为研究缢蛏功能基因的表达调控,利用SMART cDNA文库构建试剂盒成功构建了缢蛏肝脏组织的标准化cDNA文库。对随机选取的5 679个克隆进行随机测序,比对、筛选出2条β-actin同源序列,对其中一条EST序列两端进行扩增、测序,然后进行5′RACE(rapidamplification of cDNA ends,RACE)扩增、测序,拼接得到全长cDNA序列,命名为β-ACTIN 1。该序列全长为1 552 bp,包括73 bp的5′非翻译区和348 bp的3′非翻译区,以及1 131 bp的开放阅读框。阅读框共编码376个氨基酸,推算分子量约为41.95 ku,理论等电点为5.23。与...

从缢蛏(Sinonovacula constricta)cDNA文库中筛选出一条铁蛋白同源序列,直接扩增质粒获得全长cDNA序列,共1 106 bp,包括128 bp的5'非翻译区和309 bp的3'非翻译区,以及669 bp的开放阅读框。阅读框共编码222个氨基酸,N端含有17个氨基酸的信号肽序列,推算的分子量约为25.47 ku,理论等电点为5.48。氨基酸序列分析结果表明,该基因含有保守的铁氧化酶活性中心的7个氨基酸残基,但是不具有糖基化位点(NQS)和5'非编码区铁蛋白的铁反应元件(iron response element,IRE),属于H型铁蛋白基因,该基因被命名为ScFERs。系...

从缢蛏(Sinonovacula constricta Lamarck)cDNA文库中筛选出一条热休克蛋白70(Heat shock protein 70,HSP70)同源序列,采用EST扩增和5′RACE(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增方法获得全长cDNA序列,共2 335 bp,包括76 bp的5′非翻译区和309 bp的3′非翻译区,以及1 950 bp的开放阅读框。阅读框共编码649个氨基酸,推算的分子量约为70.89 kD,理论等电点为5.28。氨基酸序列分析结果表明,该基因的氨基酸序列含有HSP70家族的3个签名序列,2个糖基化位点...

缢蛏(Sinonovacula constricta)是我国传统的四大海水养殖贝类之一，养殖过程中易受病原菌感染而造成大量死亡和经济损失。Toll样受体(Toll-like receptor， TLR)是目前研究最多的模式识别受体，在无脊椎动物的先天性免疫中发挥着重要作用。研究缢蛏TLR分子特征及其免疫功能对于预防和控制病原菌感染至关重要。本研究从缢蛏基因组序列中鉴定出42个TLR (ScTLR)基因，其中，33个编码典型的TLR蛋白，其余9个为TLR样蛋白。根据蛋白结构域特点，将典型的TLR蛋白分为2大类4个亚类，一类为多半胱氨酸簇TLR (mccTLR)，包括P型TLR (1个)和sPP型TLR (7个)；另一类为单半胱氨酸簇TLR (sccTLR)，包括sP型TLR (16个)和Ls型TLR (9个)。与其他9种软体动物TLR基因的类型和数目比较结果显示，缢蛏基因组中未发现其他软体动物中存在的V型和Twin-TIR型TLR，起源古老的mccTLR类群在软体动物中没有大规模的扩张，而起源较近的sccTLR类群却发生了大规模的扩张。荧光定量PCR分析显示，6种ScTLR在检测的7种组织中普遍表达，且在血细胞、鳃和肝胰腺组织中高表达。最后，副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)胁迫12 h和48 h的缢蛏鳃和肝胰腺转录组数据分析显示，副溶血弧菌感染前后9个TLR基因在鳃或肝胰腺中的表达量发生显著变化，6个基因(ctg118.25、ctg118.26、ctg356.25、ctg774.6、ctg681.6和ctg1513.5)在感染12 h或48 h后的鳃组织中显著差异表达，前5个基因表达量上调，仅ctg1513.5表达量下调；3个基因(ctg467.9、ctg2496.3和ctg903.17)在感染12 h或48 h后的肝胰腺中显著差异表达，其中，ctg467.9和ctg2496.3表达量下调，ctg903.17表达量上调。综上所述，本研究结果将为深入探讨不同TLR基因在缢蛏天然免疫中发挥的作用提供研究基础。

含有clip结构域的丝氨酸蛋白酶是一类新的丝氨酸蛋白酶家族,可能参与非特异性免疫防御功能。从缢蛏(Sinonovacula constricta)cDNA文库中筛选出一条丝氨酸蛋白酶同源EST序列,然后通过5'RACE扩增、测序,拼接得到全长为1 228 bp的cDNA序列,包括66 bp的5'非翻译区和160 bp的3'非翻译区,以及1 002 bp的开放阅读框。阅读框共编码333个氨基酸,含有17个氨基酸的信号肽序列,并含有发卡结构域(clip domain)和胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶结构域(Tryp_SPc domain)。在clip结构域中包含6个半胱氨酸残基形成的3个二硫键,在Tryp...

HIF信号通路是动物的氧感知信号通路，对于动物在低氧环境下的代谢和能量平衡调节等发挥着重要的作用。本研究利用PCR技术克隆了缢蛏HIF信号通路中的4个关键基因HIF-1α、HIF-1β、PHD2A和PHD2B，对其编码蛋白的理化性质和结构域进行预测，并对其系统发育关系进行分析。结果显示，HIF-1包含典型的HLH、PAS、PAC、C-TAD结构域，HIF-1α特有ODDD和N-TAD结构域，ScPHD2含有zf-MYND和P4Hc结构域；不同于其他无脊椎动物，贝类包括缢蛏PHD2具有两个拷贝。利用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）技术，进一步对HIF-1和PHD2在不同发育阶段、成体不同组织和低氧(0.5 mg/L和2.0 mg/L)及干露(21 ℃干露和4 ℃干露)胁迫下的表达水平进行了分析。结果显示，缢蛏HIF-1和PHD2在卵子时期便开始表达，ScHIF-1α在检测的6个组织中的表达水平高于其他基因，且在鳃中表达最高，肝胰腺次之，ScPHD2A和ScPHD2B在6个组织的表达量均很低。低氧胁迫下，ScHIF-1α、ScPHD2表达受到显著上调，但0.5 mg/L组较2 mg/L组上调幅度更大，而ScHIF-1β表达量变化不显著。干露胁迫下，ScHIF-1β表达量变化不显著，ScHIF-1α、ScPHD2表达显著上调，且4 ℃干露组较21 ℃干露上调幅度更大。研究表明，ScHIF-1和ScPHD2分别具备典型的HIF和PHD家族特征，且在低氧下被诱导上调表达，表明其可能参与了缢蛏低氧胁迫后应答过程。研究结果为深入开展缢蛏低氧信号通路和低氧适应机制研究提供了参考价值。

整合素作为一种细胞粘附因子,在细胞粘附、迁移、增殖、凋亡和吞噬等过程中发挥重要作用。本研究利用分子克隆技术获得了大竹蛏(Solen grandis)β-整合素基因(SgβInt)的c DNA全长,分析了其编码氨基酸序列的进化特点,并以SWISS-MODEL预测了氨基酸序列的三级结构。SgβInt基因序列全长为1168 bp,5′和3′非编码区(UTR)分别为61 bp和18 bp,开放阅读框(ORF)为1089 bp,编码362个氨基酸,理论等电点约为4.98,分子量为30.0 k Da。通过荧光定量PC

腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter， ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一，广泛存在于原核生物和真核生物体内，利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输，参与生物体内多种生理活动。目前，对软体动物ABC转运蛋白家族的鉴定，仅在虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和长牡蛎(Crassostrea gigas) 3种双壳类中有系统研究，对缢蛏(Sinonovacula constricta) ABC转运蛋白家族的鉴定和表达模式分析尚未见报道。利用缢蛏基因组和转录组数据，运用本地及NCBI在线BLAST程序、FGENESH+、SMART、ExPASy、MEGA X、Mev 4.90和MapInspect等生物信息学分析工具，在全基因组水平系统地鉴定出52个缢蛏ABC转运蛋白，并对转运蛋白基因外显子数目、染色体定位等信息进行分析；通过系统进化分析，将缢蛏ABC转运蛋白家族分为8个亚家族，即ABCA～ABCH；通过比较分析不同物种ABC转运蛋白家族，推测基因串联复制事件对软体动物ABC转运蛋白家族成员数目的增加有影响。ABC转运蛋白基因在缢蛏不同发育时期和组织的表达分析显示，ABCC和ABCG亚家族多个基因在缢蛏稚贝时期表达量达到最高值，ABC转运蛋白基因在鳃、肝胰腺与性腺中表达种类较多。软体动物作为第二大动物类群，目前仅有3个物种的ABC转运蛋白得到了系统分类，缢蛏ABC转运蛋白基因家族的系统鉴定与表达模式分析为研究软体动物ABC转运蛋白基因的进化和缢蛏ABC转运蛋白功能提供了基础资料。

本研究利用cDNA末端快速扩增（RACE）技术获得了缢蛏半乳糖凝集素基因（ScGL）。ScGL全长为1 282 bp，5′非编码区35 bp，3′非编码区329 bp，开放阅读框918 bp，编码305个氨基酸。氨基酸序列分析显示ScGL无跨膜结构域；与已报道的缢蛏半乳糖凝集素含1个糖识别结构域（CRD）不同，ScGL具有2个CRD。相似性分析显示，ScGL与其他软体动物的半乳糖凝集素具有较高的相似性，与菲律宾蛤仔相似性最高，达65%；与已报道的2个缢蛏半乳糖凝集素相似性分别为39.74%和44.76%。系统进化上ScGL与菲律宾蛤仔半乳糖凝集素聚为一支。重组表达发现ScGL在包涵体表达，分子量约34.4 ku。荧光定量PCR分析显示，ScGL在缢蛏鳃、肠、唇瓣、外套膜、出水管、入水管、足和内脏团中均表达；其中肠、内脏团、唇瓣和足中表达量较高，出水管和入水管中表达量最低。消化腺ScGL表达量分别在金黄色葡萄球菌感染后3和48 h显著高于对照组；鳃ScGL表达量分别在鳗弧菌和金黄色葡萄球菌感染后6和48 h显著高于对照组，说明ScGL参与了病原诱导的缢蛏免疫应答。本研究为深入探索ScGL在缢蛏免疫中的作用奠定基础。

类胰岛素生长因子（insulin-like growth factor, IGF）信号通路在机体的发育、繁殖以及生长等过程中起着重要的调控作用。类胰岛素生长因子酸不稳定亚基（IGF acid-labile subunit, IGFALS）是IGF系统中的重要一员，可通过延长IGF的半衰期参与IGF信号通路的调控。本研究首次在缢蛏转录组数据库中筛选鉴定了两个IGFALS基因，包含完整的开放阅读框，分别命名为IGFALSa和IGFALSb。IGFALSa基因的cDNA序列为4809bp，编码996个氨基酸；IGFALSb基因的cDNA序列为1925bp，编码546个氨基酸。在缢蛏不同发育期的表达分析中发现，IGFALSa和IGFALSb在幼虫的前期发育阶段均只有少量表达，而随着幼虫的发育，其表达量逐渐上升；组织表达分析表明，IGFALSa在外套膜和性腺中高表达，IGFALSb则在水管中高表达。利用不同浓度胰岛素短期刺激缢蛏稚贝，当浓度为10mg/L时，两个IGFALS基因表达量均显著上调，其下游基因IRS、PDK1、MPKP1的表达量也显著上调；进一步利用10mg/L胰岛素长期喂养缢蛏稚贝，结果显示其壳长和壳宽的日生长率均显著提升。

为获得Y-box蛋白在中间球海胆的生物学功能,实验克隆了中间球海胆Y-box基因的全长cDNA,并进行了定量表达模式分析。Y-box基因全长cDNA为2 425 bp,该序列具有一个81 bp的5'非编码区,1 348 bp 3'非编码区,ORF为996 bp,cDNA编码331个氨基酸的前体蛋白,预测蛋白分子质量为37.4 ku,理论等电点是8.55,属于亲水性蛋白。中间球海胆Y-box前体蛋白的氨基酸序列包含3个结构域:氨基酸N末端,亲水结构域C末端和冷休克结构域(cold shock domain CSD),其中CSD区为Y-box蛋白家族中保守结构域。海胆Y-box蛋白质二级结构中无规...

为研究芍药PlSPL1(SPL)基因的性质和功能，进一步阐明PlSPL1基因在不同物种中的共性与特征差异，探明PlSPL1在芍药茎秆挺直程度中的作用。以芍药红峰茎秆为材料，采用RACE技术获得了芍药PlSPL1基因全长序列，利用生物信息学软件分析预测PlSPL1的结构、理化性质和亲缘关系，随后利用qRT-PCR技术分析PlSPL1在芍药茎秆不同发育时期的表达量，并通过激光共聚焦扫描显微技术进行了蛋白质亚细胞定位分析。结果表明：PlSPL1基因开放阅读框为3 000 bp,编码999个氨基酸。蛋白分子式为C_(4869)H_(7682)N_(1406)O_(1497)S_(43),分子量为111.25 ku,理论等电点为6.26,编码亲水性不稳定酸性蛋白，磷酸化修饰以丝氨酸为主，无信号肽，有跨膜结构，二级结构主要由无规则卷曲组成。系统进化树分析发现，PlSPL1蛋白与牡丹的亲缘关系最近，其次和葡萄有较近的亲缘关系；蛋白序列比对分析发现，PlSPL1蛋白具有SPL转录因子家族特有的SBP保守结构域。相对表达量分析发现，PlSPL1随着茎秆发育逐渐呈现下降趋势，表明PlSPL1负向调控芍药茎秆发育，推测其可能在茎秆挺直程度方面起重要作用；亚细胞定位显示，PlSPL1蛋白定位在细胞核中。上述结果表明，PlSPL1参与芍药茎秆发育过程。

以油松的优良外生菌根真菌即浅黄根须腹菌为对象,用简并PCR法和RACE技术分离其γ-肌动蛋白基因(Rl-act)的全长cDNA序列。该全长序列为1 339 bp,包含一个1 128 bp的开放阅读框(ORF),编码375个氨基酸,5'端非翻译区(5'UTR)95 bp,3'UTR长度116 bp。Port Param软件在线分析结果表明,该cDNA所编码的蛋白质理论等电点为5.01,相对分子质量为94.929 kD,具有真菌γ-actin基因3个保守特征序列。Blast同源性检索结果表明,Rl-act序列与12种担子菌actin序列同源性均在97%以上,与同为外生菌根真菌的双色蜡蘑actin的...

在研究植物功能基因表达模式中肌动蛋白(Actin)编码基因是最常用的内参基因之一。本研究根据藜科植物Actin基因编码区保守序列设计一对简并引物,以盐生植物四翅滨藜(Atriplex canescens)4周龄幼苗叶片的总RNA为模板,采用逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)方法扩增出Actin基因片段并连接到pMD19-T载体上,所得阳性克隆经PCR检测后进行测序。序列分析结果表明,该基因片段长度为598bp,编码198个氨基酸;该序列与Genbank中登录的

【目的】明确鸡肿瘤坏死因子受体相关因子相互作用的具有叉形头相关结构域蛋白(TIFA)和肿瘤坏死因子受体相关因子6(TRAF6)的分子特征及其基因在鸡免疫器官中的表达特性，为后续深入研究TIFA和TRAF6相互作用调控家禽病毒NDV复制的作用机制提供理论依据。【方法】采用生物信息学软件结合实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法结合，通过分析鸡TIFA和TRAF6蛋白的理化性质、二级结构、三级结构、氨基酸同源性和结构域保守性及其在1～6月龄白来航鸡和新城疫病毒(NDV)感染SPF鸡后第3天至第5天的免疫器官(脾脏、胸腺和法氏囊)，分别检测鸡免疫器官中TIFA和TRAF6基因的表达水平，进而研究鸡TIFA和TRAF6蛋白的分子特征及其基因在免疫器官中的表达特性。【结果】鸡TIFA和TRAF6蛋白分别含有187个和545个氨基酸残基，相对分子量约为21.8 kDa和61.9 kDa，其二级结构均主要由无规则卷曲和α-螺旋组成。氨基酸同源性分析结果表明，鸡与火鸡TIFA和TRAF6蛋白的氨基酸同源性最高(分别为97.3%和98.2%)，而与猪TIFA及小鼠TRAF6蛋白的氨基酸同源性最低(分别为51.1%和74.7%)。同时，鸡TIFA蛋白的FHA结构域及TRAF6蛋白的RING、Zinc finger和MATH结构域均在禽类中保守性高。RT-qPCR分析结果表明，鸡TIFA和TRAF6基因在1～6月龄鸡免疫器官中均存在表达，但以脾脏中的相对表达量最高（为47.94和10.84），而在法氏囊中最低（为8.08和2.01），其中，TIFA基因在1月龄鸡免疫器官中表达量最高（为22.15），在6月龄时最低（为1.11），呈先减后增再减趋势，整体表达趋势呈倒“N”型模式；TRAF6基因在4月龄鸡免疫器官中表达量最高（为7.13），在5月龄时最低（为1.05），呈先降后升再降再升趋势，整体表达趋势呈“W”型模式。在NDV感染SPF鸡后的免疫器官中，TIFA和TRAF6基因的相对表达量均显著高于对照，其中，TIFA基因在第3天的鸡脾脏、第4天的鸡胸腺和法氏囊中的表达量最高，而TRAF6基因则在第3天的鸡脾脏、第5天的鸡胸腺和法氏囊中的表达量最高。【结论】鸡TIFA和TRAF6蛋白在禽类中的保守性高，两者在不同月龄鸡和NDV感染鸡的免疫器官中呈现不同的表达水平和表达变化趋势，其参与的先天性免疫应答可能在抵抗NDV感染过程中发挥一定的作用。