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[期刊] 林业科学研究
[作者]
周祥明 张冰玉 苏晓华 王大海 黄秦军 张香华 张志毅
以美洲黑杨雄性花芽为材料,利用SMART技术构建全长cDNA文库。该库的滴度大于106pfu.mL-1,重组率达95%,平均插入片段大小为1 kb左右,说明所构建的文库达到了用于目的基因分离筛选和表达的建库要求,为将来克隆与杨树花发育相关基因及研究其它树种花发育的分子机理奠定了基础。
关键词：
美洲黑杨 雄花芽 全长cDNA文库
[期刊] 林业科学
[作者]
周祥明 张冰玉 苏晓华 王大海 黄秦军 张香华 张志毅
采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,得到相应的Contigs和Singletons分别为451和1104个,并通过与NCBI等核酸数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能和未知功能的基因1015个,无序列相似性的新基因540个。这些数据为进一步研究高等植物花发育提供了一个极有价值的资源。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王晨 王文艳 初建青 杨光 郭磊 房经贵
构建葡萄花果全长cDNA文库是开展葡萄花及果实发育的分子机理研究的重要工作基础,有助于重要相关基因的克隆、功能分析、调控及其利用。以生产上广泛栽培、性状优良且极具代表性的夏黑葡萄为试材,应用优化的CreatorSMART cDNA Construction Kit技术,构建了夏黑葡萄花和果实的全长cDNA文库。文库的滴度为1.2×106pfu/mL,库容为6.0×106pfu/mL。从文库中随机挑取30个克隆进行菌落PCR鉴定的结果显示:插入片段大小为1.0～3.0kb,重组率为99%。研究结果表明,该葡萄全长cDNA文库具备较高的质量。
关键词：
葡萄 花 果实 RNA提取 cDNA文库
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
赵桂媛 魏志刚 刘关君 张凯旋 刘桂丰 杨传平
为了研究小黑杨木材形成过程中的关键基因,以2年生小黑杨茎形成层组织为试验材料提取RNA,采用SMART(RNA转录过程中的5′末端转换机制)技术合成cDNA第一链,通过LD-PCR合成双链cDNA。利用SfiⅠ限制性酶酶切后将其连接到质粒载体pDNR-LIB上,采用电穿孔法将重组质粒转化到大肠杆菌感受态细胞DH5α中,构建全长cDNA文库。文库质量鉴定表明:原始文库滴度为2.18×106pfu/mL,扩增后的文库滴度为5.46×109pfu/mL,重组率为96%。插入片段长度在0.5～2.0kb之间,平均长度为1.12kb,表明构建的小黑杨茎形成层cDNA文库较为理想。
关键词：
小黑杨 形成层 SMART cDNA文库
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王玉荣 张雪妍 刘传亮 陈亚娟 李付广
【目的】构建二倍体亚洲棉石系亚1号全生育期均一化全长cDNA文库,建立亚洲棉功能基因组学研究基础平台,发掘亚洲棉发育、抗逆等相关基因。【方法】取石系亚1号子叶期、苗期、蕾期、花铃期不同组织器官,提取总RNA并分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录全长双链cDNA。用DSN(duplex-specificnuclease)法对全长双链cDNA进行均一化,均一化的cDNA连接到λZAPⅡ载体,包装蛋白包装后构建石系亚1号全生育期均一化全长cDNA文库。【结果】初级文库滴度4×106pfu·ml-1,库容2×106个独立克隆,重组率大于95%,插入片段平均长度大于1.5kb。随机挑取192个克隆...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
徐刚标 房学爽 叶翠层
以珙桐叶片为研究材料,用Rneasy Plant Mini Kit提取珙桐叶片组织总RNA,反转录成单链cDNA,长距离PCR方法合成双链cDNA;PCR产物经蛋白酶K消化、SfiI酶切后,采用CHROMA SPIN-400柱分级分离,回收0.5 kb以上的cDNA组分,以λTriplEx2载体连接并进行体外包装,构建了珙桐叶全长cDNA文库.结果表明:以XL1-Blue、BM25.8为受体菌测定的原始文库滴度为8.3×106pfu/mL,扩增后文库总滴度为4.16×108pfu/mL,重组率为97.3%;对随机挑取的噬菌斑进行PCR鉴定,表明插入片段大多分布在0.5~2.0 kb之间,文库质...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
迟吉娜 蔡肖 张建宏 甄军波 刘琳琳 田海燕 唐丽媛 刘存敬 崔瑞敏 张香云
【目的】构建优质陆地棉栽培品种冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，降低纤维中存在的高峰度基因的拷贝数，提高发现纤维发育相关基因随机序列和稀有基因的效率，为公共数据库提供丰富的陆地棉ＥＳＴ资源。【方法】以优质陆地棉冀２２８开花后８—４０ Ｄ纤维为材料，将纤维全长ｃＤＮＡ与ＧＡＴＥｗＡｙ供体载体ｐ ＤＯＮＲ２２２重组，构建了棉花纤维的非剪切型全长ｃＤＮＡ原始文库。利用均一化技术获得均一化全长ｃＤＮＡ文库，进而测序获得大量的ＥＳＴ序列。采用生物信息分析手段，对所测ＥＳＴ进行拼接、比对、ｃＯＧ功能注释和ＧＯ注释。【结果】构建了优质陆地棉冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，该文库初级文库库容为１．０６×．．．
关键词：
陆地棉 纤维 均一化 cDNA文库
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡铁城 曾建斌 陈顺辉 陈华 贺小彦 张冲 庄伟建
以烟草不同生长时期茎混合为材料,采用SMART(switching mechanism at5'end of RNA transcript)技术构建了茎全长cDNA文库.原始文库的库容为5.64×106个独立克隆,重组率达99%以上,插入片段集中在0.75-2.0 kb之间,平均长度约为1.2 kb.随机挑取部分克隆进行测序,并进行生物信息学分析,37.5%的序列烟草已有报道,62.5%为烟草未报道的基因,45.8%是未知功能的基因,表明所构建文库达到了用于目的基因分离筛选和新基因克隆的建库要求.
关键词：
烟草 茎 SMART技术 cDNA文库
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
鲁娜 陈晓静 申艳红 何玮毅
采用SMART技术,以多花水仙‘黄花水仙2号’盛开期花朵为材料,构建其全长cDNA文库,并对文库质量进行鉴定.结果表明,所构建初始文库的滴度为6.30×105cfu·mL-1,扩增后文库的滴度为1.58×108cfu·mL-1,重组率为84%,插入片段大小集中在500-2000 bp之间,平均长度约970 bp,符合cDNA文库的质量标准.可见,所构建的文库比较完整,能够反映黄花水仙花朵盛开期基因的表达情况.
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
王维新 史成银 黄倢
利用SMART (SwitchingMechanismat 5’endofRNATranscript)技术 ,以同源重组的方式构建了中国明对虾鳃细胞的全长cDNA文库。首先用RNA提取试剂盒从中国明对虾鳃细胞中提取总RNA ,以总RNA为模板 ,CDSⅢOligo(dT)为引物 ,反应一段时间后 ,再加入转换模板 (Switchingtemplate) ,反转录合成cDNA第 1链。在DNA聚合酶的作用下 ,通过长距离PCR ,扩增双链DNA。双链cDNA经凝胶过滤柱纯化后 ,与线性化的 pGADT7 Rec质粒载体同源重组 ,转化感受态AH10 9酵母菌株后 ,得到中国明对虾鳃细胞的全长cD...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
董海滨 管荣展
利用RNA5′端模板转换技术,以甘蓝型双低油菜华双3号幼苗为材料,构建了其全长cDNA文库。结果表明:文库的原始滴度为1.25×106pfu·mL-1,重组率为87.3%;扩增后的文库滴度为1.13×109pfu·mL-1。随机挑取12个噬菌斑,利用PCR扩增插入片段,电泳结果显示其长度在0.6～1.5kb之间。
关键词：
甘蓝型油菜 幼苗 cDNA文库
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈华 姜宝杰 张冲 蔡铁城 曾建斌 邓烨 庄伟建
以闽花6号花生为材料,利用SMART技术构建了花生果皮全长cDNA文库.从花生果皮中分离、纯化的cDNA片段连接到经SfiⅠ酶切的pDNR-LIB载体上,经电击转化获得原始文库,经过涂平板测定和酶切反应快速鉴定表明,原始文库滴度达1.3×107cfu,重组率达95.5%,插入片段大小多为750-2000 bp,平均大小在1000 bp左右.随机挑选30个单克隆进行双向测序,获得有效序列25条,序列经GenBank检索和生物信息学比较,17个获得了全长,所占比例为68%.有13条序列与其他植物已知功能氨基酸序列具有较高的相似性.说明得到了高质量的全长cDNA文库,这为筛选和克隆花生果皮特异表达基...
关键词：
果皮 花生 SMART技术 cDNA文库
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
孔祥广 赵红霞 李江红 吴刚
采用ZAP Express cDNA Gigapack Ⅲ Gold Cloning Kit试剂盒,构建了小菜蛾(Plutella xylostella)的全长cDNA文库.利用TRIzol试剂盒提取小菜蛾成虫总mRNA,通过Oligo试剂将mRNA反转录成cDNA,再以第一链cDNA产物为模板合成第二链cDNA,该cDNA产物经分级分离和体外包装,即获得小菜蛾cDNA原始文库,其滴度为1.5×106pfu.mL-1.扩增后的cDNA文库的滴度为1.4×1010pfu.mL-1.取适量扩增文库稀释并铺平板,挑取20-25个独立噬菌斑,用M13±通用引物PCR扩增后,测得文库的重组率大于95%,...
关键词：
小菜蛾 全长cDNA文库
[期刊] 林业科学研究
[作者]
黄秦军 苏晓华 张香华
以美洲黑杨×青杨F2代为作图群体,利用AFLP和SSR标记技术构建分子连锁图谱。连锁图共有19个较大的连锁群,16个二联体(Doublets),7个三联体(Triplets)和5个较小的连锁群。19个较大的连锁群上包括356个AFLP标记和12个SSR标记,总图距为3382 4cM,标记间的平均间距为9 69cM。估计基因组长度为2607～3319cM,平均为3042cM,同时采用Lander和Bishop的方法计算期望基因组覆盖度,平均值分别为96 7%和98 4%。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
甘玲 梅宏远 杨滨宇
【目的】构建荣昌猪唾液腺全长cDNA文库,并进行部分表达序列标签(ESTs)的测序及分析,为荣昌猪种质资源的保存、开发和挖掘提供重要的分子信息。【方法】以14日龄荣昌猪仔猪为材料,取其唾液腺,采用SMART法构建唾液腺全长cDNA文库,并进行ESTs测序、注释及功能分析。【结果】初级文库滴度为5.88×106PFU/mL,重组率为99.67%,大部分插入片段长度为4002 000bp。共获得144条有效ESTs序列,共计108条非重复序列,包括23个重叠群和85个单一序列,77(占71.29%)条序列为已
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