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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
董菁 李晓维 张晓晨 冯纪年
【目的】对美洲棘蓟马体内共生菌Wolbachia进行分子生物学鉴定,确定该蓟马体内Wolbachia的进化位置,为进一步探讨Wolbachia对其生殖作用的调控机制提供理论依据。【方法】以wsp基因为目的基因,对美洲棘蓟马体内的共生菌Wolbachia进行特异性扩增和测序,使用Clustal X 1.83软件对所得DNA序列进行比对;在MEGA 4.0软件中采用邻接法对Wolbachia的系统发育关系进行分析。【结果】利用wsp基因的特异性引物从美洲棘蓟马体内扩增出了632bp的Wolbachia的wsp基因片段(GenBank登录号为JN315668),580bp的Wolbachia A群的...
[期刊] 林业科学
[作者]
孙菲 杨春红 李波 郑金柱 周成刚 谢丽霞 尹淑艳
【目的】针叶小爪螨的山东板栗种群(TSBL)和浙江杉木种群(ZJSM)间存在生殖不亲和,而内共生菌Wolbachia和Cardinium能引起宿主的胞质不亲和等生殖异常现象,明确Wolbachia和Cardinium在针叶小爪螨中的分布情况,为下一步研究其在该螨种群分化中的可能作用及其对该螨的生殖调控作用奠定基础。【方法】提取单头雌成螨的总DNA,使用特异性引物通过PCR扩增Wolbachia的wsp基因和Cardinium的16S rRNA基因的部分片段,将电泳检测为阳性的PCR产物纯化、测序,以确定所
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吴玉新 张春玲 洪晓月
根据已知蚜虫的Buchnera trpB基因序列,设计了1对通用引物,通过PCR扩增法从桃蚜(Myzus persicae(Su lz-er))和豆蚜(Aphis craccivoraKoch)体内扩增出了其内共生菌Buchnera的trpB基因,序列长度约388 bp。通过对桃蚜和豆蚜体内的Buchnera trpB基因序列进行系统发育分析,结果发现桃蚜的Buchnera trpB基因序列与已知的麦双尾蚜(D i-uraphis noxia(Kurd j))的Buchnera trpB基因序列相近,而豆蚜的Buchnera trpB基因序列则与已知的豌豆蚜(Acryrthosi-phon p...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨璞 陈晓鸣 李萌 文灿
采用Wolbachia的通用引物对白蜡虫优势寄生蜂之一,白蜡虫阔柄跳小蜂(Metaphycus ericeriXu et Jiang)体内Wolbachia的wsp基因进行PCR扩增,以此为模板结合Wolbachia的A大组和B大组的特异性引物进行巢式PCR扩增,结果表明:白蜡虫阔柄跳小蜂被A大组和B大组Wolbachia复合感染,将两种寄生蜂感染的A大组和B大组Wolbachia基因片段以及采用通用引物获得的基因片段分别命名为wMeeriA、wMeeriB和wMeeri,对应的片段长度分别为554、439、599 bp。系统发育分析表明:白蜡虫阔柄跳小蜂感染的Wolbachia分属于A大组以...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨璞 朱家颖 谢正华 李萌 陈晓鸣 陈晓庆
采用Wolbachia的通用引物、A大组和B大组的特异性引物对一种新的白蜡虫寄生蜂——长尾啮小蜂(Apros-tocetus sp.)体内Wolbachia的wsp基因进行分子检测,所获得的基因片段分别命名为wApr、wAprA和wAprB,长度分别为620、566和463 bp;基因序列分析表明:wAprA、wAprB与wApr在对应位置序列仅有4个碱基的差异。系统发育分析表明:该寄生蜂仅感染了B大组Dig亚组的Wolbachia。wApr和wAprB基因序列已经递交到NCBI,登录号分别是HQ121415和HQ121417。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
罗晨 胡祖庆 于永昂 杨杰 张改生 赵惠燕
【目的】次级共生菌Serratic symbiotica(PASS)、Hamiltonella defensa(PABS)、Regiella insecticola(PAUS)广泛存在于蚜虫体内。研究其在我国麦长管蚜(Sitobion avenae(Fabricius))体内的感染情况及遗传多样性,为进一步研究感染次级共生菌对麦长管蚜的生态学和生物学影响奠定基础。【方法】利用16SrDNA特异引物,对陕西杨凌、安徽滁州、陕西五丁关、河南郑州、山西太谷和新疆石河子6个地理种群麦长管蚜体内PASS、PABS和PAUS共生菌进行了Long-PCR检测、测序和系统发育分析。【结果】(1)所有6个地理种...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵爽 张宁 陈发棣 沈其荣
夏季草坪斑枯病是由子囊菌纲巨座壳科真菌Magnaporthe poae在夏季高温高湿环境下引起的一种草坪病害。对来源不同的24个Magnaporthe及其近缘种属Gaeumannomyces菌株的ITS1-5.8S-ITS2测序序列进行比较及系统发育分析。结果表明:M.poae及其近缘种属真菌可分为A和B 2个群:A群由M.oryzae和Pyricularia oryzae菌种组成并形成2个分支,二者亲缘关系较近,且具有侵染寄主植物根部和地上部分的能力。B群由M.salvinii、M.poae、M.rhizophila、G.incrustans和G.graminis种内的2个变种(G.gram...
[期刊] 林业科学
[作者]
朱道弘 贺一原 赵吕权 黄向东 阳艳萍
Alpha proteobacteria of the genus Wolbachia are a widespread group of maternally inherited endosymbionts of arthropod and nematode hosts. Wolbachia infection induces a range of host phenotypes, including cytoplasmic incompatibility, male killing, feminization and thelytoky induction. Heterogony (cyc...
[期刊] 林业科学
[作者]
尹立伟 池玉杰
首先对猴头菌菌株CB1进行培养特性观察,表明菌株能产生较多的厚垣孢子;对其ITS序列进行扩增(GenBank登录号为GU584100),并与猴头菌属5个种的17个不同地域菌株进行基于ITS序列的系统发育分析,结果表明菌株CB1与猴头菌同种其他菌株遗传距离较近并聚类在一起。明确该菌株的分类地位后,对其进行木质素降解酶系统的检测,结果表明猴头菌可产生锰过氧化物酶(MnP)和漆酶(laccase),但不产生木质素过氧化物酶(LiP)。MnP和漆酶的酶活性变化是有规律的,Mn2+是猴头菌产生MnP的必要因子,而漆酶的产生则不受该条件的制约。在含Mn2+的LNAS培养基中加入木屑为底物的条件下,猴头菌M...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
严丹侃 汤云霞 贺子义 孙雷 王鸣华 薛晓峰 范加勤
以西花蓟马和烟蓟马的线粒体DNA的COI基因设计特异性引物,建立了西花蓟马PCR快速检测方法,该方法可以检测1/120单头成虫,对各种虫态均可进行特异性检测。对南京54种植物花器中蓟马种类进行了调查,通过形态特征和线粒体DNA的COI基因分子检测,均证明西花蓟马已在其中25种植物上发生,西花蓟马种群数量达蓟马总量20%的有11种植物,超过30%的有5种。
关键词：
西花蓟马 南京 扫描电镜 PCR 鉴定
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
徐晓丽 邵蓬 李灏 任涵玮 张勤
为探明养殖豹纹鳃棘鲈体表溃疡症的病因,从患病豹纹鳃棘鲈血液及内脏、体表溃疡处分离到2株优势菌,其中编号为1031的菌株经人工感染证实能够引起被感染鱼的死亡,为引起该豹纹鳃棘鲈溃疡病的病原菌。采用形态学、生理生化特性鉴定,结果表明菌株1031与弧菌属的基本特征相符,分别基于16SrDNA序列及热激蛋白60基因(hsp60)序列构建的系统发育树将菌株1031与哈维氏弧菌聚为一支,置信度均为97%,以1031为模板特异性扩增哈维氏弧菌toxR基因,也得到了预期382bp的核酸片段。综合以上结果,最终确定此次豹纹鳃棘鲈体表溃疡症的病原为哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)。药敏结果显示,该菌株仅...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李永 田国忠 朴春根 郭民伟 林乐民
实验应用PCR扩增i、PhyClassifer分析、序列同源性及系统发育分析等方法对海南省灰叶丛枝病病害进行了分子检测及其病原的鉴定、系统进化研究。iPhyClassifer结果显示:灰叶丛枝病植原体为花生丛枝组(16SrⅡ组)16SrⅡ-A成员。序列同源性分析结果表明:灰叶丛枝病植原体与16SrⅡ、16SrⅡ-A成员同源性最高,如与花生丛枝病植原体16S rDNA的序列同源性为99.9%r,p基因为99.9%。基于16S rRNA和rp两基因构建的系统发育树显示:灰叶丛枝病植原体与花生丛枝病植原体、甘薯丛枝病植原体起源相同,且关系相当接近。根据以上结果,灰叶丛枝病植原体归为花生丛枝组(16S...
关键词：
灰叶丛枝病 植原体 分子鉴定 系统发育
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡晓 刁保卫 李杰 王卉 梁未丽
[目的]本文旨在研究河弧菌在30和37℃条件下群体感应信号分子CAI-1、AI-2和N-酰基高丝氨酸内酯(AHL)的动态变化水平以及群体感应系统相关基因在不同来源河弧菌菌株中的分布及信号分子产生情况。[方法]制备待测菌株的无菌培养上清液,分别用群体感应信号分子CAI-1、AI-2和AHL特异性检测菌株MM920、BB170和KYC55上清液中相应的信号分子。PCR检测不同来源河弧菌中群体感应系统组成的相关基因。通过测定偶氮酪蛋白的方法检测HapA蛋白酶活性。[结果]在30和37℃的培养条件下,河弧菌参考菌株VF85003菌液上清液中CAI-1、AI-2和AHL信号分子水平均随菌体密度的增加而升高。相同菌体密度时,37℃培养上清液中的CAI-1和AI-2水平高于30℃培养的,但AHL水平均低于30℃培养的。对70株不同来源的河弧菌菌株进行PCR检测,发现其中45株河弧菌含有全部群体感应系统组成的相关基因;45株菌株上清液中大多数的CAI-1、AI-2和AHL信号分子水平分布在100～1 000的范围内,但并非所有菌株都具有这3种信号分子。45株河弧菌中有48.89%的菌株HapA蛋白酶活性检测为阳性,51.11%的菌株检测结果为阴性。[结论]VF85003培养上清液中CAI-1、AI-2和AHL信号分子水平呈密度依赖性升高,AHL信号分子的表达水平在温暖的环境(30℃)温度下较宿主温度(37℃)下更高,而CAI-1、AI-2信号分子则相反,在宿主温度(37℃)条件表达更高,提示其在河弧菌致病性和环境适应性生存方面的不同作用。群体感应系统组成基因的分布、3种信号分子表达水平和毒力因子金属蛋白酶HapA活性存在菌株间差异。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
赵文植 杨琳懿 曹正英 辛静 马路遥 王飞 李卫英 辛培尧
【目的】根据基因组浅层测序结果，解析无毛青藤叶绿体基因组的结构、大小、基因组成、密码子偏好性、简单重复序列（SSR）位点及系统发育关系。【方法】以无毛青藤为材料，对其叶绿体基因组进行测序，组装后获得其叶绿体DNA全长序列并进行基因组特征、密码子偏好性、SSR位点及系统发育分析。【结果】无毛青藤叶绿体基因组全长为156 513 bp。其中，GC含量为39.1%。其结构包括大单拷贝区（LSC,85 225 bp）、小单拷贝区（SSC,18 779 bp）以及反向重复序列（IRs,26 254 bp）。4个区段中，IR区的GC含量最高（43.3%）,LSC区的GC含量为37.7%,SSC区最低。共注释得到131个基因，其中，84个位于LSC区，SSC区13个，两个IR区各17个。鉴定出61个SSR位点，碱基组成以A/T碱基类型为主；33个无毛青藤叶绿体基因组密码子的使用具有偏好性，并以A/U碱基结尾。系统发育进化树表明,青藤属6个种分为两支，其中大花青藤与无毛青藤具有较近的亲缘关系，IR/SC边界分析结果显示除红花青藤外，其余5种青藤属植物的JLB(LSC/IRb)边界较为保守。6种青藤叶绿体基因组的基因构成和顺序较为保守，大多数变异存在于相邻基因间隔区内。【结论】无毛青藤的叶绿体基因组相对较大，且较为保守，并与大花青藤具有较近的亲缘关系。研究结果可为无毛青藤及其近缘种叶绿体基因组系统进化分析提供重要的理论参考。
关键词：
无毛青藤 叶绿体基因组 特征 系统发育
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张国庆 梁冠宇 杨森 蔡林豪 何静 董烨玮 梁日深
为从分子水平分析九棘鲈属鱼类(Cephalopholis)物种分类关系，并验证细胞色素C 氧化酶亚基 Ⅰ (COI) 作为DNA条形码对九棘鲈属物种鉴定的有效性。本研究采集了我国分布的九棘鲈属鱼类12种，利用PCR扩增及测序方法获得COI基因部分序列，结合GenBank下载的4种九棘鲈COI基因共同分析，利用MEGA7.0软件计算碱基信息与遗传距离，基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明: 16种九棘鲈种内平均遗传距离为0. 002，种间平均遗传距离为0.142，两者相差71倍，表明COI基因可作为九棘鲈鱼类分子鉴定的条形码基因。构建的分子系统进化上，16种九棘鲈属鱼类聚为体色特征不同的三个类群，其中七带九棘鲈(Cephalopholis igarashiensis)与卜氏九棘鲈(Cephalopholis polleni)体色为多彩颜色，两者最先分化，位于进化树底部。剩下的九棘鲈主要形成体色为红色与体色为褐色的类群，与形态学的分类结果一致。部分存在误鉴或同种异名分类争议的九棘鲈品种：青星九棘鲈(Cephalopholis miniata)与半斑九棘鲈(Cephalopholis hemistiktos)、橙点九棘鲈(Cephalopholis aurantia)与黑边九棘鲈(Cephalopholis spiloparaea)，进化树枝长能清晰区分各物种，并且两两之间的遗传距离也远大于0.020。揭示其各自应为独立的物种，研究结果为九棘鲈属鱼类的分类及物种鉴定提供分子水平分类依据。
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