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[期刊] 中国农业科学
[作者]
金梅 张丽娟 曹倩 郭鑫英
【目的】筛选出辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞中与绒毛生长相关的LncRNA,为绒毛生长相关LncRNA的功能及机制研究提供基础性数据。【方法】提取MT和FGF5处理的辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞总RNA,通过样品总RNA电泳检测、测序数据质量评估、Mapping比对、样品间相关性检查对提取的总RNA进行质量检测。筛选出差异表达的LncRNA并预测其靶基因,通过GO和KEGG富集分析,筛选出与绒毛生长相关的LncRNA,并通过Real-time PCR对目标LncRNA进行表达验证。【结果】(1)样品总RNA质量检测结果显示:RNA完整性良好、GC含量相对较高,序列较稳定、样品间表达水平相关性均较高、符合测序要求。(2)差异表达LncRNA的筛选结果显示:1.0g·L~(-1) 24h组差异表达LncRNA有32个,其中4个表达上调,28个表达下调;0.2g·L~(-1) 24h组差异表达LncRNA有10个,其中4个表达上调,6个表达下调;0.2g·L~(-1) 72h组差异表达LncRNA有113个,其中5个表达上调,108个表达下调。10~(-4) g·L~(-1) 24 h组差异表达LncRNA有164个,其中有70个上调,94个下调;10~(-4)g·L~(-1) 72 h差异表达LncRNA有189个,其中有78个上调,111个下调;10~(-6) g·L~(-1) 24 h组差异表达的LncRNA有123个,其中有27个上调,96个下调。(3)靶基因GO富集分析结果显示:1.0g·L~(-1) 24h组差异表达LncRNA靶基因富集在GO的negative regulation of transcription from RNA polymerase Ⅱ promoter;0.2g·L~(-1) 24h组无差异表达LncRNA靶基因富集的GO term;0.2g·L~(-1) 72h组差异表达LncRNA靶基因富集在GO的cellular metabolicprocess biological_process,binding molecular_function,FGF5处理组中只有10~(-4) g·L~(-1) 72 h组差异表达LncRNA靶基因富集在cell cellular_component、cell part cellular_component、intracellular cellular_component、binding molecular_function等6个条目。(4)靶基因KEGG富集分析结果显示:1.0g·L~(-1) 24h组差异表达LncRNA靶基因富集在Steroid biosynthesis pathway;0.2g·L~(-1) 24h组无差异表达LncRNA靶基因富集的Pathway term;0.2g·L~(-1) 72h组差异表达LncRNA靶基因富集在Cell cycle,DNA replication,Steroid biosynthesis,TNF,Nod-likereceptor,NF-kappa B等信号通路,其中TNF和NF-kappa B信号通路与绒毛生长相关。FGF5处理组中,10~(-4) g·L~(-1)72 h组差异表达的LncRNA靶基因显著富集到Fanconi anemia pathway,Huntington’s disease,Metabolic pathway,Aminoacyl-tRNA biosynthesis等9个pathway term,其中Metabolic信号通路与绒毛生长相关;10~(-4) g·L~(-1) 24 h组差异表达的LncRNA靶基因无显著富集的pathway term;10~(-6) g·L~(-1) 24 h组差异表达的LncRNA靶基因只富集在Taste transduction pathway。(5)NF-κB和TNF两个信号通路中富集的靶基因TNFα、TNFAIP3(A20)、NFKBIA(IkBα)、NFKB2、IL8所对应的LncRNA有2个,分别为(Gene ID):XLOC_005914;XLOC_018763;Metabolic信号通路中靶基因所对应的LncRNA有4个,分别为(Gene ID):XLOC_011424、XLOC_009522、XLOC_009063、XLOC_01115。Real-time PCR结果显示:LncRNA XLOC_011424、XLOC_011157、LncRNA XLOC_005914和XLOC_018763与高通量测序结果一致。【结论】LncRNA XLOC_011424、XLOC_011157、LncRNA XLOC_005914和XLOC_018763可能通过调控与绒毛生长相关的NF-κB、TNF或Metabolic信号通路,提高羊绒密度和长度,进而提高辽宁绒山羊绒产量及品质。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
勿都巴拉 乌亚罕 李玉荣 高娃 马跃军 刘斌 李金泉
为研究控制光周期对绒山羊绒毛生长相关激素的影响,从短光照试验和对照组绒山羊中选择2周岁6对双胞胎绒山羊母羊,采集血液样品利用酶联免疫法进行激素含量测定,利用SAS9.0软件进行显著性检验和相关性分析。结果发现:一天24h当中,绒山羊进入棚圈后褪黑激素MLT(melatonin,mLT)和IGF-1含量显著增加,PRL含量显著减少,EGF和GH含量在2组中差异不显著;一年当中,进入光控棚圈后6月份绒山羊血液中的MLT(P0.05)含量均增加,PRL含量显著降低;9月份试验组绒山羊MLT、IGF-1和GH含量
关键词:
绒山羊 短光照 绒毛生长相关激素
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵濛 刘志红 奈日乐 谢遇春 马丽娜 米璐 李金泉 李婕
为研究绒山羊绒毛生长周期内皮肤基因表达规律以及皮肤差异表达基因的挖掘,采用Illumina HiSeqTM2000高通量转录组测序平台RNA-Seq技术,对3只成年雌性阿尔巴斯型内蒙古绒山羊全年12个月的皮肤样本进行转录组测序,将无参考基因组de novo拼接组装的unigene运用Nr,GO,COG以及KEGG数据库进行比对注释,并进行差异基因在全年各月份间的变化规律分析。结果显示,测序获得的unigene数为105 854条,比对注释基因55 541个,其中共有51 078条转录本进行了GO注释,21 189条转录本在COG数据库分析得到注释,26 201条预测基因KEGG数据库比对成功。其中皮肤基因GO注释在生物学功能分类中,细胞过程、代谢过程、生物学调控、生物功能调控以及刺激应答方面注释到的转录本比例最大;在分子功能分类中,结合以及催化活性作用方面注释到的转录本比例最大;通过COG数据库的比对注释,看到皮肤表达基因的同源蛋白功能主要集中在基因转录、翻译后修饰、和信号传导机制方面,反而在同工酶转运和代谢、细胞动力、二级代谢生物合成、转运和催化以及核结构方面注释到的基因极少;皮肤转录组数据与KEGG数据库比对,得到皮肤相关转录本较为富集的几条通路分别为MAPK signaling pathway,Wnt signaling pathway,Notch signaling pathway,Hedgehog signaling pathway,TGF-βsignaling pathway,JAK-STAT signaling pathway以及Focal signaling pathway;通过绒山羊不同月份皮肤转录组测序数据进行差异基因分析,得出绒山羊全年皮肤生长周期中基因差异变化规律为绒山羊全年皮肤共有4次较为剧烈的基因差异变化,第1次发生在2月与3月之间,第2次发生在3月与4月之间,第3次发生在6月与7月之间,第4次发生在10月与11月之间,前2次出现的基因差异变化较后2次剧烈得多,说明绒山羊绒毛生长启动时基因变化剧烈,而绒毛生长到休止时的皮肤基因变化较为缓和,是一个基因缓慢变化的过程。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
秦枫 朱晓萍 张微 周佳萍 宋先忱 贾志海
为探讨日粮添加不同水平的碘和硒对辽宁绒山羊非产绒期和产绒期血液中褪黑激素(MT)、催乳素(PRL)、类胰岛素生长因子(IGF-I)、生长激素(GH)、甲状腺过氧化物酶(TPO)以及脱碘酶(DIO)的影响,选择36只体况良好、体重相近((38.0±2.94)kg)的2周岁辽宁绒山羊作为试验动物,采用2×3完全随机试验设计,随机分为6组。分别在基础日粮中添加3个水平的碘(0、2和4 mg/kg,DM)和2个水平的硒(0和1 mg/kg,DM)进行饲喂。试验结果表明:1)非产绒期,日粮添加碘显著提高了血液中GH和IGF-1的浓度,降低了血浆MT的浓度(P<0.05),对PRL、TPO和DIO浓度没有...
关键词:
绒山羊 碘 硒 血液激素 酶 绒生长
[期刊] 农业现代化研究
[作者]
汤少勋
11月23日,湖南省科技厅组织有关专家对中国科学院亚热带农业生态研究所副所长谭支良研究员主持完成的"反刍动物营养调控与饲料高效利用技术研究与应用"项目进行了科技成果鉴定。鉴定专家组组长由中国工程院院士、华中农业大学陈焕春教授担任。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
岳春旺 朱晓萍 孔祥浩 张微 于玲玲 贾志海
为探讨甲状腺激素对羊绒生长的影响,挑选12只(平均(15±1.5)月龄、平均活重(33.14±2.29)kg)内蒙古白绒山羊半同胞羯羊,随机分为2组。用外源褪黑激素(MT)调控羊绒生长,通过皮肤组织中脱碘酶(MD)活性变化,研究皮肤组织中甲状腺激素(T3、T4)与绒毛生长的关系。结果表明:1)埋植MT使绒纤维生长率增加(P0.05);2)绒纤维生长率与血浆MT质量浓度有关(P0.05);3)绒纤维生长率与皮肤组织中Ⅱ型脱碘酶(MDⅡ)活性呈正相关关系(P<0.05),而与Ⅲ型脱碘酶(MDⅢ)无相关关系(...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
郑义和 李惠丽
大小年毛竹林改制技术的研究是国家科技攻关项目《林木速生丰产栽培技术的研究》的一部分内部,自1984年始,研究将大小年毛竹林改制为均年(即花年)竹林,以及使均年竹林稳产经营的控制技术措施。试验中改制技术包括立竹断鞭、大年强度疏笋、改变伐竹期、自然留养小年竹等,以寻求在毛竹林中诱发小
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
贾纯琰 付绍印 丽春 张文广
为分析绒山羊皮肤中受Hippo信号通路调控的绒生长候选基因集,本研究选取6只罕山白绒山羊随机分为对照组和褪黑素处理组,每组设3个重复。以自然年为试验周期,每月采集皮肤样本进行RNA测序,使用Bowtie、TopHat、Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、Cuffcompare、CPAT和CPC软件分析DE-mRNA和DE-lncRNA,联合PCA分析它们对次级毛囊生长周期的应答,利用WGCNA挖掘调控山羊绒生长的基因模块,GSEA分析候选基因集的生物学功能。结果表明:1)筛选得到组间DE-mRNA 2 024个和DE-lncRNA 329个,它们应答了绒山羊皮肤次级毛囊的生长周期。2)获得有生物学意义的对照组7个和试验组9个基因模块。3)深入分析富集到平衡哺乳动物皮肤生长分化、毛囊形态发生的Hippo信号通路基因模块,揭示了外源褪黑素诱导下调控山羊绒生长候选基因集191个mRNA和49个lncRNA的共表达调控网络关系。4)发现候选基因集与皮肤发育生物学过程(|NES|>1且FDR1且FDR1且FDR1且FDR<25%)显著关联。综上,确定了调控山羊绒生长的关键通路Hippo信号通路,在组学水平从基因集角度解析了调控山羊绒生长的mRNA和lncRNA的共表达调控关系,为进一步研究外源褪黑素促山羊绒生长的机制提供参考。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
初文生 刘影 段春辉 张欢 许建海 刘少峰 刘少卿 张微
为研究内蒙古绒山羊非生绒期内褪黑激素埋植时间对山羊绒产量、长度以及细度的影响,于当年4月底抓绒时,选用体重相近、上年度产绒量基本一致的2~3岁内蒙古绒山羊母羊30只,随机分为3组,包括1个对照组和2个褪黑激素埋植组(4和6月2次埋植组、6月单次埋植组),试验开始后逐月观察山羊绒生长情况。结果表明:1)无论是4和6月2次,还是6月单次埋植褪黑激素均能够诱导非生绒期内山羊绒生长,整个羊绒生产周期内没有二次生绒和提前脱绒;2)埋植褪黑激素对山羊绒细度没有影响(P>0.05),4和6月埋植褪黑激素组绒山羊产绒量和山羊绒长度显著高于6月埋植组和对照组(P...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘海英 贾志海 岳春旺 于玲玲 贾存灵 朱晓萍
为研究内蒙古白绒山羊年龄和绒毛生产性能的关系,对1~8岁内蒙古白绒山羊产绒性能与绒毛品质性状进行了试验研究。统计分析结果表明:1)不同年龄间产绒量、绒长度、毛长、绒纤维细度和伸直长度均有极显著差异(P
关键词:
内蒙古白绒山羊 年龄 产绒性能 绒毛品质
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
施立成 贾志海 王润莲 孔祥浩 罗海玲 那仁巴图
为探讨不同的能量摄入水平对绒山羊体组成和产绒性能的影响 ,确定舍饲条件下绒山羊适宜的能量供给。本试验在保持蛋白质和其他养分摄入量一致的情况下设高、中、低 3种能量摄入水平 (代谢能摄入量分别为6 70、5 6 7、4 4 6MJ·d-1) ,选 9只内蒙古白绒山羊羯羊 ,随机均分为 3组 ,于绒生长旺盛期进行饲养试验、体组成分析、绒毛品质及产绒量测定。结果表明 :提高能量摄入水平对活重、空体重、胴体重和屠宰率 (高能量摄入组分别为2 4 2 3,2 0 19和 10 6 5kg、4 3 81% )没有显著影响 (P >0 0 5 ) ,但对体组成、体蛋白分布和去毛空体成分有显著影...
关键词:
绒山羊 能量 体组成 产绒性能
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贺晓宏 张涛 张亚妮 耿社民
应用多元统计方法,分析了绒山羊体尺、绒毛性状与经济性状间的相关关系。结果表明,体长(x2)、胸围(x3)、管围(x4)、毛长(x6)与体重(y1)之间呈极显著正相关(P<0.01),用其估测绒山羊体重有95%以上的可靠性。胸围对体重的影响最大,而体长、管围、毛长通过胸围间接影响体重;绒长对产绒量影响最大,但是单就体高、体长、胸围、管围、毛长、绒长与产绒量之间并不能找到最优回归方程。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张卫东 郑玉杰 葛伟 张月朗 李芳 王昕
【目的】基于单细胞测序技术探究绒山羊毛乳头细胞标记基因,优化毛乳头细胞体外鉴定的方法,为研究绒山羊毛囊发生发育提供良好的细胞模型。【方法】运用Seurat单细胞分析法分析陕北白绒山羊胚胎期60、90、120 d皮肤组织的单细胞测序数据。原始数据经质控、过滤、标准化后,采用UMAP方法进行数据降维与聚类分析。通过对比已报道的毛囊相关标记基因,获得完整绒山羊毛囊细胞类群谱系信息。通过基因差异表达分析,筛选绒山羊毛乳头细胞特异性标记基因。利用免疫荧光试验鉴定标记蛋白在绒山羊皮肤组织中的表达与分布情况,进一步筛选毛乳头区域特异性表达蛋白。体视镜下机械分离完整绒山羊毛囊,采用酶消化法分离绒山羊毛乳头区域并在体外培养至细胞分离,最终通过差速贴壁法纯化细胞。待毛乳头细胞纯度较高时,利用免疫荧光试验验证候选标记蛋白在分离细胞中的表达情况。【结果】从单细胞水平分析了绒山羊毛囊发生过程中涉及的关键细胞转录信息,成功获得绒山羊皮肤中的17个主要细胞类群信息,鉴定出包括真皮细胞谱系、表皮细胞谱系、毛乳头细胞、毛干细胞、内根鞘细胞等绒山羊皮肤结构关键细胞类群,以及周皮细胞、巨噬细胞、肌肉细胞等其他功能细胞类群。筛选获得毛乳头细胞特异性基因427个,包括SOX2、FGF7、APOD、BMP3、HHIP、HEY2和SPON1等,这些基因在绒山羊毛乳头细胞中的表达丰度远高于其他细胞类型,被认为是毛乳头细胞特异性标记基因。组织免疫荧光试验进一步证明SOX2、FGF7与APOD等蛋白在绒山羊毛乳头区域内特异性表达,可用于皮肤组织中绒山羊毛乳头细胞的定位。此外,本研究在成功分离单根绒山羊次级毛囊的基础上,实现了绒山羊毛乳头区域的贴壁培养,成功观测到大量细胞从毛乳头区域逐步迁移分离的过程。细胞免疫荧光试验结果显示SOX2、FGF7与APOD均在绒山羊毛乳头细胞中表达,且SOX2阳性细胞约占毛乳头细胞总量的76%左右,而FGF7和APOD阳性细胞则占98%以上。结合绒山羊皮肤组织免疫荧光定位结果,SOX2、FGF7与APOD等标记可用于鉴定体外分离培养的绒山羊毛乳头细胞。【结论】利用单细胞测序技术描述了绒山羊主要皮肤细胞的转录组信息,筛选出毛乳头细胞特异性表达基因。经免疫荧光试验证实,单细胞测序鉴定标记基因的方法简单高效,且具备较高准确率。筛选的SOX2、FGF7与APOD不仅为绒山羊毛乳头细胞体内定位提供了有效的标记,而且为多标记鉴定毛乳头细胞提供可能,更为进一步研究毛囊发育相关基因的功能及调控机制奠定重要基础。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘海静 刘海英 杨桂芹 董维国
为研究不同剂量LiCL对绒山羊毛囊生长和β-连环蛋白(β-Catenin)m Rna表达的影响,将分离的绒山羊初级毛囊随机分为5组,每组24个重复,对照组为WiLLiam'e基础培养液。试验组在基础培养液中依次添加2,5,10和20mmoL·L~(-1)的LiCL,培养期为7d,每日测量毛囊生长长度。运用荧光定量PCR技术测定各组β-Cateninm Rna表达水平。结果表明:2~10 mmoL·L~(-1)LiCL组的β-Catenin m Rna表达水平和生长长度极显著高于对照组(P
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