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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
赵雷 江海海 赵光辉 刘国华 朱兴全 钱爱东
以从陕西省泾阳县山羊大肠中采集的5条绵羊夏柏特线虫为研究对象,用通用引物JB3及JB4.5扩增绵羊夏柏特线虫的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)基因部分序列(pcox1),将测序获得的序列用ClustalX 1.81程序进行比对,并用PAUP程序MP法构建系统发育树。结果表明:所获得的5个绵羊夏柏特线虫样品pcox1序列长度均为393 bp;种系发育分析表明,绵羊夏柏特线虫5个样品位于同一分支,且绵羊夏柏特线虫的pcox1序列种内相对保守(0.5%～2.0%),种间变异显著(9.4%～18.8%),pcox1序列可作为种间变异研究的可靠遗传标记。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张悦文 徐颖 王燕 朱兴全 刘国华
为探明中国羊毛尾线虫(Trichuris ovis)广东分离株线粒体核糖体大亚基基因(rrnL)的部分序列(prrnL)的遗传变异情况,用prrnL序列构建其与其他毛尾线虫的进化关系;应用聚合酶链反应(PCR)扩增羊毛尾线虫虫株的prrnL,将所获得的序列用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用PAUP 4.0 Beta 10程序MP法绘制种系发育树。结果表明:所获得的prrnL序列长度为849～850 bp,种内变异在0～0.8%;13个羊毛尾线虫分离株位于同一分支,羊毛尾线虫prrnL序列种内很保守,种间差异较大(33.4%～36.1%),可作为种间遗传变异研究的标记。
[期刊] 华北农学报
[作者]
乔新安 杨国宇 王艳玲 王月影 韩立强 朱彦彩 都军霞 范沛
基于电子延伸序列,克隆并分析了绵羊Gastorkine-1基因。提取皱胃黏膜组织总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞,检测阳性克隆并测序。克隆的绵羊Gas-torkine-1基因长619 bp,编码185个氨基酸,与人、小鼠、猪、牛的同源性分别为82.0%,48.8%,85.4%,96.9%,推测的氨基酸序列信号肽为1~20 aa,BRICHOS结构域为54~150 aa,结构特征与人、小鼠、猪、牛的Gastorkine-1相一致。
关键词：
绵羊 胃黏膜保护因子 克隆 序列分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
乔新安 杨国宇 朱彦彩 王月影 韩立强 王艳玲
基于电子延伸序列,设计1对克隆引物,从绵羊回肠黏膜组织中提取总RNA,进行RT-PCR,将PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞、检测阳性克隆、测序并进行序列分析。克隆的绵羊Granulysin基因与人、牛该基因的同源性分别为56.2%和87.2%,推导的氨基酸序列信号肽为1~22氨基酸,SapB结构域为64~138氨基酸,结构特征与人、牛的一致。结果提示,绵羊Granulysin基因克隆成功。
关键词：
绵羊 颗粒溶解素 克隆 序列分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韦嫔媛 彭金霞 房振峰 彭敏 蒋伟明 杨春玲 李咏梅
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的CO I核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾万忠 闫鸿斌 倪兴维 曹平 娄忠子 付宝权 史万贵
线虫(nematode)种类繁多,生活方式多样,一部分线虫可寄生于动物和植物体内,引起线虫病(nematodiasis),其中旋毛虫病、猪蛔虫病等是重要的人兽共患寄生虫病,在中国和世界各地普遍流行,危害严重。本文将对线虫线粒体基因组的研究进展、应用和今后发展方向做一简要综述。迄今,已完成46种线虫的线粒体基因组全序列测定和分析。线虫线粒体基因组的碱基组成、基因结构、基因变异等方面有其特点,这些分析结果为线形动物门线粒体功能基因组学研究、比较基因组学研究、分子分类学研究、虫种(株)鉴定与分类、分子系统发育和进化分析等提供了重要依据和指导作用,为线虫病诊断、分子流行病学调查等分子检测方法的建立提供...
关键词：
线虫 线粒体基因组 基因结构 分类
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马志杰 魏雅萍 钟金城 马蕊霞 陈雪梅 字向东 陈生梅
【目的】对藏绵羊生长激素(GH)基因进行了克隆和序列分析,以期为进一步开展藏绵羊GH基因与其生长发育性状的相关分析以及基因定位、表达调控等研究提供理论基础。【方法】用特定引物对藏绵羊GH基因进行PCR扩增、克隆和测序,使用DNAMAN4.0、BioEdit 7.0.0、DnaSP 4.10.1等生物信息学软件进行序列分析和比较基因组学研究。【结果】藏绵羊GH基因(GenBank登录号EF077162)由5个外显子和4个内含子组成,完整编码序列(Complete coding sequence,CDS)全长为654 bp。5个外显子大小分别为13,161,117,162和201 bp;4个内含子...
关键词：
藏绵羊 生长激素基因 克隆 序列分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴平 卓侃 罗梅 廖金铃
采用同源克隆的方法,首次从能克服Mi-1抗性的象耳豆根结线虫(Meloidogyne enterolobii)中克隆了Cg-1同源基因,同时克隆了一个爪哇根结线虫无毒种群的Cg-1及其同源基因。基因序列比较结果显示,象耳豆根结线虫中不存在Cg-1基因,即象耳豆根结线虫中只具有不包含CAATGA片段的Cg-1同源序列,进一步表明Cg-1可能是一个无毒基因。对Cg-1基因序列分析的结果表明,Cg-1基因可能是通过其第三个开放阅读框(ORF)编码的多肽或结构性mRNA或两者共同行使生物学功能。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李昊 郭虎 王春生 宋红卫 朴善花 安铁洙
为探明绵羊Ｏｃｔ４基因启动子的结构特点，用ＰｃＲ方法克隆获得了绵羊Ｏｃｔ４基因启动子，并对绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列进行对比分析。结果显示，成功扩增获得长度为２ ９５１ ｂＰ的绵羊Ｏｃｔ４基因启动子；绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列均含有４个保守区域（ｃＲ１–ｃＲ４），且４个保守区域在３个物种间具有高度同源性；ｃＲ１区域富含Ｇｃ碱基对，且序列上的ＳＰ１／ＳＰ３位点与激素反应元件ＨＲＥ在３个物种中具有１００％的同源性；绵羊和牛、猪的上游调控序列富含Ｇｃ，并存在大量的ｃｃｃ（Ａ／ｔ）ｃｃｃ位点。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马继鹏 巩振辉 黄炜
【目的】探究3种不同类型辣椒细胞质雄性不育材料的不育分子机理,寻找与雄性不育相关的基因。【方法】采用高盐-蛋白酶K法提取辣椒细胞质雄性不育系及其保持系的绿色叶片线粒体DNA(mtDNA),根据已报道的辣椒细胞质雄性不育相关基因orf456序列设计特异引物,利用PCR反应,从3种不同类型辣椒细胞质雄性不育材料线粒体基因组中均扩增出330 bp左右大小的条带。【结果】经克隆测序及序列分析表明,3种不同类型辣椒细胞质雄性不育材料所获片段序列完全一致,大小为330 bp,命名为CMS330,与orf456核酸序列同源性达99%。【结论】3种不同类型辣椒细胞质雄性不育材料具有相似的不育分子机理。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邵爱华 朱江 陈葵 史全良
以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方豚(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定线粒体细胞色素b(Cyt b)及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆的暗纹东方Cyt b基因(1 137 bp)及其5′端上游的tRNAGlu基因和3′端下游的tRNAThr基因序列共1 327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析,显示暗纹东方与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方的同源性最高,为96.1%;与同目不同科的...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
叶星 白俊杰 劳海华 简清 罗建仁
用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。
关键词：
草鱼 线粒体 细胞色素b 核酸序列
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
万新龙 李建洪 彭德良
用PCR方法扩增了16个不同地区和不同作物上根结线虫群体的ITS片段,并进行了克隆、序列测定分析和比对。结果表明:采自北京密云苦瓜和豇豆、北京通州月季以及山东胶州、烟台、潍坊花生上的6个根结线虫群体为北方根结线虫(Meloidogyne hapla),其ITS片段大小为772 bp;来自云南番茄、成都黄瓜和海南石榴上的3个根结线虫群体为爪哇根结线虫(M.javanica),其ITS片段大小为767 bp;来自河北廊坊番茄、北京海淀番茄和浙江黄瓜上的3个根结线虫则属于花生根结线虫(M.arenaria),其ITS片段大小为768 bp;而安徽和县、宿州的番茄以及太和桔梗上的3个根结线虫则属于南方...
关键词：
根结线虫 ITS-PCR 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
耿荣庆 陈玉林 王兰萍 杨朝霞 姜维 刘敏 曹春娜
对绒山羊和绵羊KAP1.4基因的编码区进行克隆与分析,在此基础上预测了KAP1.4蛋白的分子结构,为研究毛(绒)用性状的分子基础提供资料。结果表明,克隆测序获得绒山羊、绵羊KAP1.4基因编码区序列长度为579bp和549 bp,分别编码192个氨基酸和182个氨基酸。生物信息学分析表明,绒山羊和绵羊KAP1.4蛋白的基本理化特性方面无明显差异,属于非跨膜蛋白,信号肽的长度和裂解点相同,都具有1个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和6个N端酰基化位点;蛋白的二级结构由β折叠、β转角和无规则卷曲构成。三级结构预测显示,绒山羊与绵羊KAP1.4蛋白在空间三维结构上存在显著差异,将会进...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
姜维 薛鹏 何永新 陈玉林
【目的】克隆山羊Eda基因CDS区全序列,并对其进行序列分析,研究Eda基因在毛囊生长周期不同阶段皮肤组织中的表达规律。【方法】以太行黑山羊为研究对象,采集其毛囊生长休止期、生长期和退行期背部皮肤组织,采用RT-PCR技术克隆山羊Eda基因,通过在线软件Blastn进行基因cDNA序列分析,用SMART进行氨基酸序列分析,利用SWISS-MODEL软件进行蛋白质结构分析;以β-actin为看家基因,采用实时荧光定量PCR技术对Eda mRNA在毛囊生长不同时期皮肤组织中的表达规律进行分析。【结果】太行黑山羊Eda-A1基因CDS区全长1 176bp,编码391个氨基酸;Eda-A2比Eda-A...
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