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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李增强 史奇奇 孔祥军 汤丹峰 廖小芳 韦范 何冰 莫良玉 周瑞阳 陈鹏
为分析红麻不育系中甲基化模式,以红麻不育系UG93A和保持系UG93B为试验材料,分别提取2个材料的苗期叶片、四分体时期和双核期花药的基因组DNA(gDNA),采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析比较其不同生长发育时期基因组DNA甲基化的变化规律,并研究甲基化变化基因的表达模式。结果表明:1)红麻生长发育过程中基因组DNA甲基化呈现一定的时空动态变化规律,不育系UG93A和保持系UG93B苗期叶片的甲基化率分别为56.79%(全甲基化率为44.25%,下同
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
白小青 王金勇 陈英 潘红梅 刘文 李军峰
【目的】探讨荣昌猪基因组DNA甲基化水平随生长发育阶段和组织类型不同而变异的规律。【方法】采用HPLC法分别检测了荣昌猪阉公猪心脏、肝脏、半膜肌3种组织在10,20,35,50,80和100 kg体质量阶段基因组DNA的甲基化水平,分别以体质量和组织类型为影响因素进行单因素方差分析。【结果】与10 kg体质量阶段的基因组DNA甲基化水平相比,3种组织基因组DNA甲基化水平均随个体体质量的增加而呈下降趋势,但不同组织下降的幅度不同:心脏基因组DNA甲基化水平在35 kg时开始明显下降(P<0...
关键词：
荣昌猪 高效液相色谱 DNA甲基化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周贝贝 文明 马庆国 裴东
以‘中宁强’核桃品种成熟叶片为材料,采用优化的MSAP反应体系,在全基因组水平对核DNA进行甲基化修饰位点分析,结果表明:选用20对引物组合,共扩增出1 060条清晰、重复性好的谱带,平均每对引物扩增出53条谱带,其中,甲基化位点241个,甲基化修饰比例为22.73%。对部分核桃DNA甲基化修饰位点进行回收测序,得到10条存在DNA甲基化修饰的DNA序列,BLASTn分析表明,核桃基因组中多种类型的DNA序列存在甲基化修饰现象。
关键词：
核桃 MSAP DNA甲基化 表观遗传学
[期刊] 水产学报
[作者]
朱华平 卢迈新 黄樟翰 高风英 可小丽 刘志刚 李庆勇 刘玉姣
以经过连续多代抗寒选育获得的尼罗罗非鱼耐寒品系为实验材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析方法从全基因组水平上探讨了低温适应对罗非鱼DNA序列中CCGG位点的甲基化水平的影响。结果显示,选用的18对选择性扩增引物共检测到849个位点。耐寒品系检测到的位点数为411个,对照组为438个,其中发生甲基化的位点数分别为72和104个,总甲基化率分别为17.52%和23.74%;全甲基化位点分别为37个和65个,全甲基化率分别为9.00%和14.84%;半甲基化位点分别为35个和39个,半甲基化率分...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张晓 张锐 史计 孟志刚 孙国清 周焘 郭三堆
【目的】研究棉花细胞质雄性不育(CMS)系与保持系线粒体基因组的差异,为克隆棉花CMS基因奠定基础。【方法】以atpA,atp6,atp9,ccmB,ccmC,ccmFN1,cob,coxI,coxII,coxIII,matR,nad1bc,nad2,nad4,nad5,nad6,nad7c,nad9,rpl5,rrn18等20个线粒体基因保守序列为探针,利用Southern blot方法对棉花细胞质雄性不育系、保持系线粒体基因组进行RFLP分析。【结果】发现atpA、atp9、ccmB、nad1bc、nad6、nad7c、rrn18等基因在棉花不育系和保持系间存在明显RFLP多态性,其中at...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张旸 胡中影 李娜 丁兵 王江 解莉楠
ＤＮＡ甲基化在植物的生长发育中具有重要的调控作用，它是植物正常生长发育所必需的。采用甲基化敏感扩增多态性（ＭｅｔｈｙｌＡｔｉｏＮ ｓｅＮｓｉｔｉｖｅ ＡＭｐｌｉｆｉｃＡｔｉｏＮ ｐｏｌｙＭｏｒｐｈｉｓＭ，ＭｓＡｐ）技术，以羽衣甘蓝自交不亲和系９＃种子为研究对象，从表观遗传学的角度，对其生长发育过程以及高压静电场处理条件下基因组ＤＮＡ甲基化水平及模式变化情况进行研究，探讨自交不亲和系种子退化现象与表观遗传规律的相关性。结果表明，自交不亲和系９＃种子经高压静电场处理后，同时发生甲基化与去甲基化事件，以去甲基化为主。其中全甲基化水平略有升高，半甲基化水平下降明显，总甲基化水平下降；通过记录和计算种子．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李欣容 廖梅杰 李彬 荣小军 畅孟阳 王印庚 于永翔 张正 范瑞用 刘清兵
为探讨病原菌胁迫刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异，本研究采用人工攻毒侵染胁迫，获得刺参化皮体壁组织，并以未攻毒组的健康体壁组织为对照，对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序，解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异，筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时，通过基因组甲基化和转录组联合分析，筛选负相关关联基因，为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示，刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%，侵染组甲基化水平显著升高；在发生甲基化的位点中，攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%，mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出DMRs 626，677个，注释到23，706个功能基因。转录组测序共检测到29，290个基因，筛选到差异表达基因496个，其中，上调基因214个，下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中，筛选到180个负相关关联基因，其中，差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析，筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供基础数据，也有助于为刺参抗病性状选育提供科学参考。
关键词：
刺参 DNA甲基化 转录组 关联分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
廖小芳 周步进 杨健 陈鹏 周琼 周瑞阳
以7组红麻细胞质雄性不育系/保持系为材料,研究在12℃/6℃(昼/夜)低温胁迫下幼苗叶片相对电导率、丙二醛、脯氨酸、可溶性糖、可溶性蛋白含量及SOD和POD活性的变化,结果表明:持续低温胁迫下,红麻叶片的相对电导率、脯氨酸、可溶性糖、可溶性蛋白含量变化和SOD活性表现为先升高后降低;而POD活性和丙二醛含量则在胁迫9～15d后增加。利用隶属函数法和干物质重2种方法评定红麻材料间耐寒性强弱,发现相对电导率、可溶性蛋白和可溶性糖是反映红麻耐冷性差异的基本指标,上述2种方法比较红麻耐寒性强弱,其相关性达0.837**。供试的材料组合中耐寒性较强的材料分别是917A/B、722A/B和K03A/B。本...
关键词：
红麻 低温胁迫 不育系 保持系 耐冷性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
罗少杰 邓岳文 郑哲 焦钰 王庆恒
通过甲基化敏感多态性扩增（ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ－ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ｍｓａｐ）技术，检测马氏珠母贝（ｐｉｎｃｔａｄａ ｍａｒｔｅｎｓｉｉ）外套膜的边缘膜区（ｍａｎｔｌｅ ｅｄｇｅ，ｍｅ）、套膜区（ｍａｎｔｌｅ ｐａｌｌｉａｌ，ｍｐ）和中央膜区（ｍａｎｔｌｅ ｃｅｎｔｒａｌ，ｍｃ）的基因组ｄｎａ甲基化修饰水平；回收具特异性的清晰甲基化修饰片段进行测序、比对分析并筛选基因；利用荧光定量ｐｃｒ对筛选基因进行定量分析。结果显示：（１）利用１５对引物进行扩增实验，平均每个个体外套膜３个区域能够产生（１１６３．２５±１２４．３４）条清晰可辨的条带，其．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张鑫 李琪 于红 孔令锋
为探讨干露胁迫对海产贝类基因组DNA甲基化的影响,应用荧光标记甲基化敏感扩增多态性(fluorescencelabeled methylation sensitive amplified polymorphism,F-MSAP)技术,比较了不同干露条件下(0 d、0.5 d、1 d、3 d、5 d、7 d、9 d和11 d)长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组DNA甲基化的变化。结果表明,对照组(干露处理0 d)闭壳肌与鳃组织的总体甲基化水平分别为29.76%和29.82%;干露处理0.5
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
廖小芳 刁勇 邱爱华 赵艳红 周步进 陈鹏 周瑞阳
利用ｈｉＴＡｉＬ－ＰＣＲ技术扩增红麻Ｃｏｘ１全长及侧翼序列，结果表明，在红麻不育系ＵＧ９３Ａ和保持系ＵＧ９３Ｂ中分别获得长度为２ １４９和３ ２４４ＢＰ的序列，包含Ｃｏｘ１基因ＣＤＳ全长及其５′和３′部分侧翼序列，通过分析得出不育系和保持系中Ｃｏｘ１的ＣＤＳ序列长度为１ ６０２ＢＰ，编码５３３个氨基酸残基，分子量为５８．３１ｋＵ。ＢＬＡＳＴ序列比对发现，ＵＧ９３Ａ和ＵＧ９３ＢＣｏｘ１的ＣＤＳ序列虽然存在４个碱基差异，但推导的氨基酸序列一样，并且ＵＧ９３Ａ和ＵＧ９３ＢＣｏｘ１两端侧翼序列结果一致。ＲＮＡ ＢＬｏＴ分析显示Ｃｏｘ１基因在红麻ＵＧ９３Ａ、ＵＧ９３Ｂ和Ｆ１（ＵＧ９３Ａ／９９２）的转录本．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄晋玲 胡建斌 张锐 郭三堆
【目的】构建棉花晋A细胞质雄性不育系及其保持系的线粒体BAC文库,为研究棉花线粒体基因组结构以及棉花细胞质雄性不育的形成机理提供基础。【方法】在借鉴其它作物的线粒体基因组BAC文库构建方法的基础上,对棉花线粒体DNA的提取及其BAC文库的构建进行探索和优化,构建了棉花晋A细胞质雄性不育系及其保持系的线粒体BAC文库,并采用同源克隆的方法克隆棉花线粒体的功能基因。【结果】构建的不育系和保持系的线粒体基因组文库分别包括2600个克隆,插入DNA片段大小在10.3kb和37.5kb之间,平均分别为22.29kb和21.36kb。重组子的覆盖率分别达到棉花线粒体基因组的79倍和76倍。获得了3个棉花线...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张曼曼 冯兵 罗双双 王卫民 周小云
以二倍体和四倍体泥鳅为研究对象,采用甲基化修饰依赖性内切酶测序技术(MethylRAD-Seq)在全基因组水平上分析泥鳅的DNA甲基化特点及倍性间的DNA甲基化变异。测序结果共得到302 111 684条Methyl-RAD序列标签。与参考基因组比对结果显示,泥鳅的甲基化位点主要分布在基因体区(gene body),其次为内含子区(intron)和基因间区(intergenic),而在其他功能元件上的分布较少。四倍体泥鳅的整体甲基化水平比二倍体高,尤其是在第一外显子区(1st Exon)和转录起始位点上游1 500bp至200bp区(TSS1500),且倍性间差异极显著(P
[期刊] 中国水产科学
[作者]
侯艳雯 刘玮 姜蓬垒 张俊芳 韩兵社
低温压力会导致鱼类生理功能失调、机体损伤甚至死亡,鱼类会产生各种适应性变化来应对低温压力,其中涉及的表观遗传学机制越来越受到重视。为了探讨鱼类低温应激压力下的表观遗传学调控机制,本研究对斑马鱼(Daniorerio)胚胎成纤维细胞ZF4进行短期低温胁迫(18℃处理3d、5d和10℃处理3d、5d)和长期低温胁迫(18℃处理30 d),然后用具有不同甲基化敏感性的同裂酶HpaⅡ和MspⅠ对细胞基因组DNA进行酶切以监测细胞基因组DNA甲基化水平变化。结果显示短期低温胁迫下ZF4细胞生长受到抑制甚至死亡,而经过长期低温胁迫的ZF4细胞对低温压力产生了一定适应性。并且低温胁迫下DNA甲基化水平呈现动态变化,短期低温培养细胞的基因组DNA甲基化水平明显增高,但是长期低温培养细胞的DNA甲基化水平反而下降。此外,研究发现抗氧化剂N-乙酰半胱氨酸(N-acetylcysteine,NAC)或者共济失调–毛细血管扩张突变蛋白(ataxia telangiectasia mutated,ATM)抑制剂KU-55933可以抑制18℃5 d低温处理后的ZF4细胞DNA甲基化水平的增高,说明活性氧(reactive oxygen species,ROS)的产生和ATM的激活介导了DNA甲基化水平的增高。本研究结果显示,短期低温刺激下ZF4细胞ROS的产生导致DNA损伤,激活DNA损伤修复机制,进而导致基因组DNA甲基化水平上升,该研究为后期斑马鱼低温胁迫分子机制的研究奠定基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陆许可 王德龙 阴祖军 王俊娟 樊伟丽 王帅 赵小洁 张天豹 叶武威
【目的】探究不同盐胁迫后的棉花基因组DNA甲基化变化情况,并比较分析叶片和根部DNA甲基化变化差异,进而探究DNA甲基化与棉花耐盐性之间的关系。【方法】以陆地棉耐盐品种中9806和盐敏感品种中S9612为试验材料,分别用NaCl和Na2CO3(浓度均为0.4%)处理。提取对照和处理材料的DNA,进行双酶切、连接、预扩增和选择性扩增,然后采用MSAP技术(甲基化敏感扩增多态性)分析棉花幼苗在盐胁迫前后的DNA甲基化情况。从聚丙烯酰胺凝胶中回收纯化多态性片段并进行测序,通过NCBI进行比对分析;设计引物,用实时荧光定量PCR对多态性片段在棉花幼苗中的表达量进行验证。【结果】盐胁迫分析表明不同类型盐...
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