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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
陈思弘 周志刚
为了能深入地了解缺刻缘绿藻花生四烯酸(ArA)和脂质的代谢过程,利用Roche 454 GS FLX测序仪对该藻转录组进行高通量的焦磷酸测序。得到高质量读序(read)382 468条,占原始读序的97.14%,平均每条读序长322 bp,总大小达123 Mb。经CAP3软件拼接得到22 714条重叠群、25 621条singleton。将这些序列与公共数据库进行同源性搜索、比较、基因功能注释和分类。基于转录组中所注释的基因构建缺刻缘绿藻脂质代谢途径:脂肪酸是在叶绿体内从头合成,然后游离脂肪酸进入胞质,由内质网进行三酰甘油的合成,最后可能在油体蛋白作用下形成油滴并储在于细胞中。ArA自油酸是开...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘凡 李慧 李春阳 欧阳珑玲 周志刚
为探讨缺刻缘绿藻(Myrmecia incisa)花生四烯酸(20:4 6,AA)合成过程中一系列脂肪酸去饱和酶(FAD)的作用,本研究克隆了12、6及5 FAD基因的cDNA全长序列(GenBank登录号分别为JN205757、JN205755和JN205756)及其相应的DNA序列。它们的cDNA全长分别为1 806 bp、2 674 bp及2 318 bp,其中ORF长为1 137bp、1 443 bp和1 446 bp,分别编码由378、480和481个氨基酸组成的蛋白;通过其cDNA与DNA序列的比对,发现12、6及5 FAD基因分别具有4、5和7个内含子,其剪切位点均符合"GT-A...
[期刊] 水产学报
[作者]
李春阳 杜道海 于水燕 李慧 刘凡 周志刚
根据莱茵衣藻和普通小球藻ω3脂肪酸去饱和酶氨基酸序列(GenBank登录号分别为ABL09485和BAB78717)的保守区(TMFWALF和HHDIGTH)设计简并引物,以缺刻缘绿藻H4301总RNA为模板,通过反转录PCR和cDNA末端快速克隆技术(RACE),克隆了缺刻缘绿藻ω3脂肪酸去饱和酶基因的cDNA全长序列(GenBank登录号:EU658930),它与莱茵衣藻的这个基因具有69%相似性。该基因cDNA序列长2330bp,其中5'-非翻译区长107bp;3'-非翻译区912bp,且具有明显的poly(A)尾巴;开放阅读框1311bp,编码一个436个氨基酸的蛋白质,分子量为49....
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
刘士成 杜道海 张成武 周志刚
缺刻缘绿藻(Myrmecia incise)富含花生四烯酸(arachidonic acid,AA),是迄今为止所知道的花生四烯酸含量最高的藻类。采用Trizol法提取总RNA,然后按照Clontech公司的SMART cDNA文库构建的方法,构建了缺刻缘绿藻的cDNA文库,测得的原始文库滴度为6×106pfu/mL,随机挑选文库的阳性单克隆进行PCR鉴定,扩增出的片段主要集中在0.5~1.5kb,平均插入片段长度约为1kb,文库的重组率达95.83%,说明本实验所构建的cDNA文库质量合格。
关键词：
缺刻缘绿藻 cDNA文库 花生四烯酸
[期刊] 水产学报
[作者]
梅守华 毕燕会 周志刚
从缺刻缘绿藻的转录组数据库中搜索到5条编码该藻碳酸酐酶(carbonic anhydrase,CA)的contig序列,据此序列设计基因特异性引物,利用c DNA末端快速扩增(rapid amplification of c DNA ends,RACE)技术,克隆得到c DNA全长序列,分别命名为M iαCA1、M iαCA2、M iβCA1、M iβCA2和M iγCA,开放阅读框(ORF)长分别为963、1 089、1 041、738和687 bp,相应编码由320、362、346、245和228个氨基酸组成的蛋白。这些蛋白均富含疏水性氨基酸,分别占氨基酸总量的41.25%、45.31%、...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜道海 周志刚
为了获得高质量的缺刻缘绿藻总RNA,采用CTAB法、TRIzol法和RNAplant法3种方法对该藻总RNA的提取效果进行比较分析。结果表明,采用CTAB法提取获得的总RNA产率最高,但因可能含有较多的蛋白质、多糖等杂质使得纯度最低;TRIzol法提取的总RNA纯度较CTAB法稍高,但产率最低,且仍含有DNA带;RNAplant法提取的总RNA电泳图清晰,OD260nm/OD280nm值为2.0,高于前2种方法,产率在2种方法之间,表明RNAplant法更适于缺刻缘绿藻总RNA的提取。对后者提取的总RNA,经反转录合成的cDNA产物大小在500 bp~2 kb,并能通过RT-PCR获得18 S...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
梁浩 周志刚
缺刻缘绿藻（Myrmecia incisa Reisigl）是一种富含多不饱和脂肪酸的球形单细胞淡水绿藻。在脂肪酸合成途径中，脂肪酸去饱和酶与脂肪酸酰基结合载体结合进行脂肪酸去饱和反应。为探究与缺刻缘绿藻中Δ15脂肪酸去饱和酶（fatty acid desaturase，FAD）结合的脂肪酸酰基结合载体，选用酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）INVSc1和聚球藻（Synechococcus sp.）PCC7942分别验证Δ15 FAD与酰基辅酶A（酰基-CoA）或酰基载体蛋白（酰基-ACP）结合的脂肪酸去饱和过程。根据缺刻缘绿藻的Δ15 FAD基因构建双源表达载体pYES2-Δ15 FAD和pCAMBIA1300-Δ15 FAD，通过电穿孔法将重组表达质粒分别转入酿酒酵母INVSc1和聚球藻PCC7942中，筛选得到转基因菌株。取相同细胞数的转基因酵母和转基因聚球藻，培养时分别添加等量的底物亚油酸（linoleic acid，18:2~(Δ9，12)，LA），以LA作为酰基受体，使其进入转基因酵母和转基因聚球藻的生物合成途径中，培养36～72 h。利用气相色谱-质谱联用系统对总脂肪酸的各组分进行分析，结果显示，在转基因实验组中检测到LA和α-亚麻酸（α-linolenic acid，18:3~(Δ9，12，15)，ALA）的存在，空白实验则未检测出相应的产物。通过计算，转基因酵母催化LA生成ALA的效率29.31%，转基因聚球藻催化底物LA生成ALA的效率为30.86%。根据结果证明无论是酰基-ACP还是酰基-CoA，与缺刻缘绿藻中的Δ15 FAD结合进行反应的效率相近，不存在偏好性，由于Δ15 FAD是特异性蛋白，因此证明缺刻缘绿藻中的Δ15 FAD属于脂酰基结合蛋白。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵晓珍 齐勇 王红林 马玉华 郑乾明
【目的】测序并组装火龙果溃疡病病原菌新暗色柱节孢（Neoscytalidium dimidiatum）H1的基因组序列，为了解其基因组构成、遗传变异、致病机理和防控策略奠定基础。【方法】提取贵州火龙果溃疡病病原菌N. dimidiatum H1的基因组DNA，利用Illumina NovaSeq和Nanopore PromethION测序平台进行基因组测序、组装和注释分析。【结果】通过测序和组装获得N. dimidiatum H1的基因组规模为43.78 Mb，Gap数量为0；组装获得14个contig，N50长度为3.92 Mb，平均长度为3.13 Mb，最长长度为5.63 Mb。使用真核和真菌直系同源基因集进行BUSCO 评估，完整的单拷贝基因比例分别为98.60%和98.50%。N. dimidiatum H1基因组含有12 962个编码基因，205个非编码RNA。N. dimidiatum H1基因组中重复序列含量1.62%，简单重复为主要类型。转座子含量为1.59%，以LTR类Gypsy亚族和LINE类为主要类型。共计12 703个(98.00%)编码基因被注释，与同属于葡萄座腔菌科(Botryosphaeriaceae)的Macrophomina phaseolina MS6和Neofusicoccum parvum UCR-NP2具有较高的同源性。【结论】本研究利用Nanopore 和Illumina测序策略获得高质量N. dimidiatum基因组序列，为进一步研究其致病机理和防控策略奠定理论基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖涛 李辉 罗韦 叶涛 余欢 陈友波 石钰仕 赵德鹏 吴芸
【背景】绿壳蛋深受消费者喜爱，蛋壳绿色的深浅在市场上是影响绿壳蛋定价销售的重要参考指标。绿壳蛋的形成受多基因共同调控，蛋壳绿色深浅不一，其分子机理尚不清楚。通过对赤水乌骨鸡蛋壳腺组织进行转录组测序，挖掘其调控绿壳蛋蛋壳颜色深浅的候选基因以及关键信号通路，探究影响蛋壳颜色遗传性，以期发展绿壳蛋的选种选育和提高经济效益。【目的】探讨赤水乌骨鸡的遗传基础，并通过SLCO1B3基因分型对其进行鉴定和筛选，以期通过分子标记在青壳鸡育种规划中提供新的见解，并在后期的选择策略中帮助控制和提高赤水乌骨鸡蛋壳品质的同质性。【方法】以纯系的280日龄赤水乌骨鸡为研究对象，屠宰产浅绿色蛋（QL）和深绿色蛋（SL）的母鸡各3只，采集蛋壳腺以RNA-seq技术检测分析，筛选与蛋壳颜色密切相关的差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs），并对这些DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用qRT-PCR技术检测与蛋壳颜色相关的6个候选基因的转录水平变化以验证转录组数据可靠性。【结果】在深绿组与浅绿组中共筛选到93个显著DEGs，有59个基因在深绿组中显著上调，34个显著下调。DEGs注释到GO数据库进行比对，主要显著性富集的是钠离子转运、负离子结合、肌质网膜等。KEGG分析富集程度最显著的是醛固酮调节钠的重吸收，以及富集的矿物质吸收、亚油酸的新陈代谢等信号通路。通过qRT-PCR验证，结果显示这些基因的表达趋势与转录组的测序结果一致。【结论】经功能分析，TF基因、SCNN1家族基因、CYP450家族基因、SLC家族基因和FAM家族基因，以及醛固酮调节钠的重吸收信号通路参与蛋壳色素合成、转运和沉积。上述基因和信号通路可能是影响赤水乌骨鸡蛋壳绿色深浅不一的候选基因和关键信号通路。
[期刊] 水产学报
[作者]
房逢立 吴洪 周志刚
酰基-CoA—二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是微藻等植物三酰甘油(TAG)合成过程中的关键酶。为了解析缺刻缘绿藻TAG合成代谢的途径,在该藻转录组测序数据库中,通过同源搜索,发现了1个编码DGAT2的cDNA全长序列。该序列长1 997 bp,其中5'-非翻译区(UTR)长44 bp,3'-UTR长897 bp,开放阅读框(ORF)长1 056 bp,编码1个含有351个氨基酸的蛋白质,预测的分子量为39.43 ku,等电点为9.46。基于缺刻缘绿藻和其他物种相应的DGAT基因编码蛋白序列所构建的Neighbor-Joining(NJ)系统进化树,结果表明该基因与DGAT2聚成一支,显著不同于...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王利香 刘迪 尤欢 王云龙 于万超 高树新
旨在筛选西门塔尔牛与安格斯牛肾周脂肪的差异表达基因，分析2个品种牛血清指标差异，以期对肾周脂肪的脂质代谢和内分泌功能进行解析，为牛品种选育打下基础。选取相同月龄的西门塔尔牛和安格斯牛各3头，饲喂前采集空腹血液分离血清进行血清生化指标测定；屠宰后，采取相同大小的肾周脂肪，提取总RNA后进行转录组测序分析，使用DEGseq方法对各个样品的基因表达水平进行差异检测，对差异表达基因进行GO分析和KEGG分析，并使用实时荧光定量PCR验证测序结果。结果表明，安格斯牛血清中白蛋白(ALB2)、尿素氮(UREAL)和葡萄糖(GLUC3)含量显著低于西门塔尔牛(P<0.05),甘油三酯(TRIGL)含量显著高于西门塔尔牛(P
[期刊] 海洋渔业
[作者]
欧阳珑玲 李晓蕾 周志刚
对缺刻缘绿藻（ＭｙｒＭｅｃｉａ ｉｎｃｉｓａ）进行氮饥饿（４ ｄ）／氮恢复（４ ｄ和８ ｄ）培养，研究其细胞中三酰甘油（ＴａＧ）和光合膜脂，主要是单半乳糖二酰甘油（ＭＧｄＧ）和二半乳糖二酰甘油（ｄＧｄＧ）的含量和脂肪酸组成的变化。结果表明ＴａＧ含量在氮饥饿胁迫下显著上升，而在氮恢复培养下逐渐下降；ｄＧｄＧ含量的变化趋势与ＴａＧ相反；ＭＧｄＧ的含量则始终呈现上升趋势。对脂肪酸组成进行分析发现花生四烯酸（ａｒａ）主要存在于ＴａＧ中，且ＴａＧ中ａｒａ的含量在氮饥饿胁迫下显著上升，并在氮恢复培养下逐渐下降。ｄＧｄＧ中ａｒａ含量在氮饥饿／氮恢复过程中的变化与ＴａＧ中的相反；ＭＧｄＧ中ａｒａ的含量在不同培．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑乾明 王小柯 马玉华
【目的】分离红肉火龙果成熟茎中表达的基因全长序列，为研究参与蔗糖合成和降解等重要代谢途径的候选基因生理功能提供基础。【方法】提取红肉火龙果成熟茎总RNA，采用基于Pacbio Sequel平台的转录组测序进行全长转录组分析。对获得的序列进行功能注释和分类，并与此前基于illumina平台的转录组测序结果进行比较分析。【结果】全长转录组测序共获得30 313条高质量转录本，平均长度为1 829 bp。预测获得编码序列（Coding sequence，CDS）数量为40 255个，长度为297～5 202 bp，平均长度为1 179 bp;共计13 939条转录本在公共数据库被注释，占所有转录本数量的45.98%;在NR数据库中注释的转录本数量占比为45.49%，注释转录本数量较多的物种为甜菜和菠菜，占比分别为50.95%和24.90%。与此前基于illumina平台的转录组测序联合分析，获得若干在成熟茎中表达的蔗糖代谢相关基因的全长序列。【结论】基于全长转录组测序获得的转录本长度显著长于illumina平台的转录组测序，有利于后续分离和研究红肉火龙果成熟茎中重要代谢途径的功能基因全长。
[期刊] 水产学报
[作者]
李燕 周志刚
为了探讨在氮饥饿对缺刻缘绿藻花生四烯酸(ArA)合成与积累的影响,通过cDNA末端快速扩增(RACE)和设计简并引物进行反转录(RT)-PCR扩增,克隆了编码该藻异质型乙酰辅酶A羧化酶(ACCase)的2个生物素羧基载体蛋白(BCCP)的基因序列。其中MiBCCP1基因的cDNA序列长1 267 bp,包含的5'-非翻译区(UTR)长44 bp,3'-UTR长524 bp,开放阅读框(ORF)长699 bp,编码232个氨基酸并含有45个氨基酸序列的叶绿体定位信号肽;预测成熟蛋白分子量约为20 ku。MiBCCP2基因的ORF长789 bp,编码263个氨基酸并含有49个氨基酸的叶绿体定位信号...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘慧芬 卢良盛 王静 周传江 顾钱洪 马晓 冯军厂 聂国兴 李学军
为筛选影响花■卵巢发育相关的基因,采用Illumina Hiseq技术对花■脑、卵巢和肝脏组织进行高通量转录组测序。结果显示,3个组织分别产生了49 484 132、47 540 538和50 622 304个clean reads,组装后共获得了99 878个unigenes,平均长度为1 430 bp。DE seq分析发现,在脑vs.卵巢组中特异性表达的基因数为2 305个,脑vs.肝脏组中特异性表达的基因数为839个,卵巢vs.肝脏组中特异性表达的基因数为1 474个,3个比较组共有的差异表达基因数为860个。GO分析发现,上述差异表达基因主要集中在初级代谢过程(primary metabolic process)、单细胞过程(single-organism process)、有机物代谢过程(organic substance metabolic process)等生物学过程中。KEGG pathway分析显示,一些与卵巢发育和减数分裂相关的信号通路得到了显著富集,如GnRH信号通路、类固醇激素合成、TGF-β信号通路、卵母细胞减数分裂等代谢通路。本研究结果丰富了花■的基因资源,可为花■的繁殖生物学研究提供基础数据。
关键词：
花■ 卵巢发育 转录组
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