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[期刊] 情报学报
[作者]
万跃华 何立民
大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据库 ,生物大分子 (主要是蛋白质 )三维空间结构数据库 ,以及以这 3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库 (包括基因组二次数据库、蛋白质序列二次数据库、蛋白质结构二次数据库 )和生物信息学数据库的集成系统等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学数据库的最近动态和有关信息 ,同时对主要的热门生物信息学数据库站点和资源进行了评价。此外 ,就国内生物信息学数据库存在的问题与前景进...
[期刊] 图书馆论坛
[作者]
戚筠 何琳
深化对国内外领域数据库FAIR原则实践研究，奠定进一步开展科学数据的管理工作布局与实践基础，为不同学科领域的数据开放路径提供支持。采用文本分析法对国内外11个生物信息学领域数据库的介绍文献内容进行编码，探索其FAIR原则实践进展。通过分析生物信息学领域数据库的可发现、可访问、可互操作和可重用的FAIR原则实践，发现FAIR原则在生物信息学领域的数据实践研究中存在管理与应用两方面的不足。建议在后续FAIR原则实践中，生物信息学领域数据库在设计和管理上规范标准并不断创新，丰富领域数据相关描述，遵循通用且符合FAIR原则的数据库规定，实现领域中各数据库平台的互联互通，提高数据开放共享。
[期刊] 情报学报
[作者]
黄科 曹家树 吴秋云 温庆放
生物信息学是生物技术的核心 ,是一门由生物、数学、物理、化学、计算机科学、信息科学等多学科交叉产生的新兴学科。本文介绍了生物信息学的概念 ,分析了发展生物信息学对现今科学发展的重大意义。根据生物信息学的发展特点 ,具体分析了生物信息学研究的内容 :基因组序列的分析 ;基因进化 ;药物设计 ;基因区域预测 ;基因功能预测 ;蛋白质结构预测。评述了生物信息学发展的现状 ,指出我国生物信息学发展中存在的问题 ,并对我国发展生物信息学提出了一些建议。最后分析了生物信息学发展的方向 ,展望了生物信息学的发展前景
关键词：
生物信息学 生命科学 新兴学科
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
彭佳红 张铭
数据挖掘是一个崭新的计算机应用领域,而生物信息学是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科.综述了数据挖掘技术的内容、过程、方法和模式,介绍了生物信息学的内涵和新的应用技术,同时探索了数据挖掘技术对生物信息挖掘应用的途径.
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
杨文 韩涛 孙志茹
在分析生物信息学领域已有数据库、整合平台的基础上,归结了目前生物学数据库融合的两种模式:交叉引用模式和集成模式,并总结了目前系统的不足及数据库融合面临的困难,为进一步研究序列库与文献库的整合打下基础。
关键词：
生物信息学 数据库 整合
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
朱庆华 李亮
本文重点介绍了国内外生物信息学的研究现状,分析了情报学与生物信息学的联系,并提出了情报学在生物信息学研究中的切入点。
关键词：
情报学 生物信息学 理论研究
[期刊] 图书情报知识
[作者]
韩涛
科学数据的高速增长和科研工作者对信息获取日益提升的需求,要求科学数据库与科学文献库能实现集成信息服务,达到跨异构库知识发现的目的。本文以生物信息学为例,重点研究了生物信息学科学数据库与文献库的两种相关关系:外部关联和内部关联。前者主要是基于两者的外部相似性建立的交叉引用关系,后者则在内容层面直至知识层面实现两者的聚合和知识关联。
[期刊] 情报学报
[作者]
孟海滨 伍瑞昌
本文介绍了一种基于 Ｗｅｂ 数据库技术的网上信息资源管理系统实现方法，该方法采用微软公司的 Ｉ Ｄ Ｃ 技术，具有易于实现，方便灵活的特点，并通过查询结果直接链接至所需网址，大大方便了网上信息资源的管理和用户在网上的信息查询工作。
[期刊] 世界农业
[作者]
郑国清 高亮之
[期刊] 中国农业科学
[作者]
袁高鹏 韩晓蕾 卞书迅 张利义 田义 张彩霞 丛佩华
【目的】在苹果全基因组中鉴定LIM,通过分析启动子作用元件、保守结构域、基因聚类、基因结构、染色体定位以及组织表达模式,为研究和利用苹果LIM奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和PLAZA,获得苹果LIM家族成员并进行编号。苹果LIM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,利用CD-Search Tool进行LIM结构域分析,采用MEGA7软件构建进化树,采用GSDS绘制基因结构,并利用TBtools软件对鉴定得到的MdLIM进行染色体定位,通过实时荧光定量RT-PCR对MdLIM的组织表达进行分析,并利用SPSS 18.0软件分析差异显著性。【结果】共鉴定得到11个苹果LIM家族成员,这些MdLIM蛋白包含96—222个不等的氨基酸残基,等电点分布在6.14—9.01。亚细胞定位结果显示,MdLIM蛋白在细胞核中均有分布。启动子作用元件分析表明,11个MdLIM启动子上分布有响应激素、环境适应性和逆境诱导的元件。蛋白保守结构域分析表明,11个MdLIM蛋白中除MdLIM8具有单LIM结构域外,其余10个均具有双LIM结构域。根据聚类分析结果可将MdLIM分为4组。染色体定位结果显示,MdLIM分布在苹果17条染色体中的7条,且MdLIM在7条染色体上的分布不均匀。花、叶、果皮和茎中的实时荧光定量RT-PCR结果显示,4个组织中均能检测到MdLIM的表达,且表达量具有一定差异。【结论】苹果LIM基因家族包括11个成员,进化上可分为4组,11个基因分布于7条染色体上,在不同组织中的表达具有多样性和特异性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王新亮
【目的】探索苹果热激转录因子(Heat shock transcription factor, Hsf)家族的生物学信息与功能。【方法】在苹果基因组GDDH13 v1.1中检索找到36个Hsf家族成员,并通过Pfam和NCBI Conserved Domain Database进行确认,然后利用TBtools、ExPASy、MEME等软件对其中33个含有完整Hsf结构域的基因做了进一步分析。【结果】这些Hsf基因编码的蛋白质含有189～530个氨基酸,分子量为21 703.71～58 972.96,等电点为4.55～8.58。亚细胞定位预测显示,除MD00G1095900和MD02G1171800可能定位于叶绿体/细胞核中,MD05G1313700可能定位于细胞核/线粒体中,其他Hsf均定位于细胞核中。染色体定位和共线性分析显示苹果Hsf基因没有串联重复,但有16对共24个苹果Hsf基因存在片段重复。在盐碱胁迫下,多数Hsf基因的表达显著下调。蛋白相互作用分析显示MD03G1258300与热休克蛋白、超氧化物歧化酶铜分子伴侣、蛋白磷酸酶2C、蔗糖非发酵-1-相关蛋白激酶γ调节亚基存在相互作用;MD15G1283700与热休克蛋白、IAA氨基酸水解酶、碱性亮氨酸拉链存在相互作用。【结论】苹果Hsf家族成员可能在调控盐碱胁迫响应中发挥重要作用,该研究为进一步研究苹果Hsf的生物功能提供一定理论参考。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周喆 张彩霞 张利义 王强 李武兴 田义 丛佩华
【目的】在苹果全基因组中鉴定LysM,通过基因聚类分析、染色体定位、结构分析以及组织表达分析,为苹果LysM的功能研究和利用奠定基础。【方法】利用已公布的苹果基因组数据库GDR和FEM-IASMA,鉴定苹果LysM基因家族成员,并对其进行编号。MdLysM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,亚细胞定位的预测利用WoLF PSORT进行。采用MEGA5软件构建了进化树。应用Plaza程序绘制基因结构,染色体定位信息取自GMDO,鉴定出的39个基因的染色体定位作图使用MapInspector完成;另外,通过实时荧光定量RT-PCR对各基因的组织表达...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陆小静 张振文 罗秀芹 安飞飞 李开绵 陈松笔
利用在线提供的生物信息学软件及Pathway Studio软件,以木薯(Manihot esculenta)过氧化氢酶(CAT)为研究对象,与蓖麻、麻风树、橡胶树、常绿大戟、杨树、盐地碱蓬、樟子松、水稻、甘薯、马铃薯10种植物CAT的氨基酸序列进行比较分析,揭示CAT氨基酸结构与耐旱特性的相关性。结果显示,木薯CAT1全长为1782 bp,包含一条长1479 bp的开放读码框,编码492个氨基酸,通过同源性比对发现木薯CAT氨基酸序列与蓖麻、麻风树、橡胶树、常绿大戟、杨树、盐地碱蓬、樟子松、水稻、甘薯、马铃薯的同源性分别为82%、92%、81%、84%、80%、80%、79%、78%、78%、...
关键词：
木薯 生物信息学 耐旱基因 CAT
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谷彦冰 冀志蕊 迟福梅 乔壮 徐成楠 张俊祥 董庆龙 周宗山
【目的】鉴定苹果(Malus domestica Borkh.)基因组上132个WRKY基因,为研究苹果WRKY转录因子在非生物和生物胁迫以及生长和发育过程中的调控作用奠定相关理论基础,也为进一步分析苹果WRKY基因提供信息。【方法】利用HMMER 3.0软件,通过WRKY保守域全蛋白序列PF03106用于鉴定苹果WRKY基因。采用Web Logo3、DNAMAN 5.0、Map Inspect、MEME和MEGA5.1等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术检测苹果WRKY基因的组织表达情况。【结果】鉴定得到132个苹果WRKY基因。分组鉴定和进化树分析结果显示,苹果WRK...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
詹永勤 余敏 杨长平
本文研究了SCIE数据库中中美两国生物信息学文献,用定量分析法研究了文献产出年代,机构和论文被引频次,比较了中美生物信息学研究现状和存在的差距,对中国生物信息学研究发展提出了建议。
关键词：
生物信息学 研究现状 被引频次
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