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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
于爱清 施永海 徐嘉波 刘永士
【目的】挖掘美洲鲥脑组织转录组数据中的EST-SSR,规模化开发多态性较好的EST-SSR,为美洲鲥种质资源评估提供分子标记。【方法】采集2龄美洲鲥雌雄个体(各3尾)的脑组织,提取其RNA,构建c DNA文库,进行高通量转录组测序。用MISA软件进行脑组织转录组EST-SSR挖掘和特征分析,利用SSRMMD软件规模化开发多态性EST-SSR。从获得的多态性位点中随机选取20对4核苷酸重复的EST-SSR设计引物,对24尾1龄美洲鲥进行遗传多样性评估,验证这些多态性EST-SSR的应用效果。【结果】从雌性美洲鲥脑组织转录组189 428个非冗余基因中鉴定到117 751个EST-SSR,从雄性美洲鲥脑组织转录组185 419个非冗余基因中鉴定到114 809个ESTSSR。美洲鲥雌雄个体脑组织转录组中不同类型微卫星的重复基序均具有不同的数量分布特征,其中2核苷酸重复基序数量最多,分别占EST-SSR总数的72.78%和73.60%,而单核苷酸、3核苷酸、4核苷酸、5核苷酸和6核苷酸重复的EST-SSR数量随着重复碱基数量的增加而呈逐级减少趋势;不同EST-SSR重复类型的优势重复基序亦有所不同,单核苷酸重复、2核苷酸重复和3核苷酸重复基序的优势基序分别为A/T、AC/GT和AGG/CCT。从7 671个雌雄美洲鲥脑组织转录组共有EST-SSR中成功鉴定到1 726个多态性EST-SSR,其中鉴定自单核苷酸重复、2核苷酸重复、3核苷酸重复的多态性EST-SSR分别有705,827和116个。20个4核苷酸重复的EST-SSR中,有17个位点多态性较好,其检测1龄美洲鲥的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)均值分别为0.498,0.620和0.561,表明本单位科研基地的美洲鲥养殖群体历经数年的人工养殖,仍然具有相对较高的遗传多样性。【结论】基于美洲鲥脑组织转录组数据规模化开发了多态性EST-SSR,这些位点可用于美洲鲥养殖群体的遗传多样性评估及分子标记辅助遗传育种。
[期刊] 林业科学
[作者]
文亚峰 韩文军 周宏 徐刚标
【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据(Accession:SRX151872)从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMi B软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR(multiplex-PCR)技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 b...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘峰 谢玲玲 欧阳娴 王运生 邹学校
采用SSR检索程序,从辣椒221 037条unigenes中筛选到17 319个SSR位点,设计了10 468对引物,并对其进行E-PCR多态性检测。结果表明,1 538对引物具有多态性,其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上,构成了12条辣椒EST-SSR连锁群,平均每条连锁群含45.75个EST-SSR。对匹配到番茄基因组上的EST-SSR进行GO(gene ontology)分类,结果有481条EST序列被分类,其中以初生代谢、细胞代谢、生物合成过程为主,分别占34.13%、28.35%、25.82%。在KEGG map中,91条EST序列共涉及到76条代谢途径(KEGG),约6...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘玉林 李伟 董树斌 沐先运 张志翔
【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(26bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态
[期刊] 林业科学
[作者]
张振 张含国 莫迟 张磊
【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,为红松的SSR多样性分析及变异分析提供基础。【方法】利用SSR检索程序从红松转录组41 476条Unigenes中筛选得到1 757个SSR位点,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计合成101对SSR引物,采用琼脂糖电泳初步检查和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法确定引物的多态性,并收集扩增产物,送测序验证,最终开发出16对SSR引物。合成...
关键词：
红松 转录组 EST-SSR 遗传多样性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李珊珊 曾艳飞 何彩云 张建国
[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS
关键词：
沙棘 转录组 EST-SSR 引物
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李响 杨楠 赵凯歌 陈玉星 唐锐君 陈龙清
从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王且鲁 刘奕 宋红梅 汪学杰 刘超 牟希东 胡隐昌 罗建仁
利用ＭＩＳＡ软件对双须骨舌鱼（ＯＳｔｅＯｇｌＯＳＳｕＭ ｂＩｃＩｒｒｈＯＳｕＭ）性腺转录组测序获得的１８８ ４６１条ｕｎＩｇｅｎｅ进行ＳＳｒ检测，结果在１１ ９１７个ｕｎＩｇｅｎｅ中共检测到ＳＳｒ位点１２ ５７８个，其中包含２个及以上ＳＳｒ位点的ｕｎＩｇｅｎｅ有６３３个。ＳＳｒ的发生频率为６．３２％，平均分布距离为９ ９４９ ｂｐ。在筛选到的ＳＳｒ位点中，优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸，其中二核苷酸重复基序数量最多，占总数的５０．５２％。重复基元类型共２１６种，其中数量最多的类型为二核苷酸重复Ａｃ／ｇｔ，占总数的２０．６６％。从所有筛选出的ＳＳｒ位点中随机选取５０个位点并运用ｐｒＩ．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李 响 杨 楠 赵凯歌 陈玉星 唐锐君 陈龙清
[期刊] 草业科学
[作者]
王英芳 张业猛 刘德梅 沈迎芳 王海庆
青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai)广泛分布于青藏高原及其毗邻地区,对高海拔极端环境具有极强的适应性。本研究利用高通量转录组测序数据,对青藏扁蓿豆的EST-SSR标记进行了开发。结果发现,随机选取的477对引物中,350对可在青藏扁蓿豆中有效扩增,其中346对引物在扁蓿豆(M. ruthenica)中可实现跨物种扩增。利用其中64对独立遗传且符合哈迪–温伯格平衡的标记引物对青藏扁蓿豆和扁蓿豆野生群体的遗传多样性和群体遗传结构分析发现,两个物种存在明显的种间和种内的遗传分化,且提示种内群体间的遗传分化与地理隔离或环境选择有关。本研究所开发的EST-SSR标记为今后进一步评价青藏扁蓿豆和扁蓿豆的遗传多样性以及解释其适应极端环境的遗传机制提供了重要的研究工具。
[期刊] 农业现代化研究
[作者]
王遵宝 努尔力·阿不力孜 赵宗胜 曾献存 张文祥
从国际公共生物数据库检索获得绵羊皮肤组织EST中筛选SSR,搜索到含有SSR的196条EST,共209个SSR位点,占整个绵羊皮肤组织EST数据库的6.3%,其中双碱基重复最多,占总SSR的71.8%,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,占双碱基微卫星序列总数的67%。根据筛选到的SSR设计并合成引物22对,其中18对在中国美利奴羊上有目的扩增条带。选用重复性好、多态性高的5对引物在中国美利奴羊、多浪羊和罗姆尼羊三个群体内进行PCR扩增,共检测到25个等位基因,位点多态信息含量变化范围为0.5030～0.7583,多态信息丰富;三个群体内等位基因类型、频率分布差异较大,发现了半细毛和细毛羊群体...
关键词：
绵羊 毛用性状 EST SSR
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蒋小刚 周武先 王华 由金文 张美德
【目的】探究川党参转录组SSR位点信息和分布特征。【方法】对川党参叶片进行转录组测序，通过MISA软件鉴定川党参转录组序列SSR位点，并对含有SSR位点的Unigenes进行功能注释。采用Primer 3.0设计EST-SSR引物，基于不同产地的川党参种质DNA模板，验证EST-SSR引物的扩增稳定性。【结果】从川党参转录组序列中共鉴定124 179个Unigene,其中26 084个Unigene序列包含35 827个SSR位点，SSR发生频率为21.01%。这些SSR位点共有165种SSR重复基元类型，从重复基元分布比例来看，单核苷酸重复基元A/T占SSR位点总数比例最高，为37.59%;从核苷酸重复基元平均距离来看，五核苷酸平均距离最大，为1288.54 kb;从基元重复次数比例来看，重复10次的最多，有7722个，占SSR总数的21.55%。川党参转录组SSR序列长度集中在12～19 bp,共19 628个，频率为54.79%, SSR长度在20 bp以上的潜在多态性位点有6933个，占总数的19.35%。筛选出27对扩增稳定的SSR引物，对川党参基因组DNA进行扩增，扩增片段大小范围为124～393 bp。基于不同产地川党参种质资源的基因组DNA模板，筛选了部分多态性标记，扩增条带清晰，多态性较好。此外对26 084个含有SSR序列的Unigenes进行Go和KEGG注释，这些Unigenes极显著富集于转录调控、DNA结合、催化、信号转导等生物过程。【结论】川党参转录组SSR序列具有较高的潜能多态性，挖掘的潜能SSR标记将为川党参遗传多样性分析、种质鉴定、辅助育种等提供研究基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 宋丛文 张亚东 杨彦伶 黄敏仁
利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%。在发现的1918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%。设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证。结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离。另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王金彦 潘丽娟 杨庆利 禹山林
利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaeaL.)所构建的Unigene文库中的4074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11260条。通过软件分析发现两个EST库中共包含有1323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复。这些EST-SSR平均长度为18.88 bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点。其中AG/TC、CTT/GAA重复出现的频率最大,分别占到...
关键词：
花生 EST SSR 频率 特点
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词：
荔枝 EST SSR
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