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[期刊] 中国农业科学
[作者]
裴文宇 云杰 荣恩光 杨华 王志鹏 王守志 李辉 王宁
【目的】通过开展绵羊Dlx3基因启动子结构、活性、多态性及其与羊毛品质性状的关联等分析,揭示Dlx3基因在绵羊毛囊发育中的作用及其作用机制。【方法】采用PCR扩增Dlx3基因起始密码子上游1.5 kb区域,利用荧光素酶报告基因技术分析Dlx3基因启动子活性,采用测序方法寻找Dlx3基因启动子区SNP,并利用PCR-RFLP技术进行SNP分型。【结果】①Dlx3基因启动子近端序列的保守性较高,该区域内人、鼠及绵羊都具有23个保守的转录因子结合位点和一个CpG岛,而启动子的远端序列的保守性较低;②Dlx3基因的启动子在绵羊胚胎成纤维细胞中具有启动子活性;③Dlx3基因启动子的-1 551—-1 1...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贾建磊 张利平 丁强 杨志文
【目的】探索绵羊BMPRIB基因第7外显子多态性与产羔数的相关性,寻找控制绵羊繁殖力的分子标记位点。【方法】以相同饲养管理条件下同龄已有产羔记录的蒙古羊(单胎母羊和双胎母羊)、无角陶赛特羊(单胎母羊和双胎母羊)、小尾寒羊(多胎母羊)为试验材料,采用PCRSSCP结合DNA直接测序的方法,对BMPRIB基因第7外显子进行多态性检测与分析。【结果】试验羊只存在AA型和AB型2种基因型;AB型个体在BMPRIB基因第864位点发生C→T突变,出现T/C的杂合,所有试验样本的优势基因型均为AA型,优势等位基因均为A基因。χ2适合性检验表明,无角陶赛特羊、蒙古羊和小尾寒羊均处于Hardyweinberg...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张恩宇 罗玉柱 李少斌 王继卿 刘秀 闫伟 管生栋 徐洪福
为给甘肃高山细毛羊生长标记候选基因的筛选提供参考依据,研究了绵羊GH基因第3内含子突变对甘肃高山细毛羊生长性状可能产生的影响。采用PCR-SSCP技术检测甘肃高山细毛羊及其与特克赛尔、邦德和澳洲美利奴羊的杂交品种GH基因第3内含子多态性,分析GH基因第3内含子突变对羔羊初生重、3月龄重、断奶重及日增重的影响。结果表明,甘肃高山细毛羊及其杂种羔羊GH基因第3内含子第98 bp处有一个C>T突变,共有AA、AB和BB 3种基因型,甘肃高山细毛羊和对照组杂种羊的GH基因第3内含子PIC值均为0.25~0.50,为中度多态。其中BB型为优势基因型。等位基因存在与缺失对体重及日增重的关联分析表明,存在等...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马晓萌 轩俊丽 王慧华 袁泽湖 吴明明 朱才业 刘瑞凿 魏彩虹 赵福平 杜立新 张莉
【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bP的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和ChRoMAS2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用hAPlovIeW软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS(2...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
安清明 周辉通 吴震洋 罗玉柱 Jon G.Hickford
【目的】检测绵羊ADIPOQ基因多态性及连锁现状,评估该基因突变对绵羊生长及胴体性状的影响,以期丰富绵羊相关重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】以8个不同品种的商品绵羊为研究对象,利用PCR-SSCP方法检测ADIPOQ基因Exon-1区和Exon-2区变异,利用GLMs模型进行评估该基因突变对绵羊生长及胴体性状的影响。【结果】绵羊ADIPOQ基因Exon-1区和Exon-2区共检测到13个突变位点,其中Exon-2区发现的c.46T/C突变导致编码氨基酸p.Tyr16His转变。Exon-1区等位基因A1和B1为优势等位基因,Exon-2区等位基因A2和D2为优势等位基因,且两个区域的等位基因均存在种群差异,大多数品种在两个区域中的变异为中度多态(0.25
[期刊] 西南农业学报
[作者]
康晓龙 张莉莉 王昊升 毛浩 杨润 冯登侦
【目的】本文探讨了FTO基因多态性与不同绵羊群体生长性状的相关性。【方法】采用飞行质谱技术检测了FTO基因在杜泊羊和滩寒杂交群体中的多态性及其与生长性状的相关性。【结果】FTO基因的rs160915957位点的AA基因型个体体重在杜泊和滩寒绵羊群体中分别为极显著(P<0.01)和显著(P<0.05)低于GG型个体。GG型绵羊胸围最大,且GG型杜泊羊胸围显著大于滩寒羊GG型个体(P0.05);不同基因型间,滩寒群体绵羊体高大于杜泊羊,但只有AA型个体在2个群体间显著差异(P0.05)。FTO基因的rs160
[期刊] 中国农业科学
[作者]
梁鹏 张天闻 孟科 邵顺成 邹诗凡 荣轩 强浩 冯登侦
【目的】探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X~2检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡)。SNP1(F_2代除外)、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态(0.25≤PIC<0.50),SNP2和SNP3在F_2代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态(0.25≤PIC<0.50),而在其他群体中处于低度多态(PIC<0.25)。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明:SNP1位点在F_1代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型(P<0.05),在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型(P<0.05)。SNP2位点在H_1代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型(P<0.05)。SNP3位点在F_1代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型(P<0.05),在H_1代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型(P<0.05)。SNP4位点在F_1代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型(P<0.05),在F_2代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型(P<0.05),在H_1代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型(P<0.05),在H_2代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型(P<0.05)。SNP5位点在F_2代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型(P<0.05)。SNP6位点的不同基因型在F_2代、H_1代和H_2代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异(P<0.05)。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型(P<0.05)。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型(P<0.05),SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型(P<0.05),SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型(P<0.05)、初生胸围显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型组合关联分析发现:H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型(P<0.05);而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6(P<0.05)、初生体高显著高于H5H6(P<0.05)、初生胸围显著高于H6H6(P<0.05),H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型(P<0.05)、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型(P<0.05)、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型(P<0.05)。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型(P<0.05)。【结论】ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王春玲 茆达干 曹少先 张俊 孟晨玲 方永飞 朱冬冬
为了探讨黑素皮质素受体4(melanoeortin receptor-4,MC4R)基因在绵羊中的多态性以及多态位点对绵羊生长性状的影响,对湖羊MC4R基因进行扩增,测序后发现9个碱基置换,选择MC4R基因548位点处C/T的单碱基突变,建立CRSPCR-RFLP分析方法,并对6个绵羊群体(湖羊、东弗里生羊×湖羊(东湖杂交羊)、中国美利奴、Romney、中国美利奴×Romney和阿勒泰)共518个个体进行检测分析。结果表明:在阿勒泰、Romney、中国美利奴×Romney群体中仅检测到CC 1种基因型,在东湖杂交羊和中国美利奴的群体中检测到CC和CT 2种基因型,而在湖羊群体中检测到CC(0....
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
胡文萍 董新龙 田志龙 汤继顺 刘秋月 王翔宇 狄冉 张效生 张金龙 王金玉 储明星
为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135A>G和g.54412107C>A 2个位点。Izumo1基因g.54412135A>G位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107C>A在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(PG多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PICA多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25A位点的不同基因型与小尾寒羊不同胎次产羔数之间不存在显著关联(P>0.05)。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李君 闫志浩 贾万里 许蒙蒙 张景锋 徐秋良 韩浩园 权凯
脂肪甘油三酯水解酶(ATGL)是脂肪水解过程中的主要限速酶,是调控细胞中甘油三酯和脂肪酸之间平衡的关键因子。为了分析奶山羊ATGL基因启动子的结构及转录调控机制,以奶山羊全血DNA为模板,通过PCR技术扩增出ATGL基因5′侧翼序列并进行生物信息学分析;构建了5个不同长度的启动子缺失片段报告基因载体,通过转染奶山羊乳腺上皮细胞并检测其活性,确定其核心区域;分别用PPARG激动剂罗格列酮和SREBP1激动剂T0901317处理细胞,检测其对ATGL启动子活性的影响。结果表明,克隆得到奶山羊ATGL基因5′侧翼序列2 721 bp,包含转录起始位点上游2 024 bp。经在线软件分析发现,ATGL启动子含有真核生物启动子元件TATA-box和CpG岛;对转录因子结合位点预测发现,其上含有FOXO、SREBF1、PPARG、C/EBPα和E2F1等结合位点。启动子活性分析结果表明,ATGL启动子核心区域位于转录起始位点上游-256—+1位,且在-527—-256位存在负调控元件。用罗格列酮和T0901317处理细胞后发现,二者均能显著上调ATGL启动子活性,且罗格列酮作用的区域为-527—-256位,T0901317在-882—-527位发挥作用,表明PPARG和SREBP1调控ATGL启动子活性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周荣艳 魏彦辉 锡建中 李兰会 陈辉 高立杰 张振红
【目的】分析山羊PRNP基因启动子活性区域,旨在筛选调节朊蛋白表达水平的关键区域或转录因子,为阐明山羊PRNP基因的表达调控提供理论依据,并为从遗传学角度降低朊蛋白病的发生提供思路;【方法】以山羊PRNP基因序列(GeN BaNk登录号:eU870890)为模板,设计特异性引物,扩增山羊PRNP基因5′侧翼区片段,并将扩增片段克隆至P eaSY-T3载体,鉴定为阳性的克隆进行测序;利用生物信息学方法和在线工具进行启动子区域和转录因子结合位点的预测;利用缺失突变技术扩增启动子区不同长度的片段11个,并克隆至P eaSY-T3载体后,鉴定为阳性的质粒和PGL3-BaSic载体分别用限制性内切酶ML...
关键词:
山羊 PRNP基因 启动子 转录活性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
谭义洲 丁考仁青 褚敏 郭宪 马晓明 包鹏甲 阎萍 梁春年
[目的]探索欧拉型藏羊解偶联蛋白2(UCP2)和解偶联蛋白3(UCP3)基因的多态性及其与生长性状的关联性,为运用分子标记辅助育种方法提高欧拉型藏羊的生长性状提供理论依据。[方法]以239头成年欧拉型藏羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测UCP2和UCP3基因的遗传多态性,并将其与体质量、体高、体斜长和胸围生长性状进行关联性分析。[结果]在欧拉型藏羊UCP2基因上筛选出2个SNPs位点,分别为g.52130414C>T和g.52130584 G>A,其中g.52130414 C>T位点产生TT、CT和CC 3种基因型,g.52130584 G> A位点产生AA、AG和GG 3种基因型;在UCP3基因上筛选出1个SNP位点g.52157335 C>T,产生CC、CT和TT 3种基因型。基因多态性分析表明,3个SNPs位点均为错义突变位点,属于中度多态,且均符合Hard-Weinberg平衡适应性检验(P>0.05)。关联分析结果显示,UCP2基因g.52130414 C>T位点TT基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(PA位点AA基因型欧拉型藏羊体质量和体斜长均极显著高于AG和GG基因型(P<0.01),AA和GG基因型欧拉型藏羊胸围均显著高于AG基因型(PT位点CC基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05),TT基因型欧拉型藏羊胸围显著高于CT基因型(P<0.05)。3个多态位点基因型组合分析发现,5个发生频率较高的双倍型中,D5型欧拉型藏羊体质量极显著高于D1、D2、D3型(P<0.01),体高显著高于D3型(P<0.05),体斜长显著高于D1、D3、D4型(P<0.05)且极显著高于D2型(P<0.01)。[结论]UCP2和UCP3基因多态性与欧拉型藏羊的部分生长性状显著相关,UCP2和UCP3基因可作为欧拉型藏羊生长性状选育的候选基因。D5双倍型为优势基因型,可在选育工作中优先考虑。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贾建磊 张利平 丁强 杨志文
【目的】探索绵羊BMPR-IB基因第7外显子多态性与产羔数的相关性,寻找控制绵羊繁殖力的分子标记位点。【方法】以相同饲养管理条件下同龄已有产羔记录的蒙古羊(单胎母羊和双胎母羊)、无角陶赛特羊(单胎母羊和双胎母羊)、小尾寒羊(多胎母羊)为试验材料,采用PCR-SSCP结合DNA直接测序的方法,对BMPR-IB基因第7外显子进行多态性检测与分析。【结果】试验羊只存在AA型和AB型2种基因型;AB型个体在BMPR-IB基因第864位点发生C→T突变,出现T/C的杂合,所有试验样本的优势基因型均为AA型,优势等位基因均为A基因。χ2适合性检验表明,无角陶赛特羊、蒙古羊和小尾寒羊均处于HARDy-weI...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孟泉禄 张明军 史金平 付玲娟 刘婷 张全伟 成述儒
为挖掘与绵羊生长性状相关的分子标记基因,探究DLK1多态性与绵羊生长性能之间的关联性。以240头不同品种绵羊(甘肃高山细毛羊、蒙古羊、藏绵羊和小尾寒羊各50头,滩羊40头)为试验对象,分别测定不同品种各年龄段绵羊生长性能指标;采集绵羊血液,提取DNA,运用PCR-SSCP方法结合DNA测序技术分析不同品种绵羊DLK1基因多态性;SPSS 20.0软件分析不同基因型与各绵羊品种不同年龄段生长性能之间的相关性。结果表明,不同品种绵羊DLK1基因均具有多态性,其中共检测到2个等位基因(A和B)和3种基因型(AA、AB和BB),优势等位基因和基因型分别为B和AB;DLK1基因第5内含子30 412 bp处发生G→A单个碱基突变;G30412A突变位点与绵羊1月龄和3月龄的体质量和胸围具有显著相关性(P<0.05),且BB基因型个体表型优于AA基因型个体,突变位点与绵羊体长和体高无相关性(P>0.05)。总之,不同品种绵羊DLK1基因均存在第5内含子上G30412A突变位点,该位点显著影响绵羊1,3月龄的体质量和胸围,其可作为选择甘肃地方绵羊品种生产性状的候选基因。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李昊 郭虎 王春生 宋红卫 朴善花 安铁洙
为探明绵羊Oct4基因启动子的结构特点,用PcR方法克隆获得了绵羊Oct4基因启动子,并对绵羊、牛和猪Oct4基因的上游调控序列进行对比分析。结果显示,成功扩增获得长度为2 951 bP的绵羊Oct4基因启动子;绵羊、牛和猪Oct4基因的上游调控序列均含有4个保守区域(cR1–cR4),且4个保守区域在3个物种间具有高度同源性;cR1区域富含Gc碱基对,且序列上的SP1/SP3位点与激素反应元件HRE在3个物种中具有100%的同源性;绵羊和牛、猪的上游调控序列富含Gc,并存在大量的ccc(A/t)ccc位点。
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