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[期刊] 水产学报  [作者] 罗洪林  张瑶瑶  梁万文  陈福艳  李旻  甘西  
运用生物信息学技术分析罗非鱼热休克蛋白70(tilapia heat shock protein,t HSP70)的理化特性、糖基化位点、跨膜区域、蛋白的细胞定位及信号肽与虹鳟等其他动物HSP70的相似性,以人工合成c DNA为模板,通过聚合酶链式反应扩增其完整CDS,并将此DNA片段与真核表达载体p GAPZa-A连接,构建p GAPZa-HSP70表达质粒,在毕赤酵母GS115中表达t HSP70蛋白,对表达上清液进行SDS-PAGE及Western-blotting分析后,采用Ni2+IDA层析脱盐纯化目的蛋白,并对所表达的蛋白进行糖基化PAS染色鉴定。对表达的蛋白进行SDS-PAGE后...
[期刊] 华北农学报  [作者] 刘祥  
对溶藻弧菌外膜蛋白OmpU进行分子克隆构建,抗原性生物信息学分析,为疫苗的开发奠定了基础。通过分子克隆获得OmpU蛋白的原核表达菌株,重组表达后利用切胶纯化获得OmpU蛋白,免疫小鼠制备抗血清,Western BlOtting检测发现OmpU蛋白具有很好的抗原性。采用在线软件预测OmpU为亲水的分泌型蛋白;存在多个酶切位点。采用tmHmm server v.2.0程序预测OmpU无跨膜结构并定位于细胞膜外。通过signal p 4.1软件分析发现OmpU的1~21位氨基酸为信号肽序列。sOpma服务器预测OmpU的二级结构含无规则卷曲27.94%,α-螺旋为33.24%,β-转角为10.29%...
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 林景卫  段作文  关山越  韩笑  范文丽  李浩戈  张丽  陈水森  李天来  
树舌灵芝(Ganoderma applanatum)为灵芝属内独特的一类,克隆树舌灵芝免疫调节蛋白(funGal immunomodulatory protein,fip)基因,对其进行生物信息学分析并构建真核表达载体,将为高效表达重组树舌灵芝fip和揭示其生物学功能奠定基础。采用染色体步移的方法从树舌灵芝菌丝体基因组dna中扩增得到1个新型真菌免疫调节蛋白基因—fip-Gap,对其核苷酸序列进行生物信息学分析,结果表明,fip-Gap基因属于灵芝属fip家族,含有342 bp,编码113个氨基酸。对其氨基酸序列分析表明:树舌灵芝免疫调节蛋白fip-Gap分子量为12.7 k d,理论等电点为...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 刘祥  
溶藻弧菌附着定植因子ACFA蛋白具有很好的免疫原性,在疫苗上有应用前景。本试验通过分子克隆获得ACFA蛋白的表达菌株,利用SDS-PAGE切胶纯化与尿素浓度梯度复性获得ACFA蛋白,免疫小鼠制备抗血清,WEStErn-blottinG检测发现ACFA蛋白具有很好的抗原性。利用在线软件预测ACFA蛋白为亲水的分泌型蛋白,存在多个酶切位点;采用tMHMM SErvEr v.2.0程序预测ACFA无跨膜结构并定位于细胞膜外;SoPMA服务器预测ACFA二级结构中含无规则卷曲32.56%,A-螺旋25.58%,β-转角6.05%,β-片层35.81%。通过SiGnAl P 4.1软件分析显示,ACFA...
[期刊] 水产学报  [作者] 韩俊英  李健  李吉涛  常志强  陈萍  李华  
克隆了脊尾白虾热休克蛋白基因全长cDNA,并进行了序列分析。该基因由2 250 bp的碱基组成,开放阅读框长1 959 bp,编码由652个氨基酸组成的蛋白,基因两翼分别存在83 bp(5'端)和208 bp(3'端)的非翻译区,将该基因命名为Ec-HSP70。与其它物种HSP70s氨基酸序列进行同源性比较发现,与甲壳动物的同源性都在90%以上,表明该蛋白属于热休克蛋白HSP70家族。聚类分析表明,脊尾白虾热休克蛋白氨基酸序列与中国明对虾和凡纳滨对虾紧密聚为一支,之后聚类顺序依次为斑节对虾、日本囊对虾、刀额新对虾等。通过荧光定量RT-PCR对该基因在肝胰腺、肌肉的表达分析表明,温度、pH和氨氮...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 黄桂菊  曲妮妮  喻达辉  李莉好  
采用同源克隆和RT-PCR技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得cDNA全长序列2 365 bp,其中3’非编码区域(UTR)为318 bp,5’UTR为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为71.39 kD,理论等电点为5.22,并含有3个HSP70家族的签名序列IDLGTTYS、DLGGGTFD和EEVD。同源性分析表明,合浦珠母贝HSP70的氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)等双壳贝类的相似性高达86%以上,基于氨基酸序列的聚类分析表明,合浦珠母贝与牡蛎属种...
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 林景卫  关山越  钟鸣  陈丽静  李浩戈  张丽  范文丽  李天来  
[期刊] 淡水渔业  [作者] 周康奇  潘贤辉  刘奕  牟希东  郑曙明  胡隐昌  宋红梅  杨叶欣  
为探究卵黄蛋白受体(Vitellogenin receptor,Vtgr)在双须骨舌鱼性腺发育的作用及组织表达规律,本研究运用RACE技术首次克隆获得双须骨舌鱼vtgr cDNA全序列,该序列全长为2 841 bp,开放阅读框(ORF)为2 556bp,编码氨基酸851个,5’端非编码区26 bp,3’端非编码区258 bp。生物信息学分析显示,vtgr蛋白分子质量为93.6 ku,等电点为4.78,含有8个低密度脂蛋白受体A结构域(LDLa),5个低密度脂蛋白受体YWTD结构域(LY),2个类表皮生长因子结构域(EGF),1个钙结合类表皮生长因子结构域(EGF-CA),1个跨度为23个氨基酸的跨膜结构域,属于极低密度脂蛋白受体(vldlr),是亲水性跨膜蛋白。多序列比对分析表明,双须骨舌鱼vtgr高度保守,与美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)相似度最高为95.96%。系统进化树分析发现,与美丽硬仆骨舌鱼聚为一支,与鲽形目、鲤形目、鲑形目亲缘性较远。qRT-PCR结果分析发现,双须骨舌鱼vtgr在雌雄鱼的8个不同组织中均有表达,在卵巢和精巢中的相对表达量显著高于鳃、肝、脾、心脏、头肾、脑等组织(P<0.05)。此外,vtgr在雌雄鱼性腺发育Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期表达分析表明,在卵巢中vtgr相对表达量依次递减,且Ⅱ期显著高于Ⅲ和Ⅳ期(P0.05),但Ⅱ和Ⅲ期表达量显著低于卵巢(P<0.05)。研究表明,vtgr基因编码区序列有较高保守性。Vtgr在双须骨舌鱼前期卵巢发育中发挥着重要作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 刘云云  李智敏  程毅  余永廷  陈佳  严准  
运用生物信息学手段分析pep1基因结构,并根据GenBank中玉米瘤黑粉菌pep1 DNA序列设计引物,从玉米瘤黑粉菌SG200的基因组中扩增得到了pep1基因全长,构建了pET–28a–pep1重组表达质粒,选用大肠埃希菌BL21(DE3)作为宿主菌,以1 mmol/L IPTG诱导表达。SDS–PAGE检测结果表明,诱导表达产物大小与理论值(20 800)一致,说明pET–28a–pep1能够在大肠埃希菌BL21(DE3)中高效表达。
[期刊] 华北农学报  [作者] 韩凯凯  严若峰  刘青涛  刘宇卓  李银  赵冬敏  黄欣梅  章丽娇  杨婧  付晨  
旨在对鸭坦布苏病毒NS5蛋白功能基团RNA依赖RNA聚合酶进行真核表达,同时对其蛋白结构和功能进行生物信息学分析。首先查找GenBank数据库中收录的DTMUV基因序列,以RdRp基因为研究对象,通过软件设计并合成特异性引物,RT-PCR技术扩增RdRp基因,回收PCR产物并与pCMV-N-Flag真核表达载体相连接,构建真核表达质粒pCMV-Flag-RdRp,将测序无误的质粒转染至BHK-21细胞,通过Western Blot和间接免疫荧光技术检测该蛋白在BHK-21细胞内的表达。同时针对RdRp蛋白,利用生物信息学软件进行序列分析、结构解析及功能预测。通过PCR方法成功扩增RdRp基因,构建的真核表达质粒pCMV-Flag-RdRp经双酶切鉴定证明正确,进一步通过间接免疫荧光技术与Western Blot检测发现,重组质粒pCMV-Flag-RdRp在BHK-21细胞内正常表达,生物信息学分析发现,RdRp蛋白编码606个氨基酸,分子式为C_(3091)H_(4810)N_(870)O_(894)S_(41),编码蛋白亲水性平均系数为-0.536,不稳定指数为42.15,含有丰富的磷酸化位点及O-糖基化位点。其二级结构包含46.37%的α-螺旋、12.54%的延伸链以及35.31%的无规则卷曲。上述结果为进一步研究坦布苏病毒致病性打下了基础。
[期刊] 草业科学  [作者] 向敏  扈鸿霞  于非  季荣  王晗  
本研究采用免疫组织化学分析方法,测定了HSP70蛋白在意大利蝗卵子发生期的表达定位及3342℃高温处理对其相对表达量的影响。结果表明,1)在卵黄发生前期,卵母细胞和滤泡细胞均表达HSP70蛋白,而在卵黄发生期和卵黄发生后期,HSP70蛋白阳性表达位于滤泡细胞;2)在3342℃温度范围内,随着温度升高,意大利蝗卵子发生期HSP70蛋白相对表达量呈现先上升后下降的变化趋势;其中36℃处理组HSP70蛋白相对表达量最高,显著高于27℃对照组(P0.05)。短时高温处理对意大利蝗卵子发生期HSP70蛋白相对表达量
[期刊] 西南农业学报  [作者] 李莉萍  陈明  唐章生  张永德  唐瞻杨  陈忠  曾兰  苏世坤  林勇  
采用RT-PCR技术,对美国尼罗、埃及尼罗、美国奥利亚、中国奥利亚、奥尼杂交罗非鱼(埃及尼罗♀×美国奥利亚♂)5个品系罗非鱼热休克蛋白Hsp70基因进行扩增并克隆测序,最终获得5个品系罗非鱼Hsp70基因完整编码区(code sequences,CDS)cDNA序列,全长均为1923 bp,编码640个氨基酸,含有Hsp70家族3个签名序列IDLGTTYS、IFDLGGGTFD和VVLVGGSTRIP-KIQK,以及C末端保守序列EEVD,核定位信号标签KRKHKKDISQNKRALRR;Dank特征基序DLGTT-S-V;胞质Hsp70特征基序EEVD;靠近C末端的GGMP4肽序列;2个糖基...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 刘笑天  仇昊  田莉  师亮  任昂  赵明文  谢荣  
[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选,分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化,为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础。[方法]运用生物信息学方法,分析灵芝蛋白数据库,将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较,从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白。对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析。通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化。[结果]经数据库的比对,获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白,其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C2H2保守结构域的同源蛋白数目最多,分别为61、55和40个。进化树分析结果表明,灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组。染色体定位结果显示,Chr3上的转录因子同源蛋白数量最多,Chr13上的最少。亚细胞定位预测结果表明,位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数目较多,分别为108和78个。乙酸处理组的转录组数据表明,含有TEA结构域的GL22568_R1乙酸处理后转录水平显著下调;含有C2H2结构域的GL16029_R1,含有Zn2Cys6结构域的GL17627_R1、GL16724_R1和GL21326_R1乙酸处理后转录水平显著上调。[结论]灵芝转录因子家族分类较多,分布较广,其中分属于TEA、C2H2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理。
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 刘笑天  仇昊  田莉  师亮  任昂  赵明文  谢荣  
[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选,分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化,为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础。[方法]运用生物信息学方法,分析灵芝蛋白数据库,将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较,从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白。对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析。通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化。[结果]经数据库比对,获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白,其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C_2H_2保守结构域的同源蛋白数量最多,分别为61、55和40个。进化树分析结果表明,灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组。染色体定位结果显示,Chr 3上的转录因子同源蛋白数量最多,Chr 13上的最少。亚细胞定位预测结果表明,位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数量较多,分别为108和78个。乙酸处理组的转录组数据表明,含有TEA结构域的GL22568_R1在乙酸处理后转录水平显著下调;含有C_2H_2结构域的GL16029_R1以及含有Zn2Cys6结构域的GL17627_R1、GL16724_R1和GL21326_R1在乙酸处理后转录水平显著上调。[结论]灵芝转录因子家族分类较多,分布较广,其中分属于TEA、C_2H_2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理。
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 高振华  李漾漾  王峰  齐明芳  李天来  刘玉凤  
Dicer-like蛋白(DCLs)是RNA沉默机制中的重要参与者,通过miRNA进行基因调控和植物的抗病毒保护,并且还与其他生物和非生物胁迫有关。研究番茄中DCLs的蛋白质基本功能以及SlDCLs对环境的响应,可以为DCLs参与抗逆途径及其在逆境中的作用提供理论依据。为深入了解番茄中RNase Ⅲ核酸内切酶Dicer-like蛋白基因家族的特征,利用生物信息学的方法对番茄DCL蛋白基因家族成员进行染色体定位,分析蛋白质基本理化性质、系统发育进化、启动子顺式作用元件、蛋白质结构域等。并通过qRT-PCR方法检测基因在组织中的表达模式和对激素、低温、盐、干旱等胁迫的响应。结果表明:番茄DCL基因有7个,分为4个家族;主要蛋白结构域有5个,启动子区域有响应各类激素、光信号、干旱等逆境的顺式作用元件,包括SlDCL1启动子区域的响应低温作用元件,SlDCL2a的SA、ABA响应元件,SlDCL2b的光响应元件,SlDCL2c的ABA,Me-JA响应元件,SlDCL2d的赤霉素响应元件,SlDCL3的Me-JA、SA响应元件,SlDCL4的干旱响应元件。结果表明:DCL家族基因在不同组织中具有不同的表达模式;激素、低温和渗透胁迫处理可以抑制或激活该家族成员的表达。SlDCL1直接响应低夜温,SlDCL2a对渗透胁迫响应明显;SlDCL2b的转录水平受到NACl的负调控;SlDCL2c受到低温以及ABA的正调控;SlDCL2d受NACl与PEG的负调控;PEG可以促进SlDCL3和SlDCL4的表达。
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