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[期刊] 水产学报
[作者]
刘士力 贾永义 刘加林 郑建波 迟美丽 程顺 蒋文枰 顾志敏 赵金良
为了更好地研究翘嘴鲌两种生长激素受体(GHR)的结构和功能,实验以翘嘴鲌转录组中获得的mRNA为基础,对其DNA序列进行了克隆。在进行生物信息学分析的同时,对其中的多态性微卫星位点在120尾同批繁殖、同塘养殖的翘嘴鲌个体中进行了分析。GHR1的cDNA序列长度为3 498 bp,开放阅读框(ORF)为1 818 bp,编码605个氨基酸;GHR2的cDNA序列长度为1 743 bp,ORF为1 743 bp,编码580个氨基酸;GHR1和GHR2氨基酸序列均由信号肽、胞外区、跨膜区、胞内区组成,相似度为37.2%。二者在结构上存在较大的差异:GHR1胞外区有7个半胱氨酸残基,而GHR2只有5个,且GHR1比GHR2多3个N-糖基化位点;在胞内区,GHR1存在10个酪氨酸残基而GHR2只有5个,这些差异表明二者可能具有不同的生物学功能。同源氨基酸序列比对发现,GHR与其他鲤科鱼类的同源基因保守性较高。翘嘴鲌2个GHR各包含9个内含子,其中GHR1内含子1和2序列在10 kb以上,本实验没有对其进行扩增。所获得的序列中共发现了6个微卫星位点:GHR1中微卫星位点(CT)_6位于第2外显子中,为信号肽编码序列的一部分,位于第8内含子中的(AC)_5经检测没有多态性;GHR2中具有4个微卫星位点,位于第1内含子中的(TG)_5及第7个内含子中的(TATC)_5(AT)_(15)(AC)_(11)(AT)_(14)(TG)_6和(TA)_(15)属于高度多态性位点(PIC>0.5),第6个内含子中的(GAAG)_5属中度多态性位点(PIC=0.463)。第7内含子中的2个微卫星位点检测到基因型数目分别为50和61,具有良好的个体识别潜力。关联分析结果表明这4个多态性微卫星位点与生长性状具有一定相关性。翘嘴鲌GHR基因的克隆以及序列中微卫星的特征分析为深入研究其生物学功能及分子标记辅助育种提供助力与参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
肖同乾 鲁翠云 李超 曹顶臣 程磊 孙效文
选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡。结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2~4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
虎永彪 张艳萍 杜岩岩 娄忠玉 焦文龙
生长激素(GH)基因能够影响动物的生长,是一个与生长性状有关的基因。以315尾甘肃金鳟(Oncorhynchus mykiss)为研究材料,分析了GH基因外显子区域多态性,并对基因型与生长性状进行了关联性分析。PCRSSCP分析结果显示B等位基因在外显子2区域第903 bp处发生G/C突变,存在3种基因型AA、AB和BB。D等位基因在外显子5区域第3 049 bp处发生T/G的突变,在3 094 bp处发生C/A的突变,其中第3 049 bp处发生的T/G的突变导致第157位氨基酸由组氨酸变为谷氨酰胺,为有义突变,共检测到3种基因型CC、CD和DD个体。最小二乘法分析表明,BB基因型的全长值和...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
顾颖 鲁翠云 张芹 李超 屈长义 王兆平 程磊 孙效文 冯建新
用３５个镜鲤微卫星ＱＴＬ标记评估了豫选黄河鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ Ｃａｒｐｉｏ ｖａｒ．ｈａｅｍａＴｏｐＴｅｒｕｓ）群体的遗传结构，并评估了不同基因型与生长性状（体重、体长、体高和体厚）的相关性，筛选了在群体中具有性状优势的基因型。３５个微卫星标记在２８８个豫选黄河鲤个体中的扩增结果显示，各标记等位基因数为３～１３，平均每个标记６．８２８ ６个；平均有效等位基因数为４．５２０ ８；平均观测杂合度为０．６０３ ０；平均期望杂合度为０．７０１ ９；平均多态信息含量为０．６６５ ６，群体整体处于高度多态水平（ｐｉＣ＞０．５）。利用ｓｐｓｓ１９．０的ＧＬｍ模型分析标记与性状的相关性，共１７个微卫星标记与．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
刘福平 白俊杰 宋红梅 叶星 李胜杰 于凌云
为了筛选到与尼罗罗非鱼生长相关的分子标记,并对这些标记进行准确性鉴定,运用65个微卫星标记对鹭业和番禺2个尼罗罗非鱼群体进行了PCR扩增,再利用SPSS软件一般线性模型(GLM)对这些微卫星位点与尼罗罗非鱼体重等主要生长性状进行了标记性状连锁关联分析。结果表明,鹭业群体中有8个微卫星标记(UNH130,UNH183,UNH911,GM558,UNH211,UNH176,UNH914和UNH974)与主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),其中有2个微卫星标记(UNH914和UNH974)与番禺群体的主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),1个微卫星标记(...
[期刊] 水产学报
[作者]
安泉泉 刘海金 王桂兴 刘永新 刘奕 司飞
利用106对牙鲆微卫星标记,对62尾双单倍体牙鲆的基因组DNA进行检测;用X射线检测仪对其骨骼进行成像,以骨骼图片测量体高和体长;用SPSS 13.0软件对双单倍体牙鲆的体质量、体长、体高进行相关分析和回归分析;用最小二乘法对微卫星标记与体质量、体长、体高作相关性分析。结果获得17个与体质量、体长、体高显著相关的标记,其中,Poli162TUF与体质量、体长、体高显著相关(P<0.05);Poli72HFSM、Poli106TUF与体质量、体高显著相关(P<0.05);Poli2023TUF、Poli1013TUF与体长、体高显著相关(P<0.05);Po-li2042TUF、Poli1980...
关键词：
牙鲆 双单倍体 生长性状 骨骼 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
唐永凯 李建林 俞菊华 陈雪峰 李红霞
通过PCR和基因组步移法,从吉富罗非鱼DNA中扩增出肌细胞生长抑制素(MSTN)基因及其5′调控区。该序列全长2413bp,含有3个外显子,2个内含子。5′调控区462bp,外显子Ⅰ379bp,外显子Ⅱ371bp,部分外显子Ⅲ145bp,内含子Ⅰ305bp,内含子Ⅱ751bp,编码区共编码298个氨基酸。5′调控区含有与肌肉特异性基因转录密切相关的转录调控元件E-box以及其他一些转录调控元件,如TATAbox,OCT1,AP1,AP4。通过随机测序法寻找SNPs(Signal nucleotide poly morphisms),获得了3个SNPs,但在群体筛选中,只有内含子Ⅱ内的1个SNP...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
康晓龙 张莉莉 王昊升 毛浩 杨润 冯登侦
【目的】本文探讨了FTO基因多态性与不同绵羊群体生长性状的相关性。【方法】采用飞行质谱技术检测了FTO基因在杜泊羊和滩寒杂交群体中的多态性及其与生长性状的相关性。【结果】FTO基因的rs160915957位点的AA基因型个体体重在杜泊和滩寒绵羊群体中分别为极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)低于GG型个体。GG型绵羊胸围最大,且GG型杜泊羊胸围显著大于滩寒羊GG型个体(P0.05);不同基因型间,滩寒群体绵羊体高大于杜泊羊,但只有AA型个体在2个群体间显著差异(P0.05)。FTO基因的rs160
[期刊] 水产学报
[作者]
孙国华 杨建敏 孙孝德 宋志乐 王卫军 刘小静
运用单标记分析法分析了10个微卫星位点与控制体重、体长数量性状的QTL的连锁关系。10对微卫星引物在8月龄具有生长性状差异的60个刺参个体基因组DNA中扩增得到50个等位基因,每个微卫星位点等位基因数3～7个,平均有效等位基因个数5.0。10个微卫星位点的多态信息含量为0.268 0～0.825 6不等,观测杂合度为0.083 3～0.666 7。采用SPSS软件对刺参的体重、体长生长性状和微卫星位点相关性进行分析,结果显示,微卫星位点AjSSR02基因型AB、AD、CD与体重和体长相关,AjSSR04标记中等位基因A对生长性状有正面影响,位点AjSSR06基因型FF个体仅平均体重与其他基因型...
[期刊] 华北农学报
[作者]
佟广香 匡友谊 张超 尹家胜
利用22个微卫星标记对随机交配的野生哲罗鱼F1176个个体的生长速度相关性状(体质量、全长、体高、体宽、头长、头宽和眼间距)进行分析,22个微卫星标记共检测到67个等位基因,各座位的等位基因2～6个,片段大小为109～452 bp,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.583 5和0.564 0,22个位点均有不同程度的偏离Hardy-Weiberg平衡。利用SPSS软件对7个性状正态分布检测发现,7个性状都显示出连续变异的特点,属典型的数量性状或者多基因遗传,符合正态分布;同时用GLM程序对22个微卫星标记与生长速度相关性状进行相关性分析,并将与性状显著相关的标记进行基因型之间的多重比较,结果...
关键词：
哲罗鱼 微卫星标记 性状 标记辅助育种
[期刊] 水产学报
[作者]
刘磊 李健 刘萍 赵法箴 高保全 杜盈 马春艳
选用35个多态性微卫星标记,对三疣梭子蟹人工选育快速生长自交家系F2代(以2008年莱州湾群体雄蟹为父本和海洲湾群体雌蟹为母本交配产生F1代,随机选取F1代后代进行交配产生F2代自交家系)的110个个体进行遗传多样性研究。结果表明:35个位点共检测出87个等位基因,各位点等位基因数为2~4个不等,平均有效等位基因数为2.2个,观测杂合度平均值为0.646 5,期望杂合度平均值0.513 0,多态信息含量平均值0.449 1。经卡方检验,多数位点显著(P<0.05)或极显著(P
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
马云 王伍 梁小娟 王璐 李芬 徐源 姚瑾
以50头信阳水牛为材料,以GenBank公布的牛PRL基因序列(NC_007324)作为参照序列,设计PCR引物,对PRL基因的第2、4、5外显子进行变异检测,并将其多态性与部分生长性状进行相关分析。结果表明:试验牛群体中,每一外显子的PCR扩增产物经SSCP分析均出现不同带型;试验牛PRL基因第2、4、5外显子各存在1处SNP(2974G>A,7581 G>A,8558 G>-)。PRL基因第2外显子BB型个体坐骨端宽显著宽于AA型个体(P<0.05)。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈志 罗卫星 刘若余 蔡惠芬 承杰 宋桃伟 张依裕
【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen-regulated growth inhibitor(RERG)基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp(C/G)、826 bp(A/G)、1 434 bp(T/C)和1 798 bp(A/T)。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平(P...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
梁春年 阎萍 刑成峰 裴杰 郭宪 包鹏甲 丁学智 褚敏 朱新书
采用PCR-SSCP技术对大通牦牛、甘南牦牛和天祝白牦牛(共277头)肌肉抑制素基因(MSTN)内含子2的部分序列进行了多态性研究,分析该基因与牦牛生长性状的相关性。结果表明,牦牛MSTN基因内含子2存在2个等位基因和3种基因型。在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛呈Hardy-Weinberg平衡状态,大通牦牛呈不平衡状态。3种基因型与牦牛部分生长性状的最小二乘法分析表明,MSTN基因内含子2对成年牦牛胸围、体质量、胸围指数、体长指数和肉用指数均显著相关(P<0.05),而不同基因型的牦牛体高、管围、体长和管围指数差异不显著。初步推断牦牛MSTN基因内含子2可作为牦牛标记辅助选择的遗传标记之一...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林长光 刘亚轩 吴悌霖 林金玉 郭长明 朱志明
采集395头核心群的种猪耳样,采用PCR-SNaPshot方法检测长白猪和大白猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的位点多态性,并分析各基因型与生长性状的相关性.结果表明,长白和大白猪中均存在3种基因型,大白猪3种基因型分布为:AA>GA>GG,长白猪3种基因型分布为:GA>AA>GG.大白和长白猪的A等位基因频率分别为0.710、0.541,G等位基因频率分别为0.290、0.459.AA基因型个体比GA和GG基因型个体生长速度快,等位基因A对猪的生长具有正效应,同时背膘厚变薄.3种基因型个体在达100 kg活体背膘厚及其估计育种值(EBV)的大小为:GG>GA>AA.因此,在种猪选...
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