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[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐凤华 宋琪 邢晋祎 孙炜涵
【目的】克隆肉鸡MSMO1(Methylsterol monooxygenase 1)基因序列,并分析其表达模式,为研究MSMO1基因的功能奠定基础。【方法】利用RT-PCR技术克隆肉鸡MSMO1基因,采用生物信息学方法分析其蛋白质结构,并用定量PCR技术检测MSMO1基因在组织间的表达差异。【结果】肉鸡MSMO1基因的c DNA序列长度为1404 bp,编码296个氨基酸;MSMO1蛋白145274位氨基酸序列残基存在FA-hydroxylase结构域,为亲水蛋白。进化树分析表明,肉鸡MSMO1氨基酸序
关键词:
肉鸡 MSMO1基因 克隆 表达模式
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李菲 户倩 翟怡雯 陈发棣 蒋甲福
[目的]本文旨在克隆‘神马’菊花(Chrysanthemum morifolium ‘Jinba’)CmERA1基因,并初步分析其表达模式,为探究其在调控菊花开花中的作用奠定基础。[方法]从夏菊品种‘优香’的转录组数据库中筛选得到菊花中编码法尼基转移酶β亚基基因,并命名为CmERA1。提取野生型‘神马’菊花叶片总RNA,以反转录后的cDNA为模板对该基因cDNA全长进行克隆。运用生物信息学方法对其亲缘关系及其编码蛋白的特性进行分析预测;利用实时荧光定量PCR对其在不同组织及不同光周期下的表达水平进行分析;利用酵母单杂交系统对其转录激活活性进行分析;以绿色荧光蛋白GFP作为标签确定其亚细胞定位情况。[结果] CmERA1基因open reading frame(ORF)全长1356 bp,编码451个氨基酸,分子质量为50.0kD,理论pI为5.12;系统进化分析显示其与青蒿中ERA1亲缘关系最近;蛋白质二级结构分析表明,CmERA1蛋白中α-螺旋和β转角含量较高;启动子元件分析表明,CmERA1基因启动子含有分生组织特征元件、光响应元件、ABA和SA响应元件;荧光定量PCR结果表明,CmERA1在营养生长时期的叶片中表达最高,根中表达最低;在生殖生长时期的根中表达最高,舌状花中表达最低;不同光周期的处理显示,CmERA1的表达能够响应光周期而呈节律性的变化;转录激活活性分析表明,CmERA1蛋白没有转录激活活性;亚细胞定位表明,CmERA1定位于细胞核中。[结论]本文克隆得到菊花CmERA1基因,表达模式分析表明其响应光周期变化。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李菲 户倩 翟怡雯 陈发棣 蒋甲福
[目的]本文旨在克隆菊花ERA1(ENHANCED RESPONSE TO ABA)基因,并分析其表达模式,为探究其在调控菊花开花中的作用奠定基础。[方法]从夏菊品种‘优香’的转录组数据库中筛选得到菊花中编码法尼基转移酶β亚基基因,并命名为CmERA1。提取野生型菊花‘神马’叶片总RNA,以反转录后的cDNA为模板,对该基因cDNA全长进行克隆。运用生物信息学方法对其亲缘关系及其编码蛋白的特性进行分析预测;利用酵母单杂交系统对其转录激活活性进行分析;以绿色荧光蛋白GFP作为标签确定其亚细胞定位情况;利用实时荧光定量PCR对其在不同组织及不同光周期下的表达水平进行分析。[结果]CmERA1基因开放阅读框(ORF)全长1 356 bp,编码451个氨基酸,相对分子质量为50.0×10~3,理论pI为5.12。系统进化分析显示其与青蒿中ERA1亲缘关系最近。蛋白质二级结构分析表明,CmERA1蛋白中α-螺旋含量最高。转录激活活性分析表明,CmERA1蛋白没有转录激活活性;亚细胞定位表明,CmERA1定位于细胞核中。CmERA1基因启动子分析表明,其含有分生组织表达元件、光响应元件、ABA和SA响应元件。荧光定量PCR结果表明,CmERA1在营养生长时期的叶片中表达最高,根中表达最低;在生殖生长时期的根中表达最高,舌状花中表达最低。CmERA1的表达能够响应光周期而呈节律性的变化。[结论]CmERA1基因的表达模式分析表明其响应光周期变化。
关键词:
菊花 基因克隆 CmERA1 表达模式
[期刊] 林业科学
[作者]
陈英 邵志龙 王浩然 朱燕宇 朱嵊 黄敏仁
【目的】TIR1/AFB F-box作为生长素受体参与从生长素结合到Aux/IAA蛋白降解这一信号转导过程。通过克隆杨树AFB基因家族成员,并检测其在病原菌、激素和干旱胁迫下的表达模式,以期了解AFB基因在杨树生长发育及激素信号转导中的作用机制。【方法】以美洲黑杨杂种NL-895杨为材料,通过PCR与RACE技术,克隆NL-895杨AFB基因家族成员全长c DNA,进而利用在线分析软件和数据库对各成员编码蛋白质的理化参数、保守结构域、蛋白质三级结构进行分析和预测;根据氨基酸序列多重比对结果进行系统进化分析;采用实时定量PCR技术研究4个NL-895杨AFB基因家族成员在病原菌、激素和干旱胁迫下...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙培明 吴晓东 赵永刚 刘雨田 王志亮 鲍恩东
【目的】制备高特异性的肉鸡热休克蛋白70(heat shock protein70,HSP70)单克隆抗体,研究肉鸡HSP70与热应激损伤的关系。【方法】利用RT-PCR方法扩增肉鸡HSP70mRNA,将其扩增产物克隆到PGEM-T Easy载体和原核表达载体pET-28a(+)上,进一步转化至大肠杆菌BL-21中,用IPTG诱导表达重组肉鸡HSP70。以纯化的重组肉鸡HSP70制备多克隆抗体,免疫印迹分析说明重组肉鸡HSP70具有很好的免疫原性。以纯化的重组肉鸡HSP70免疫Balb/c小鼠,通过淋巴细胞杂交瘤技术制备单克隆抗体。【结果】获得2株分泌肉鸡HSP70单克隆抗体的杂交瘤细胞株,进...
[期刊] 华北农学报
[作者]
滑璐玢 于秀敏 杨杞 王瑞刚 宝力德
为研究胚胎发育晚期蛋白(LEA)在柠条中的生物学功能,从已构建的柠条锦鸡儿干旱胁迫抑制削减杂交文库中筛选到一条LEA蛋白编码基因,并采用RT-PCR法进行克隆。所得LEA基因的开放阅读框(ORF)长1 119 bp,编码373个氨基酸的蛋白质,命名为CkLEA4-1。结合序列比对与系统进化分析结果,推断CkLEA4-1属于5族LEA蛋白。利用实时荧光定量PCR技术对CkLEA4-1在干旱、高盐等逆境胁迫条件下的表达情况进行初步研究,结果表明,CkLEA4-1受到不同程度的诱导,推测该基因可能与柠条锦鸡儿响
关键词:
柠条锦鸡儿 LEA 基因克隆 表达分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张婷 丁贵杰 文晓鹏
[目的]研究马尾松紫色酸性磷酸酶基因功能及其对低磷胁迫的应答。[方法]采用RACE法克隆马尾松紫色酸性磷酸酶(PAPs)家族成员Pm PAP1,利用软件和数据库,对基因结构功能进行多重分析预测,检测其接种外生真菌及低磷胁迫下的表达模式。[结果]表明,Pm PAP1基因C DNA全长2 520 bP,开放阅读框1 869 bP,编码622个氨基酸残基,具紫色酸性磷酸酶保守结构域特征,属于高分子量PAPs。Pm PAP1有信号肽,无跨膜区,推测定位于细胞质基质或细胞器基质中,它与莲(NElumbo NuCifERA)、无油樟(AmboREllA tRiChoPoDA)的亲缘关系最近,相似性分别达7...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王超 张全军 黄小三 赵碧英 杨雅楠 吴俊
以‘金坠’梨为试材,分别克隆了LFY同源基因PbLFY片段、TFL1同源基因PbTFL1(KF240776)和FT同源基因PbFT(KF240775)的全长序列,同时对不同组织器官和花芽发育的不同时期进行实时定量PCR分析。结果表明:PbLFY在花芽中表达量最高,在嫩叶和雄蕊中不表达,在花芽开始分化期表达量升高,并维持着较高的表达水平,在花器官原基出现时达到最大值;PbTFL1在花芽中表达水平最高,在嫩叶、成熟花和花器官中不表达,在花芽发育的早期表达量最高,并逐渐下降,花芽开始分化时表达量下降迅速;PbFT在各组织器官中都有表达,在成熟叶片中表达量最高,花芽中表达量次之,花芽发育早期表达量较低...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
渠成 王然 李峰奇 罗晨
【目的】烟粉虱(Bemisia tabaci)为世界性分布的重要农林入侵害虫,寄主植物种类众多,但对不同寄主植物存在嗜性差异,而味觉受体(gustatory receptor,GR)基因在其取食选择等行为中发挥重要作用。本研究通过克隆烟粉虱味觉受体GR1和GR2基因,明确其在烟粉虱不同发育期和成虫不同组织中的表达特性,为基因功能的深入研究提供依据。【方法】从烟粉虱MED隐种成虫头部转录组中筛选获得味觉受体基因序列,利用巢式PCR技术克隆获得两个味觉受体基因的完整开放阅读框(open reading frame,ORF)序列,两个基因分别命名为BtabGR1和BtabGR2,运用生物信息学软件对其编码氨基酸序列特征、结构域等信息进行预测,基于邻接法构建BtabGR1、BtabGR2与其他半翅目昆虫味觉受体基因的系统进化树,并利用实时荧光定量PCR方法分析两个基因在烟粉虱不同发育期(卵、1—4龄若虫和雌、雄成虫)和雌、雄成虫不同组织(头、胸、腹、足)中的表达情况。【结果】克隆获得BtabGR1和BtabGR2基因序列(GenBank登录号:OL845904和OL845905),完整开放阅读框为1 287和1 344 bp,分别编码428和447个氨基酸,预测蛋白分子量为48.54和51.50 kD,理论等电点为8.85和8.74,具有4个和6个跨膜结构域。氨基酸序列比对和系统进化分析结果显示,BtabGR1和BtabGR2与其他半翅目昆虫GR28b和GR43a-like基因亲缘关系较近。发育期表达谱分析表明,BtabGR1和BtabGR2在烟粉虱的不同发育历期均有表达,其中BtabGR1在成虫中表达量高于其他发育期,而BtabGR2在卵中的表达量最高;组织表达谱结果表明,BtabGR1和BtabGR2在烟粉虱雌、雄成虫不同组织中均有表达,且均在成虫头部高表达。【结论】BtabGR1和BtabGR2具有昆虫味觉受体基因的典型特征,二者均在烟粉虱成虫头部高表达,推测两基因在烟粉虱寄主植物适应过程中发挥重要作用,可作为烟粉虱新型防控措施的潜在靶标。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘林清 李凤娥 熊远著 邓昌彦
【目的】克隆猪核受体4A1 (Nuclear receptor subfamily 4,group A,member 1,NR4A1) DNA序列全长,并对CDS序列及其表达模式进行分析。【方法】以未成年长大母猪的卵巢为材料,采用电子克隆技术,对猪NR4A1 DNA序列进行分离和测序,并对猪NR4A1基因序列进行生物信息学分析;利用性腺激素(人绒毛膜促性腺激素(Human chorionic gonadotropin,HCG)和孕马血清促性腺激素(Pregnant mare serum gonadotropin,PMSG))处理卵巢颗粒细胞,采用RTPCR方法分析猪NR4A1基因的表达模式。【...
关键词:
猪 NR4A1 序列分析 表达模式
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨尚谕 李立芹 陈倩 卓维 刘仑 鲁黎明
为烟草过氧化物酶基因的功能及结构研究奠定理论基础,采用同源克隆的方法,从烤烟品种K326中克隆出了过氧化物酶基因Nt POD1的c DNA全长,并进行了生物信息学分析;同时,运用q RT-PCR的方法,分析了该基因的组织器官及逆境胁迫表达模式。结果显示,该基因c DNA全长981 bp,编码326个氨基酸残基,预测分子量为37.19 ku,等电点为8.89。生物信息学分析表明,该蛋白是一个亲水性蛋白,结构域中含有4个保守的二硫键和2个保守的钙结合位点,可能定位在细胞外(包括细胞壁),属于植物血红素依赖性过氧化物酶超家族的Ⅲ类分泌氧化酶,与渐窄叶烟草POD42、美花烟草POD42、马铃薯POD42等具有很高的同源性。该基因在烟草根、茎、叶、花中均有表达,其中叶中表达量最高,花中表达量最低。同时,Nt POD1的表达受高盐、干旱、低钾、ABA和H2O2诱导。结果表明,Nt POD1基因属于烟草的过氧化物酶,并可能在烟草非生物逆境胁迫响应中发挥作用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑乾明 王小柯 马玉华
【目的】检测果实甜菜红素含量,克隆HpCYP76AD1基因并分析其表达模式,分析基因表达与甜菜红素含量之间的关系,为研究红肉火龙果果实甜菜红素积累的分子机制和改良果实营养价值提供理论依据。【方法】利用比色法测量果实成熟期间甜菜红素的相对含量,基于果实转录组测序数据结合RT-PCR克隆获得HpCYP76AD1基因,分析该基因编码蛋白质的理化性质和系统进化关系,通过qRT-PCR检测HpCYP76AD1基因在果实成熟期间的表达模式。【结果】红肉火龙果果实成熟期间甜菜红素快速积累,成熟果实(授粉30 d)中的含量约是授粉20 d的150倍。HpCYP76AD1基因的开放读码框长度为1 521 bp,编码长度为 506个氨基酸的蛋白质序列。HpCYP76AD1蛋白的相对分子量为57.5 kDa,预测等电点为8.86。HpCYP76AD1氨基酸序列与梨果仙人掌OfCYP76AD8相似度最高,达89.96%。HpCYP76AD1与甜菜BvCYP76AD1、紫茉莉MjCYP76AD3和紫色苋菜花AcCYP76AD2属于CYP76AD1家族α类,HpCYP76AD1在果实甜菜红素积累的两个羟基化反应中均具有催化活性。HpCYP76AD1基因在果实成熟期间显著上调表达,与果实甜菜红素的积累模式正相关。【结论】红肉火龙果细胞色素P450家族成员HpCYP76AD1基因属于α类,可能在甜菜红素积累的两步羟基化反应中均具有催化活性;在果实成熟期间大幅上调表达,参与果实甜菜红素积累。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾荣荣 路莎莎 江媛 刘增平 俞嘉宁
【目的】克隆棉花蔗糖磷酸合成酶基因(sucrose-phosphate synthase,SPS),并分析该基因在组织和纤维发育不同阶段及不同非生物胁迫下的表达模式。【方法】采用genome-walking及over-lap PCR方法,获得了棉花中一个蔗糖磷酸合成酶基因——GhSPS1,通过半定量PCR法检测GhSPS1在不同非生物胁迫条件下的表达模式,采用实时荧光定量PCR法对GhSPS1及GhSUS3、GhINV、GhCESA4进行组织和纤维发育特异性表达分析。【结果】克隆得到的GhSPS1全长4 545 bp,包含10个内含子、11个外显子,其开放读码框为3 108 bp,编码1 03...
关键词:
蔗糖磷酸合成酶 棉花 逆境胁迫 纤维发育
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄玉萱 沈忱 鞠佳菲 杨磊 罗光华 方继朝
【背景】二化螟(Chilo suppressalis)是我国水稻上的重要害虫之一,味觉受体(gustatory receptor,GR)基因在昆虫取食、产卵等过程中发挥重要作用。【目的】基于组学数据鉴定并克隆二化螟GR基因序列,明确其在不同发育阶段和成虫不同组织中的表达特性,为后续深入研究二化螟GR基因的功能打下基础。【方法】结合二化螟转录组数据和其他昆虫的GR基因序列,通过多重序列比对,鉴定二化螟GR基因。利用RT-PCR方法克隆获得二化螟GR基因的完整开放阅读框(open reading frame,ORF)序列,运用生物信息学分析工具对二化螟GR基因编码的氨基酸序列进行分子生物学特征、结构域等分析;基于最大似然法构建二化螟GR基因蛋白序列与其他昆虫GR基因的系统进化树;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法分析GR基因在二化螟不同发育阶段(1—6龄幼虫和雌、雄成虫)和成虫不同组织(雌、雄成虫的触角、头、翅、腹、足)中的表达模式。【结果】鉴定并克隆得到5个二化螟GR基因,分别命名为CsupGR1—5,ORF长度为1 122—1 428 bp,编码氨基酸序列长度为373—475 aa,其中CsupGR2、CsupGR4、CsupGR5具有7个跨膜结构域,CsupGR1、CsupGR3具有8个跨膜结构域。系统进化分析显示,CsupGR1、CsupGR2与黑腹果蝇DmelGR63a及小菜蛾PxylGR7、PxylGR8亲缘关系较近,属于CO_2受体家族;CsupGR3与黑腹果蝇DmelGR43a及家蚕BmorGR9、BmorGR10亲缘关系较近,属于果糖/肌醇受体家族;CsupGR4、CsupGR5与黑腹果蝇DmelGR64及家蚕BmorGR5—8亲缘关系较近,属于糖受体家族。发育期表达谱分析表明,二化螟5个GR基因在不同发育时期均有表达,其中CsupGR1、CsupGR4均在雄成虫中高表达,CsupGR2在1龄幼虫和雄成虫中表达量最高,CsupGR3在成虫中高表达,CsupGR5在4龄幼虫中表达量最高;组织表达谱分析表明,5个GR基因在雌、雄成虫的各组织均有表达,其中CsupGR1、CsupGR5在成虫头部表达量高,CsupGR2—4在成虫触角部位高表达。【结论】鉴定克隆的5个二化螟GR基因均具有昆虫味觉受体基因的典型特征,且在成虫触角或头部高表达,推测这5个基因可能与二化螟识别和适应寄主植物有关。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
应益益 马敏 陆艳 刘灿 李雪刚 杨凤连
采用RT-PCR和RACE技术,克隆了麦蛾OrCo基因全长序列,并将该基因命名为ScerOrCo。序列分析结果显示,ScerOrCo全长为1 876bp,开放阅读框长1 422bp,编码473个氨基酸,序列中有7个跨膜区。ScerOrCo基因的氨基酸序列与粘虫Mythimna separate嗅觉受体的同源性高达87%。qRT-PCR检测结果表明ScerOrCo只在麦蛾触角中特异性表达,且雌雄虫间表达量无显著差异。
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