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[期刊] 淡水渔业
[作者]
陈文伟 曹建萌 刘志刚 杨娜 卢迈新
为分析罗非鱼群体的遗传多样性以及筛选与罗非鱼性别相关的微卫星标记。应用24对微卫星引物,使用常规PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法在两个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体和两个奥利亚罗非鱼(O.aureus)群体中初步筛选到UNH931、GM128、GM201、GM258、GM597以及UNH898共6个与性别相关的微卫星标记。然后使用降落PCR以及毛细管电泳的方法在两个尼罗罗非鱼群体、两个奥利亚罗非鱼群体以及ZY_1、WY_1、YY_1和YY_2型罗非鱼群体中进一步扩增这6个微卫星标记,统计各群体的遗传多样性参数:6个微卫星标记在上述群体共297个样本中检测到95个等位基因,其大小在97～302 bp之间,各位点在各群体等位基因数在1～13个之间,各群体平均观测等位基因数为2.167～9.333,平均有效等位基因数为1.624～4.966,平均观测杂合度为0.324～0.983,平均期望杂合度为0.329～0.782,平均多态信息含量为0.275～0.753;两个尼罗罗非鱼群体、WY_1和YY_2群体达到高度多态(PIC>0.5),两个奥利亚罗非鱼群体、ZY_1和YY_1群体为中度多态(0.25
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈叶雨 刘亚 杜军 宋明江 赖见生 林珏 龚全
【目的】由于达氏鲟缺乏第2性征,外部特征不足以判定其性别,所以通过筛选性别特异性的分子标记来进行性别鉴定将对达氏鲟养殖有着重要的意义。【方法】本研究从达氏鲟高通量测序获得的转录组数据库中,开发多态性的微卫星位点,并结合已报道的达氏鲟微卫星来进行性别相关位点的分析。【结果】根据转录组数据开发了15个具有多态性的微卫星位点,期望杂合度和Shannon-Wiener多样性指数分别在0.3831～0.8607和0.6541～1.9663。利用该15个微卫星位点和已报道的91个达氏鲟或鲟鱼通用的微卫星标记,在96尾(48♀,48♂)性成熟的达氏鲟个体中进行扩增并测序分型,结果显示1个位点ADX21的2个等位基因ADX21-144bp和ADX21-151 bp在雌雄个体间出现的频率差异达到了60%,分别为雄性优势条带和雌性优势条带,推测该位点可能与性别存在一定关联。【结论】本研究使用目前为止鲟鱼中使用数量最多的微卫星标记来进行大样本量的雌雄差异分析,为今后鲟鱼性别连锁标记的开发奠定了基础。
关键词：
达氏鲟 微卫星 多态性位点 性别相关标记
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
闫秋良 张英汉 李宏滨 魏彩虹 杜立新
为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记,利用SSRIT和SSRFinder软件对绵羊UniGene数据库的4 081个簇进行搜索,筛选绵羊EST-SSRs标记。结果表明,从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个,含有微卫星的序列121个,占整个EST序列数据库的3.0%,其中双碱基重复47个,三碱基重复54个,四碱基重复3个,五碱基重复4个,六碱基重复28个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,CTG重复在三碱基类型中最常见,分别占双碱基和三碱基微卫星序列总数的64%和29%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物30对,在设计的30对引物中,20对引物有扩增产物,...
关键词：
绵羊 表达序列分析 微卫星 SSR
[期刊] 水产学报
[作者]
王艳红 胡超群 张吕平 夏建军 任春华
对161 075条凡纳滨对虾dbEST(database of"Expressed Sequence Tags")的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二～六核苷酸重复6次以上(包括6次),共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总EST-SSR序列的80.2%;三核苷酸重复2 036条(16.1%),四核苷酸重复336条(2.7%),五核苷酸重复35条(0.3%),六核苷酸重复89条(0.7%)。大部分发现的微卫星序列为完美型(perfect)的重复序列。在二核苷酸所获得的SSR重复单元中,AG/CT是优势重复单元...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
匡刚桥 刘臻 鲁双庆 刘红玉 张建社 唐建洲
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集...
关键词：
鳜鱼 微卫星标记 富集文库
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁翠云 孙效文 梁利群
采用常规方法从鳙鱼(Aristichthysnobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件PrimerPremier5 0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。
关键词：
鳙鱼 微卫星 分子标记
[期刊] 华北农学报
[作者]
佟广香 匡友谊 张超 尹家胜
利用22个微卫星标记对随机交配的野生哲罗鱼F1176个个体的生长速度相关性状(体质量、全长、体高、体宽、头长、头宽和眼间距)进行分析,22个微卫星标记共检测到67个等位基因,各座位的等位基因2～6个,片段大小为109～452 bp,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.583 5和0.564 0,22个位点均有不同程度的偏离Hardy-Weiberg平衡。利用SPSS软件对7个性状正态分布检测发现,7个性状都显示出连续变异的特点,属典型的数量性状或者多基因遗传,符合正态分布;同时用GLM程序对22个微卫星标记与生长速度相关性状进行相关性分析,并将与性状显著相关的标记进行基因型之间的多重比较,结果...
关键词：
哲罗鱼 微卫星标记 性状 标记辅助育种
[期刊] 水产学报
[作者]
常浩文 刘志峰 孙志宾 马爱军 王新安 徐荣静
饲料转化率(FCR)是大菱鲆重要的经济性状，通过选择育种提高饲料转化率，能够有效地降低大菱鲆的养殖成本，提高养殖利润，进而推动产业的发展。微卫星标记被是鱼类分子标记辅助选育中常用的分子标记，为了筛选出与大菱鲆饲料转化率相关的微卫星标记，提高育种效率，研究以300尾大菱鲆幼鱼为实验材料，通过特制的网箱养殖系统，测定个体饲料转化率，分别选取饲料转化率最高和最低的30个样本作为高饲料转化率组(H组)和低饲料转化率组(L组)。利用40对大菱鲆微卫星引物，对H组和L组的DNA混池进行PCR扩增，统计两组个体PCR产物的基因型，筛选两池之间出现差异等位基因片段的位点，通过进一步的群体验证和家系验证，分析微卫星位点与大菱鲆饲料转化率的相关性。结果显示，微卫星位点YSKr148在238 bp的等位基因片段与大菱鲆饲料转化率存在极显著正相关性，相关系数达到0.359，家系验证中该位点的阳性组的饲料转化率显著高于阴性组。本研究首次获得了与大菱鲆饲料转化率性状显著相关的分子标记，为研究该性状的遗传基础以及相关分子机制提供了依据，为该性状的分子标记辅助选育奠定基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
董世瑞 栾生 孔杰
以1个人工授精获得的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)F2家系为材料,对其中80尾中国明对虾进行正态分布检验,选择19个稳定扩增的微卫星位点对每一个体进行扩增和基因分型,分析家系遗传信息。利用最小二乘法对微卫星位点与中国明对虾体长、全长、体质量性状进行关联性分析。采用SPSS 11.5软件作微卫星分子标记与经济性状的方差分析,考察各微卫星位点对体长、全长、体质量3个经济性状的影响程度。结果表明,中国明对虾体长、全长、体质量3个性状均呈正态分布(P>0.05);相关分析得到,19个微卫星位点中RS0683和FC019两个微卫星位点与体长、全长、体质量呈显著相关(P<0...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘福平 白俊杰 宋红梅 叶星 李胜杰 于凌云
为了筛选到与尼罗罗非鱼生长相关的分子标记,并对这些标记进行准确性鉴定,运用65个微卫星标记对鹭业和番禺2个尼罗罗非鱼群体进行了PCR扩增,再利用SPSS软件一般线性模型(GLM)对这些微卫星位点与尼罗罗非鱼体重等主要生长性状进行了标记性状连锁关联分析。结果表明,鹭业群体中有8个微卫星标记(UNH130,UNH183,UNH911,GM558,UNH211,UNH176,UNH914和UNH974)与主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),其中有2个微卫星标记(UNH914和UNH974)与番禺群体的主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),1个微卫星标记(...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁翠云 徐浩 张明昭 顾颖 李超 程磊 邱高峰 孙效文
利用镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系68个个体,分析其眼径(ED)和眼间距(EC)与164个细菌人工染色体文库(bacterial artificial chromosome,BAC)末端序列来源的微卫星标记的相关性。结果164个微卫星标记共检测到401个等位基因,463种基因型,利用GLM模型对每个标记与对应的性状做回归分析,Permutation 10 000次检验结果显示,共22个微卫星标记分别与眼径和眼间距具有显著相关性(P<0.05),其中CAFS1526等6个标记仅与眼径具有显著相关性(P<0.05),CAFS0882等11个标记仅与眼间距显著相关(P<0.0...
关键词：
镜鲤 眼径 眼间距 微卫星标记
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
张天时 刘萍 李健 孔杰 王清印
利用分群分离分析法对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育生长快的第6代群体生长性状发生分离的群体进行了微卫星DNA的遗传分析。7个多态性微卫星位点对分离群的大个体组和小个体组扩增时产生7个片段表现差异,扩增片段大小为0.1～1.0kb之间。同时对中国对虾人工选育的生长快群体4个连续世代进行了验证,扩增的结果显示,7个微卫星位点在4个连续世代中大部分的扩增带出现的频率相近,但是有一些扩增片段的基因频率出现差异,这些等位基因频率或增或减,这是否可作为具有良好生长特性的人工定向选育群体的遗传标记尚有待进一步研究。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郝君 孙效文 梁利群 鲁翠云
根据生物素与链霉亲和素的亲和原理,采用生物素-磁珠富集微卫星,与传统放射性同位素杂交法相结合,构建筛选大黄鱼的微卫星文库。用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段(含有接头和大黄鱼微卫星序列),经PCR扩增单链目的片段形成双链,然后连接至T载体上,转化感受态细胞。将移至硝酸纤维素膜的重组菌用32P标记的放射性同位素探针5′-[γ-32PATP(CA)15筛选出阳性克隆菌。测序结果发现,阳性克隆率为71.9%,105个微卫星位点。其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物。说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库,可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、...
关键词：
大黄鱼 微卫星 磁珠 生物素
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘金亮 常玉梅 徐丽华 刘春雷 梁利群 韩国苍 高玉奎 柳玉海
通过磁珠富集法筛选东北雅罗鱼的微卫星分子标记。采用限制性内切酶Sau 3AI对东北雅罗鱼基因组DNA进行酶切,选取400～900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CAG)8、(TGA)8、(AGAT)6、(GATT)6 4个探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后以SaulA为引物对长出的菌落进行PCR扩增,挑取扩增后片段大小符合条件的菌落送生物公司测序。结果表明:1 416个阳性克隆中有1 047个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列,完美型占67.99%,非完美型为15.31%;混合性标记占16.70%。从中选出160个微卫星序...
关键词：
东北雅罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高立志 刘映红 万宣伍 王佳 洪枫
【目的】筛选可用于柑橘大实蝇(Bactrocera minax)种群遗传研究的微卫星标记。【方法】选取33对柑橘大实蝇同属种柑橘小实蝇(B.dorsalis)、木瓜实蝇(B.papayae)、瓜实蝇(B.cucurbita)、东澳番茄实蝇(B.cacuminata)中多态性较好微卫星引物,通过对PCR扩增产物进行琼脂糖电泳初筛选及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳再筛选,并对其等位基因频率、多态信息含量和有效等位基因数等指数进行分析。【结果】33对微卫星引物中有12对引物对柑橘大实蝇有扩增条带,其同源率为36.4%。6个微卫星位点在柑橘大实蝇上共检测到23个等位基因,平均等位基因数为3.83个;6对微卫星...
关键词：
柑橘大实蝇 微卫星引物 等位基因 多态性
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