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[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘凡 李慧 李春阳 欧阳珑玲 周志刚
为探讨缺刻缘绿藻(Myrmecia incisa)花生四烯酸(20:4 6,AA)合成过程中一系列脂肪酸去饱和酶(FAD)的作用,本研究克隆了12、6及5 FAD基因的cDNA全长序列(GenBank登录号分别为JN205757、JN205755和JN205756)及其相应的DNA序列。它们的cDNA全长分别为1 806 bp、2 674 bp及2 318 bp,其中ORF长为1 137bp、1 443 bp和1 446 bp,分别编码由378、480和481个氨基酸组成的蛋白;通过其cDNA与DNA序列的比对,发现12、6及5 FAD基因分别具有4、5和7个内含子,其剪切位点均符合"GT-A...
[期刊] 水产学报
[作者]
李春阳 杜道海 于水燕 李慧 刘凡 周志刚
根据莱茵衣藻和普通小球藻ω3脂肪酸去饱和酶氨基酸序列(GenBank登录号分别为ABL09485和BAB78717)的保守区(TMFWALF和HHDIGTH)设计简并引物,以缺刻缘绿藻H4301总RNA为模板,通过反转录PCR和cDNA末端快速克隆技术(RACE),克隆了缺刻缘绿藻ω3脂肪酸去饱和酶基因的cDNA全长序列(GenBank登录号:EU658930),它与莱茵衣藻的这个基因具有69%相似性。该基因cDNA序列长2330bp,其中5'-非翻译区长107bp;3'-非翻译区912bp,且具有明显的poly(A)尾巴;开放阅读框1311bp,编码一个436个氨基酸的蛋白质,分子量为49....
[期刊] 水产学报
[作者]
童牧 于水燕 欧阳珑玲 周志刚
以富含花生四烯酸(AA)的缺刻缘绿藻H4301为研究对象,探讨了不同光照强度条件下氮饥饿与磷饥饿对藻生物量、AA及脂肪酸含量变化的影响。发现氮饥饿与磷饥饿均降低了藻类的生长速率与生物量,当在60μmol photons/(m2.s)的低光照强度下,磷饥饿时的藻类平均生长速率最低[0.025 g/(d.L)],不足BG-11完全培养基中该藻生长速率的一半;氮饥饿与磷饥饿均能提高藻细胞总脂肪酸及AA的含量,但在低光照强度下磷饥饿的促进效果比较差;无论是完全培养基中还是饥饿处理时,200μmol photons/(m2.s)的高光照强度都不利于藻细胞AA及多不饱和脂肪酸的合成与积累;随着饥饿时间的不...
[期刊] 水产学报
[作者]
梅守华 毕燕会 周志刚
从缺刻缘绿藻的转录组数据库中搜索到5条编码该藻碳酸酐酶(carbonic anhydrase,CA)的contig序列,据此序列设计基因特异性引物,利用c DNA末端快速扩增(rapid amplification of c DNA ends,RACE)技术,克隆得到c DNA全长序列,分别命名为M iαCA1、M iαCA2、M iβCA1、M iβCA2和M iγCA,开放阅读框(ORF)长分别为963、1 089、1 041、738和687 bp,相应编码由320、362、346、245和228个氨基酸组成的蛋白。这些蛋白均富含疏水性氨基酸,分别占氨基酸总量的41.25%、45.31%、...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
欧阳珑玲 李晓蕾 周志刚
对缺刻缘绿藻（ＭｙｒＭｅｃｉａ ｉｎｃｉｓａ）进行氮饥饿（４ ｄ）／氮恢复（４ ｄ和８ ｄ）培养，研究其细胞中三酰甘油（ＴａＧ）和光合膜脂，主要是单半乳糖二酰甘油（ＭＧｄＧ）和二半乳糖二酰甘油（ｄＧｄＧ）的含量和脂肪酸组成的变化。结果表明ＴａＧ含量在氮饥饿胁迫下显著上升，而在氮恢复培养下逐渐下降；ｄＧｄＧ含量的变化趋势与ＴａＧ相反；ＭＧｄＧ的含量则始终呈现上升趋势。对脂肪酸组成进行分析发现花生四烯酸（ａｒａ）主要存在于ＴａＧ中，且ＴａＧ中ａｒａ的含量在氮饥饿胁迫下显著上升，并在氮恢复培养下逐渐下降。ｄＧｄＧ中ａｒａ含量在氮饥饿／氮恢复过程中的变化与ＴａＧ中的相反；ＭＧｄＧ中ａｒａ的含量在不同培．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
陈思弘 周志刚
为了能深入地了解缺刻缘绿藻花生四烯酸(ArA)和脂质的代谢过程,利用Roche 454 GS FLX测序仪对该藻转录组进行高通量的焦磷酸测序。得到高质量读序(read)382 468条,占原始读序的97.14%,平均每条读序长322 bp,总大小达123 Mb。经CAP3软件拼接得到22 714条重叠群、25 621条singleton。将这些序列与公共数据库进行同源性搜索、比较、基因功能注释和分类。基于转录组中所注释的基因构建缺刻缘绿藻脂质代谢途径:脂肪酸是在叶绿体内从头合成,然后游离脂肪酸进入胞质,由内质网进行三酰甘油的合成,最后可能在油体蛋白作用下形成油滴并储在于细胞中。ArA自油酸是开...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
刘士成 杜道海 张成武 周志刚
缺刻缘绿藻(Myrmecia incise)富含花生四烯酸(arachidonic acid,AA),是迄今为止所知道的花生四烯酸含量最高的藻类。采用Trizol法提取总RNA,然后按照Clontech公司的SMART cDNA文库构建的方法,构建了缺刻缘绿藻的cDNA文库,测得的原始文库滴度为6×106pfu/mL,随机挑选文库的阳性单克隆进行PCR鉴定,扩增出的片段主要集中在0.5~1.5kb,平均插入片段长度约为1kb,文库的重组率达95.83%,说明本实验所构建的cDNA文库质量合格。
关键词：
缺刻缘绿藻 cDNA文库 花生四烯酸
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜道海 周志刚
为了获得高质量的缺刻缘绿藻总RNA,采用CTAB法、TRIzol法和RNAplant法3种方法对该藻总RNA的提取效果进行比较分析。结果表明,采用CTAB法提取获得的总RNA产率最高,但因可能含有较多的蛋白质、多糖等杂质使得纯度最低;TRIzol法提取的总RNA纯度较CTAB法稍高,但产率最低,且仍含有DNA带;RNAplant法提取的总RNA电泳图清晰,OD260nm/OD280nm值为2.0,高于前2种方法,产率在2种方法之间,表明RNAplant法更适于缺刻缘绿藻总RNA的提取。对后者提取的总RNA,经反转录合成的cDNA产物大小在500 bp~2 kb,并能通过RT-PCR获得18 S...
[期刊] 水产学报
[作者]
房逢立 吴洪 周志刚
酰基-CoA—二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是微藻等植物三酰甘油(TAG)合成过程中的关键酶。为了解析缺刻缘绿藻TAG合成代谢的途径,在该藻转录组测序数据库中,通过同源搜索,发现了1个编码DGAT2的cDNA全长序列。该序列长1 997 bp,其中5'-非翻译区(UTR)长44 bp,3'-UTR长897 bp,开放阅读框(ORF)长1 056 bp,编码1个含有351个氨基酸的蛋白质,预测的分子量为39.43 ku,等电点为9.46。基于缺刻缘绿藻和其他物种相应的DGAT基因编码蛋白序列所构建的Neighbor-Joining(NJ)系统进化树,结果表明该基因与DGAT2聚成一支,显著不同于...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
温小红 姜永华 亢键 王豪杰 任小林
【目的】对苹果基因组中挖掘得到的HD-Zip I(Homeodomain leucine zipper I)家族基因进行生物信息预测,结合生理生化数据为苹果果实发育的激素调控网络研究提供最佳候选基因。【方法】应用Ex PASy进行HD-Zip I家族蛋白基本理化性质分析,采用MEME和PLACE软件预测各成员启动子含有的顺式作用元件及其功能,利用GSDS绘制基因内含子/外显子结构示意图;通过内源乙烯浓度、可溶性固形物、可滴定酸、硬度等品质指标检测‘皇家嘎啦’苹果果实在不同激素处理条件下的后熟进程;运用半定量RT-PCR分析HD-Zip I家族各成员对外源激素的响应。【结果】鉴定完整的22个HD...
[期刊] 水产学报
[作者]
李燕 周志刚
为了探讨在氮饥饿对缺刻缘绿藻花生四烯酸(ArA)合成与积累的影响,通过cDNA末端快速扩增(RACE)和设计简并引物进行反转录(RT)-PCR扩增,克隆了编码该藻异质型乙酰辅酶A羧化酶(ACCase)的2个生物素羧基载体蛋白(BCCP)的基因序列。其中MiBCCP1基因的cDNA序列长1 267 bp,包含的5'-非翻译区(UTR)长44 bp,3'-UTR长524 bp,开放阅读框(ORF)长699 bp,编码232个氨基酸并含有45个氨基酸序列的叶绿体定位信号肽;预测成熟蛋白分子量约为20 ku。MiBCCP2基因的ORF长789 bp,编码263个氨基酸并含有49个氨基酸的叶绿体定位信号...
[期刊] 财政研究
[作者]
刘寒波
一、政府预算过程中的预算饥饿 预算饥饿(Budgetary hunger)就是在安排支出预算的过程中,预算申请者对预算的要求通常超过可得到的资源和财政收入,使具体负责政府预算编制的行政管理机关产生一种申请者多要的“感觉”。预算饥饿是在政府预算过程中经常发生并普遍存在的十分重要的现象,它集中体现和反映了公共选择机制中固有的缺陷
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
梁浩 周志刚
缺刻缘绿藻（Myrmecia incisa Reisigl）是一种富含多不饱和脂肪酸的球形单细胞淡水绿藻。在脂肪酸合成途径中，脂肪酸去饱和酶与脂肪酸酰基结合载体结合进行脂肪酸去饱和反应。为探究与缺刻缘绿藻中Δ15脂肪酸去饱和酶（fatty acid desaturase，FAD）结合的脂肪酸酰基结合载体，选用酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）INVSc1和聚球藻（Synechococcus sp.）PCC7942分别验证Δ15 FAD与酰基辅酶A（酰基-CoA）或酰基载体蛋白（酰基-ACP）结合的脂肪酸去饱和过程。根据缺刻缘绿藻的Δ15 FAD基因构建双源表达载体pYES2-Δ15 FAD和pCAMBIA1300-Δ15 FAD，通过电穿孔法将重组表达质粒分别转入酿酒酵母INVSc1和聚球藻PCC7942中，筛选得到转基因菌株。取相同细胞数的转基因酵母和转基因聚球藻，培养时分别添加等量的底物亚油酸（linoleic acid，18:2~(Δ9，12)，LA），以LA作为酰基受体，使其进入转基因酵母和转基因聚球藻的生物合成途径中，培养36～72 h。利用气相色谱-质谱联用系统对总脂肪酸的各组分进行分析，结果显示，在转基因实验组中检测到LA和α-亚麻酸（α-linolenic acid，18:3~(Δ9，12，15)，ALA）的存在，空白实验则未检测出相应的产物。通过计算，转基因酵母催化LA生成ALA的效率29.31%，转基因聚球藻催化底物LA生成ALA的效率为30.86%。根据结果证明无论是酰基-ACP还是酰基-CoA，与缺刻缘绿藻中的Δ15 FAD结合进行反应的效率相近，不存在偏好性，由于Δ15 FAD是特异性蛋白，因此证明缺刻缘绿藻中的Δ15 FAD属于脂酰基结合蛋白。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐家洪 曾晴 叶富余 胡杨阳 时寰宇 张璇 陈金辉
【目的】琼岛杨是我国热带地区发现的一种杨树,至今其分类和进化鲜有报道。本研究旨在通过三代全长转录组测序等方法了解琼岛杨在杨属中的分类与进化。【方法】基于Pacbio Sequel测序技术获取的热胁迫下琼岛杨、加杨和小叶杨完整全长转录本数据,通过直系同源基因计算非同义替换值(Ka)、同义替换值(Ks)及Ka/Ks值,比较直系同源基因在热胁迫下的表达模式,并结合毛果杨和簸箕柳的直系同源基因,构建了5个树种的进化树来分析杨树亲缘关系。通过克隆琼岛杨核基因(nrDNA:UDP-SQ和POPTRDRAFT_575699)和叶绿体基因(cpDNA:atpⅠ和trnF),分析基因序列在琼岛杨种群中的多态性,计算琼岛杨种内遗传距离,及与19个树种(5个杨树组和1个类外群组)的种间遗传距离。基于最大似然法和最小进化法构建了琼岛杨与19个树种的进化树,以分析琼岛杨在杨属的亲缘关系。【结果】三代转录组测序共获得660组琼岛杨、小叶杨和加杨的直系同源基因,Ks平均值为0.150 5,峰值为0.02,Ka/Ks <1,占比97.27%,这显示了3种杨树较近的亲缘关系。直系同源基因表达模式分析发现,3种杨树在热胁迫下具有相同的表达模式。利用遗传距离法计算琼岛杨与19个树种中atpⅠ、trnF、UDP-SQ和POPTRDRAFT_575699等4种基因遗传距离的平均值,发现琼岛杨与白杨组具有最近亲缘关系,平均值为0.011。【结论】基于三代全长转录组测序获得的直系同源基因分析显示出,琼岛杨与其他杨树具有较近亲缘关系。克隆cpDNA和nrDNA基因,计算遗传距离和构建的进化树均表明琼岛杨与白杨组具有最近亲缘关系。cpDNA的多态性以及进化分支置信度明显高于nrDNA,表明在琼岛杨中cpDNA比nrDNA基因更具备物种鉴别能力。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈琳琳 孔晓瑜 周立石 陈丽梅 喻子牛
以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharcabroughtonii)的核糖体转录间隔子ITS 1和ITS 2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21 91%、24 73%、28 20%和25 16%(ITS 1),27 02%、25 52%、25 52%和21 95%(ITS 2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现ITS 1和ITS 2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的ITS 1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入/缺失;对5种蚶科贝类的ITS 2相应片段进行比较,发现中间有75b...
关键词：
魁蚶 核苷酸序列 ITS1 ITS2
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