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[期刊] 林业科学
[作者]
陶蓉 李慧 孙宇航 于晓航 朱晗 郝德君
【目的】为筛选美国白蛾在不同温度处理、不同发育阶段、幼虫不同组织中稳定的内参基因,为美国白蛾相关的基因定量研究奠定基础。【方法】在美国白蛾转录组测序结果中筛选出8个候选内参基因GAPDH、ACT、RPL12、RPL18a、RPS16、EF1α、EF1β、18S rRNA,获得碱基序列。将以上序列进行克隆、测序、比对最终证明其为美国白蛾的基因且碱基序列正确,之后将其上传到NCBI获得登录号。设计以上8个候选内参基因的实时荧光定量PCR(qRT-PCR)引物,利用qRT-PCR技术测定8个候选内参基因在美国白蛾不同发育阶段(幼虫1~6龄)、不同温度处理下(-10、-5、0、25、35、40、45℃处理2 h)、幼虫的不同组织(头、肠道、脂肪体、马氏管、表皮)中的表达量,记录C_t值;然后通过ΔC_t法、GeNorm、NormFinder和BestKeeper共4种方法对8个候选内参基因在不同条件下的C_t值进行统计分析,最后综合RelFinder选出最稳定的内参基因。通过GeNorm计算V_(n/(n+1))最合适内参基因的数目。【结果】C_t分析表明,在不同发育阶段和在不同温度处理下表达最稳定的是RPL12;在幼虫不同组织中,最稳定的是RPS16。GeNorm分析结果与ΔC_t分析结果相同。NormFinder分析表明,在不同的发育阶段和不同温度处理下最稳定的候选内参基因分别是RPL18a和EF1α;在幼虫组织中,最稳定的是ACT。BestKeeper分析认为,不同发育阶段,ACT、GAPDH不适合作为内参基因;不同温度处理下,ACT、RPL18a、RPL12、RPS16、EF1β不适合作为内参基因;在不同幼虫组织中,RPL18a、EF1α、EF1β、18S rRNA不适合作为内参基因。最后RelFinder综合评价显示,在不同的发育阶段最稳定的内参基因组合是RPL12和EF1β,最不稳定的是ACT;在不同的温度处理下,最稳定的内参基因组合是EF1α和GAPDH,最不稳定的是ACT;在不同组织中,最稳定的组合是ACT和RPS16,最不稳定的是RPL18a。经GeNorm软件计算,最合适的内参基因数目应该是2个。【结论】在美国白蛾不同发育阶段的基因定量研究中,建议以RPL12和EF1β作为内参基因;在不同温度处理的基因定量研究中,建议以EF1α和GAPDH作为内参基因;在幼虫不同组织的基因定量研究中,建议以ACT和RPS16作为内参基因。此外,亦初步说明了昆虫内参基因在不同试验条件下的不稳定性。
关键词:
内参基因 基因筛选 qRT-PCR
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
孟香 潘忠玉 陈敏
【目的】谷胱甘肽S-转移酶(GSTs)是昆虫体内一种重要的解毒酶,在植食性昆虫对植物次生物质的解毒适应中发挥重要作用。本研究筛选和鉴定了美国白蛾中肠响应槲皮素诱导的GST基因,分析了槲皮素对GST基因的诱导表达模式,为阐明美国白蛾GST基因在解毒代谢槲皮素中的功能奠定基础。【方法】基于槲皮素诱导的美国白蛾中肠转录组,筛选和鉴定响应槲皮素诱导的GST基因;通过构建系统发育树分析GST基因的家族类别;采用实时荧光定量PCR技术研究槲皮素对GST基因诱导的剂量效应和时间效应。【结果】鉴定了美国白蛾响应槲皮素诱导的6个GST基因;系统发育分析显示HcGST-E1、 HcGST-E2、 HcGST-E3属于GSTEpsilon家族,HcGST-S1、 HcGST-S2属于GSTSigma家族,HcGST-O1属于GST Omega家族。不同质量分数槲皮素对GST基因的诱导作用不同,本实验质量分数(0.5%、1.0%、2.0%、4.0%)的槲皮素均能诱导HcGST-E1表达水平显著上调,0.5%、1.0%和2.0%的槲皮素诱导HcGST-E3表达水平显著升高;0.5%的槲皮素诱导HcGST-O1的表达水平显著增加。本实验质量分数的槲皮素均诱导HcGST-S1显著下调表达;0.5%和1.0%的槲皮素诱导HcGST-S2的表达水平显著下调。3个上调GST基因均在24 h或36 h内显著上调表达响应槲皮素的诱导。【结论】槲皮素能显著诱导美国白蛾中肠6个GST基因的表达水平,但对不同基因诱导的表达模式不同。HcGST-E1、HcGST-E3和HcGST-O1显著上调表达响应不同质量分数槲皮素的诱导,推测这3个基因是参与美国白蛾解毒代谢槲皮素的关键基因。
[期刊] 林业科学
[作者]
方林鑫 李志红 张守科 张威 舒金平 王浩杰
【目的】基于黄脊竹蝗若虫不同龄、成虫不同性别及不同组织筛选稳定表达的内参基因,为黄脊竹蝗后续转录调控研究提供参考。【方法】依据黄脊竹蝗转录组测序结果,以TUB、RPS27A、RPL10、AK、GAPDH、EF1A、RPS3、Actin和18S rRNA常用的9种昆虫内参基因作为候选,本地Blast后获得碱基序列并设计引物。利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析这9种内参基因的稳定性,筛选出在若虫不同龄、成虫不同性别与不同组织(触角、头、唇须、肌肉组织、精/卵巢)中表达量最为稳定的内参基因。【结果】9种候选内参基因在黄脊竹蝗体内均为首次验证并报道,且与其他昆虫相应基因同源性高(高于70%),差异值小;9种候选内参基因的引物均具有良好的扩增效率(均在90%~120%);在所有样品中,18S rRNA表达水平最高(C_t=10.78±2.58,P<0.05)。黄脊竹蝗不同龄若虫的内参基因稳定性分析时,3个软件排在前2位的内参基因均为RPS3与RPL10;基于不同组织分析时,GeNorm与BestKeeper软件表明RPL10是最合适内参基因,而NormFinder软件则表明GAPDH为最合适内参基因;在黄脊竹蝗成虫不同性别分析时,3种软件评估结果均表明GAPDH和RPL10为合适内参基因。【结论】筛选出RPL10为在不同条件下于黄脊竹蝗体内表达稳定并具有差异性的基因,可作为黄脊竹蝗转录组学及功能基因组学研究的内参基因。
[期刊] 林业科学
[作者]
刘慧慧 张永安 王玉珠 曾宝胜 刘群 张真
【目的】为了从分子水平上揭示美国白蛾飞行能力的机制,利用基因组编辑技术对翅形成相关基因Wnt-1进行功能研究。【方法】根据美国白蛾的基因组和转录组信息设计引物,克隆得到HcWnt-1基因CDS区全长,利用在线软件分析HcWNT-1蛋白的结构特征;通过RT-PCR确定该基因在其生长发育过程中的时间表达模式,并通过免疫组化方法确定HcWNT-1蛋白的时空表达模式;通过CRISPR/Cas9技术对HcWnt-1基因进行编辑,观察胚胎期突变体表型和基因型特点,利用直接PCR和阳性克隆测序检测HcWnt-1基因突变
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
黄真池 欧阳乐军 张龙 沙月娥 曾富华
【目的】分析桉属植物候选内参基因的表达稳定性,筛选合适的内参基因,为深入研究桉属植物愈伤组织芽分化及体细胞胚胎发生过程中基因的表达变化提供参考。【方法】以尾巨桉、粗皮桉、尾叶桉的叶片及尾叶桉的绿色、红色和白色3种愈伤组织为材料,提取其总RNA后逆转录得cDNA;分别将桉属植物actin基因和拟南芥actin基因的GenBank序列输入Primer3Plus软件,设计Real-time quantitative PCR(qPCR)引物,同时选择RTEF和RARS为候选内参基因;以cDNA为模板进行qPCR,得4个候选内参基因的Ct值;并用RefFinder软件分析候选内参基因的表达稳定性。【结果...
[期刊] 林业科学
[作者]
刘文哲 牛明月 李秀云 林二培 黄华宏 童再康
【目的】利用定量PCR和表达分析软件研究候选内参基因在光皮桦不同组织中的表达稳定性,并通过目的基因的表达分析验证其可靠性,以获得可用于光皮桦定量PCR的稳定内参基因。【方法】选取16个常用的看家基因作为候选内参基因,设计引物,通过普通PCR、溶解曲线及琼脂糖凝胶电泳验证引物的特异性;通过实时荧光定量PCR及软件ge NoRm、NoRm FiNdeR和Best KeePeR分析候选内参基因在光皮桦16个不同组织中的表达稳定性,根据分析结果筛选出最佳的内参基因和组合,并进一步通过2个目的基因CsLd和KoR对内参基因的稳定性进行验证。【结果】PCR和电泳结果显示,候选内参基因PCR目的片段条带清晰...
关键词:
光皮桦 内参基因 实时荧光定量PCR
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨利艳 孙毅 崔贵梅
为明确双价基因chitinase-BmkIT对鳞翅目害虫的作用机制,以美国白蛾为供试虫源,用转双价基因(烟草天蛾几丁质酶基因和东亚钳蝎昆虫特异性神经毒素基因)杨树叶片饲喂其幼虫,至3龄时,采用石蜡切片法,对美国白蛾幼虫中肠结构进行观察,并对其头部乙酰胆碱酯酶活性进行测定。结果表明,取食转基因杨树叶片的美国白蛾幼虫中肠结构不完整,中肠细胞出现排列不整齐、脱落等现象;而取食非转化杨树叶片的美国白蛾幼虫中肠结构完整,中肠细胞排列整齐紧密。转基因杨树叶片还显著抑制了美国白蛾幼虫头部乙酰胆碱酯酶的活性(p<0.05)。取食转chitinase-BmkIT基因杨树叶片抑制了幼虫的生长,并使部分幼虫身体溃烂...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈雪琴 庞倩倩 裴丹 任艳华 房经贵
[目的]本文旨在揭示组蛋白乙酰转移酶GCN5(general control non-repressible 5)在葡萄生长发育过程中的调控机制,并筛选出与VvGCN5互作的蛋白,以期为进一步构建VvGCN5在葡萄生长发育中的调控网络提供理论基础。[方法]利用生物信息学技术对VvGCN5的蛋白二级结构、基因结构、功能域、启动子的顺式作用元件以及抗逆的表达量和时空表达进行分析,并在烟草中进行亚细胞定位,研究VvGCN5表达位置。通过酵母双杂交技术筛选与VvGCN5互作的蛋白,并通过双分子荧光互补(BIFC)技术进行验证。[结果]VvGCN5的二级结构由α-螺旋、延伸链、β-折叠以及无规则卷曲构成,含有10段内含子序列和11段CDS序列,具有Acetyltransf_1和Bromodomain结构域,以及ARE、GT1-motif、TGACG-motif、CAT-box、CGTCA-motif等顺式作用元件。通过查询GEO数据库发现VvGCN5可能受到光照和灰霉病的影响。VvGCN5主要表达于葡萄的成熟茎、萌芽初期、心皮、种子中。亚细胞定位发现VvGCN5位于细胞核和细胞膜上。此外,以pGBKT7-VvGCN5作为诱饵蛋白,通过酵母双杂交技术和双分子荧光互补技术发现8个阳性蛋白与VvGCN5互作。[结论]本研究鉴定并分析了VvGCN5的基本信息,并得到了8个与VvGCN5互作的蛋白。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
杨芳 贺鹏 董双林
信息素结合蛋白(PBP)是大量存在于昆虫触角感器中的一类小分子蛋白,它特异性结合并运输性信息素组分到神经树突膜上的气味受体。通过设计简并引物并利用RT-PCR技术,从斜纹夜蛾雄虫触角扩增到1个长171bp的预期cDNA片段,测序后经比对表明是PBP3基因片段,将该基因命名为SlitPBP3。利用RACE技术进一步得到SlitPBP3的cDNA全长序列(GenBank登录号:GU082321),长568bp,编码164个氨基酸,具有PBP的典型序列特征。对基因组DNA的研究显示,该基因由3个外显子和2个内含子构成。2个内含子的位置和斜纹夜蛾的另2个PBP基因相同,具有保守性;其长度分别为124b...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王思政 黄桔 宋吉皂
美国白蛾(Hyphantria cunea Drury)隶属于鳞翅目、灯蛾科、白蛾属,是重要的国际检疫害虫.据文献报道它可为害200余种林木.为了准确地识别美国白蛾,本文在成虫形态和雄外生殖器上将它与其它为害林木的多种近似种类予以区别.
关键词:
美国白蛾 灯蛾科 鉴别 雄外生殖器
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
付建新 张超 王艺光 赵宏波
为了筛选桂花Osmanthus fragrans不同组织基因表达分析中适合的内参基因,以桂花‘堰虹桂’O.fragrans‘YanhOnggui’花蕾、盛开花序、嫩叶、成熟叶和1年生茎等5个不同组织为材料,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qrt-PCr)检测7个候选内参基因的表达水平,并利用genOrm,nOrmfinder和BestKeePer软件对各候选内参基因的表达稳定性进行评价,最后利用桂花不同组织中OfCrtisO1基因相对表达水平验证筛选的内参基因的可靠性。结果表明:综合3个软件的评价排序,确定不同组织中最佳内参基因为Ofran1和OfuBC2,而Of18s是最差内参基因。OfCr...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
岳秀利 高新菊 王进军 吕娟娟 沈慧敏
【目的】筛选二斑叶螨(Tetranychus urticae)敏感(SS)和抗甲氰菊酯品系(Fe-R)中合适的内参基因,并通过基因相对表达定量PCR研究二斑叶螨抗性品系解毒酶基因表达水平的变化。【方法】采用实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,RT-qPCR)技术,分析二斑叶螨5.8S rRNA、α-tubulin、β-actin、ELF、GAPDH、RPL13a、SDHA和TBP共8个候选内参基因mRNA表达水平的稳定性,并分析二斑叶螨酯酶(Carboxyl/cholinesterases,CCEs)、谷胱甘肽转移酶(Glutathione s-trans...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
闫祺 陈严 刘晓龙 李柏桦 廖辉 张小晴 董双林
[目的]本文旨在鉴定重要农业害虫双委夜蛾(Athetis dissimilis Hampson)的信息素结合蛋白(pheromone binding protein,PBP)基因,并分析其序列和组织表达特征,为进一步研究双委夜蛾的嗅觉感受机制奠定基础。[方法]基于双委夜蛾触角转录组数据获得3个PBP基因(Adis PBP1、Adis PBP2、Adis PBP3)的全长序列,通过RT-PCR对3个基因进行克隆和验证,利用RT-qPCR对3个基因在雌、雄成虫的组织表达谱进行分析。[结果]从双委夜蛾触角中克隆3个PBP基因的c DNA序列,3个基因Adis PBP1、Adis PBP2及Adis PBP3分别编码166、169和164个氨基酸,并具有6个保守的半胱氨酸、N端1个信号肽序列等该类基因的典型特征。聚类分析表明:这3个基因分别被聚到3个不同的PBP分支中,且均与同属害虫二点委夜蛾(Athetis lepigone)的相应PBP最近。表达谱分析显示:3个基因均仅在雌、雄虫触角中高表达; Adis PBP1在雄性触角的表达量显著高于雌性触角,而Adis PBP2和Adis PBP3在两性触角中的表达量相似; 3个基因雄、雌蛾触角的表达量差异(雄∶雌)分别为1.84、1.14和0.95,暗示其在性信息素及其他气味感受中的不同作用。[结论]克隆了双委夜蛾3个PBP基因的c DNA全长序列,明确了3个基因的组织表达谱及雌、雄表达差异,对3个PBP基因的可能功能进行了讨论。
[期刊] 林业科学
[作者]
杨忠岐 王小艺 王传珍 乔秀荣 庞建军
利用白蛾周氏啮小蜂防治美国白蛾,在老熟幼虫期和化蛹初期分别放蜂1次,放蜂量为美国白蛾幼虫数量的5倍,连续放蜂防治两代美国白蛾,就可将其种群数量有效控制,使有虫株率降到1.25%,天敌的总寄生率达到92.67%。放蜂防治后连续5年,共追踪调查10代美国白蛾的发生情况,发现这种小蜂具有良好的持续控制效果。美国白蛾在防治后第2年至第5年有虫株率均保持在0.1%以下的低水平,天敌的寄生率仍高达92%,表明持续控制作用十分显著。研究中,还对我们计算出的回归模型y=-51.60795+77.47512lgx进行了实际检验。结果显示,利用该模型计算出的多种天敌的总寄生率与实际调查所得的总寄生率之间没有显著差...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
干思宸 师悦 梁立军
【目的】为山麦冬Liriope spicata果实花青素生物合成研究筛选最佳内参基因。【方法】基于山麦冬转录数据,通过变异系数以及变化倍数初步筛选出山麦冬15个候选内参基因。以幼果期和成熟期山麦冬果实为材料,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术测定候选内参基因的表达,采用ΔCt值法、geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件包分析候选基因的表达稳定性,最后选取来自6个基因家族(C4H、CHS、MT、UFGT、MYB和bHLH)的10个目的基因(C4H、CHS-1、CHS-2、MT、UFGT-1、UFGT-2、MYB-1、MYB-2、MYB-3、bHLH),对所选内参基因组合进行验证。【结果】4种方法分析得出的候选内参排序存在一定差异,需综合4种方法的几何平均值作为综合排序。根据geNorm软件推荐的最适内参数目为4个,即CNNM、GPR107、EF1-α、G6PD-2最稳定,PDP最不稳定。对10个目的基因表达量标准化验证发现:以CNNM、GPR107为内参组合与选用4个基因作为内参组合无显著差异,相关系数可达0.999 9,且选用双内参组合比4个内参组合的可操作性强,而不适合的内参基因(PDP)会对RT-qPCR结果产生严重偏差。【结论】以CNNM、GPR107作为组合是山麦冬果实花青素生物合成研究的最佳内参基因。图6表5参39
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