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[期刊] 西南农业学报
[作者]
朱晨 唐伟 阴筱 董玲霞 孙厚俊
【目的】解析我国美人蕉黄条病毒（Canna yellow streak virus， CaYSV）的全基因组序列及遗传进化地位，为指导病害防控提供科学指导。【方法】通过反转录-聚合酶链式反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction， RT-PCR）技术和快速扩增cDNA末端（Rapid amplification of cDNA ends，RACE）技术从江苏扬州和湖南长沙采集到的美人蕉病样中，扩增获得CaYSV全基因组序列，并利用MegAlign、Mega11和RDP5软件对全基因组序列分别进行核苷酸一致率分析、系统进化分析和重组分析。【结果】除poly(A)外，扬州分离物和长沙分离物全基因序列均为9501 nt，开放阅读框(Open reading fragment， ORF)均为9123 nt，编码3040个氨基酸组成的多聚蛋白。序列分析表明，CaYSV扬州分离物和长沙分离物与已报道的CaYSV分离物全基因组核苷酸序列一致率分别为93.9%～99.4%和94.0%～99.5%。根据外壳蛋白(Coat protein， CP)氨基酸序列构建系统进化树，CaYSV可以分为A和B2个大组，其中A组又分为3个亚组。重组分析表明，CaYSV扬州和长沙分离物中均存在1个重组事件。【结论】CaYSV存在于我国江苏扬州和湖南长沙的美人蕉上。根据CaYSV的CP蛋白氨基酸构建系统进化树，扬州分离物和长沙分离物聚类到A1亚组，与泰国分离物K2、PHC478及俄罗斯分离物KS等亲缘关系较近。
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐品三 孙冰轮 姜旭 李焕改
根据GenBank上已登录的百合斑驳病毒(LMoV)基因组序列设计7对交叉重叠的引物,利用RT-PCR技术对铁炮百合白天堂进行检测,并经克隆测序获得百合斑驳病毒大连分离物(LMoV-DL)基因组全序列。序列分析表明:LMoV基因组由长度为9 648 bp的线状单链正义RNA组成,包括一个poly(A)尾巴,编码一个由3 096个氨基酸组成的分子量为351 kDa的多聚蛋白。同时多聚蛋白系统发育分析说明LMoV隶属于Potyvirus属一个较大的分支,在进化关系上与BYMV和ClYVV最近。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴丽婷 阮小蕾 沈文锦 谭小勇 翟国会 李华平
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘慧芳 张莉娟 李宁求 梁红茹 林强 刘礼辉 牛银杰 付小哲
【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
邓丛良 黄金光 高文娜 吕玉峰 范在丰 李怀方
从我国北方地区呈现花叶症状的白草上分离得到1个白草花叶病毒分离物(AY642590,PenMV-B),测定了其RNA的核苷酸全序列。结果发现,该病毒分离物的RNA基因组全长共9 611个核苷酸,5′-末端和3′-末端的非翻译区序列分别为172和241个核苷酸,中间为9 198个核苷酸的开放读框,编码3 065个氨基酸,分子量约为349 575 Da;其多聚蛋白P3/6K1处的E/H蛋白切割位点序列与Potyvirus属其他病毒均不相同,为该病毒所仅有。预期的Potyvirus属病毒的一些重要的、功能性保守基序特征都存在于该病毒的基因组序列中。Potyvirus属病毒多聚蛋白氨基酸序列的系统进化...
关键词：
白草花叶病毒 分离物 序列比较 核苷酸
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高芳銮 常飞 沈建国 谢联辉 詹家绥
【目的】马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)是马铃薯病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)代表成员,是马铃薯和烟草生产中分布最为广泛并造成严重经济损失的病毒之一。研究旨在揭示PVY榆林分离物ShX14的全基因组特征,并准确判断其株系分子类型。【方法】根据已经报道的PVY不同基因保守区设计11对简并引物,采用片段重叠法从感染PVY的马铃薯病叶中扩增、克隆获得榆林分离物ShX14的全长序列,并对其序列特征、重组位点、系统发育关系等进行分析。同时,应用系统发育与性状关联分析(phylogeny-trait association analysis)评估P...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
袁彧伟 付崇毅 孙平平 马强 张斌 李正男 张磊
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
袁彧伟 付崇毅 孙平平 马强 张斌 李正男 张磊
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
[期刊] 林业科学
[作者]
闫文凯 林文武 杨文婷 杜雅馨 吴祖建 杨靓
【目的】研究BaMV福州分离物BaMV-TMS1及其携带的卫星RNA(satBaMV)分离物satBaMV-TMS1的全基因组特征,明确其系统发育关系;对BaMV进行c DNA侵染性克隆构建方法的改进,为其反向遗传学体系的快速建立提供简便的方法。【方法】根据已报道的BaMV和satBaMV全长序列保守区分别设计2对和1对扩增引物,从感染BaMV的竹叶中扩增、克隆获得BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1的全长序列,并进行序列特征分析和系统发育树构建。采用多片段无缝克隆方法将扩增得到的2个病毒DNA片
[期刊] 中国农业科学
[作者]
温立斌 何孔旺 杨汉春
【目的】确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子。【方法】首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列,最后根据P1全基因组序列设计引物扩增其全基因组加以验证。【结果】首次完成了类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定。测序结果表明P1因子为环状DNA基因组,全长648个核苷酸,包括3个开放阅读框。除5′端16个核苷酸外,P1因子与国内猪圆环病毒2型BF毒株的核苷酸同源率为98.42%。系统进化分析表明P1与猪圆环病毒有很近的亲缘关系。【结论】猪体...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
卢权威 郭官鹏 崔保安 陈红英 魏战勇 郭敬 吴宇阳 李坤 钞安军
【目的】对河南部分地区疑似猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)感染猪进行病毒分离鉴定,并对分离株的全基因组序列进行分析。【方法】对郑州、焦作两地疑似PCV2感染的猪淋巴结、脾脏和肺脏组织进行PCR检测,对检测为阳性的病料进行PCV2的分离,利用间接免疫荧光试验和PCR扩增进行初步鉴定。用PCR扩增PCV2全基因,经克隆、测序后,用MEGA5.1软件对克隆的序列与GenBank上获取的其他PCV2全基因组进行序列比对。【结果】分离到2株病毒,分别命名为ZHENGZ-12株和JIAOZ-12株。间接免疫荧光试验结果显示,感染病毒的细胞出现了特异的亮绿色荧光...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴美洲 陈芳洲 李中华 万胜锋 叶十一 何启盖
为研究猪流行性腹泻病毒（ＰＥＤＶ）变异株特性，通过细胞培养、细胞病变（ＣＰＥ）观察、ＲＴ－ＰＣＲ、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定１株ＰＥＤＶ变异株（ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３株）并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法，测得该毒株的全基因组序列（ＧＥＮＢａＮＫ登录号为ＫＦ７６１６７５．１）。该毒株Ｓ基因Ｎ端比ＣＶ７７７毒株Ｓ基因的Ｎ端长９ＢＰ，包括１５ＢＰ的插入和６ＢＰ的缺失，表明ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３为变异毒株。同源性分析显示，该毒株的基因组序列与我国广东２０１１年分离毒株ＬＣ的同源关系最近，相似性为９９．６％，与韩国毒株ＫＮＵ－１３０５和美国毒株ＵＳａ／ＭｉＮＮＥＳｏＴ．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郑敏 黄梅清 车勇良 邵良平 陈少莺
根据已发表的猪圆环病毒2型(PCV2)基因序列,分段设计2对PCV2特异性引物,用PCR方法扩增近年从福建省部分发病猪场分离鉴定的7株PCV2的全基因序列并进行比对分析.结果表明:7株PCV2基因组全长1767 bp,与GenBank上发表的17株PCV2参考毒株的同源性为94.7%-99.5%;7株PCV2分离株之间的全基因同源性高达98.4%-99.5%;7株PCV2 ORF2编码蛋白均具有很强的亲水性和抗原性,其核苷酸及推导的氨基酸同源性高达98.9%-99.7%和97.9%-99.6%,与参考毒株的同源性分别为91.1%-99.7%和85%-100%,存在一定的差异.可见,7株PCV2...
关键词：
猪圆环病毒Ⅱ型 全基因组序列 比较
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘福秀 阮小蕾 何云蔚 李华平
【目的】了解水稻瘤矮病毒(RGDV)基因组结构与功能。【方法】根据已报道的RGDV基因组各片段末端序列及其反向重复特性,采用4轮RT-PCR的方法扩增RGDV基因组第6片段(S6),用生物学软件进行序列分析。【结果】得到了该病毒S6的全序列。S6全长1651bp,G+C含量39.13%,包含一个长的ORF,起始于第25位,终止于第1497位,编码490个氨基酸,分子量为53.3kD。【结论】该蛋白与伤瘤病毒(WTV)的P7的相似性为30.0%,与水稻矮缩病毒(RDV)的P7的相似性为31.7%。这是RGDVS6全序列的首次报道。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张峥 黄倢 高强 成君军 王明森
中国明对虾肝胰腺细小病毒是一种单链、线性DNA病毒。本研究利用DNA末端加尾和嵌套PCR首次完成了对虾肝胰腺细小病毒(hepatopancreatic parvovirus,HPV)中国分离株(HPV-Pc)全基因组序列的测定,研究结果表明,HPV-Pc株(GenBank登录号GU371276)的全基因组由6 085个核苷酸组成,包含3个开放阅读框(ORF)(分别代表ns1、ns2和cp基因)和2个非编码区。ORF1、ORF2和ORF3分别编码由427、578和821个氨基酸组成的蛋白,分子量分别为50.4 kD、68.2 kD和92 kD。分析HPV-Pc基因组结构,发现该基因组没有末端反向...
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