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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
苏建 戴习林 刘红 刘伟利 高翔 刘洁 丁福江
提取罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)上海养殖群体活体鳃、肌肉、肝胰腺、血液和雄性腺5种组织的总RNA;应用RT-PCR技术,从鳃组织中克隆到Toll样受体(TLR)基因部分cDNA序列,并进行生物信息学分析。基因序列分析表明:所得罗氏沼虾TLR基因cDNA序列长1 875 bp,包含1 728 bp的开放阅读框,可编码575个氨基酸残基;该部分TLR是一个跨膜蛋白,存在胞外区LRR、LRR-CT、LRR-NT结构域及关键的胞内区TIR结构域,具备Toll样受体家族的典型结构特征;TIR结构域与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和日本囊对虾(Ma...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
叶旻玉 刘利平 戴习林 沈默忱 徐灿
对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Toll样受体基因的cDNA片段进行了克隆。从凡纳滨对虾提取肌肉、鳃和肝胰腺中的总RNA,根据黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)Toll样受体的TIR区设计引物,从鳃中逆转录扩增得到cDNA序列,进行测序。所得序列结果与其他物种的已知TIR及TLR氨基酸序列进行聚类分析建立系统进化树,并进行氨基酸序列同源性比较。结果表明所得序列与斑节对虾(Penaeus monodon)、赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、果蝇(Drosophila melanogaster)、意大利蜜蜂(Apis mellife...
关键词：
凡纳滨对虾 Toll样受体 基因克隆
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王文青 朱小玲
采用RT-PCR和RACE末端扩增技术,从日本沼虾(Macrobrachium nipponense)卵巢组织中获得了5种不同构型的RXR基因cDNA序列。结果显示:RXR基因中MnRXRL2含有最长的开放阅读框(open reading frame,ORF),其全长1698 bp,编码337个氨基酸。对比5个不同构型的核苷酸序列,有四个不同的剪接位点,一个发生在5′端A/B区域,产生了3种不同形式的5′端序列;一个在RXR受体结构的D区即铰链区域,使T-盒区长度也有3种形式(VQEERQR/VQVGGIEEERQR/VQVGGIE);两个发生在LBD区,其中一个是在H2-H3螺旋区域,产生了...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
金生振 王荣华 周智愚 刘巧林 彭慧珍 肖调义
为探究赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)Toll样受体9基因(toll–like receptor 9,ScTLR9)的结构特性及其参与免疫应答草鱼呼肠弧病毒(grass carp reovirus,GCRV)感染时的表达特性,采用RACE技术克隆Sc TLR9基因c DNA全长序列,采用实时荧光定量PCR技术比较分析ScTLR9免疫应答GCRV的表达特性。结果显示:ScTLR9的cDNA全长为3 687 bp,编码1 059个氨基酸,有17个富含亮氨酸重复序列(leucine r
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王其梁 邱高峰
克隆了罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）含DM结构域的Dsx基因（MroDsx）部分序列，DM结构域包含5个保守的半胱氨酸（cysteine）和2个组氨酸（histidine）， 且与中国对虾(Fenneropenaeus chinensis )Dsx基因DM结构域具有73%的相似性。荧光定量PCR（quantitative real time PCR，qPCR）结果显示：MroDsx基因仅在性腺中特异性表达，且在精巢中的表达量显著高于卵巢；在精巢发育早期（主要是精原细胞）高表达，随着精巢的发育MroDsx基因的表达量逐渐降低。原位杂交(in situ hybridization，ISH)结果进一步显示：MroDsx转录本在精原细胞表达量高，在精母细胞以及精细胞中较弱，在成熟的精子中不表达，与荧光定量的结果一致。基于对MroDsx转录本的表达分析，暗示：MroDsx可能参与罗氏沼虾精巢的发育过程。
关键词：
罗氏沼虾 Doublesex 性腺发育
[期刊] 水产学报
[作者]
王在照 相建海
提取鹰爪虾眼柄总RNA,以眼柄总RNA为模板,根据日本对虾的具有蜕皮抑制活性的神经肽Pej SGP Ⅳ的氨基酸设计兼并引物,进行RT PCR扩增,在适宜条件下得到一特异性片段。将这一特异性片段克隆到载体中进行测序,测得鹰爪虾的特异性cDNA片段由213个碱基对组成,推测的氨基酸序列由71个氨基酸组成。序列比较发现许多甲壳动物的CHH家族神经肽与它相似。在所有与该序列推测的氨基酸序列相似的甲壳动物CHH家族神经肽中,MIH与它的相似度最高,表明由鹰爪虾眼柄特异性cDNA片段推定的氨基酸序列可能是鹰爪虾的MIH片段,它相当于MIH成熟肽的第5至75个氨基酸。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李洁 王虹 周洋 马洁乐 刘小玲 林蠡
为了研究团头鲂(Megalobrama amblycephala)TLR2(ma TLR2)在抗嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染中的作用,本实验克隆了ma TLR2基因的c DNA全长。结果显示:ma TLR2基因c DNA的全长包括2923 bp,编码792个氨基酸。预测得到的ma TLR2的结构域包括一个信号肽、氨基端的亮氨酸重复基序(LRRs)、跨膜结构域(TM)和一个胞内的Toll/白介素(IL)-1受体区(TIR)。在嗜水气单胞菌感染后,团头鲂头肾中,TLR2的表达量
[期刊] 中国水产科学
[作者]
彭巧玲 蒲友光 程子华 聂刘旺
Dmrt基因家族是一个与性别决定相关的基因家族。迄今,已在鱼类、爬行类、鸟类、哺乳类等高等动物中检测到了Dmrt基因的存在。为了进一步探讨该家族在系统进化中的保守性,本研究采用简并PCR技术,扩增了罗氏沼虾(Macrobrachiumrosenbergii)Dmrt基因的DM结构域。经序列分析,获得了Dmrt基因家族的3个成员,其编码序列分别与人DMRT2、DMRT3、DMRT4基因DM结构域编码序列的相似性分别为93%、80%和95%,根据罗氏沼虾的拉丁名分别命名为MrDmrt2、MrDmrt3、MrDmrt4。与其他动物相关的Dmrt基因进行聚类分析,结果表明,不同进化地位动物的Dmrt基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
曹迪 许勇 郭绍贵 赵越 宫国义 张海英
乙烯受体基因ETR1是乙烯信号转导过程中的关键调控基因。研究根据ETR1基因的保守序列设计引物,以西瓜(Citrullus lanatus(Thunb.)Matsum&Nadai var.lanatus)和黄瓜(Cucumis sativus L.)的基因组DNA为模板进行PCR扩增,获得序列长度分别为1 633 bp和1 491 bp的基因片段CLETR1和CSETR1。序列分析表明,CLETR1和CSETR1与Genebank中收录的多条ETR1基因的核苷酸序列同源性在80%~98%,氨基酸序列同源性在75%~98%。西瓜和黄瓜ETR1基因片段的编码序列存在明显的单核苷酸变异,共23个核苷...
关键词：
ETR1 基因克隆 西瓜 黄瓜
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李冰 王杰 张成锋 朱健
为了解催乳素受体(Prolactin Receptor,PRLR)的基因序列及其在建鲤(Cyprinus carpio var.jian)渗透调节组织中的表达情况,采用同源克隆和末端快速扩增(rapid amplication of cDNA ends,RACE)的方法分离克隆了建鲤PRLR基因全长cDNA,得到2 440 bp的全长cDNA,包括1 821 bp的开放阅读框(ORF),213 bp的5′末端非编码区(UTR)以及406 bp的3′末端非编码区(UTR)。对该基因序列和推测的氨基酸序列进行同源性比对和系统分析显示:建鲤与其他硬骨鱼类该基因的氨基酸序列相似度在37.46%～87....
[期刊] 中国水产科学
[作者]
周春雪 蒋霞云 陈杰 邹曙明
本研究采用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)IGF-IR基因全长cDNA序列,并对该基因在草鱼不同时期胚胎和成鱼不同组织中的表达进行了分析。序列分析表明,草鱼IGF-IR基因cDNA序列全长5 741 bp,包括5′端非翻译区822 bp,3′端非翻译区581 bp,开放阅读框4 338 bp,共编码1 445个氨基酸。序列比对结果显示,草鱼IGF-IR可能属于a型,该基因编码的氨基酸序列与鲤(Cyprinus carpio)IGF-IRa、斑马鱼(Danio rerio)IGF-IRa和人类(Homo sapiens)IGF-IR...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王玉臣 谭玉梅 刘永翔 刘作易
为进一步研究谢瓦氏曲霉间型变种中flbA基因的结构及其与有性发育的关系,根据FlbA氨基酸的保守序列设计简并引物,利用RT-PCR、RACE方法从谢瓦氏曲霉间型变种的总RNA中扩增出flbA基因的cDNA序列。该序列全长3060 bp,包含2295bp的开放阅读框(Open reading frame,ORF),预测编码一个由764个氨基酸组成的蛋白,该蛋白分子量为83 181.19,理论等电点为6.31,为不稳定的亲水蛋白。序列同源性为:该基因与烟曲霉(Aspergillus fumigatus)的发育调控子flbA相似度,最高为77%,其编码的氨基酸含有一个RGS(Regulator of...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 杨春玲 彭敏 何苹萍 陈晓汉
为研究病毒感染凡纳滨对虾血细胞黏连因子基因表达量的变化,进而研究该因子在对虾先天免疫系统中的作用,利用RACE方法克隆凡纳滨对虾血细胞黏连因子cDNA序列,并通过荧光定量PCR方法分析其在病毒感染前后不同组织中的表达情况。成功获得了长度为1529 bp的Peroxinectin基因部分cDNA编码序列,3’端含有一段长度为319 bp的非翻译区,推测血细胞黏连因子部分序列编码402个氨基酸。凡纳滨对虾血细胞黏连因子的氨基酸序列高度保守,在线比对发现其氨基酸序列与斑节对虾和中国明对虾相似性达到90%,而与锯缘青蟹有87%的相似性。通过荧光定量PCR技术检测IHHNV感染前后血细胞黏连因子基因表达...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙杰 王宝杰 孙姝娟 李晓华 姜珊 刘梅 蒋克勇 王雷
利用3’和5’RACE技术从中国对虾Fenneropenaeus chinensis肝胰腺中克隆了1个血蓝蛋白基因FCHc,FCHc基因cDNA全长为2161bp。其中,开放阅读2 034bp,编码678个氨基酸,预测分子量为77.59 kDa。FCHc序列与凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei血蓝蛋白同源性为82%,与日本囊虾Marsupenaeus japonicas同源性为85%。Real-timePCR实验结果表明,FCHc在肝胰腺中的相对表达量最高,在心脏和表皮中几乎不表达。该基因在鳗弧菌和对虾白斑综合征病毒(WSSV)感染后的对虾肝胰腺中的表达量显著增加,并具有不同的...
关键词：
中国对虾 血蓝蛋白 基因克隆 序列分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
覃川杰 陈立侨 李二超 杨洁萍 姜雪芹
利用RT-PCR方法克隆瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)肝脂酶cDNA序列片段,并对其基因结构和系统进化关系进行分析.瓦氏黄颡鱼肝脂酶cDNA片段长1065 bp,编码353个氨基酸.肝脂酶氨基酸序列同源性分析结果表明,瓦氏黄颡鱼与其他鱼类的同源性为62%-100%.瓦氏黄颡鱼肝脂酶氨基酸残基包含糖基化位点、催化位点、催化中心三联体位点、脂质结合位点和多肽"盖"等主要结构区域.系统进化树分析表明,瓦氏黄颡鱼肝脂酶与草鱼、鳙、斑马鱼肝脂酶聚为一支.因此,瓦氏黄颡鱼的肝脂酶在鱼类进化中较为保守.
关键词：
肝脂酶 瓦氏黄颡鱼 基因克隆 序列分析
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