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[期刊] 中国农业科学
[作者]
李刚 关和新 牛英 周琼 周瑞阳
【目的】克隆红麻细胞质雄性不育系与保持系花药中差异表达蛋白RPT4相应基因的cDNA全长,分析该基因在花药中的表达。【方法】采用同源克隆法和RACE技术相结合,从保持系L23B花药总RNA中克隆RPT4全长cDNA。通过半定量RT-PCR检测花粉小孢子败育前、败育期间和败育晚期该基因在不育系和保持系间花药中的表达差异。【结果】克隆得到1 596 bp的cDNA全长,最长开放阅读框(ORF)1 197 bp,编码398个氨基酸的肽序列;该蛋白与蓖麻中直系同源蛋白的相似性最高,达91.93%,内含3个模体Walker A、Walker B和arginine finger的保守域,暗示其具有复杂多样...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈文涛 潘根 唐慧娟 常丽 李德芳 赵立宁 陈安国 李建军
为挖掘红麻雄性不育核基因,解释红麻花蕾败育的分子机理,通过分析转录组数据,利用同源克隆的方法从红麻花药中克隆出拟南芥MALE STERILITY1(MS1)的同源不育基因,并命名为HcMS1基因。利用生物信息学方法对HcMS1蛋白进行结构、理化性质及亲缘关系等分析,并通过qRT-PCR分析HcMS1基因在红麻不育系、保持系不同时期的表达水平;构建过表达载体,利用叶盘法转化本氏烟草并对转基因烟草进行表型观察。HcMS1基因序列开放阅读框(ORF)为1 950 bp,编码649个氨基酸。生物信息学分析显示,HcMS1蛋白为亲水蛋白,定位在细胞核上且含有典型PHD-finger结构域,没有信号肽和跨膜区结构,与陆地棉MS1蛋白亲缘关系最近,其次为木槿MS1蛋白。qRT-PCR结果表明,HcMS1基因的表达量在保持系和不育系中均呈现先上升、后下降的趋势,且在红麻花蕾的四分体至单核期表达量最高,这与拟南芥中MS1基因表达模式一致;另外在保持系中基因的表达水平显著高于不育系,推测红麻败育与HcMS1基因的低量表达相关。通过遗传转化试验发现,HcMS1转基因烟草株型较矮,花萼大小不一,花筒长度缩短,并出现自交不结实的现象,说明红麻HcMS1基因的异源表达有影响本氏烟草正常育性的功能。从红麻花药中成功克隆出核不育相关基因HcMS1,并对其进行功能分析,为后续红麻雄性不育育种工作提供了一定的理论依据与基础。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
金刚 唐向民 周琼 陈鹏 周瑞阳
利用Agilent棉花寡核苷酸表达谱芯片,以2个同核异质的红麻材料P3A和P3B为试材,分析了棉花表达谱芯片应用于红麻表达谱研究的可行性。结果表明:芯片杂交扫描图像信号清晰,信噪比较高,整体背景较低,各阳性质控点信号均匀一致,空白点和阴性质控点信号低。P3A在棉花的寡核苷酸芯片上共检测到37 640个表达位点,占芯片总位点的85.93%;P3B在棉花的寡核苷酸芯片上共检测到37 629个表达位点,占芯片总位点的85.90%。34 290个探针在不育系和保持系中均具有显著的杂交信号,占总探针数43 803的78.28%。表明红麻花药cRNA与棉花表达谱芯片上寡核苷酸探针之间的远缘杂交非常有效,用...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘峰 黄妤 郭清泉 张学文 李良勇 邓晶 谢玲玲
【目的】分离苎麻尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因。【方法】通过简并引物RT-PCR结合RACE技术和半定量RT-PCR。【结果】成功克隆苎麻Boehmeria nivea(Linn.)Gaud.尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因cDNA序列,序列长1837bp,编码一480个氨基酸的蛋白质(GenBank No.EF178294)。半定量RT-PCR分析显示,UDPGDH在苎麻根、皮、茎和叶组织中均有表达,其表达量为茎>皮>叶>根,相对表达量依次为0.7075,0.3051,0.2651,0.1490。【结论】苎麻UDPGDH与其它植物相应序列具有较高同源性,在苎麻茎中有较高...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
廖小芳 刁勇 邱爱华 赵艳红 周步进 陈鹏 周瑞阳
利用ｈｉＴＡｉＬ－ＰＣＲ技术扩增红麻Ｃｏｘ１全长及侧翼序列，结果表明，在红麻不育系ＵＧ９３Ａ和保持系ＵＧ９３Ｂ中分别获得长度为２ １４９和３ ２４４ＢＰ的序列，包含Ｃｏｘ１基因ＣＤＳ全长及其５′和３′部分侧翼序列，通过分析得出不育系和保持系中Ｃｏｘ１的ＣＤＳ序列长度为１ ６０２ＢＰ，编码５３３个氨基酸残基，分子量为５８．３１ｋＵ。ＢＬＡＳＴ序列比对发现，ＵＧ９３Ａ和ＵＧ９３ＢＣｏｘ１的ＣＤＳ序列虽然存在４个碱基差异，但推导的氨基酸序列一样，并且ＵＧ９３Ａ和ＵＧ９３ＢＣｏｘ１两端侧翼序列结果一致。ＲＮＡ ＢＬｏＴ分析显示Ｃｏｘ１基因在红麻ＵＧ９３Ａ、ＵＧ９３Ｂ和Ｆ１（ＵＧ９３Ａ／９９２）的转录本．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
唐春华 杨丹 左振华 黄小西 陈韬 张东裔
利用草鱼C-反应蛋白(CRP)的EST序列(CK233056)设计引物,采用快速扩增cDNA末端(SMART-RACE)的方法克隆CRP基因的5′末端,获得1个约520bp的cDNA片段.将该片段与EST拼接,得到CRP基因全长cDNA,长度为889bp,含有1个672bp的开放阅读框,两侧分别有74bp和143bp的5′和3′非翻译区域(open reading frame,ORF),CRP基因编码224个氨基酸残基,N端含有15个氨基酸残基的信号肽.利用RT-PCR半定量法对健康及被嗜水产气单胞菌人工感染的草鱼的心脏、脑、前肠、肾脏、肝胰脏、肌肉、脾等组织CRP的mRNA表达水平进行检测,...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
唐向民 金刚 李刚 周琼 陈鹏 周瑞阳
为研究Ms5基因在红麻(Hibiscus canabius L.)花药中的转录特征,以L23A不育系为试材,基于已知的红麻Ms5基因5′端cDNA序列,采用3′RACE和RT-PCR技术对该基因全长cDNA序列进行克隆。序列比对分析结果表明,红麻花药组织中同时存在Ms5基因2种不同的转录本,其长度分别为972和1 105bp,依次命名为HcMs5-α和HcMs5-β。这2种转录本均包含了完整且一致的编码序列,其编码序列(CDS)全长为858bp,预测编码的蛋白质含有285个氨基酸残基,分子质量为32.4ku,理论等电点为7.62;两者5′端前972bp序列完全一致,但3′端的非编码区(UTR)...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李辉 康泽培 邱财生 戴志刚 邱化蛟
通过鉴定红麻全基因组中WRKY基因家族所有成员，并分析其在盐胁迫下的表达特征，从而为研究WRKY基因家族成员在红麻响应盐胁迫过程中的生物学功能奠定坚实基础。利用生物信息学的方法对红麻全基因组中的WRKY基因家族成员进行鉴定，并对WRKY基因家族各成员的理化性质、系统发育和保守功能域进行分析，同时利用实时荧光定量PCR技术分析盐胁迫下WRKY基因家族各成员的表达特征。结果表明，共鉴定出33个WRKY基因家族成员，且该基因家族成员不均匀地分布在12条染色体上，每个基因家族成员的理化性质如氨基酸数目、分子质量、理论等电点都存在一定的差异，且每个基因家族成员的氨基酸保守序列WRKYGQK没有发生变异。红麻和拟南芥的WRKY基因家族系统进化树分析表明，33个WRKY家族成员分成了3个类群，GroupⅠ、GroupⅡ、GroupⅢ,其中GroupⅢ包含了5个亚组。实时荧光定量PCR技术分析结果表明，盐胁迫诱导表达的WRKY家族成员有26个，其中23个具有正向调控作用，3个具有负向调控作用。共鉴定出红麻WRKY家族成员33个，其中26个WRKY家族成员参与了红麻盐胁迫响应过程。
关键词：
红麻 WRKY 生物信息学 盐胁迫
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李林 梁宏伟 李忠 罗相忠 张志伟 朱媛媛 邹桂伟
利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)克隆了黄颡鱼DMRT1基因cDNA全长序列,并利用实时荧光定量RT-PCR技术对该基因在黄颡鱼成体不同组织及不同发育阶段的表达情况进行研究。结果表明,黄颡鱼DMRT1基因cDNA序列全长1 381bp,其中5′端非翻译区30bp,3′端非翻译区454bp[不包括poly(A)],开放阅读框885bp,编码295个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,黄颡鱼DMRT1基因与革胡子鲶同源性最高(为81%),与黑鲷、虹鳟、斑马鱼、青鳉的同源性分别为60%、59%、64%和52%,与小鼠...
[期刊] 水产学报
[作者]
施秋燕 杨志刚 姚琴琴 成永旭 杨青 魏帮鸿
为了探究中华绒螯蟹自身脂肪酸合成能力，采用ＲＡＣＥ技术，克隆获得中华绒螯蟹ＥＬＯＶＬ６ Ｃ ＤＮＡ序列全长（ＧＥＮ ＢＡＮｋ ＡＣＣＥｓｓｉＯＮ：ｋＴ７７９２１９）。该序列全长２２４７ Ｂｐ，包括２３５、８７３和１１３９ Ｂｐ的５＇非编码区（５＇－ＵＴＲ）、开放阅读框（ＯＲＦ）和３＇非编码区（３＇－ＵＴＲ），编码２９０个氨基酸（ＡＡ），具有ＥＬＯＶＬ家族的全部特征：６个跨膜区、高度保守的组氨酸簇ＨＸＸＨＨ、多个保守区以及内质网滞留信号ｋＸｋＸＸ。分析发育树表明，ＥＬＯＶＬ２与ＥＬＯＶＬ５聚为一支，ＥＬＯＶＬ６聚为另一支，其中中华绒螯蟹ＥＬＯＶＬ６与其他节肢动物ＥＬＯＶＬ６聚为一支，与凡纳滨对虾．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
乔玉山 宋长年 王新卫 李志强 熊爱生 姚泉洪 章镇
为构建干扰砂梨(Pyrus pyrifolia Nakai)ACC合酶基因表达的遗传转化载体,利用RACE技术从'早生新水'成熟果实cDNA中克隆了ACC合酶的cDNA,该cDNA全长为1939bp,命名为Pyp-ACS,GenBank登录号为EF566865。Pyp-ACS核苷酸序列含有5′末端非翻译区109bp、1488bp完整的开放阅读框和3′末端非翻译区342bp(含25bp的Ploy+(A))。Pyp-ACS编码495个氨基酸,与白梨(Pyrus×bretschneideri Rehd.)、西洋梨(Pyrus communisL.)、中国李(Prunus salicina Lindl...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姚琴琴 杨志刚 王瑶 郭子好 刘启彬 施秋燕 成永旭
采用逆转录聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）和Ｃ ＤＮＡ末端快速扩增（ＲＡＣＥ）技术，依据锯缘青蟹（ＳＣｙｌｌＡ ＳＥＲＲＡＴＡ）几丁质酶基因的保守区设计引物，克隆了中华绒螯蟹（ＥＲｉｏＣｈＥｉＲ ＳｉＮＥＮＳｉＳ）几丁质酶基因（ｈＸＣｈｉＴ）全长，并通过荧光定量ＰＣＲ（ｑ ＲＴ－ＰＣＲ）技术研究了ｈＸＣｈｉＴ在中华绒螯蟹的同一蜕皮阶段不同组织、不同蜕皮阶段主要几个组织的表达情况。结果显示，ｈＸＣｈｉＴ基因Ｃ ＤＮＡ全长２ ０４２ ｂＰ（ＧＥＮ ｂＡＮｋ ＡＣＣＥＳＳｉｏＮ Ｎｏ．ｋＪ５１３４６６），包括５′非编码区（５′ＵＴＲ）３５ ｂＰ，３′非编码区（３′ＵＴＲ）５３７ ｂＰ，开放阅读框（ｏＲＦ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王旭静 窦道龙 王志兴 贾士荣
目的为棉花抗黄萎病基因工程育种提供新的基因源。方法以海岛棉为材料,利用同源序列法和RACE技术克隆海岛棉中SAR途径的主要抗病信号元件NPR1(noneexpresserofPRgene)的全长cDNA序列。结果推导的氨基酸序列与已知NPR1的同源性较低(39%～57%),但在功能区的同源性较高(79.2%),GbNPR1蛋白中含有BTB和锚蛋白重复序列结构域,且在起始密码子上游存在2个W框。在拟南芥中,A.tNPR1起始密码子上游有3个W框,对诱导NPR1的表达和激活NPR1介导的植物防卫反应至关重要,锚蛋白重复序列则是NPR1实现其功能必不可少的。构建了组成型植物表达载体,通过农杆菌介导法...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
高丽娜 付元帅 施志仪 苏艳芳 张红梅
通过ＰＣＲ技术，从牙鲆（ＰａＲａｌｉＣｈｔｙｓ ｏｌｖａＣｅｕｓ）总ＲＮａ中获得牙鲆ｌｉＮ－２９基因Ｃ ＤＮａ序列，该序列全长１ ７６９ ｂＰ，包括１ ３２９ ｂＰ开放阅读框，编码４４２个氨基酸，预测其是一种多锌指结构蛋白；氨基酸序列对比分析显示，牙鲆ｌｉＮ－２９与大黄鱼（ｌａＲｉｍｉＣｈｔｈｙｓ ＣＲｏＣｅａ）的同源性最高，达９５．２５％；系统进化树分析表明，牙鲆与其他鱼类聚集一支，并且与罗非鱼的进化关系最近。荧光定量ＰＣＲ显示，在牙鲆胚胎和仔鱼发育阶段，以原肠胚期ｌｉＮ－２９表达量最高；组织表达分析表明，脑中表达最高，肌肉中最低。外源甲状腺激素（ｔｈ）在牙鲆仔鱼发育初期（ｔｈ处理后２ Ｄ、．．．
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