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[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
刘萍 邱高峰 郑亮 张玉珂
促雄腺是甲壳动物雄体特有的内分泌腺,在性别分化中起关键作用。为了获得罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)促雄腺的表达序列标签(ESTs)及可能的功能基因全序列,运用SMART技术构建罗氏沼虾促雄腺cDNA文库,用菌落PCR的方法对cDNA文库进行初步筛选,在筛选的114个阳性重组克隆中随机挑取24个克隆测序,有12条EST序列,其中4个cDNA功能基因,4个rRNA,4个新基因。该研究用SMART技术获得全长cDNA序列的比率较高,同时对分离的四个已知基因的潜在功能进行了初步推断,为进一步筛选与罗氏沼虾促雄腺分化和发育调控相关的功能基因奠定了基础。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈华 蔡铁城 张冲 邓烨 熊发前 唐荣华 周双彪 庄伟建
以‘闽花6号’品种为材料,利用SMART技术成功构建了花生叶不同生育时期混合的全长c DNA文库,并对文库的部分序列进行测序及分析.结果表明,该文库原始库容为2.25×106cfu·m L-1,重组率达100%,插入片段大小为750-2000bp,平均插入片段大小为1000 bp,达到文库质量要求.随机挑选50个单克隆进行5'端测序,共获得50条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因25个,未知功能基因14个,新基因11个,其中49个(98%)基因为花生未报道的基因.参与代谢过程和胁迫响应的基因表达量较高.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王艳飞 屈志鹏 张永红 马金彪 郭军 韩青梅 黄丽丽 康振生
【目的】了解小麦受条锈菌诱导后的基因表达情况,从分子水平揭示寄主与病原菌非亲和互作机理。【方法】以小麦品种水源11和条锈菌CY23号小种组成的非亲和组合为材料,利用SMART技术构建条锈菌诱导的小麦叶片cDNA文库。随机挑取克隆测序,对其中获得的507条高质量表达序列标签(EST)进行生物信息学分析。【结果】得到原始文库的滴度为1.2×106pfu·ml-1,扩增文库滴度2×109pfu·ml-1,重组率97%,插入片段大小为0.4～3kb。对获得的237个非重复序列进行BLAST分析,已知功能基因大部分与能量代谢、蛋白质合成修饰及加工、转运、信号转导、防卫反应等相关。【结论】该cDNA文库质...
[期刊] 华北农学报
[作者]
马娟 张军鸽 李秀花 李敏权 陈书龙
本研究以芜菁夜蛾斯氏线虫Steinernema feltiaeG26的侵染期幼虫为材料,利用SMART(Switching mechanism at 5′ end of RNA transcript)技术,构建了其cDNA文库,得到原始文库的库容为3.7×108cfu/mL。随机挑取450个克隆,测序获得386条质量较好的序列,插入片段多在0.3~3 kb之间。将EST序列进行同源性比对,EST中有注释信息的占95.92%,无注释信息的4.08%。蛋白功能分析表明所得EST包括核糖体蛋白类,调节因子,信号传导相关基因,代谢酶类等。此全长cDNA文库的构建成功,为阐明侵染期抗逆性幼虫形成与发育机...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
丁君 孙巍 常亚青
应用Gubler-Hoffman cDNA文库技术,构建虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)性腺cDNA文库。测试结果表明,其库容量为2.10×106 PFU/mL,长度范围在0.5~4.2 kb,插入片段平均长度为1.4 kb,达到建库要求。对虾夷马粪海胆cDNA克隆测序,将获得的819条EST序列与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了65个有研究价值的EST序列和cDNA克隆,其EST序列已提交到GenBank,序列号分别为GO448010–GO448016、GR410172–GR410229,虾夷马粪海胆性腺cDNA文库的成功构建,使短期内获得...
关键词：
虾夷马粪海胆 cDNA 表达序列标签
[期刊] 华北农学报
[作者]
李雯 郭巍 张霞
昆虫围食膜是由几丁质和蛋白质组成一个半透膜结构,由中肠分泌,保护细胞免受机械性损伤和细胞微生物感染。以害虫生物防治的新靶标——中肠围食膜作为研究对象,分离和鉴定甜菜夜蛾中肠围食膜蛋白基因。依据免疫学筛选方法,用制备的甜菜夜蛾围食膜蛋白多克隆抗体,对甜菜夜蛾中肠cDNA表达文库进行免疫筛选。获得231个围食膜蛋白阳性克隆,经测序、生物信息学分析可知得到8个几丁质结合蛋白,2个肠粘蛋白;并对结构功能进行分析预测。研究结果为揭示围食膜分子结构,进一步以中肠围食膜为靶标进行生物防治奠定了基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
苏建 戴习林 刘红 刘伟利 高翔 刘洁 丁福江
提取罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)上海养殖群体活体鳃、肌肉、肝胰腺、血液和雄性腺5种组织的总RNA;应用RT-PCR技术,从鳃组织中克隆到Toll样受体(TLR)基因部分cDNA序列,并进行生物信息学分析。基因序列分析表明:所得罗氏沼虾TLR基因cDNA序列长1 875 bp,包含1 728 bp的开放阅读框,可编码575个氨基酸残基;该部分TLR是一个跨膜蛋白,存在胞外区LRR、LRR-CT、LRR-NT结构域及关键的胞内区TIR结构域,具备Toll样受体家族的典型结构特征;TIR结构域与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和日本囊对虾(Ma...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 杨春玲 彭敏 何苹萍 陈晓汉
为研究病毒感染凡纳滨对虾血细胞黏连因子基因表达量的变化,进而研究该因子在对虾先天免疫系统中的作用,利用RACE方法克隆凡纳滨对虾血细胞黏连因子cDNA序列,并通过荧光定量PCR方法分析其在病毒感染前后不同组织中的表达情况。成功获得了长度为1529 bp的Peroxinectin基因部分cDNA编码序列,3’端含有一段长度为319 bp的非翻译区,推测血细胞黏连因子部分序列编码402个氨基酸。凡纳滨对虾血细胞黏连因子的氨基酸序列高度保守,在线比对发现其氨基酸序列与斑节对虾和中国明对虾相似性达到90%,而与锯缘青蟹有87%的相似性。通过荧光定量PCR技术检测IHHNV感染前后血细胞黏连因子基因表达...
[期刊] 林业科学
[作者]
周祥明 张冰玉 苏晓华 王大海 黄秦军 张香华 张志毅
采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,得到相应的Contigs和Singletons分别为451和1104个,并通过与NCBI等核酸数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能和未知功能的基因1015个,无序列相似性的新基因540个。这些数据为进一步研究高等植物花发育提供了一个极有价值的资源。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李虹 卢孟柱 蒋湘宁
简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展,并对其在林木基因组研究中的应用前景进行了展望。
关键词：
EST 新基因发现 基因表达 分子标记
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王其梁 邱高峰
克隆了罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）含DM结构域的Dsx基因（MroDsx）部分序列，DM结构域包含5个保守的半胱氨酸（cysteine）和2个组氨酸（histidine）， 且与中国对虾(Fenneropenaeus chinensis )Dsx基因DM结构域具有73%的相似性。荧光定量PCR（quantitative real time PCR，qPCR）结果显示：MroDsx基因仅在性腺中特异性表达，且在精巢中的表达量显著高于卵巢；在精巢发育早期（主要是精原细胞）高表达，随着精巢的发育MroDsx基因的表达量逐渐降低。原位杂交(in situ hybridization，ISH)结果进一步显示：MroDsx转录本在精原细胞表达量高，在精母细胞以及精细胞中较弱，在成熟的精子中不表达，与荧光定量的结果一致。基于对MroDsx转录本的表达分析，暗示：MroDsx可能参与罗氏沼虾精巢的发育过程。
关键词：
罗氏沼虾 Doublesex 性腺发育
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 崔俊 颜婕 蔡生力
从成熟的克氏原螯虾卵巢中提取总RNA,通过同源克隆得到了卵黄蛋白原受体c DNA部分序列,长度为506 bp,在NCBI网站上进行比对后发现,其与斑节对虾、短沟对虾、罗氏沼虾的卵黄蛋白原受体(Vg R)c DNA序列有较高的相似性。采用实时荧光定量PCR方法,测定了卵巢不同发育时期卵巢和肝胰腺两个组织中卵黄蛋白原受体m RNA的相对表达水平。结果显示,卵巢是卵黄蛋白原受体基因表达的主要部位,而肝胰腺只能检测到少量表达,卵黄蛋白原受体基因在卵巢的卵原细胞增殖期相对表达量最高,随后下降,成熟期达到最低值,恢复期开始回升。结合卵巢不同发育阶段卵巢质量的变化计算表达总量,结果发现,卵黄蛋白原受体基因的...
关键词：
卵黄蛋白原受体 克氏原螯虾 克隆 表达量
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王志成 蒋建雄 钟军 易自力 刘清波
建立了一种利用PCR-96孔板法快速筛选棉纤维cDNA噬菌体文库,分离全长基因序列的技术体系.首先根据已知EST片段设计一至两对特异PCR引物,通过在96孔滴定板上逐级稀释cDNA文库,利用特异引物以及特异引物与通用引物组合逐级从cDNA文库中筛选目标克隆,最终可获得目标全长cDNA.
关键词：
聚合酶链式反应 cDNA文库 筛选
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张敏 黄华宏 林二培 周厚君 王亚辉 童再康
以光皮桦茎叶组织为材料,构建了cDNA文库。初级文库滴度为1.5×106pfu/mL,重组率达97.3%,插入片段大小在0.5～3.0kb之间,平均长度约为1.3kb,表明所构建的文库质量较高,可用于后续基因克隆及基因表达谱的研究。利用微卫星查找软件对获得的224条EST序列进行微卫星位点搜寻及其丰度、分布比较,发现47条序列含微卫星位点60个,占全部EST序列的26.80%;在所有SSRs中二碱基重复最多,为42个,占总数的70.00%,含三、四碱基重复分别占总数的28.30%和1.70%。通过对光皮桦EST序列中微卫星位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物、进行遗传多样性分...
关键词：
光皮桦 cDNA文库 SSR分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈金平 王斌 吴文化 梁冰 张树义
应用抑制差减杂交(SSH)技术构建了施氏鲟(Acipenser schrenckii)精巢和卵巢组织的SMART cDNA文库及其cD-NA差减文库,从两个差减文库中随机挑取200个克隆进行PCR检测,随机挑选其中的123个cDNA克隆测序。将所测序列经GenBank检索和生物信息学比较,发现有55个cDNA片段序列在GenBank上无明显的同源性,68个片段与已报道的基因有较高的同源性,其中17个cDNA片断为精巢中特异表达的基因,而51个为卵巢中特异表达的基因。精巢中大量表达的主要为延长因子(EF-1)和脂肪酸连接蛋白等与精子生成发育有关的基因,而卵巢主要为ZPC、组蛋白和周期蛋白等与卵细...
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