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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘在霞 张景萍 付绍印 何小龙 王标 何江峰 白音巴图 韩程志 马凤英 张文广 石彩霞 刘永斌
随着分子生物学和生物信息学的发展及应用，已有诸多研究从影响绵羊卵巢发育、排卵、产羔、睾丸发育和精子发生等主要繁殖活动相关编码RNA和非编码RNA方面着手，对绵羊繁殖相关的编码和非编码RNA进行筛选和鉴定。本文对影响绵羊繁殖的编码RNA和非编码RNA研究成果进行总结梳理，共整理了61个关键mRNAs、9个miRNAs、17个lncRNAs和4个circRNAs,并进一步阐述RNA的发展历史和生物学功能，以及编码RNA与非编码RNA构成调控绵羊繁殖的复杂ceRNA网络。结果表明：1)不同年龄公羊睾丸和母羊卵巢在繁殖过程中mRNA呈动态变化；2)非编码RNA与DNA、RNA或蛋白质之间相互作用，调控转录、翻译以及翻译后修饰等过程，实现不同品种、年龄和饲喂水平绵羊对精子发生和卵泡发育等过程的调控；3)编码RNA和非编码RNA形成稳定的ceRNA调控机制使繁殖活动趋于动态平衡。本综述为挖掘绵羊繁殖性状分子标记基因、开展分子育种工作、改善绵羊繁殖性能及提高羊产业经济效益打下基础。
关键词：
绵羊 繁殖性状 编码RNA 非编码RNA
[期刊] 中国科学技术大学学报
[作者]
李倩 何杰
近年来随着分子生物学研究的迅猛发展,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)越来越受到高度重视,它在肿瘤发生、发展、治疗和预后等方面所发挥的作用也逐渐被深入认知.肝癌高表达转录本(highly up-reglated in liver cancer, HULC)是lncRNA的一种,最先在肝癌中被发现,近年研究揭示它与其他许多癌症,例如胃癌、结肠直肠癌、骨肉瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤等,也密切相关.本文主要对HULC在几种不同肿瘤组织中的表达情况及其作用机制的研究进展做一综述.
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王献兵 张凌娣 李大伟 韩成贵 于嘉林
RNA沉默是真核生物用来抵抗病毒入侵的一种普遍而又古老的防御机制,而病毒在进化过程中也相应地产生了一些与之抗衡的功能,其中编码沉默抑制子就是对抗RNA沉默的有效策略。它们分别能够在不同阶段,以不同的方式干扰来自于寄主的RNA沉默,从而有效地建立侵染。本文主要针对目前已经发现的由植物病毒编码RNA沉默抑制子的作用特征、鉴定方法以及作用副效应进行综述,并讨论了RNA沉默抑制子的研究及应用前景。
关键词：
RNA沉默 抗病毒 抑制子 进化
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘金定 王权 黄水清 沈其荣
[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张艳丽 郭佳禾 姚晓磊 王锋
繁殖力是影响养羊业经济效益的重要指标之一，而繁殖性状遗传力低、周期长、选育进展慢。湖羊作为我国著名的绵羊品种，以“全年发情、多胎”而著称，是当前国内绵羊杂交育种和肉羊生产最重要的母本品种，也是研究家畜高繁机制的理想模型。繁殖性状是一个极其复杂的性状，受遗传、表观修饰、激素和营养等多因素调控，本文主要从下丘脑-垂体-性腺轴及子宫的分子调控和卵泡、子宫及胎盘发育的营养调控2个层面综述了湖羊繁殖性状调控机制的研究进展；同时指出了当前以湖羊作为多胎种质资源研究存在的问题并就未来研究方向进行了展望。
关键词：
湖羊 繁殖性状 多胎 功能基因 营养调控
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
张盈 张晓磊 詹莉芳 张琪 生秀梅 黄新祥
非编码RNA在细菌的各种生命活动中都发挥着重要的功能.针对伤寒沙门菌非编码RNA AsrC,对其转录和降解特性及其所具有的功能进行初步研究.首先使用Northern blot和qRT-PCR的方法检测了σ因子rpoE和rpoS对AsrC转录的影响,分析了使用利福平抑制细菌RNA合成的情况下,RNase E和RNase III对AsrC降解的影响.其次使用AsrC缺陷株和高表达菌株分析细菌在酸、氧、高渗应激条件下的生长情况.再者通过全基因组芯片技术,研究AsrC高表达菌株基因表达的变化.进一步研究AsrC在细菌侵袭和巨噬细胞胞内生存力中的作用.结果显示,rpoE在酸应激下、rpoS在高渗应激下调节AsrC的转录.细菌中RNase E主要参与了AsrC的降解.高表达AsrC后,有40个基因表达上调,23个基因表达下调.AsrC高表达可以增强伤寒沙门菌对于上皮细胞的侵袭力,并且可以减弱细菌的胞内生存和增殖力.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周沙沙 刘宝凤 魏琳琳 王景霖 刘建华 梁琛 乔利英 刘文忠
【目的】克隆绵羊UCP4基因的编码序列(CDS),分析CDS及其编码蛋白结构特点,并探讨其mRNA的发育性表达规律,以期为该基因的结构和功能研究奠定理论基础。【方法】利用RT-PCR技术从绵羊大脑组织中扩增出该基因的编码区序列,运用生物信息学方法分析UCP4蛋白的理化性质和结构特点。利用实时荧光定量PCR技术,对两个具有显著尾型差异的绵羊品种(广灵大尾羊和小尾寒羊)2、4、6、8、10和12月龄共计96个个体的8种组织(大脑、小脑、下丘脑、垂体、皮下脂肪、肾周脂肪、肠系膜脂肪和尾部脂肪)进行mRNA表达研究。【结果】绵羊UCP4基因CDS区长972 bp,编码323个氨基酸,分子量为35.73...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王伟佳 韩兆方 李完波 王志勇
为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA9341个,lncRNA2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。
关键词：
大黄鱼 性腺 lncRNA 性别分化
[期刊] 水产学报
[作者]
王雪 王卫军 骆启豪 孙国华 冯艳微 马敬俊 杨建敏
本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低。测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54%来源于exon,平均4.51%来源于intronic,平均6.95%来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点。研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
徐浩 徐锡文 周茜 陈松林
以抗病家系与易感家系半滑舌鳎为材料,进行哈维弧菌感染实验,并对易感家系感染前(CsSU)、易感家系感染后(CsSC)、抗病家系感染前(CsRU)、抗病家系感染后(CsRC)4组进行转录组测序,根据RNA-seq数据挖掘半滑舌鳎长链非编码RNA信息;通过生物信息学分析,筛选出与抗哈维弧菌病相关的差异长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。结果显示,共识别出4 584个lncRNA座位,包含5 714个转录本;其基本特征与编码基因的比较分析,lncRNA的GC含量低于编码基因,单外显子基因数多于编码基因,转录本的平均长度长于编码基因,基因表达量低于编码基因。对4组样品进行两两比较(CsRU vs CsSU、CsRC vs CsSC、CsRC vs CsRU、CsSC vs CsSU)分别筛选出818、813、261、140个差异表达lncRNA,其中CsRU与CsSU之间、CsRC与CsSC之间lncRNA数目差异最多,通过聚类分析确定了各实验组的表达模式之间的联系,CsRU与CsSU之间的表达模式最为相近。通过共表达分析,预测出lncRNA和274个编码基因可能存在14 539种相互关系,并进行了功能注释,进而筛选出7个关键lncRNA。qRT-PCR结果显示,差异表达lncRNAs的表达模式和转录组数据得到的基本一致。研究结果为揭示lncRNA在半滑舌鳎抗哈维弧菌免疫调控反应中的作用提供重要的参考数据。
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
熊昌艳 李雪娇 黄新祥
通过研究σ因子和RNase对伤寒沙门菌非编码RNA ArpH表达的影响,并结合全基因组芯片的结果,初步探讨ArpH对细菌侵袭力和胞内生存力的影响.应用qRT-PCR检测了rpoE和rpoS对ArpH转录的影响,以及RNase Ⅲ、RNase G和RNase E分别对ArpH降解的影响.另外还利用全基因组芯片技术对ArpH高表达菌株在氧应激下的基因表达谱进行分析.最后观察了ArpH对伤寒沙门菌侵袭力的影响和对胞内生存力的作用.结果显示,rpoE在酸、氧及高渗应激下、rpoS在氧应激下调节ArpH的转录.细菌中RNase Ⅲ主要参与了ArpH的降解.氧应激下高表达ArpH后,基因表达上调的有89个,基因表达下调的有24个.ArpH高表达可以减弱伤寒沙门菌对上皮细胞的侵袭力,并能增强细菌的胞内生存力.
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
江新琴 俞存根 陈全振
蟹类不仅是重要的经济甲壳动物,而且在海洋生态系中也扮演着重要的角色。其开发和利用已引起世界各国和地区的重视。从研究方法、影响因素和生产应用等方面,较系统地阐述了国内外对蟹类繁殖力和卵巢发育的研究现状。分析认为,繁殖力因种而异,并与栖息地纬度等因素有关。卵巢发育受到神经内分泌(神经激素和神经递质)和外界环境(温度、盐度、光照、底质等)等方面的影响。重量法和组织切片技术分别是当前繁殖力和卵巢发育研究的主要手段。体积法和解剖法在繁殖力研究中的应用有待于开发。卵巢发育研究应结合蟹类基础生物学,特别是生活史和习性等方面的研究。
关键词：
蟹 繁殖生物学 繁殖力 卵巢
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙昊然 李新海
杜泊羊的毛囊具有周期性生长发育的特点，一般分为生长期、退行期、休止期3个时期。旨在探索经前期研究筛选出的与毛囊生长期和休止期相关的关键lncRNAs作为ceRNA的调控机制。选用饲养条件相同、体质量体尺相近，年龄大约2周岁的具有极端脱毛表型的杜泊母羊(S组)和不脱毛杜泊母羊(N组)各10只作为试验对象，经表型观测选择其中表型最好的5只脱毛羊与3只不脱毛羊用于转录组测序。通过靶向预测、表达模式分析以及GO和KEGG富集分析等生物信息学分析方法构建关键lncRNAs的ceRNA调控网络，进一步研究关键lncRNAs的调控机制。经lncRNA-miRNA及miRNA-mRNA靶向预测分析共筛选到262个mRNAs,其中有135个与相应lncRNAs表达模式一致(19个A模式(Anagen,生长期高表达),116个T模式(Telogen,休止期高表达))。将这135个mRNAs进行GO和KEGG富集分析发现，一些与毛囊发育相关的基因，如CTNNB1、FGF22、FGF5、FZD3、JAK3、Lpar6、NGFR、PAK1、EIF4E及Wnt10b富集于与毛囊发育相关的Rap1、MAPK、Wnt、PI3K-Akt、Ras、mTOR、Jak-STAT及Hippo等信号通路中。最终构建了由10个lncRNAs、11个miRNAs及10个mRNAs组成的ceRNA调控网络。对随机挑选的几个差异表达lncRNAs和差异表达基因进行qRT-PCR验证，结果显示与转录组测序结果表达趋势基本一致，说明测序结果可靠。研究获得的这10个lncRNAs与其靶向调控的miRNAs及mRNAs可作为绵羊毛囊发育的重点研究对象。
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴冰月 陈华涛 许晓明 崔瑾 陈新
植物中依赖RNA的RNA聚合酶(RDRs)是个大家族,而RNA依赖的RNA聚合酶6(RDR6)是其中的一份子,它能通过基因沉默途径参与植物的生长发育,抗病性等多种生物学过程,对RDR6的结构特点、生物学功能以及作用机制作一介绍,以期为RDR6的进一步研究奠定基础。
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