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[期刊] 华北农学报
[作者]
王晓玥 陈双双 齐香玉 冯景 陈慧杰 孙明 邓衍明
ALMT(Aluminum-activated Malate Transporter)是植物中广泛存在的一个基因家族,其编码的蛋白质在调控植物根部酸分泌和对铝离子的响应方面起着重要作用。为了明晰大花绣球无尽夏HmALMT11的序列特征及其在逆境胁迫后的表达特征,进一步探索大花绣球无尽夏的生物学功能,为后续HmALMT11功能鉴定提供理论依据。以大花绣球无尽夏为材料,克隆得到HmALMT11基因,并对其进行生物信息学、亚细胞定位和铝胁迫响应分析。结果表明,HmALMT11包含1个1 590 bp的开放阅读框,编码529个氨基酸,蛋白分子量为59.1 ku,理论等电点为9.1,为不稳定的碱性蛋白;HmALMT11蛋白含有6个跨膜结构域,定位于细胞质膜;实时荧光定量PCR分析发现,低浓度100μmol/L和高浓度800μmol/L的Al_2(SO_4)_3处理都可诱导HmALMT11在无尽夏根、茎、叶中的上调表达,且在根中相对表达量最高,具有明显的组织表达特异性。研究表明,HmALMT11蛋白可能在绣球花适应铝胁迫过程中发挥重要调控作用,为后续深入探究其响应利用铝胁迫的作用机制提供了理论基础。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
高振华 李漾漾 王峰 齐明芳 李天来 刘玉凤
Dicer-like蛋白(DCLs)是RNA沉默机制中的重要参与者,通过miRNA进行基因调控和植物的抗病毒保护,并且还与其他生物和非生物胁迫有关。研究番茄中DCLs的蛋白质基本功能以及SlDCLs对环境的响应,可以为DCLs参与抗逆途径及其在逆境中的作用提供理论依据。为深入了解番茄中RNase Ⅲ核酸内切酶Dicer-like蛋白基因家族的特征,利用生物信息学的方法对番茄DCL蛋白基因家族成员进行染色体定位,分析蛋白质基本理化性质、系统发育进化、启动子顺式作用元件、蛋白质结构域等。并通过qRT-PCR方法检测基因在组织中的表达模式和对激素、低温、盐、干旱等胁迫的响应。结果表明:番茄DCL基因有7个,分为4个家族;主要蛋白结构域有5个,启动子区域有响应各类激素、光信号、干旱等逆境的顺式作用元件,包括SlDCL1启动子区域的响应低温作用元件,SlDCL2a的SA、ABA响应元件,SlDCL2b的光响应元件,SlDCL2c的ABA,Me-JA响应元件,SlDCL2d的赤霉素响应元件,SlDCL3的Me-JA、SA响应元件,SlDCL4的干旱响应元件。结果表明:DCL家族基因在不同组织中具有不同的表达模式;激素、低温和渗透胁迫处理可以抑制或激活该家族成员的表达。SlDCL1直接响应低夜温,SlDCL2a对渗透胁迫响应明显;SlDCL2b的转录水平受到NACl的负调控;SlDCL2c受到低温以及ABA的正调控;SlDCL2d受NACl与PEG的负调控;PEG可以促进SlDCL3和SlDCL4的表达。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
林景卫 关山越 钟鸣 陈丽静 李浩戈 张丽 范文丽 李天来
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘祥
对溶藻弧菌外膜蛋白ＯｍｐＵ进行分子克隆构建，抗原性生物信息学分析，为疫苗的开发奠定了基础。通过分子克隆获得ＯｍｐＵ蛋白的原核表达菌株，重组表达后利用切胶纯化获得ＯｍｐＵ蛋白，免疫小鼠制备抗血清，Ｗｅｓｔｅｒｎ ＢｌＯｔｔｉｎｇ检测发现ＯｍｐＵ蛋白具有很好的抗原性。采用在线软件预测ＯｍｐＵ为亲水的分泌型蛋白；存在多个酶切位点。采用ｔｍＨｍｍ ｓｅｒｖｅｒ ｖ．２．０程序预测ＯｍｐＵ无跨膜结构并定位于细胞膜外。通过ｓｉｇｎａｌ ｐ ４．１软件分析发现ＯｍｐＵ的１～２１位氨基酸为信号肽序列。ｓＯｐｍａ服务器预测ＯｍｐＵ的二级结构含无规则卷曲２７．９４％，α－螺旋为３３．２４％，β－转角为１０．２９％．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
罗洪林 张瑶瑶 梁万文 陈福艳 李旻 甘西
运用生物信息学技术分析罗非鱼热休克蛋白70(tilapia heat shock protein,t HSP70)的理化特性、糖基化位点、跨膜区域、蛋白的细胞定位及信号肽与虹鳟等其他动物HSP70的相似性,以人工合成c DNA为模板,通过聚合酶链式反应扩增其完整CDS,并将此DNA片段与真核表达载体p GAPZa-A连接,构建p GAPZa-HSP70表达质粒,在毕赤酵母GS115中表达t HSP70蛋白,对表达上清液进行SDS-PAGE及Western-blotting分析后,采用Ni2+IDA层析脱盐纯化目的蛋白,并对所表达的蛋白进行糖基化PAS染色鉴定。对表达的蛋白进行SDS-PAGE后...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周康奇 潘贤辉 刘奕 牟希东 郑曙明 胡隐昌 宋红梅 杨叶欣
为探究卵黄蛋白受体(Vitellogenin receptor,Vtgr)在双须骨舌鱼性腺发育的作用及组织表达规律,本研究运用RACE技术首次克隆获得双须骨舌鱼vtgr cDNA全序列,该序列全长为2 841 bp,开放阅读框(ORF)为2 556bp,编码氨基酸851个,5’端非编码区26 bp,3’端非编码区258 bp。生物信息学分析显示,vtgr蛋白分子质量为93.6 ku,等电点为4.78,含有8个低密度脂蛋白受体A结构域(LDLa),5个低密度脂蛋白受体YWTD结构域(LY),2个类表皮生长因子结构域(EGF),1个钙结合类表皮生长因子结构域(EGF-CA),1个跨度为23个氨基酸的跨膜结构域,属于极低密度脂蛋白受体(vldlr),是亲水性跨膜蛋白。多序列比对分析表明,双须骨舌鱼vtgr高度保守,与美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)相似度最高为95.96%。系统进化树分析发现,与美丽硬仆骨舌鱼聚为一支,与鲽形目、鲤形目、鲑形目亲缘性较远。qRT-PCR结果分析发现,双须骨舌鱼vtgr在雌雄鱼的8个不同组织中均有表达,在卵巢和精巢中的相对表达量显著高于鳃、肝、脾、心脏、头肾、脑等组织(P<0.05)。此外,vtgr在雌雄鱼性腺发育Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期表达分析表明,在卵巢中vtgr相对表达量依次递减,且Ⅱ期显著高于Ⅲ和Ⅳ期(P0.05),但Ⅱ和Ⅲ期表达量显著低于卵巢(P<0.05)。研究表明,vtgr基因编码区序列有较高保守性。Vtgr在双须骨舌鱼前期卵巢发育中发挥着重要作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘云云 李智敏 程毅 余永廷 陈佳 严准
运用生物信息学手段分析pep1基因结构,并根据GenBank中玉米瘤黑粉菌pep1 DNA序列设计引物,从玉米瘤黑粉菌SG200的基因组中扩增得到了pep1基因全长,构建了pET–28a–pep1重组表达质粒,选用大肠埃希菌BL21(DE3)作为宿主菌,以1 mmol/L IPTG诱导表达。SDS–PAGE检测结果表明,诱导表达产物大小与理论值(20 800)一致,说明pET–28a–pep1能够在大肠埃希菌BL21(DE3)中高效表达。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘笑天 仇昊 田莉 师亮 任昂 赵明文 谢荣
[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选，分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化，为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础。[方法]运用生物信息学方法，分析灵芝蛋白数据库，将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较，从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白。对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析。通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化。[结果]经数据库的比对，获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白，其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C2H2保守结构域的同源蛋白数目最多，分别为61、55和40个。进化树分析结果表明，灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组。染色体定位结果显示，Chr3上的转录因子同源蛋白数量最多，Chr13上的最少。亚细胞定位预测结果表明，位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数目较多，分别为108和78个。乙酸处理组的转录组数据表明，含有TEA结构域的GL22568＿R1乙酸处理后转录水平显著下调；含有C2H2结构域的GL16029＿R1，含有Zn2Cys6结构域的GL17627＿R1、GL16724＿R1和GL21326＿R1乙酸处理后转录水平显著上调。[结论]灵芝转录因子家族分类较多，分布较广，其中分属于TEA、C2H2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘笑天 仇昊 田莉 师亮 任昂 赵明文 谢荣
[目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选，分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化，为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础。[方法]运用生物信息学方法，分析灵芝蛋白数据库，将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较，从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白。对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析。通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化。[结果]经数据库比对，获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白，其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C_2H_2保守结构域的同源蛋白数量最多，分别为61、55和40个。进化树分析结果表明，灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组。染色体定位结果显示，Chr 3上的转录因子同源蛋白数量最多，Chr 13上的最少。亚细胞定位预测结果表明，位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数量较多，分别为108和78个。乙酸处理组的转录组数据表明，含有TEA结构域的GL22568＿R1在乙酸处理后转录水平显著下调；含有C_2H_2结构域的GL16029＿R1以及含有Zn2Cys6结构域的GL17627＿R1、GL16724＿R1和GL21326＿R1在乙酸处理后转录水平显著上调。[结论]灵芝转录因子家族分类较多，分布较广，其中分属于TEA、C_2H_2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
宁坤 杨洋 马述山 李慧玉
［目的］研究白桦中ＳＰＬ转录因子的基因序列特征及其在不同时期不同组织中的表达规律。［方法］依据白桦４５个转录组测序结果，共获得１２条全长ＳＰＬ基因，依次命名为白桦ＢＰＳＰＬ１－ＢＰＳＰＬ１２，对其中１１条ＢＰＳＰＬ进行了生物信息学及基因表达特征分析。［结果］生物信息学分析发现，１１条ＢＰＳＰＬ均含有１个高度保守的ＳＢＰ结构域，且基因长度差异较大，含有２ １０个不等数目的外显子，系统进化分析发现１１条白桦ＳＰＬ分属于六大类ＳＰＬ蛋白；ｑＲＴ－ＰＣＲ分析结果显示，白桦ＢＰＳＰＬ基因在不同时期的叶、顶芽、茎、雄花序中表达变化显著，多数ＳＰＬ基因在顶芽中７月５日和８月２０日至９月２０日时期表达较高，除．．．
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
林景卫 关山越 钟鸣 陈丽静 李浩戈 张丽 范文丽 李天来
为研究血红铆钉菇中克隆的一种新型真菌免疫调节蛋白基因以及其在毕赤酵母GS115中进行高效重组表达,采用同源克隆的方法从血红铆钉菇菌丝体基因组DNA中扩增得到一个新的真菌免疫调节蛋白基因——FIP-cru,构建FIP-cru真核表达重组载体,并在毕赤酵母GS115中进行FIP-cru重组表达。利用硫酸铵沉淀、琼脂糖镍纳米磁珠纯化目的重组FIP-cru蛋白,采用SDSPAGE和Western blot验证重组FIP-cru表达情况。利用体外血细胞凝集实验与MTT法检测r FIP-cru生物学活性。结果表明:FIPcru属于真菌免疫调节蛋白家族,包含342 bp,编码113个氨基酸,经生物信息学分析...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高慧 刘海军 黄亚群 陈景堂 祝丽英 赵永锋 张祖新
根据玉米B73和水稻的寡肽转运蛋白全长序列设计引物,通过RT-PCR直接扩增的方法从玉米自交系478中克隆到了寡肽转运蛋白基因,命名为ZmOPT0212(Accession number:HM021150)。ZmOPT0212开放阅读框为2 151bp,编码716个氨基酸残基,等电点8.87,相对分子质量为77.4 kDa。预测由该基因转录的寡肽转运蛋白其二级结构约含43.85%的α-螺旋、13.27%的延伸链、3.91%的β-转角和38.97%的不规则卷曲,含有14个连续的疏水片断,其中12个可能构成跨膜螺旋;预测该转运蛋白不存在信号肽,亚细胞定位存在于细胞膜上。同源性和进化树的预测分析显示...
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁倩 李璐 周雅莉 安茜 王计平
为研究二酯酰甘油酰基转移酶2(PfDGAT2)在紫苏种子油脂合成过程中的调控作用,对紫苏DGAT2基因及其编码的蛋白质进行了详细的生物信息学分析,并研究了该基因在不同紫苏品种中的表达特性。结果表明,PfDGAT2基因c DNA全长1 249 bp,共编码329个氨基酸;DGAT2蛋白的等电点为9.46,属于碱性蛋白质;二级结构预测表明,紫苏DGAT2蛋白的主要结构元件是无规则卷曲(34.65%)和α-螺旋(30.09%);系统进化树分析表明,紫苏与芝麻和烟草的亲缘关系较近,与油橄榄的亲缘关系较远。通过研究
[期刊] 华北农学报
[作者]
李璐 梁倩 安茜 周雅莉 王计平
为研究脂肪酸硫酯酶A(FatA)在紫苏脂肪酸合成机制中发挥的作用,对紫苏FatA基因及其编码的蛋白质进行生物信息学分析。结果表明,PfFatA基因cDNA全长1 652 bp,开放阅读框1 119 bp,编码372个氨基酸;紫苏FatA基因编码的蛋白质为亲水性不稳定蛋白,无跨膜区域;含Acyl-ACP_TE保守结构域,属于Hotdog fold超蛋白家族;多序列比对结果发现,序列C端含有保守的三联肽AKL和SKV结构;系统进化树分析表明,紫苏与丹参亲缘关系较近。通过Real-time PCR分析得知,Pf
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
彭继庆 曹福祥 曹基武 董旭杰 刘志明 任锐 熊亚丽 张鹏鸿
利用ＩＳＳＲ－ＰＣＲ分子标记技术对２３个绣球花品种进行遗传多样性研究，从１００条引物中筛选出１０条引物对供试材料基因组总ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，共扩增出条带１２３条，其中多态性条带１０２条，占８２．９３％，具有较高的多态性。经ＰｏＰ ＧｅＮ３２软件包分析，２３个绣球花品种的平均有效等位基因数为１．４９３ ７，平均ＮｅＩ’Ｓ基因多样性指数为０．２９０ ７，平均ＳｈＡＮＮｏＮ信息指数为０．４３５ ７，遗传距离介于０～０．７６９ １之间，遗传一致度介于０．４６３ ４～１．０００ ０之间，具有广泛的遗传多样性，梦幻蓝和史欧尼１０条引物的扩增结果一致，二者可能为同一个品种。ＵＰＧＭＡ聚类将２３个品种分成２．．．
关键词：
绣球花 ISSR 遗传多样性 指纹图谱
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