和cDNA丢失、大片断连接效率低等问题,构建的文库质量差,文章通过改进萃取操作提高目的产物(mRNA和cDNA)回收率,回收率增加30%以上;通过采用PVPP、高浓度KAc专一性结合和LiCl沉淀等措施除去RNA中的多酚和多糖、进而增加可分离mRNA种类和含量,对应的Uni-EST种类增加近3倍,通过采用胶回收并分段连接保护大片断cDNA等措施使文库中转录本丰富度增加,大片段(500 bp以上)比例增大,cDNA平均长度增大,文库质量明...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
薛浩 张志宏 傅俊范 王丰 马跃
寒富苹果是沈阳农业大学育成的二倍体、抗寒大苹果品种,通过秋水仙素诱导获得寒富苹果同源四倍体在田间表现明显矮化等特性。为了探寻苹果同源四倍化后表型差异的分子机理,采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,分别建立寒富四倍体上调和下调表达cDNA文库。分别从这两个cDNA文库中各随机挑取200个阳性克隆测序,发现其中有211条序列与已知植物基因同源性大于80%,定量RT-PCR验证了部分uni ESTs的表达趋势和表达水平。初步筛选获得了与植株矮化相关的BKI1和DWF4基因,与植物光合特性相关的光系统II中的关键基因Psb Z;发...
关键词：
抑制消减杂交 苹果同源四倍体 矮化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王宇秋 李国邦 杨娟 黎良 赵志学 樊晶 王文明
【目的】近年来稻曲病日益严重，但目前对稻曲病菌（Ｕｓｔｉｌａｇｉｎｏｉｄｅａ ｖｉｒｅｎｓ）与水稻相互作用机制仍不清楚。论文旨在利用水稻感病颖花材料构建酵母双杂交文库并筛选稻曲病菌效应因子互作蛋白，为解析稻曲病菌侵染水稻机制提供理论基础。【方法】以感病水稻ＣｈＵａｎｎｏｎｇ ｈ２ｓ为试验材料，在水稻破口前５—７ ｄ左右，从水稻穗中上部接种ＰｓＢ摇培７ ｄ的稻曲病菌荧光标记菌株Ｐ４，接种１３ ｄ后取颖花进行激光共聚焦观察，收集感病颖花。提取感病颖花总ｒｎａ，使用含有ｏｌｉｇｏ（ｄｔ）的接头引物反转录Ｃｄｎａ第一链，并ＰＣｒ扩增ｄｓ Ｃｄｎａ，通过琼脂糖凝胶电泳切胶回收ｄｓ Ｃｄｎａ片段，与载体Ｐ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李星 于秀梅 李亚宁 张立荣 刘大群 杨文香 张汀
【目的】研究叶锈菌诱导小麦叶片的基因表达情况,从分子水平阐明小麦的抗病机制。【方法】以小麦抗叶锈病近等基因系TcLr41为材料,利用抑制差减杂交技术,构建叶锈菌诱导的小麦叶片cDNA文库,随机挑取文库中的阳性克隆测序,并对测序结果进行功能注释和分类。【结果】成功构建了叶锈菌诱导的小麦叶片抑制差减杂交文库,共获得3 456个阳性克隆。挑取165个阳性克隆进行测序,获得160条高质量EST。对EST序列进行聚类后,共获得107条非重复序列(Unigene),与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比对,其中70条非重复序列与已知基因同源性很高,占全部非重复序列的65.4%。已知功能的ES...
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小麦 叶锈菌 抑制差减杂交 表达序列标签
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