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[期刊] 水产学报
[作者]
张果苹 汪桂玲 郭诗照 白志毅 李家乐
采用RACE方法,克隆了背角无齿蚌抗菌肽theromacin基因的cDNA全序列。结果显示,该cDNA序列全长为870 bp,5'端非翻译区104 bp,3'端非翻译区460 bp,开放阅读框长为306 bp,共编码101个氨基酸,相对分子量为11 166.9 u。同源性分析显示,该基因编码的蛋白与三角帆蚌theromacin基因氨基酸序列的相似度最高,为73%;与贻贝中发现的抗菌肽defensins、mytilins、myticins和mytimycins等4种类型相似度较低,属于Macin家族(登录号:KJ598604)。实时荧光定量PCR分析结果显示,该基因在血液、肝脏、外套膜、鳃、斧足...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张元臣 胡梦杰 薛爽 郭文军 沈红 王景顺
利用反转录PCR(RT-PCR)和末端快速扩增(RACE)技术从三龄黏虫体内获得新型抗菌肽Diapausin基因的全长序列，利用生物信息学软件对该序列进行分析，并用原核表达体系对其进行诱导表达，为探究该基因的结构和功能提供理论参考。结果表明，成功克隆到了黏虫新型抗菌肽Diapausin基因，命名为Mysdiap(GenBank登录号：AZJ51075)。该基因全长537 bp,其中5′端和3′端非编码区分别为63,279 bp,开放阅读框全长195 bp,编码64个氨基酸残基，预测蛋白质分子质量为7.13 ku,等电点为5.59。Mysdiap的N端前24个氨基酸残基为信号肽序列。多重联配结果表明，Mysdiap氨基酸序列中具有高度保守区域ECCRAHG。成功构建了pET-Mysdiap重组表达质粒，并在大肠杆菌中用IPTG诱导其表达，表达的重组蛋白分子质量在20 ku左右，以包涵体和可溶性蛋白形式存在。综上，从黏虫中克隆获得了新型抗菌肽基因Mysdiap的全长序列，并在大肠杆菌中成功诱导其表达。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李伟 孙文秀 熊涛
根据已知鱼类抗菌肽hepcidin的同源性设计简并引物,利用同源克隆结合RACE法从黄鳝(Monopterus albus)肝脏中扩增得到了黄鳝hepcidin基因全长cDNA序列(GenBank accession number FJ436808).结果表明,黄鳝hepcidin基因cDNA全长712bp,5′端非翻译区有133bp,3′端非翻译区有306bp,包含1个273bp的开放阅读框,编码1个长90氨基酸的前体肽.同源性分析表明,黄鳝hepcidin推测的氨基酸序列与其他鱼类报道的hepcidin具有较高的同源性,并具有8个半胱氨酸这一典型特征,是hepcidin家族的1个新成员.采...
[期刊] 水产学报
[作者]
廖智 刘梅 王日昕 武梅 杨丽佳 鲁涛 徐田军 石戈
抗菌肽是贻贝免疫系统中的一个重要组成部分,也是目前海洋生物抗菌肽研究的重要内容。在贻贝抗菌肽家族中,mytilin和myticin是目前贻贝抗菌肽研究中发现成员最多,丰度最高的两个家族,在贻贝免疫系统中占有重要的地位。为了解厚壳贻贝抗菌肽mytilin和myticin的基因组成及其多样性机制,通过设计特异性引物,以厚壳贻贝血细胞cDNA文库为模板进行PCR扩增以筛选文库,共克隆到8条mytilin的同源cDNA序列和9条myticin的同源cDNA序列,并对其基因序列及推导的氨基酸序列进行了序列比对和变异位点初步分析。上述研究为将来深入研究厚壳贻贝的免疫机制及筛选具有开发价值的抗菌肽分子奠定了...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
曹磊 梁宏伟 李忠 王晓阳 丁为群 邹桂伟
【目的】克隆黄颡鱼神经肽Y基因(NPY),研究其在不同组织及在饥饿情况下脑组织中的表达情况,探讨其在黄颡鱼摄食活动中的作用。【方法】利用RT-PCR和RACE技术,克隆黄颡鱼NPY基因的cDNA序列全长,对其编码氨基酸进行生物信息学分析;利用半定量PCR和实时荧光定量PCR技术,对NPY基因在黄颡鱼成体不同组织(脑、心脏、肝脏、肾脏、脾脏、胃、肌肉、鳃、性腺)中的表达情况进行研究,并检测饥饿不同时间(0,24,48,72,96,120,144和168h)以及饥饿168h重新投饵1,3和5h后黄颡鱼脑组织中NPY表达水平的变化。【结果】黄颡鱼NPY基因cDNA序列全长772bp,开放阅读框282...
关键词：
黄颡鱼 NPY基因 饥饿 基因表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈晓武 施志仪 李倩 江山
抗菌肽是鱼类先天免疫的组成部分,发现新的抗菌肽对于动物抗病机理的研究和寻找新药物有重要意义。经过对GenBank数据库中牙鲆EST文库进行同源比对后,筛选得到一个具有完整编码框的抗菌肽cDNA序列,结果再经过RT-PCR进行验证,命名为LEAP-2,对该序列进行注释,获得序列登录号EU586111。该抗菌肽能编码102个氨基酸的多肽,前28个氨基酸组成信号肽。推测编码蛋白质分子量为11 276.9 u,理论等电点(PI)为9.33。其蛋白质序列与另外9种鱼类的同源抗菌肽序列比较发现,同源性介于38.2%～61.7%。其中57至92位氨基酸为高度保守区,是维持其空间结构的主要区域,其中包含有4个...
关键词：
牙鲆 肝抗菌肽2 序列分析 同源建模
[期刊] 华北农学报
[作者]
王辉 张秀清 胡玉红 刘敬兰 孙君社
运用SMART技术成功构建了阔褶水蛙(Hylarana latouchii)皮肤组织全长cDNA文库,用来筛选抗菌肽及其他功能性基因。经鉴定,原始文库滴度为9.7×106cfu/mL,重组率达到91%,插入片段大小在0.3~1.5 kb范围内,文库扩增后的滴度为1.9×109cfu/mL,说明所构建文库质量较高。通过该文库成功筛选出2个抗菌肽cDNA序列,此序列属于brevinin-2家族,因此命名为brevinin-2LT1和brevinin-2LT2。
关键词：
阔褶水蛙 cDNA文库 抗菌肽 文库滴度
[期刊] 水产学报
[作者]
祁晓翔 李文娟 尚朝 周子睿 尚攀 施志仪
为了发掘更多三角帆蚌具有ＥＦ－ｈａｎｄ结构域的功能基因及其蛋白质，本研究运用ＲａＣＥ－ＰＣＲ技术，克隆得到了三角帆蚌包含ＥＦ－ｈａｎｄ结构域钙结合蛋白１基因（ＥＦ－ｈａｎｄ ＣａｌＣｉｕｍ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｄｏｍａｉｎ－Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ＰＲｏｔＥｉｎ １，ＥＦＣｂ１）的Ｃ ｄｎａ全长并进行了生物信息学分析；通过ＲＥａｌ－ｔｉｍＥ Ｑ－ＰＣＲ技术，分析了ＥＦＣｂ１基因在三角帆蚌１０个组织，以及内脏团、外套膜插核后不同时间点的时空表达特点。结果表明三角帆蚌ＥＦＣｂ１基因Ｃ ｄｎａ序列全长９８１ ｂＰ，ｏＲＦ为５３１ ｂＰ，编码１７６个氨基酸残基，５＇－ｕｔＲ ２３９ ｂＰ和３＇－ｕｔＲ ２１．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
祁晓翔 李文娟 尚朝 周子睿 尚攀 施志仪
为了发掘更多三角帆蚌具有EF-hand结构域的功能基因及其蛋白质,本研究运用RACE-PCR技术,克隆得到了三角帆蚌包含EF-hand结构域钙结合蛋白1基因(EF-hand calcium-binding domain-containing protein 1,EFCB1)的c DNA全长并进行了生物信息学分析;通过real-time Q-PCR技术,分析了EFCB1基因在三角帆蚌10个组织,以及内脏团、外套膜插核后不同时间点的时空表达特点。结果表明三角帆蚌EFCB1基因c DNA序列全长981 bp,ORF为531 bp,编码176个氨基酸残基,5'-UTR 239 bp和3'-UTR 21...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王辉 郧海丽 赵军锋 王多 冉然 胡玉红
为了从生物体中寻找新颖的抗菌肽类药物分子,以阔褶水蛙(Hylarana latouchii)为研究材料,运用3′RACE技术成功从其皮肤组织中筛选出2个抗菌肽前体cDNA编码序列,经blast生物信息学分析,确定其为首次发现,推导出的这2条新颖的抗菌肽序列,命名为latouchiin-1和latouchiin-2。
关键词：
阔褶水蛙 抗菌肽 分子克隆 皮肤组织
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姜玉松 张文琪 樊汶樵 徐敬明
基于棘腹蛙（Ｐａａ ｂｏｕｌｅｎｇｅｒｉ）皮肤转录组数据库，釆用ｒＴ－ＰＣｒ方法从棘腹蛙皮肤组织中克隆到了编码ＣａＴｈｅｌｉＣｉｄｉｎ－Ｐｂ前体的核苷酸序列，其完整ｏｒＦ长度为４４１ ｂＰ，编码１４６个氨基酸残基。通过信号肽预测和结构域查找比对，发现ＣａＴｈｅｌｉＣｉｄｉｎ－Ｐｂ前体包含ｎ端２０个氨基酸残基的信号肽、１０１个氨基酸残基的中间间隔区（ＣａＴｈｅｌｉｎ结构域）和２５个氨基酸残基的成熟抗菌肽。进一步研究发现，在适度高温范围内，皮肤组织中ＣａＴｈｅｌｉＣｉｄｉｎ－Ｐｂ的表达随着生长环境温度的升高而逐渐增加，但是当环境温度超过２７℃后，其表达量急剧降低；ＣａＴｈｅｌｉＣｉｄｉｎ－Ｐｂ主要．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姜玉松 张文琪 樊汶樵 徐敬明
基于棘腹蛙(Paa boulengeri)皮肤转录组数据库,釆用RT-PCR方法从棘腹蛙皮肤组织中克隆到了编码Cathelicidin-Pb前体的核苷酸序列,其完整ORF长度为441 bp,编码146个氨基酸残基。通过信号肽预测和结构域查找比对,发现Cathelicidin-Pb前体包含N端20个氨基酸残基的信号肽、101个氨基酸残基的中间间隔区(cathelin结构域)和25个氨基酸残基的成熟抗菌肽。进一步研究发现,在适度高温范围内,皮肤组织中Cathelicidin-Pb的表达随着生长环境温度的升高而逐渐增加,但是当环境温度超过27℃后,其表达量急剧降低;Cathelicidin-Pb主要...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王涵 张珊 薛士鹏 宋国英 于瑞雪 刘庆春 王中晓 张庆远 刘丽 李冰洁 夏西超
为了探讨多溴联苯醚-47(PBDE-47)对背角无齿蚌(Anodonta woodiana)慢性毒性效应,克隆了背角无齿蚌热休克蛋白基因(AwHSP60),分析基因全长、开放阅读框、编码、氨基酸。研究发现AwHSP60具有HSP60家族的标签序列;荧光定量PCR分析表达显示,AwHSP60基因广泛分布于斧足、鳃、肝胰脏、闭壳肌、心脏、血淋巴和外套膜,PBDE-47处理后肝胰脏中AwHSP60 mRNA水平在第1-15天显著性增加了89.9%,鳃中AwHSP60 mRNA水平显著性增加了2.09倍,血淋巴中AwHSP60 mRNA水平显著性增加2.13倍。结果表明,背角无齿蚌上调AwHSP60表达有助于增强动物对PBDE-47处理的耐受能力。
[期刊] 水产学报
[作者]
田志环 焦传珍 成永旭 吴旭干
为研究Akt基因在中华绒螯蟹蜕壳前后肌肉生长过程中的功能,应用RACE技术克隆得到编码中华绒螯蟹Akt(命名为Es Akt)的全长为2 200 bp的c DNA序列,包括159 bp的5′非翻译区(5′-UTR)、496 bp的3′非翻译区(3′-UTR)和长度为1545 bp编码514个氨基酸的编码序列。蛋白质结构域分析显示Es Akt含有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族的3个特征性保守结构域。多序列比对和系统发育分析显示,Es Akt与中国明对虾、凡纳滨对虾的Akt序列一致性都为0.889,在系统发育树中节
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘姗姗 张静 陈松林
为研究HIRA基因在半滑舌鳎胚胎发育中的作用及其组织差异表达,以半滑舌鳎为研究对象,采用同源克隆策略从其精巢中分离了长度为764bp的HIRA部分cDNA序列,该片段编码254个氨基酸,具有5个WD结构域。对氨基酸进行比较发现,半滑舌鳎HIRA与比较物种的氨基酸序列具有很高的同源性,与红鳍东方鲀亲缘关系最近。实时定量PCR分析发现,HIRA mRNA在多细胞期到原肠胚期的表达量较高,表明HIRA对胚胎发育起重要作用;HIRA在不同组织中表达差异显著,其中在性腺中表达最高,推测HIRA在维持性腺的功能方面有一定作用。
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