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[期刊] 水产学报
[作者]
高风英 叶星 白俊杰 吴锐全 劳海华 简清 罗建仁
Probes are essential for study of gene expression and regulation. In this study, a method was established to prepare the biotin-labeled probe for 18S rRNA gene of freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii. And the labeled method was used to produce a lysozyme gene probe, then applied in analysis o...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孔繁德 陆承平
将含有犬细小病毒2.0 kb DNA 克隆片段的重组质粒 pBI-264转化大肠杆菌 JF-803,扩增后用碱裂解法提取重组质粒,纯化后电泳,用冷榨法回收克隆片段。用光敏生物素分别标记重组质粒及克隆片段,制成重组质粒探针及克隆片段探针两种核酸探针,它们对犬细小病毒有相同的杂交特异性,检测灵敏度达 pg 水平,保存期至少8个月。检测25份犬粪样,阳性率为32%(8/25),而 HA-HI 试验为24%(6/25),两种方法的符合率为92%(23/25)。本试验从粪样直接提取病毒 DNA,用非放射性的光敏生物素标记探针检测,方法简便,可直接应用于兽医病毒学诊断。
[期刊] 华北农学报
[作者]
吕翠 马小明 尹燕博 单虎
以地高辛(DIG)标记猪流感病毒(SIV)M基因的保守片段制成核酸探针,与H1及H3亚型的猪流感病毒(SIV)的cDNA、猪呼吸与繁殖综合征病毒(PRRSV)的cDNA、猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)的DNA、猪瘟病毒(CSFV)cDNA、猪伪狂犬病(PRV)的DNA进行斑点杂交,以检测探针的特异性,结果该探针仅与H1及H3亚型的猪流感病毒(SIV)的cDNA杂交呈阳性,与其余病毒杂交呈阴性;敏感性试验显示,探针最低能检出约5 pg的H3亚型的SIV RT-PCR产物。应用该探针对35份疑似SI临床病料进行检测,结果检出9份阳性,与RT-PCR检测结果一致。本研究结果表明,建立的DIG标记的核酸探...
关键词：
地高辛标记的核酸探针 猪流感病毒 检测
[期刊] 水产学报
[作者]
刘问 钱冬 吴建翔 邵健忠
罗氏沼虾肌肉白浊病(whitish muscle disease of Macrobrachium rosenbergii)是一种发生在罗氏沼虾苗种阶段的流行病,发病虾苗出现肌肉白浊、白斑或白尾症状,死亡率高达60%以上。作者所在实验室在确定其病原是罗氏沼虾诺达病毒(Macrobrachium rosenbergii Nodavirus,MrNV)的基础上,用MrNV免疫BALB/c小鼠,取小鼠脾细胞与SP2/0鼠骨髓瘤细胞融合,用间接ELISA筛选阳性孔,经有限稀释法克隆,得到12株能特异分泌抗MrNV的单克隆抗体(Mab)的杂交瘤细胞。注射小鼠,制备腹水单克隆抗体,ELISA效价为1∶10...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨百亮 丁伟 马海利 周志江 徐克诚 张让堂
采用寡核苷酸生物素探针进行了斑点杂交试验。结果表明,12株单核细胞增多症李氏菌均与探针呈杂交阳性,其它种李氏菌和细菌无一与探针杂交。探针检测靶DNA的敏感性为10ng,过夜增菌培养,可提高敏感性10~3～10~4倍,测出样品中少至150个细菌,探针法检测市售猪肉和牛奶的阳性率高于分离培养法,具有推广应用价值。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周凤丽 简纪常 吴灶和
从基因库中获取溶藻弧菌的胶原蛋白酶基因序列和外膜蛋白基因序列,根据基因的保守性用DNAStar分别设计2对引物,分别对溶藻弧菌基因组进行PCR扩增,用地高辛标记扩增的特异DNA片段以制备探针。分别用胶原蛋白酶DNA探针和外膜蛋白DNA探针对实验室保种的溶藻弧菌以及鱼排分离的溶藻弧菌进行斑点杂交检测,检测结果表明,胶原蛋白酶基因探针与保种的溶藻弧菌以及鱼排分离的溶藻弧菌DNA产生较强的阳性反应,而与霍乱弧菌、哈氏弧菌和副溶血弧菌DNA等均无反应,表明该胶原蛋白酶DNA探针的特异性较强;而外膜蛋白基因探针与保种的溶藻弧菌以及鱼排分离的溶藻弧菌DNA产生较强的阳性反应,但与哈氏弧菌和副溶血弧菌DNA...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨冰 黄倢 宋晓玲 史成银 刘莉 刘庆慧
利用非放射性标记物地高辛(DIG),通过PCR方法制备了对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)DNA探针,探针长度705bp,标记产量为20ng/μL。通过核酸探针斑点杂交检测方法对此探针特异性及灵敏度进行验证,结果表明,该探针具有较高的灵敏度和较强的特异性,检测IHHNVDNA的检出灵敏度为24.8pg,可检出26.6ng患病对虾组织DNA中的IHHNV,与250.4ng健康虾组织DNA、202.5ng健康虾匀浆液,白斑综合症病毒(WSSV)DNA和肝胰腺细小病毒(HPV)DNA均不发生交叉反应。本方法可应用于健康亲虾、苗种的培育和无特定病原(SPF)对虾种群的选育及IHHNV流行病...
[期刊] 水产学报
[作者]
周建玲 童裳亮 宫云浩
研究了用生物素标记的寡核苷酸ＤＮＡ探针快速检测鱼传染性胰脏坏死病病毒ＩＰＮＶ，取得了较好的结果。对探针的灵敏度、特异性进行了测定，并与其它快速检测技术作了比较。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吴莹莹 孟宪红 孔杰 王清印 栾生 罗坤
利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000～0.947和0.049～0.506,有效等位基因数分布范围为1.051～1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.0476～0.375,平均为0.272。另外,基因功能注释表明,39...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
颜世敢 朱丽萍 张玉忠 周百成 张秀美 李雁冰
用适宜摩尔浓度的异型双功能交联剂SPDP将R-藻红蛋白与纯化的禽流感病毒H9亚型多克隆抗体交联,并经高效液相色谱纯化制备R-藻红蛋白标记抗体荧光探针。以溴化氰活化的琼脂糖微球为固相载体,采用双抗体夹心法建立固相免疫荧光检测法,以制备的R-藻红蛋白标记抗体荧光探针检测禽流感病毒H9尿囊毒。结果表明,阳性微球在蓝、绿光激发下发射桔黄色荧光,荧光明亮,无背景光干扰,特异性好,灵敏度高,可检测蛋白浓度为1.85×10-5mg.mL-1的H9亚型尿囊毒。R-藻红蛋白标记探针的检测灵敏度高于FITC标记探针,R-藻红蛋白可替代FITC或与FITC等荧光染料一起用于多色荧光免疫检测。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯海洋 邱高峰
从中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)和罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)卵巢cDNA中克隆了cyclin B基因的开放阅读框,分别连接到pGEX-2T和pET-32a表达载体,转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导表达重组蛋白GST-EsCB和Trx-MrCB。通过优化培养温度、IPTG浓度以及诱导时间,得出重组蛋白的最佳表达条件分别为:0.1 mmol/L IPTG、37℃、4 h和0.1 mmol/L IPTG、30℃、6 h。重组蛋白主要以包涵体形式存在。亲和层析纯化重组蛋白,作为抗原免疫家兔,制备GST-EsCB和Trx-MrCB多克...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘杜娟 潘晓艺 尹文林 张宇飞 王军毅 郝贵杰 徐洋 蔺凌云 沈锦玉
对罗氏沼虾育苗水体连续添加不同浓度的葡萄糖和定量的枯草芽孢杆菌培育生物絮团,自1日龄幼体培育至仔虾,连续监测水体的氨氮、亚硝酸氮、溶解氧、COD、葡萄糖和生物絮团等浓度;通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析生物絮团中微生物组成,测定出苗率及育成仔虾个体大小。通过27 d室内罗氏沼虾育苗试验发现:各组生物絮团含量无显著差异,应用生物絮团后,葡萄糖终浓度为20 mg/L组的氨态氮和亚硝酸氮明显低于对照组(P
[期刊] 水产学报
[作者]
王印庚 张凤萍 李胜忠 陈霞 崔玉龙
腐皮综合征是近年来养殖刺参发生的严重疾病。发病时,刺参大批死亡,经济损失惨重。以其主要致病原灿烂弧菌(Vibrio splendidus)DNA为模板,PCR扩增出16S-23S核糖体RNA基因间隔区序列,插入pMD19-T,转化大肠杆菌DH5α并测序。根据该间隔区序列,设计引物扩增177 bp的地高辛标记的探针。该探针对灿烂弧菌呈现特异性,而对其它细菌V.fluvialis,V.anguillarum,V.alginolyticus,Aeromonas hydrophila,V.harveyi,V.parahaemolyticus,V.vulnificus均呈阴性。探针对灿烂弧菌DNA的检出...
[期刊] 水产学报
[作者]
洪斌 牛犇 陈萍 李薇 刘海泉 潘迎捷 赵勇
探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
周晓敏 戴习林
罗氏沼虾因其自身的生长优势，已成为我国重要的养殖虾类，为保证其养殖的持续健康发展，对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果，参考NCBI数据库，选取60个SNP位点，以马来西亚野生群体（MW）为样本采用直接测序技术进行位点多态性检测，得到25个（41.7%）具有二等位基因位点。并对罗氏沼虾上海（SH）、浙江（ZJ）、马来西亚养殖群体（MF）、生长快品系选育群体（BG）及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析，其观测杂合度H_(o)和期望杂合度H_(e)的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37，平均多态性信息含量值依次为0.29、0.24、0.21、0.26、0.33，表现为中低等多态水平；群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968、0.032～0.417，MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大，SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小；遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293，MF群体和MW群体之间出现最高值，SH群体和ZJ群体出现最低值，SH群体和ZJ群体基因流最高，MF群体和MW群体最低；AMOVA分子方差分析显示，遗传变异主要来源于群体内，群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151～0.342，3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体，对25个位点在5个群体中的基因型统计分析，有9个位点处BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反，有14个位点处3个养殖群体较MW群体，杂合个体频数普遍降低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。
关键词：
罗氏沼虾 SNP 直接测序法 遗传多样性
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