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[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯冰冰 牛东红 钟玉民 陈慧 林国文 李家乐
从缢蛏(Sinonovacula constricta Lamarck)cDNA文库中筛选出一条热休克蛋白70(Heat shock protein 70,HSP70)同源序列,采用EST扩增和5′RACE(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增方法获得全长cDNA序列,共2 335 bp,包括76 bp的5′非翻译区和309 bp的3′非翻译区,以及1 950 bp的开放阅读框。阅读框共编码649个氨基酸,推算的分子量约为70.89 kD,理论等电点为5.28。氨基酸序列分析结果表明,该基因的氨基酸序列含有HSP70家族的3个签名序列,2个糖基化位点...
关键词：
缢蛏 热休克蛋白70 序列分析 基因表达
[期刊] 水产学报
[作者]
薛宝宝 孟德龙 任泓妤 申奔龙 牛东红 李家乐 沈和定
为获取缢蛏ScHsc70基因单核苷酸多态性位点与耐高温性状的相关性,通过直接测序方法克隆了ScHsc70基因全长序列,长度为4 048 bp,包括6个内含子和7个外显子,编码区1 950 bp,从其外显子区域筛查到6个潜在的SNPs,分别命名为Rs1(g. 588 C>T)、Rs2(g. 840 C>T)、Rs3(g. 885 T>A)、Rs4(g. 1233 A>G)、Rs5(g. 1467 T>G)、Rs6(g. 1482T>C)。利用Sanger测序方法,对缢蛏新品种"申浙1号"耐高温群体和对照组群体潜在SNPs进行基因分型,遗传多样性分析结果显示,两个群体的多态信息含量(PIC)值在0.111 2～0.371 8之间,对照组群体的平均多态信息含量(0.267 0)高于耐高温群体的平均多态信息含量(0.236 5)。ScHSc70基因SNPs与耐热性状关联分析结果显示,Rs1、Rs3和Rs4的基因型频率和等位基因频率在对照组和耐高温群体之间存在显著性差异;单倍型连锁不平衡分析结果显示,ScHsc70基因SNPs可形成2个单倍体块,7种单倍型,其中CCT单倍型与耐高温性状显著相关;本实验发现,Rs2和Rs3处于连锁状态(r~2=0.86,LOD=25.56,Dx=1.0),可以作为缢蛏与耐高温遗传育种的SNP标签。综上所述,Rs1、Rs3、Rs4和单倍型CCT均可作为缢蛏耐高温遗传育种的候选辅助分子标记,为后续的抗逆性相关SNPs筛选与功能验证奠定了理论基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
牛东红 冯冰冰 李家乐
从缢蛏(Sinonovacula constricta)cDNA文库中筛选出一条铁蛋白同源序列,直接扩增质粒获得全长cDNA序列,共1 106 bp,包括128 bp的5'非翻译区和309 bp的3'非翻译区,以及669 bp的开放阅读框。阅读框共编码222个氨基酸,N端含有17个氨基酸的信号肽序列,推算的分子量约为25.47 ku,理论等电点为5.48。氨基酸序列分析结果表明,该基因含有保守的铁氧化酶活性中心的7个氨基酸残基,但是不具有糖基化位点(NQS)和5'非编码区铁蛋白的铁反应元件(iron response element,IRE),属于H型铁蛋白基因,该基因被命名为ScFERs。系...
关键词：
缢蛏 铁蛋白基因 序列分析 基因表达
[期刊] 水产学报
[作者]
冯冰冰 钟玉民 牛东红 陈慧 林国文 李家乐
为研究缢蛏功能基因的表达调控,利用SMART cDNA文库构建试剂盒成功构建了缢蛏肝脏组织的标准化cDNA文库。对随机选取的5 679个克隆进行随机测序,比对、筛选出2条β-actin同源序列,对其中一条EST序列两端进行扩增、测序,然后进行5′RACE(rapidamplification of cDNA ends,RACE)扩增、测序,拼接得到全长cDNA序列,命名为β-ACTIN 1。该序列全长为1 552 bp,包括73 bp的5′非翻译区和348 bp的3′非翻译区,以及1 131 bp的开放阅读框。阅读框共编码376个氨基酸,推算分子量约为41.95 ku,理论等电点为5.23。与...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘佳乐 韦秀梅 杨顶珑 童潼 刘相全
整合素作为一种细胞粘附因子,在细胞粘附、迁移、增殖、凋亡和吞噬等过程中发挥重要作用。本研究利用分子克隆技术获得了大竹蛏(Solen grandis)β-整合素基因(SgβInt)的c DNA全长,分析了其编码氨基酸序列的进化特点,并以SWISS-MODEL预测了氨基酸序列的三级结构。SgβInt基因序列全长为1168 bp,5′和3′非编码区(UTR)分别为61 bp和18 bp,开放阅读框(ORF)为1089 bp,编码362个氨基酸,理论等电点约为4.98,分子量为30.0 k Da。通过荧光定量PC
关键词：
大竹蛏 整合素 免疫应答 荧光定量PCR
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
胡园 蒋倩倩 李尚鲁 周朝生 柴雪良 方军 张炯明 沈亦军
对三门湾养殖缢蛏和野生缢蛏的基本营养成分(水分、粗蛋白、粗脂肪、糖原和灰分)、氨基酸、脂肪酸、质构、色差等品质相关指标进行分析。结果表明:三门湾养殖缢蛏和野生缢蛏的水分、粗蛋白、粗脂肪和灰分存在显著性差异(P<0.05);养殖缢蛏和野生缢蛏的氨基酸组成及含量存在差异,养殖缢蛏中含量较高的氨基酸排列为:谷氨酸﹥天门冬氨酸﹥赖氨酸﹥精氨酸﹥亮氨酸﹥丙氨酸﹥缬氨酸﹥甘氨酸,而野生缢蛏中含量较高的氨基酸排列为:谷氨酸﹥天门冬氨酸﹥丙氨酸﹥亮氨酸﹥赖氨酸﹥精氨酸﹥甘氨酸﹥缬氨酸;养殖缢蛏和野生缢蛏脂肪酸组成及含量呈现出比较一致的变化,但野生缢蛏的不饱和脂肪酸百分含量高于养殖缢蛏;不同部位的质构剖面分析结...
关键词：
三门湾 缢蛏 品质
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈龙 朱圣杰 崔阔澍 路慧 王靖 郝雅娴
【目的】克隆春尺蠖热激蛋白Hsp70基因，分析其理化性质与表达情况，探究该基因在春尺蠖应对外界不利环境中的作用。【方法】基于前期所测转录组数据（春尺蠖幼虫不同低温胁迫），克隆获取Hsp70基因，命名为AcinHsp70（GenBank登录号: OP750249）；利用生物信息分析软件对Hsp70基因的理化性质进行分析；采用qPCR技术检测AcinHsp70基因在不同温度（-10、-5、0、5和25 ℃）胁迫中回温与不回温及4 ℃不同时间处理下的表达谱。【结果】春尺蠖AcinHsp70基因完整CDS序列全长1899 bp，编码633个氨基酸，蛋白质预测分子量为69.91 kDa，预测等电点为5.51。在N端均不含信号肽且无跨膜区。磷酸位点检测分别发现丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸位点24、26和8个；未发现糖基化位点。该蛋白的平均亲水性为-0.507，预测不稳定系数为33.19，故该蛋白属于亲水稳定蛋白。亚细胞定位结果显示，其主要位于细胞质。序列一致性比对与系统进化树分析结果显示，春尺蠖与庆网蛱蝶（Melitaea cinxia）亲缘关系最近，序列一致性达92.91%。基因表达结果显示，不同温度（-10 ℃除外）胁迫下，AcinHsp70基因表达量均无明显差异，回温后表达量显著上调。AcinHsp70基因表达量总体呈现先升后降趋势，在4 ℃处理1 h 后表达量达到最大值。【结论】AcinHsp70基因与春尺蠖应对低温胁迫的响应密切相关，结果有助于揭示该基因在低温胁迫下的分子功能。
[期刊] 水产学报
[作者]
徐晓荣 施鹏 徐继林 廖凯 冉照收 严小军
本研究利用cDNA末端快速扩增（RACE）技术获得了缢蛏半乳糖凝集素基因（ScGL）。ScGL全长为1 282 bp，5′非编码区35 bp，3′非编码区329 bp，开放阅读框918 bp，编码305个氨基酸。氨基酸序列分析显示ScGL无跨膜结构域；与已报道的缢蛏半乳糖凝集素含1个糖识别结构域（CRD）不同，ScGL具有2个CRD。相似性分析显示，ScGL与其他软体动物的半乳糖凝集素具有较高的相似性，与菲律宾蛤仔相似性最高，达65%；与已报道的2个缢蛏半乳糖凝集素相似性分别为39.74%和44.76%。系统进化上ScGL与菲律宾蛤仔半乳糖凝集素聚为一支。重组表达发现ScGL在包涵体表达，分子量约34.4 ku。荧光定量PCR分析显示，ScGL在缢蛏鳃、肠、唇瓣、外套膜、出水管、入水管、足和内脏团中均表达；其中肠、内脏团、唇瓣和足中表达量较高，出水管和入水管中表达量最低。消化腺ScGL表达量分别在金黄色葡萄球菌感染后3和48 h显著高于对照组；鳃ScGL表达量分别在鳗弧菌和金黄色葡萄球菌感染后6和48 h显著高于对照组，说明ScGL参与了病原诱导的缢蛏免疫应答。本研究为深入探索ScGL在缢蛏免疫中的作用奠定基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
熊娅 牛东红 李智 彭茂潇 李蓓蓓 吴应晗 李家乐
类胰岛素生长因子（insulin-like growth factor, IGF）信号通路在机体的发育、繁殖以及生长等过程中起着重要的调控作用。类胰岛素生长因子酸不稳定亚基（IGF acid-labile subunit, IGFALS）是IGF系统中的重要一员，可通过延长IGF的半衰期参与IGF信号通路的调控。本研究首次在缢蛏转录组数据库中筛选鉴定了两个IGFALS基因，包含完整的开放阅读框，分别命名为IGFALSa和IGFALSb。IGFALSa基因的cDNA序列为4809bp，编码996个氨基酸；IGFALSb基因的cDNA序列为1925bp，编码546个氨基酸。在缢蛏不同发育期的表达分析中发现，IGFALSa和IGFALSb在幼虫的前期发育阶段均只有少量表达，而随着幼虫的发育，其表达量逐渐上升；组织表达分析表明，IGFALSa在外套膜和性腺中高表达，IGFALSb则在水管中高表达。利用不同浓度胰岛素短期刺激缢蛏稚贝，当浓度为10mg/L时，两个IGFALS基因表达量均显著上调，其下游基因IRS、PDK1、MPKP1的表达量也显著上调；进一步利用10mg/L胰岛素长期喂养缢蛏稚贝，结果显示其壳长和壳宽的日生长率均显著提升。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
曾俊 陈伟洲 陈泽攀 刘浩然
为探索广东紫菜(Pyropia guangdongensis)叶状体Hsp70基因在温度刺激下机体耐温相关分子机制,为广东紫菜的栽培生产提供技术参考,本研究利用RACE技术获得了广东紫菜Hsp70基因(PgHsp70)全长序列,并在此基础上采用实时荧光定量PCR技术,研究广东紫菜叶状体分别在不同温度(22℃、27℃和31℃)条件下处理0、1/6、1/2、1、6、12、24和36 h后PgHsp70基因的差异表达。结果显示,PgHsp70基因序列长2004bp,包含一个1866bp的开放阅读框,可编码621个氨基酸,预测分子量为67.7 kDa,理论等电点为4.87。基因表达水平定量分析表明,温度对PgHsp70基因表达水平有显著影响,PgHsp70基因在不同温度的表达水平变化趋势基本一致,均呈现先上调后下降的趋势,且均于1 h表达量到达最高水平,其中,在31℃1 h表达量最高,为未经高温处理组的11倍,说明PgHsp70基因在应答高温胁迫中发挥着重要的作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
孟彦 肖汉兵 田海峰 胡乔木
结合同源克隆和RACE技术克隆大鲵热应激同源蛋白70基因(hsc70)cDNA序列全长,通过半定量PCR方法分析其在大鲵肾脏、脑、肺、皮肤、肝脏、肾脏、脾脏、心脏、肌肉和垂体组织的表达特点。结果表明:大鲵hsc70基因cDNA全长为2 284 bp(GenBank登录号为HM998289),其中3′端和5′端非翻译区分别为87 bp(1~87)和253 bp(2 032~2 284),中间序列即编码区长为1 944 bp(88~2 031),编码647个氨基酸(AA);其核苷酸序列与其他物种相似性最高达83.5%,而编码的氨基酸序列则相对保守,与钝口螈的相似性达94%;根据其编码的AA序列构建...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
金凯 牛东红 王劦 李家乐
含有clip结构域的丝氨酸蛋白酶是一类新的丝氨酸蛋白酶家族,可能参与非特异性免疫防御功能。从缢蛏(Sinonovacula constricta)cDNA文库中筛选出一条丝氨酸蛋白酶同源EST序列,然后通过5'RACE扩增、测序,拼接得到全长为1 228 bp的cDNA序列,包括66 bp的5'非翻译区和160 bp的3'非翻译区,以及1 002 bp的开放阅读框。阅读框共编码333个氨基酸,含有17个氨基酸的信号肽序列,并含有发卡结构域(clip domain)和胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶结构域(Tryp_SPc domain)。在clip结构域中包含6个半胱氨酸残基形成的3个二硫键,在Tryp...
关键词：
缢蛏 丝氨酸蛋白酶 序列分析 基因表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
杜博博 姚璐 李治平 董迎辉 任建峰
缢蛏(Sinonovacula constricta)是我国传统的四大海水养殖贝类之一，养殖过程中易受病原菌感染而造成大量死亡和经济损失。Toll样受体(Toll-like receptor， TLR)是目前研究最多的模式识别受体，在无脊椎动物的先天性免疫中发挥着重要作用。研究缢蛏TLR分子特征及其免疫功能对于预防和控制病原菌感染至关重要。本研究从缢蛏基因组序列中鉴定出42个TLR (ScTLR)基因，其中，33个编码典型的TLR蛋白，其余9个为TLR样蛋白。根据蛋白结构域特点，将典型的TLR蛋白分为2大类4个亚类，一类为多半胱氨酸簇TLR (mccTLR)，包括P型TLR (1个)和sPP型TLR (7个)；另一类为单半胱氨酸簇TLR (sccTLR)，包括sP型TLR (16个)和Ls型TLR (9个)。与其他9种软体动物TLR基因的类型和数目比较结果显示，缢蛏基因组中未发现其他软体动物中存在的V型和Twin-TIR型TLR，起源古老的mccTLR类群在软体动物中没有大规模的扩张，而起源较近的sccTLR类群却发生了大规模的扩张。荧光定量PCR分析显示，6种ScTLR在检测的7种组织中普遍表达，且在血细胞、鳃和肝胰腺组织中高表达。最后，副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)胁迫12 h和48 h的缢蛏鳃和肝胰腺转录组数据分析显示，副溶血弧菌感染前后9个TLR基因在鳃或肝胰腺中的表达量发生显著变化，6个基因(ctg118.25、ctg118.26、ctg356.25、ctg774.6、ctg681.6和ctg1513.5)在感染12 h或48 h后的鳃组织中显著差异表达，前5个基因表达量上调，仅ctg1513.5表达量下调；3个基因(ctg467.9、ctg2496.3和ctg903.17)在感染12 h或48 h后的肝胰腺中显著差异表达，其中，ctg467.9和ctg2496.3表达量下调，ctg903.17表达量上调。综上所述，本研究结果将为深入探讨不同TLR基因在缢蛏天然免疫中发挥的作用提供研究基础。
关键词：
缢蛏 Toll样受体 弧菌刺激 表达分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
杨凡 李治平 董迎辉 任建峰
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter， ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一，广泛存在于原核生物和真核生物体内，利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输，参与生物体内多种生理活动。目前，对软体动物ABC转运蛋白家族的鉴定，仅在虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和长牡蛎(Crassostrea gigas) 3种双壳类中有系统研究，对缢蛏(Sinonovacula constricta) ABC转运蛋白家族的鉴定和表达模式分析尚未见报道。利用缢蛏基因组和转录组数据，运用本地及NCBI在线BLAST程序、FGENESH+、SMART、ExPASy、MEGA X、Mev 4.90和MapInspect等生物信息学分析工具，在全基因组水平系统地鉴定出52个缢蛏ABC转运蛋白，并对转运蛋白基因外显子数目、染色体定位等信息进行分析；通过系统进化分析，将缢蛏ABC转运蛋白家族分为8个亚家族，即ABCA～ABCH；通过比较分析不同物种ABC转运蛋白家族，推测基因串联复制事件对软体动物ABC转运蛋白家族成员数目的增加有影响。ABC转运蛋白基因在缢蛏不同发育时期和组织的表达分析显示，ABCC和ABCG亚家族多个基因在缢蛏稚贝时期表达量达到最高值，ABC转运蛋白基因在鳃、肝胰腺与性腺中表达种类较多。软体动物作为第二大动物类群，目前仅有3个物种的ABC转运蛋白得到了系统分类，缢蛏ABC转运蛋白基因家族的系统鉴定与表达模式分析为研究软体动物ABC转运蛋白基因的进化和缢蛏ABC转运蛋白功能提供了基础资料。
关键词：
缢蛏 ABC转运蛋白 序列分析 表达模式
[期刊] 水产学报
[作者]
李治平 姚璐 吕丽媛 董迎辉 任建峰
HIF信号通路是动物的氧感知信号通路，对于动物在低氧环境下的代谢和能量平衡调节等发挥着重要的作用。本研究利用PCR技术克隆了缢蛏HIF信号通路中的4个关键基因HIF-1α、HIF-1β、PHD2A和PHD2B，对其编码蛋白的理化性质和结构域进行预测，并对其系统发育关系进行分析。结果显示，HIF-1包含典型的HLH、PAS、PAC、C-TAD结构域，HIF-1α特有ODDD和N-TAD结构域，ScPHD2含有zf-MYND和P4Hc结构域；不同于其他无脊椎动物，贝类包括缢蛏PHD2具有两个拷贝。利用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）技术，进一步对HIF-1和PHD2在不同发育阶段、成体不同组织和低氧(0.5 mg/L和2.0 mg/L)及干露(21 ℃干露和4 ℃干露)胁迫下的表达水平进行了分析。结果显示，缢蛏HIF-1和PHD2在卵子时期便开始表达，ScHIF-1α在检测的6个组织中的表达水平高于其他基因，且在鳃中表达最高，肝胰腺次之，ScPHD2A和ScPHD2B在6个组织的表达量均很低。低氧胁迫下，ScHIF-1α、ScPHD2表达受到显著上调，但0.5 mg/L组较2 mg/L组上调幅度更大，而ScHIF-1β表达量变化不显著。干露胁迫下，ScHIF-1β表达量变化不显著，ScHIF-1α、ScPHD2表达显著上调，且4 ℃干露组较21 ℃干露上调幅度更大。研究表明，ScHIF-1和ScPHD2分别具备典型的HIF和PHD家族特征，且在低氧下被诱导上调表达，表明其可能参与了缢蛏低氧胁迫后应答过程。研究结果为深入开展缢蛏低氧信号通路和低氧适应机制研究提供了参考价值。
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