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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张冬峰 郑亚东 骆学农 王晓霞 陈轶霞 李辉 侯俊玲 景志忠 才学鹏
从甘肃景泰县疑似患羊痘的绵羊皮肤组织中提取基因组DNA,PCR扩增膜蛋白ORF23基因.序列分析表明,该基因由1113个核苷酸组成,编码370个氨基酸,A+T含量占69.90%,G+C含量仅占30.10%.绵羊痘病毒甘肃株ORF23基因与A株、NISKHI株之间的核苷酸同源性分别为99.6%和99.5%,氨基酸同源性分别为98.7%和98.4%;与皮肤疙瘩病病毒NW-LW株和山羊痘病毒Pellor株之间的核苷酸同源性均为98.2%.结构预测显示,ORF23膜蛋白为非分泌蛋白,具有一个O连结糖基化位点.可见,ORF23膜蛋白在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,具有潜在的疫苗和诊断研究价值.
关键词：
绵羊痘病毒 ORF23 膜蛋白
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张冬峰 郑亚东 骆学农 王晓霞 陈轶霞 李辉 侯俊玲 潘晓梅 刘琼 景志忠 岳城 才学鹏
从甘肃景泰疑似羊痘患病绵羊的皮肤组织中提取基因组DNA,利用PCR技术,克隆糖蛋白orf118基因.比较分析表明,该基因由516个核苷酸组成,编码171个氨基酸,相对分子质量为19500,其碱基组成极不平衡,其中A+T含量占72.48%,G+C含量仅占27.52%.甘肃景泰株orf118基因同绵羊痘病毒TU-V02127株之间的核苷酸同源性最高达99.8%,氨基酸的同源性为100%;与疙瘩皮肤病病毒肯尼亚株和山羊痘病毒G20-LKV株之间的同源性分别为96.5%和94.8%.结构预测结果显示,orf118蛋白为分泌蛋白,具有2个N键连结糖基化位点和1个跨膜区.以上结果表明,orf118蛋白在不...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔军 夏咸柱 胡桂学 谢之景 闫芳 杨松涛 黄耕
根据GenBank中报道的CCVInsavc 1株核蛋白基因(M)序列,用特异性引物对分离的CCVV1野毒株进行了RT PCR扩增,将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM T连接得到重组质粒pTM,并进行了核苷酸序列测定。结果表明,该基因全长为789bp,编码263个氨基酸,其中前17个氨基酸为信号肽。与CCV标准毒株Insavc 1M基因相比,两者核苷酸的同源性为92.1%;推导的氨基酸序列同源性为90.9%,差异主要发生在该蛋白的N端前1/3区域内。在推导的M蛋白氨基酸序列中,发现了3个明显的疏水区,提示该蛋白可能是一个反复跨膜的蛋白;在N端15～17,38～40,234～236位氨基酸...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马玉 乔军 孟庆玲 刘田莉 胡政香 陈诚 才学鹏 张金生 陈创夫
本研究对新疆沙湾县疑似绵羊肺炎支原体(MO)感染的病料进行病原的分离鉴定,并对分离株进行形态学、生化和分子生物学鉴定。分离鉴定出MO13株,提取MO分离株的基因组,经PCR技术扩增MO分离株膜蛋白P80基因,将扩增序列与Gen Bank中已知的MO法国14811株膜蛋白P80基因序列进行比较。结果表明,该序列核苷酸的同源性为97.11%,推导氨基酸序列的同源性达到98.28%。该基因存在60处碱基突变,其中24处是同义突变,36处为错义突变,表明MO不同地域分离株膜蛋白P80存在一定的遗传变异。
关键词：
绵羊肺炎支原体 分离 鉴定 P80基因
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黄伟坚 姜焱 陈德胜 芦银华 张雪莲 陈溥言
应用PCR方法从PRVSH (上海株 )病毒培养物扩增了gG基因 ,克隆入 pcDNA3质粒 ,并进行了序列测定。结果表明 ,扩增的 gG基因片段长 1719bp ,包含一个 14 91bp的开放阅读框 (ORF) ,在起始密码子上游有TATAAAA盒 ,在终止密码子下游有AATAAA的 poly (A)尾 ,编码由 4 96个氨基酸组成的蛋白质。与Rice株相应的gG片段相比 ,核苷酸序列同源性达 97 1%。但推导的氨基酸序列同源性仅有 87 6 % ,主要是在编码区内插入和缺失核苷酸 ,出现了突变和移码 ,导致氨基酸序列同源性降低。gG具有膜蛋白的结构特点。
[期刊] 水产学报
[作者]
陈秀荔 赵永贞 彭敏 杨春玲 蒋伟明 李咏梅 曾地刚 马宁 黎铭 陈晓汉 吴铁军
为研究凡纳滨对虾围食膜蛋白在IHHNV感染虾体过程中的作用,实验采用SMART技术构建了凡纳滨对虾肠道组织的全长cDNA文库,电子拼接获得了对虾围食膜蛋白基因全长cDNA序列,并进行了功能分析。全长cDNA文库的库容达1.05×106pfu/mL,重组率为95%。随机挑选1 600个克隆进行测序,去除载体后得到插入长度≥450 bp的有效序列1 531条,根据同源片段长度不小于100 bp,90%同源性的原则对这些序列归并unigene,得到unigene 399条。从所测克隆中得到一个围食膜蛋白基因,其cDNA序列长度为1 002 bp,编码由303个氨基酸组成的蛋白,基因序列比对发现该序列...
[期刊] 水产学报
[作者]
黄晓 叶巧真 何建国 谢俊峰 王顺强
根据已发表的外膜蛋白基因ompII的核苷酸序列设计引物 ,从分离自患红底板病的中华鳖的嗜水气单胞菌中扩增得到了ompTS基因。对ompTS基因进行序列分析 ,发现其与ompII基因的核苷酸序列有 83.5 %的同源性。ompTS基因最长的开放阅读框 (ORF)为 10 6 8nt,编码由 35 5个氨基酸组成 ,分子量为 38.9kDa的蛋白质OmpTS ,其氨基酸序列的前 2 0个氨基酸残基可能组成信号肽。由ompTS基因推导的编码氨基酸序列与其它细菌外膜蛋白的氨基酸序列的比较结果 ,进一步证实细菌外膜蛋白氨基酸序列的N端存在高度保守区。根据序列分析结果推测 ,ompTS基因很可能是一个新的...
关键词：
嗜水气单胞菌 外膜蛋白 ompTS基因
[期刊] 华北农学报
[作者]
耿荣庆 陈玉林 王兰萍 杨朝霞 姜维 刘敏 曹春娜
对绒山羊和绵羊KAP1.4基因的编码区进行克隆与分析,在此基础上预测了KAP1.4蛋白的分子结构,为研究毛(绒)用性状的分子基础提供资料。结果表明,克隆测序获得绒山羊、绵羊KAP1.4基因编码区序列长度为579bp和549 bp,分别编码192个氨基酸和182个氨基酸。生物信息学分析表明,绒山羊和绵羊KAP1.4蛋白的基本理化特性方面无明显差异,属于非跨膜蛋白,信号肽的长度和裂解点相同,都具有1个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和6个N端酰基化位点;蛋白的二级结构由β折叠、β转角和无规则卷曲构成。三级结构预测显示,绒山羊与绵羊KAP1.4蛋白在空间三维结构上存在显著差异,将会进...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张淑敏 白昌明 辛鲁生 李亚楠 李晨 王崇明
本研究对编码牡蛎疱疹病毒(Ostreid herpesvirus 1,OsHV-1)囊膜蛋白的orf111基因进行了生物信息学分析、克隆和表达。首先,通过特异性PCR扩增得到orf111基因全长序列,并对其编码囊膜蛋白的理化性质、高级结构、跨膜区和抗原决定簇等进行生物信息学分析。结果显示,orf111编码一种稳定的疏水性蛋白,具有5个跨膜结构域和9个抗原决定簇,同时,氨基酸序列中还包含1个高度保守的精氨酰-甘氨酰-天冬氨酸(Arg-Gly-Asp, RGD)结构域。随后,构建了pET28a-orf111重组质粒,并将其转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中。最后,通过使用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导蛋白表达,表达产物分子量约为32 kDa。本研究应用原核表达得到了含RGD结构域的OsHV-1囊膜蛋白,为进一步制备ORF111蛋白单克隆抗体及开展牡蛎疱疹病毒侵染机制的研究奠定了重要基础,为将来OsHV-1的防控工作提供新的思路。
关键词：
牡蛎疱疹病毒 囊膜蛋白 原核表达 魁蚶
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李银聚 吴庭才 程相朝 吴志明 张春杰
设计了1对特异性引物,应用降落PCR法对减蛋综合症病毒(EDSV)六邻体蛋白基因进行了扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体中,经酶切和PCR鉴定后,初步证明了目的片段的正确性。进一步经核苷酸序列测定表明,所扩增的基因片段长度为2.74kb,共编码910个氨基酸,与由EDSV弱毒株(AA-2)全基因组的Hind酶切片段测序所得到的六邻体结构基因推测的氨基酸序列相比,有11处氨基酸发生了变异。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈红梅 傅光华 程龙飞 施少华 彭春香 黄瑜
运用PCR技术从表现产蛋异常的种番鸭分离鉴定的减蛋综合征病毒(EDSV)E05株中分段扩增六邻体蛋白基因,分别与克隆载体pMD18-T连接后,转化感受态细胞,对经PCR鉴定和酶切鉴定均为阳性的克隆进行测序.结果表明,E05株六邻体蛋白基因长度为2733 bp,共编码910个氨基酸.序列分析表明,该株病毒与鸡源EDSV 127株和鹌鹑源EDSV QU株六邻体蛋白基因的核苷酸同源性分别为99.6%和96.0%,氨基酸同源性分别为99.9%和99.3%.
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张春杰 吴志明 李银聚 程相朝 吴庭才
根据减蛋综合征病毒PV 蛋白基因序列设计了1对特异性引物,应用降落PCR法对PV 蛋白基因进行了扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体中,经酶切和PCR鉴定,初步证明了目的片段的正确性。进一步核苷酸序列测定表明,所扩增的基因片段长度为0.756kb,共编码250个氨基酸。
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵丽 韩昊莹 张鸿鑫 卢婷婷 王文静 陈红英
为了分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株S和ORF3基因变异情况,于2015年1-12月收集河南省规模化猪场的150份PED疑似病料利用RT-PCR方法进行S和ORF3基因检测,共扩增到15株PEDV的S和ORF3基因,回收纯化PCR产物克隆至T载体,并进行序列分析,结果显示,15株S基因与CV777相比,核苷酸同源性为93. 6%~93. 9%,氨基酸同源性为92. 2%~93. 1%,而且存在不同碱基插入和缺失; ORF3基因与CV777相比,核苷酸同源性为97. 7%~100%,氨基酸同源性为93. 7%~100%,与疫苗毒株相比,不存在氨基酸的缺失现象。进化树分析基于S基因扩增的15株独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系,与经典毒株CV777株亲缘关系较远。对于S和ORF3基因在整个进化关系中,试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远,15株河南株的S和ORF3基因存在基因变异,为河南省PED的分子流行病学研究和防控提供技术支持。
[期刊] 华北农学报
[作者]
董家红 于嘉林 韩成贵 方守国 刘仪
通过RT PCR,获得了小麦黄花叶病毒罗田分离物28kD蛋白基因的cDNA克隆pUW28 10。序列分析结果表明,小麦黄花叶病毒不同分离物的28kD蛋白基因的核苷酸序列存在一定的差异:湖北罗田和河南潢川分离物在第326,327和336位较四川雅安、江苏扬州及日本分离物缺少3个核苷酸(nt),前两者核苷酸长度为762nt,后三者为765nt;不同分离物核苷酸序列同源性从92 1%到96 9%,相应的氨基酸序列同源性从89 8%到97 3%。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋震 刘科宏 杨方云 唐科志 李中安 周常勇
【目的】了解中国CTLV分离物外壳蛋白(CP)基因的变异情况。【方法】对来源于中国不同地区、不同寄主品种的18个柑橘碎叶病毒(CTLV)分离物进行RT-PCR、克隆、测序,应用DNAMAN软件进行序列分析。【结果】18个分离物的CP基因全长714nt,推导的CP含237个氨基酸。CP核苷酸序列及推导的氨基酸序列最大相似性分别为88.5%～99.9%和91.1%～99.6%。与核苷酸序列G289→A或C、A409→C和G414→T的单碱基突变相对应,CTLV外壳蛋白第97、137、138位氨基酸在强、弱毒分离物之间存在差异,多数弱毒分离物为Q97或K97、Q137、H138,而多数强毒分离物为E...
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