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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
杨建军 田向楠 伍建榕 郑艳玲 田斌 马焕成
以开红花和黄花木棉属木棉Bombax malabaricum的14株个体的核糖体DNA ITS序列测序结果,构建了系统发育树,并选取与木棉属较近亲缘关系的吉贝属Ceiba Mill.emend.Gaertn.、轻木属Ochroma Swartz的种作为外类群,基于Maximum likelihood analysis(最大似然法)、Maximum parsimony analysis(最大简约法)和Bayesian inference(贝叶斯方法 )对木棉属红花和黄花的木棉个体植株进行分子系统发育重建。结果表明,开红花木棉和开黄花木棉的植物学特征描述基本一致,来源于不同地点或同一地点供试木棉植...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
杨建军1 田向楠1 伍建榕1 2 郑艳玲1 田 斌1 马焕成1
摘 要：以开红花和黄花木棉属木棉 Bombax malabaricum 的 14 株个体的核糖体 DNA ITS 序列测序结果，构建了系统发育树，并选取与木棉属较近亲缘关系的吉贝属 Ceiba Mill.emend.Gaertn.、轻木属 Ochroma Swartz 的种作为外类群，基于 Maximum likelihood analysis（最大似然法）、Maximum parsimony analysis（最大简约法）和Bayesian inference（贝叶斯方法）对木棉属红花和黄花的木棉个体植株进行分子系统发育重建。结果表明，开红花木棉和开黄花木棉的植物学特征描述基本一致，来源于不...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邵爱华 朱江 史全良 陈葵
以暗纹东方(Takifugu fasciatus)肝脏线粒体DNA为模板,参照GenBank中红鳍东方(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,获得了暗纹东方线粒体DNA控制区基因(818 bp)及5′端上游的tR-NAPro基因(71 bp)的全序列。控制区碱基组成为T32.2%,C 19.1%,A35.6%,G13.2%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对暗纹东方控制区的结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB1,CSB2,CSB3)。CSB1、CSB2序列相对保守,TAS...
关键词：
暗纹东方 mtDNA控制区 系统关系
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
黄勇杰
务川臭蛙(Odorrana wuchuanensis),无尾目(Anura),蛙科(Ranidae),臭蛙属(Odorrana),中国特有种,是中国最濒危的8种两栖类之一,其模式标本因采于贵州省东北部的务川仡佬族苗族自治县而被命名。2016年被国际自然保护联盟(IUCN)重新评估,由极度濒危(Critically Endangered,简称CR)降级为易危(Vulnerable,简称VU),但目前未列入中国重点野生动物保护名录。截止2016年,野外调查主要发现于贵州省东北部和南部,但由于该物种栖息地多位于
[期刊] 中国水产科学
[作者]
喻子牛 孔晓瑜 庄志猛 刘亚军 宋林生
以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统...
[期刊] 水产学报
[作者]
郑小东 马媛媛 程汝滨
动物线粒体DNA(mt DNA)具有在细胞中大量存在、缺少重组、多为母系遗传、缺少内含子以及进化速率高等特点,广泛应用于比较和进化基因组、种群遗传、物种鉴定和不同分类水平上的系统发生学研究。头足类作为软体动物门中的重要经济种类,其分类和系统进化研究历来是热点领域。本研究主要对头足类动物mt DNA组成与特点(包括基因组成、重排等)、常用mt DNA标记对其不同分类阶元的适用性以及线粒体基因片段和全基因组在头足类系统演化中的作用进行了阐述,并对其未来发展进行展望。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
徐庆刚 花保祯
综述了 mt DNA的组成和各部分的进化特点 ,以及它们用于昆虫系统学研究的优点。mt DNA进化快的 CO ～ CO 、ND5和 A+T- rich区部分适合亲缘关系较近类群的系统学研究 ,进化慢的 12 s r DNA、16 s r D-NA和 ND1、ND2部分适合亲缘关系较远类群的系统学研究。并对 m t DNA在昆虫系统学研究中的应用前景作了展望 ,提出了存在的问题
关键词：
线粒体DNA 系统学 PCR 昆虫
[期刊] 水产学报
[作者]
黎双飞 刘少军 张轩杰 罗琛 周工建 刘筠
用密度梯度离心和ＤＮａｓｅ Ⅰ、ＲＮａｓｅ消化法从异源四倍体鲫鲤（Ｆ８）和鲫鲤Ｆ２肝组织中提取和纯化线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）。用９种限制性内切酶对异源四倍体鲫鲤和鲫鲤Ｆ２的ｍｔＤＮＡ进行了分析，结果表明ＸｂａⅠ和ＢｇｌⅡ两种限制性内切酶在异源四倍体鲫鲤ｍｔＤＮＡ上存在酶切位点多态性。通过凝胶电泳测得异源四倍体鲫鲤ｍｔＤＮＡ相对分子量平均约 １０．２９ × １０６道尔顿，分子大小为 １６．２０ｋｂ；鲫鲤 Ｆ２ ｍｔＤＮＡ相对分子量为 １０． １８ × １０６道尔顿，分子大小为１６．０２ｋｂ。根据单酶解和双酶解的片段数目和分子大小，构建了异源四倍体鲫鲤ｍｔＤＮＡ的７种限制性内切酶（Ｋｐｎ Ⅰ、Ｐ...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
龙良启 汤保贵 白东清
随机取２１尾健康鲫鱼停食２天后测其体长（ｘ１），体高（ｘ２），体宽（ｘ３），体围（ｘ４），白肌中ＲＮＡ／ＤＮＡ比值（ｘ５）及体重（Ｙ）．通过多元统计分析建立线性回归方程Ｙ＝－９４．２３７＋２．７１３ｘ１＋７．４６７ｘ２＋７．９０８ｘ３＋１．９０４ｘ４＋３９．３６６ｘ５±３．１５１（ｒ＝０．９９６）；单独分析体重（Ｙ）与ＲＮＡ／ＤＮＡ比值（ｘ５）建立回归方程Ｙ＝－３８．７３０＋８２．７６４ｘ５±５．９６９（ｒ＝０．９８１７）。经主成分分析，第１主成分（Ｚ１）贡献率为９４．０７％．结果表明ＲＮＡ／ＤＮＡ比值是重要的生长指标，Ｚ１可作为衡量生长状况的综合指标。
关键词：
鲫鱼 体尺 RNA/DNA比值 体重
[期刊] 水产学报
[作者]
夏德全 王文君
ｍｔＤＮＡ是核外遗传物质，呈母系遗传［Ｂｒｅｓｃｈ１９８４］。由于其结构简单，易于分离，进化较快等特点［Ｂｒｏｗｎ１９７４］，在动植物种群遗传结构分析、物种及品系鉴定方面得到了广泛的应用。线粒体ＤＮＡ酶切技术在国外已被遗传学家用于鱼类种群遗传结构及品...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高玉时 唐修君 屠云洁 陆俊贤 薛茂云 施祖灏 张小燕
【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因部分序列。【结果】选择的这段COⅠ基因序列有38个突变位点,15个鸡种单倍型多样度平均为0.963,核苷酸多样度平均为0.00518,其中引进鸡种明显低于地方鸡种(除藏鸡外);15个鸡种品种间Kimura双参数遗传距离为0.056%—0.917%,种内遗传距离为0—0.346%,15个鸡种的DNA分类和形...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈浩明1 刘进元2 陈永萱1
用随机扩增的多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术对螺原体３个血清组中的４个菌株进行ＤＮＡ多态性研究。ＰＣＲ扩增引物选自Ｏｐｅｒｏｎ随机引物试剂盒中Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ组的１２０个引物。４个菌株为２３６（第Ⅲ血清组），ＣＲ１和ＣＨ９１１（第Ｉ血清组第２亚组），ＣＣＨ（第ⅩⅩⅣ血清组）。在１２０个引物中有２１个能在４种菌株ＤＮＡ模板上扩增出ＤＮＡ条带，其中在４种模板上皆可扩增出条带的引物有９个。电泳结果显示不同血清组菌株间ＤＮＡ多态性丰富，而同一血清组中菌株的ＤＮＡ扩增图谱差异微小。
关键词：
螺原体 RAPD DNA 多态性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贾永红 简承松 朱文适 张亚平 史宪伟 余应淮 廖正录 李通权
采用１５种限制性内切酶对贵州威宁绵羊和六盘水绵羊各５只个体的ｍｔＤ－ＮＡ多态性进行研究。其中只有ＢａｍＨⅠ一种酶的酶切类型表现多态，产生三种酶切类型。共得到１７种限制性态型，可归结为三种ｍｔＤＮＡ单倍型，在威宁绵羊中单倍型Ⅰ所占比较较大（８０％），单倍型Ⅲ只占２０％，而在六盘水绵羊中则单倍型Ⅰ和Ⅱ所占比例相当；根据单倍型在群体中的分布和单倍型间遗传距离，推测贵州绵羊的ｍｔＤＮＡ单倍型Ⅰ和Ⅱ可能代表两个母系祖先的基本单倍型，其分化时间约有１６～３２万年之久，单倍型Ⅲ则可能是由单倍型Ⅰ随机突变而来；两个地方绵羊群体间的分化时间大约为６．３～１２．６万年，群体间的ｍｔＤＮＡ遗传多态度较低，但六盘水绵...
关键词：
贵州绵羊 mtDNA RELP
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李苗 单秀娟 王伟继 丁小松 戴芳群 吕丁 吴欢欢
精确地掌握物种的分布与种群动态是保护生物学的基础。然而,对于某些具有特殊生活史的物种以及群体数量非常少的种群而言,物种分布检测极其困难。DNA条形码技术与环境DNA(Environmental DNA, eDNA)的结合使以上困难得以解决。鉴于e DNA易降解、在环境中含量低的特性,探究其在环境中的持续存留时间对于后续准确进行定性与定量分析至关重要。本研究以中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)为研究对象,结合实时荧光定量PCR定量分析了水环境中eDNA随时间的降解情况,基于赤池信息准则(Akaike Information Criterion, AIC),选择了最适于eDNA随时间降解的统计模型。结果显示,当eDNA的释放源头被去除后,eDNA在水体中的含量与时间呈负相关关系,其在环境中的存留时间为30d左右。本研究旨在为合理规划物种的定性检测与定量评估提供理论依据,以期将人为因素造成的实验误差降到最低。
关键词：
环境DNA 存留时间 中国对虾
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王业磷 章群 邓春兴 徐示 裴丽梅 黄志基 罗纯
为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。
关键词：
马■科 DNA条形码 COI基因
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