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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘田莉 孟庆玲 乔军 陈诚 马玉 胡政香 才学鹏 陈创夫
【目的】克隆细粒棘球蚴（Ｅｇ）内质网膜蛋白４（ＲＥｔｉｃｕｌｏｎ－４，Ｒｔｎ４）抗原基因，对其序列进行生物信息学分析。【方法】采集感染Ｅｇ的绵羊肝脏和肺脏，提取Ｅｇ头节总ＲｎＡ为模板，对Ｒｔｎ４基因进行Ｒｔ－ＰｃＲ扩增，将ＰｃＲ产物克隆到ＰＭＤ１９－ｔ载体后测序，对其核苷酸序列及氨基酸序列进行生物信息学分析。【结果】Ｅｇ Ｒｔｎ４ｃＤｎＡ全长６５４ｂＰ，编码２１７个氨基酸，蛋白质分子质量为２５．３ｋｕ，等电点为８．８３。编码氨基酸序列中含有１个ｎ端酰基化位点、２个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和４个蛋白激酶ｃ磷酸化位点。经生物信息学软件预测，Ｒｔｎ４蛋白的抗原表位区主要集中在第１－４７位、第７１－１４．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘田莉 孟庆玲 乔军 陈诚 马玉 胡政香 才学鹏 陈创夫
为了研究绵羊细粒棘球蚴重要抗原基因Tetraspanin 1-TSP1(TSP1)和Tetraspanin 1-TSP6(TSP6)的功能,对Gen Bank中Eg基因组数据库检索,获得TSP1和TSP6的c DNA序列并设计特异性引物。以Eg头节为总RNA模板,进行RT-PCR,将PCR产物克隆到p MD19-T载体后测序并进行生物信息学分析。TSP1 c DNA全长792个核苷酸,编码263个氨基酸,该多肽含有3个潜在的N端糖基化位点,2个N端酰基化位点,与已登录的标准株TSP1基因序列(EG_11043)同源性为98.99%,其推导的氨基酸序列同源性为98.48%;TSP6 c DNA全...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王彦华 侯喜林 申书兴 陈雪平 王梅
目的利用同源序列法分离不结球白菜抗病基因同源序列。方法根据植物抗病基因TIR-NBS-LRR保守区设计简并引物,对不结球白菜基因组DNA及cDNA进行PCR扩增。结果获得了10个具有通读氨基酸序列的片段。同源性比较发现,该10个片段均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因同源序列(RGA),与已知R基因相应区段的氨基酸序列一致性为50%～66%。与已知抗病基因聚类分析结果显示,该10个RGA序列可以分为5大类。利用RGA950作为探针进行Southern杂交,结果表明,其在基因组中存在多拷贝。结论本研究成功获得了不结球白菜RGA序列,为进一步克隆不结球白菜的R基因奠定了基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
蒋芳玲 侯喜林 史公军 崔秀敏
运用RT-PCR和RACE技术从不结球白菜中克隆到1个抗寒相关基因,命名为BrCBF,基因登陆号为DQ402470。其cDNA全长1 003 bp,含有648 bp的完整开放阅读框,编码216个氨基酸,该基因编码的蛋白序列与拟南芥、荠菜、甘蓝型油菜编码的氨基酸序列有极高的同源性,且具有CBF典型的保守结构域AP2。
关键词：
不结球白菜 CBF基因 克隆
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孙菲菲 侯喜林 李英 崔秀敏
采用离体法测定了经50 mmol.L-1的KNO3诱导不同时间后的雪克青、苏州青、矮脚黄、乌塌菜(黄心乌)4个不结球白菜品种叶片硝酸还原酶的活性。结果表明,4个品种的硝酸还原酶活性变化趋势相似,且分别在4、4、6、6 h达到最高峰。苏州青经50 mmol.L-1的KNO3诱导4 h后,提取其叶片总RNA,用RT-PCR方法获得硝酸还原酶基因cDNA的2条片段,长度为1 125 bp和438 bp,分别编码374个和135个氨基酸,命名为nr1125和nr438。nr1125在GenBank的登录号为DQ001901。
关键词：
不结球白菜 硝酸还原酶 PCR 克隆
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王丽华 李杰勤 詹秋文 樊飞飞
以高粱品系早亨加利为材料,通过RT–PCR扩增,克隆高粱Sb CAD4基因。测序结果表明,克隆的Sb CAD4基因与NCBI基因库中高粱IS11861品系只在编码序列第548位有1个碱基的差异,而二者的氨基酸序列完全一致。进化树分析结果表明,Sb CAD4与拟南介、水稻、玉米的木质素合成CAD基因位于同/L1个群中。比对分析结果表明,Sb CAD4与木质素合成基因具有相同的结构域。将构建正确的重组质粒(p MAL–Sb CAD4)转化入大肠杆菌菌种BL21中进行诱导表达的结果表明,IPTG的最佳诱导浓度为0.5 mmol/L。经Amylose Resin亲和层析柱纯化后,Sb CAD4融合蛋白...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
韦嫔媛 彭金霞 房振峰 彭敏 蒋伟明 杨春玲 李咏梅
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在COI基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR。以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的CO I核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
于建兴 陈宏权 邱华玲 殷宗俊
为揭示鹅脂蛋白脂酶(LPL)脂质和肝素结合区域的特性,对鹅LPL基因外显子4~6进行了克隆和序列分析。以皖西白鹅血清总DNA为模板,设计引物对鹅LPL基因的第4~6外显子区域进行扩增和测序,分析鹅与其他物种之间该区域的DNA序列同源性、密码子非随机应用以及相应氨基酸残基区域的亲水性。结果表明,鹅LPL基因外显子4~6的片段大小分别为112、234和243 bp,其序列与鸡LPL基因相应序列的同源性达到91.9%,与人、羊、牛、猪等哺乳动物的同源性为74%~77%;鹅与鸡密码子非随机应用的相似系数为0.839,与猪和鼠的相似系数为0.580~0.650;LPL中由外显子4~6编码的氨基酸残基有4...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨龙 张冬杰 汪晓鸿 王文涛 刘琪 刘娣
在猪的RBP4基因的第1外显子和第3外显子处设计引物,成功扩增了该基因的第1内含子和第2内含子,与人和鼠的同源性分别为80%和78%,说明扩增正确。采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和杂种猪的RBP4基因进行多态性检测。结果表明:该基因经限制性内切酶MspⅠ酶切后获得3种带型:AA,BB和AB型;除大白猪与民猪、长白猪与杂种猪外,其余各猪种间RBP4基因的基因型频率分布均差异极显著(P<0.01);该基因在长白、大白和杂种猪的MspⅠ位点处于群体不平衡状态,在杜洛克和民猪处于群体平衡状态;基因多态信息含量(PIC)计算,大白、长白、杜洛克、民猪和杂种猪均表现为中度多态性(0....
关键词：
猪 RBP4基因 克隆 PCR-RFLP
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李昊 郭虎 王春生 宋红卫 朴善花 安铁洙
为探明绵羊Ｏｃｔ４基因启动子的结构特点，用ＰｃＲ方法克隆获得了绵羊Ｏｃｔ４基因启动子，并对绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列进行对比分析。结果显示，成功扩增获得长度为２ ９５１ ｂＰ的绵羊Ｏｃｔ４基因启动子；绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列均含有４个保守区域（ｃＲ１–ｃＲ４），且４个保守区域在３个物种间具有高度同源性；ｃＲ１区域富含Ｇｃ碱基对，且序列上的ＳＰ１／ＳＰ３位点与激素反应元件ＨＲＥ在３个物种中具有１００％的同源性；绵羊和牛、猪的上游调控序列富含Ｇｃ，并存在大量的ｃｃｃ（Ａ／ｔ）ｃｃｃ位点。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵莉 陈皓斐 张文宝 马正海 张壮志 张旭 古努尔·吐尔逊 米晓云 金映红 薛晶 石保新1
【目的】克隆细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus,E.g)热休克蛋白家族基因Hsp70,在原核细胞中表达、纯化Hsp70蛋白并制备其特异性抗体。【方法】从包囊中分离原头蚴,提取RNA,RT-PCR扩增EgHsp70基因的cDNA,将其构建至原核表达载体pMAL-p2x,转化大肠杆菌BL-21菌株。通过改变诱导温度、IPTG浓度和诱导时间筛选出EgHsp70融合蛋白可溶性表达的最佳条件。并用麦芽糖亲和层析法纯化该蛋白。纯化蛋白经皮下多点注射免疫新西兰白兔制备抗血清,ELISA和Western blotting检测血清效价和特异性。【结果】RT-PCR扩增获得EgHsp70...
[期刊] 华北农学报
[作者]
甄伟 杜立新 曹伟平 王容燕 宋健 王金耀 冯书亮
通过对粉虱、小菜蛾高效的球孢白僵菌HFW-05几丁质酶基因的克隆及序列分析,旨在从分子水平上了解HFW-05菌株的几丁质酶特性。根据已发表的几丁质酶基因序列(EU828354)设计几丁质酶基因全长引物,扩增HF-WBbchit1全长基因,与大肠杆菌(Escherichia coli)克隆载体pMD19-T连接获得含有HFWBbchit1全长基因的重组质粒pMDchit1并测序。该基因的编码区包括1 047 bp,编码了348个氨基酸,分子量约为36.795 kDa,进行同源性比较分析结果表明:其基因序列与球孢白僵菌菌株NCIM1216几丁质酶基因(EU828354)和球孢白僵菌菌株Bb0062...
关键词：
球孢白僵菌 几丁质酶基因 克隆
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
蒋芳玲 侯喜林 史公军 崔秀敏
利用RT-PCR和5′/3′RACE方法,从不结球白菜冷诱导12 h的根中,克隆到1个冷适应相关基因BrLOS2,Gen-Bank登录号DQ334724,其cDNA全长1 666 bp,含有1 335 bp的完整开放阅读框,编码444个氨基酸。BrLOS2基因与芜菁、甘蓝型油菜、拟南芥等物种的烯醇酶基因有80%以上的同源性,有1个烯醇酶N端结构域、1个烯醇酶结构域和保守的DNA结合域。二级结构及三维结构分析表明,BrLOS2具有许多其他LOS家族的共同特性。
关键词：
不结球白菜 LOS基因 cDNA 克隆
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李安兴 蒋金书
对柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)BJ 株 SO7基因进行了克隆和测序分析。以纯化的 E.tenella BJ 株7h 孢子化卵囊的总 RNA 为模板,应用 RNA 反转录酶(M-MLV)合成 cDNA,再用 Taq DNA 聚合酶进行PCR 扩增出 BJ 株 SO7基因.用常规基因克隆方法把 BJ 株 SO7基因插入 pGEM-T 克隆载体,选取正方向插入子的一个阳性克隆进行酶切分析及插入片段的全序列测序分析。结果表明:该序列全长862个核苷酸,有一个开放性读框(65～713nt),可编码216个氨基酸(22.4kD)。SO7-BJ 与国外株 SO7比较,同源性为99%,突变的8个核苷酸...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘庆慧 黄倢 韩文君 王清印
根据已测序的WSSV VAP1全基因序列设计1对引物,经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析,扩增出约838bp的特异条带,将其回收后克隆入pGAPZαA载体中,并进行序列测定与分析。结果表明,扩增序列与GeneBank登录序列(GenBankNo AF411634)核苷酸同源性100%。序列分析表明,WSSV VAP1基因编码蛋白无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和糖基化位点,并含有RGD序列,预示其为WSSV浸染中的一个重要蛋白。
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