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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨海波 孟庆玲 乔军 才学鹏 贺志昊 刘昱成 彭叶龙 王国超 陈创夫 都曼·努尔坎杰
【目的】研究羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)新疆流行株的遗传变异情况。【方法】采集新疆石河子地区疑似感染ORFV的羔羊唇部结痂病料,通过PCR扩增、Vero传代细胞分离培养、电镜观察、动物回归试验等方法,检测、分离和鉴定ORFV毒株,对分离鉴定的3株ORFV毒株保护性抗原基因B2L和F1L及毒力基因VIR、GIF和VEGF分别进行克隆、测序及遗传进化分析。【结果】从病料中分离鉴定出3株ORFV新疆流行株(ORFV-SHZ1、ORFV-SHZ2和ORFV-SHZ3)。分析结果显示,ORFV分离株保护性抗原基因B2L、F1L相对保守,B2L和F1L基因编码氨基酸序列与其他参考株的同源性分...
关键词：
羊口疮病毒 分离鉴定 遗传进化分析 新疆
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
方谱县 刘康 张蕙畅 夏思进 张健淞 任杰 肖少波 方六荣
通过RT-PCR对采集自河北省2个猪场的5份腹泻仔猪小肠内容物进行检测,结果均为猪δ冠状病毒(PDCoV)阳性。将病料处理后接种LLC-PK1细胞,从2个猪场的病料中各成功分离到1株PDCoV,分别命名为PDCoV CHN-HeB-A1株和CHN-HeB-B2株。通过间接免疫荧光试验(IFA)、Western blot和电镜观察对分离的病毒进一步鉴定,IFA和Western blot结果证实2株病毒都能与PDCoV M蛋白的单克隆抗体发生特异性反应,电镜下可观察到直径100～150 nm、呈典型皇冠状的病毒粒子,证实所分离的病毒为PDCoV。全基因组测序以及遗传进化分析结果表明,2株PDCoV与中国大陆毒株相似性较高,为98.7%～99.1%,与中国香港毒株处于同一簇。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王彪雄 苏惠娟 石丽娟 肖榕 周红波 索朗斯珠
为了解湖北鸡源禽流感病毒的遗传进化和氨基酸变异情况,将分离到的2株禽流感病毒进行全基因组测序及遗传进化分析。利用RT-PCR扩增流感病毒基因组片段,PCR扩增流感病毒片段、克隆至pMD18-T载体,并对序列特征进行生物信息学分析。结果表明:分离到的2株病毒高度同源,其HA和NA基因属于Y280谱系,PB1、PA、NP和NS基因属于SHF98-like谱系,PB2和M基因属于G1-like谱系;HA裂解位点均为-RSSR↓GLF-,具有低致病性流感病毒的分子特征;在HA蛋白上比当前流行株Y280多了一个潜在糖基化位点313(NCS);在234位点(对应H3编号中的226)产生了从Q到L的突变;在M2蛋白的31位点均产生了从S到N的突变。该2株H9N2亚型流感病毒为Y280谱系的病毒,这提示湖北地区可能也流行Y280-like分支禽流感病毒,虽然属于低致病性禽流感病毒(Low pathogenic AIV,LPAIV),但具有感染哺乳动物的潜在风险。
关键词：
禽流感 H9N2 遗传进化 氨基酸位点
[期刊] 西南农业学报
[作者]
左文博 蒲德粉 王威威 王林果 韦平 何秀苗
【目的】明确云南某肉鸡场疑似传染性法氏囊病病毒（IBDV）感染病例的病原类型及分子特征，以了解IBDV新型重排毒株在肉鸡中的流行情况、分子进化趋势，为制定有效的传染性法氏囊病（IBD）防控和疫苗选用策略提供参考依据。【方法】对疑似IBDV感染的病鸡法氏囊进行研磨处理后，采用巢式RT-PCR进行检测，后将IBDV阳性的法氏囊组织悬液接种于9日龄SPF鸡胚并进行病毒分离，对病毒的vVP2和VP1-b基因扩增并进行遗传变异分析。【结果】成功分离出一株新型IBDV重排毒株（命名为YN-YX221110），接种9日龄SPF鸡胚后，胚体整体呈现弥漫性出血，头、颈以及背部皮肤有出血点。基于vVP2基因序列，分离株YN-YX221110与新型变异株（nvIBDV）参考株的核苷酸相似性最高，为93.2% ～ 97.9%，分离株YN-YX221110的vVP2基因222A特征性氨基酸位点与UK661、HK46等超强毒株（vvIBDV）参考株相同，249K、256V、279N、284A、294L、299S等位点与新型变异株（nvIBDV）参考株中的SHG19相同；在基于vVP2基因的遗传进化树中，分离株YN-YX221110与GX-QZ191002、SHG19等nvIBDV参考株聚为一支，属于A2d分支。基于VP1-b基因序列，分离株YN-YX221110与参考株中的经典毒株（cIBDV）类似株核苷酸相似性最高，为97.8% ～ 98.4%，分离株YN-YX221110的vVP2基因特征性氨基酸位点240D、242D、287T、390L和393E与致弱毒株（attIBDV）参考株中的B87、Gt相同；在基于VP1-b基因序列的系统发育进化树中，分离株YN-YX221110与参考株Gt、B87和CEF94等cIBDV类似株中的attIBDV聚为一支，属于B1a分支。分离株YN-YX221110基因型为A2dB1a。【结论】成功分离得到肉鸡源IBDV分离株YN-YX221110，其A片段来源于nvIBDV，B片段来源于cIBDV类似株中的attIBDV，为新型IBDV重排毒株。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
董世娟 朱于敏 于瑞嵩 司伏生 石明明 张源淑 李震
从浙江地区分离的2株代表性样品与全国范围内流行的参考毒株进行比对和遗传进化分析,结果分为4个组,代表性样品与大部分国内的毒株落入G4-2组,与国内早期CH-S毒株核苷酸(氨基酸)同源性为98.4%~98.5%(99.1%~99.6%);以华南地区为主的2011-2012年分离的毒株自成一组,与中国其他地区的毒株的同源性为95.0%~97.2%,与其余3组比较有9个核苷酸的变异。遗传进化分析表明所分离毒株与大部分中国的流行毒株属于一个基因型;以2011-2012年中国华南地区为主的毒株成为PEDV的一个新的基因型;提示2011-2012年中国流行着2种PEDV的基因型。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
朱洪云 旦巴次仁
【目的】探讨藏鸡NDV的毒力和F基因的遗传进化特征。【方法】从采集的藏鸡病料中分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间(MDT)和1日龄雏鸡脑内接种致死指数(ICPI)来确定分离株的毒力。采用RT-PCR方法克隆藏鸡NDV分离株F基因,测序后进行序列分析,并进行进化分析。【结果】共分离鉴定出F5、FX10、F20、F74、F75、F17、F72、FH2等8株NDV,其中F17、F72、FH2为强毒株,其余5株为弱毒株。8株病毒F基因ORF均为1 662bp,编码553个氨基酸,强毒株ORF编码产物含有12个半胱氨酸残基,弱毒株有13个半胱氨酸残基,比强毒株在27位(强毒株C27变为R27)多了...
关键词：
藏鸡 新城疫病毒 F基因
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
梁望旺 杨克礼 伍锐 熊忠良 刘泽文 段正赢 徐涤平
为进一步了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)在国内的分子遗传进化情况,对中国大陆1996~2008年间33株PRRSV分离毒株(29株来自GenBank)的GP5序列与国外部分代表毒株进行了分析比较。结果表明,所选PRRSV中国分离毒株中有32株属于北美洲型(NA),并大致可分为2个基因亚群,1株属于欧洲型(EU)。其中,自2006年在我国暴发的高致病性蓝耳病病毒(H-PRRSV)属于亚群1,且与YA株亲缘关系较近;亚群2毒株则与Ingelvac的弱毒疫苗株及其亲本株VR-2332具有较高的同源性。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
陈晓月 梁华 刘明春 王建民 于立辉 范宏发 赵玉军
根据GenBank登陆的鹅细小病毒B株全基因组的核苷酸序列,设计合成一对引物,用PCR方法对GPV LN-1/06株的主要结构蛋白基因进行克隆,并对克隆的片段进行序列测定,用生物信息学软件进行序列分析。结果表明:所扩增的GPV LN-1/06株的基因长度为1605bp,包括VP3完整的开放阅读框,共编码534个氨基酸。与登录的20株国内和国外的GPV的VP3基因序列进行同源性分析表明,GPV LN-1/06株与其他20株VP3基因的核苷酸同源性较高,从93%至99%,说明GPV的VP3基因较为保守。系统进化树分析表明GPV-LN01/06病毒株与HG5/82为一组,具有较近的亲缘关系。本试验首...
关键词：
鹅细小病毒 结构蛋白基因 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张宇 乔涵 徐朋丽 杨兴武 韩昊莹 陈红英
【目的】分析禽心包积水-包涵体肝炎综合征的主要病原禽腺病毒4型(FAV-4)在河南省的流行和遗传变异情况。【方法】对2015年8-10月送检的40份疑似FAV-4感染的病料进行PCR阳性检测,同时根据采集地区与宿主的差异性,选取7份FAV-4阳性样品进行了Hexon全基因的扩增、克隆、测序和遗传进化分析。【结果】通过扩增Hexon基因421bp的片段,成功建立了禽腺病毒4型的PCR检测方法;40份家禽肝脏样品中,PCR检测显示35份为FAV-4阳性,阳性率为87.5%;成功扩增了包含Hexon基因全序列的
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘自敏 王小朋 白彩霞 杨侃侃 张学琪 胡子慧 孙裴 王勇
为了对羊口疮病毒(ORFV)安徽株121基因进行原核表达及生物信息学分析。以ORFV AH-F10株为模板对121基因进行PCR扩增,将扩增产物克隆至p GEX-6P-1原核表达载体,构建重组质粒p GEX-6P-1-121,并进行测序鉴定。经鉴定正确后的重组质粒转化至E. coli Rosetta感受态细胞进行IPTG诱导表达,并对重组蛋白的诱导条件进行优化,确定了ORFV 121重组蛋白表达的最佳条件。SDS-PAGE及Western-blot鉴定结果表明,重组蛋白大小约为60 ku,在Rosetta中高效表达,主要以包涵体形式存在且具有良好的反应原性。包涵体蛋白经过纯化后得到目的蛋白,将纯化蛋白与弗氏佐剂进行乳化后皮下注射6周龄的BALB/c雌鼠。每14 d后加强免疫1次,4次后收集小鼠血清。对收集到的血清进行Western-blot特异性鉴定,该抗体血清可以和阳性原核表达的ORFV 121蛋白进行特异性反应,表明成功制备鼠源多抗血清。利用生物信息学相关软件对目的基因编码蛋白的理化性质、信号肽、跨膜结构域、磷酸化位点、二级结构和B细胞表位进行预测。结果显示该蛋白等电点为8. 86,属不稳定的亲水性蛋白;预测有50个可能的磷酸化位点,无信号肽和跨膜结构域;二级结构中以无规则卷曲结构居多占62. 25%,α-螺旋、β-转角、延伸链分别占27. 81%,2. 98%,6. 95%;预测该蛋白存在8个潜在B细胞优势表位。成功表达了ORFV AH-F10 121蛋白并预测其生物学特性,为该蛋白结构与功能及ORFV致病机理的深入研究奠定基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王小敏 何孔旺 王东田 周忠涛 茅爱华 俞正玉 汪伟 倪艳秀 温立斌 张雪寒 郭容利 李彬
旨为分离得到1株猪圆环病毒2型毒株,对其生物学特性进行鉴定,测定其TCID50,并进行全基因组比对分析。利用细胞传代的方法对PCR检测为PCV1阴性、PCV2阳性的病料进行病毒分离,分离毒株接种PK15细胞,通过PCR检测和间接免疫荧光进行鉴定。并对分离株的TCID50和全基因组序列进行了测定与分析。成功分离得到猪圆环病毒2型,命名为2010AHCY株,其基因组全长为1 767 bp,在PK15细胞上的TCID50为104.23。全基因组序列分析表明,该分离株与其他参考毒株核苷酸同源性为93.2%～99.9%,与HM038030 PCV2d的同源性最高,为99.9%。系统进化树分析表明,分离株...
关键词：
猪圆环病毒2型 分离 鉴定 遗传变异
[期刊] 华北农学报
[作者]
王小敏 何孔旺 周忠涛 茅爱华 俞正玉 汪伟 倪艳秀 温立斌 张雪寒 郭容利 李彬 于洋
从江苏某猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场采集的血清样本中分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株,对该毒株的生物学特性进行了鉴定,并对其Nsp2和ORF5序列进行测定和序列比对分析。利用细胞传代的方法对PRRSV检测阳性,PPV和PRV检测阴性的猪血清进行病毒分离。通过RT-PCR、CPE和IFA对PRRSV分离毒株进行鉴定,并测定其TCID50。测序获得Nsp2和ORF5基因,并利用DNAStar软件进行序列同源性和进化分析。成功分离获得1株PRRSV毒株,该毒株能够在Marc-145细胞上增殖并产生细胞病变,免疫荧光检测可观察到特异性荧光,TCID50为105.5。Nsp2...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贾赟 张素芳 周斌 王旭东 王川庆 赵玉军 陈溥言
用分离的疑为鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)超强毒(vvIBDV)地方分离株HN01,经处理后接种SPF鸡,36h后接种鸡开始发病,发病率为100%,死亡率为70%以上。剖检可见与野外病例相同的病理变化,如肌肉、腺胃、心脏出血,法氏囊水肿且多呈"紫葡萄"样外观。经血清学试验、毒力试验、鸡胚接种试验、分子生物学和电镜形态学观察均证明该分离物为超强毒株,从而证明河南省鸡群中存在不同于IBDV一般强毒株、经典株和变异株的超强毒株。通过对IBDV不同毒株VP2基因高变区氨基酸序列的聚类分析发现,HN01与华南超强毒株G9201、欧洲超强毒株UK661关系最接近,而与HK46,OKYM,D6948,U...
[期刊] 华北农学报
[作者]
宿靖伟 罗俊 王新卫 迟佳琦 禹乐乐 党露 赵朴 滕蔓 张改平
为了解鸡马立克氏病病毒流行毒株的分子特征,对2012-2014年河南省发病鸡群的临床病料进行了采集,并对MDV 132 bp重复序列进行了PCR扩增,同时对meq、g E、g I基因进行了克隆和序列测定。结果表明,9份病料中均可扩增出与132 bp双拷贝大小相符的PCR主产物;meq、g E、g I基因的核苷酸序列同源性与国内外参考毒株相比,分别为98.5%~100%,98.8%~100%和98.0%~100%;基于这些基因构建的系统发生树的分析结果表明,与美国、澳大利亚、日本以及印度的MDV分离株相比,目前,河南省鸡群中流行的MDV与此前分离的河南流行株进化关系较近,并且与其他国内分离株共同...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈俊杰 李媛瑗 阳瑞雪 汪开毓 耿毅 黄小丽 陈德芳 欧阳萍
2015年5月,四川某鲤养殖场暴发一种传染性疾病,导致鲤大面积死亡,死亡率高达80%。为研究此次疾病病因和流行规律,将病料进行解剖、细菌学检查、病理组织观察、PCR鉴定、病毒分离和系统进化分析。结果显示,发病鱼眼球凹陷,胸鳍及腹鳍出现出血斑,病鱼鳃严重坏死,肾脏肿大。细菌检查为阴性。组织病理学观察,病变最明显的是鳃和肾脏。病鱼鳃丝血管扩张充血,鳃小片呼吸上皮细胞肿胀、脱落。鳃丝基部的上皮细胞大量增生,层次增多。肾小管上皮细胞组织结构紊乱,细胞肿胀,管腔变狭小,有崩裂和坏死现象。提取病鱼的肾脏和鳃组织DNA
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