【目的】比较分析红皮白肉与红皮红肉火龙果植株茎部内生微生物群落结构特征，旨在探究红肉火龙果果肉颜色形成与植株内生微生物群落的关联性，挖掘与其颜色形成相关的功能微生物。【方法】以红皮白肉与红皮红肉火龙果植株茎部为试验材料，基于高通量测序技术比较分析茎部内生微生物（细菌、真菌）多样性与丰富度，门、属分类水平的群落结构组成以及优势菌群相对丰度占比；基于LEfSe差异分析探究红皮白肉与红肉火龙果植株茎部中具有显著差异的内生微生物。【结果】红皮白肉与红皮红肉火龙果植株茎部内生微生物群落结构特征存在显著差异。红皮红肉火龙果植株茎部中特有的细菌、真菌OTU数量均高于相应的白肉火龙果；门分类水平表现为，子囊菌门（Ascomycota）真菌在红肉火龙果植株茎部中的相对丰度占比高于相应的白肉火龙果，其相对丰度占比是白肉火龙果的1.15倍；属分类水平表现为，链霉菌属（Streptomyces）细菌是红肉火龙果植株茎部中相对丰度占比最高的优势细菌属，青霉菌属（Penicillium）真菌是红肉火龙果植株茎部中相对丰度占比最高的优势真菌属，二者相对丰度占比分别是白肉火龙果的1.24倍和4.27倍；另一方面，红肉火龙果植株茎部中还富集了列契瓦尼尔氏菌属（Lechevalieria）、糖霉菌属（Glycomyces）、未分类肠杆菌属（unclassified＿f＿＿Enterobacteriaceae）、马杜拉放线菌属（Actinomadura）等优势细菌属以及unclassified＿f＿＿Serendipitaceae、unclassified＿c＿＿GS13、unclassified＿o＿＿Atractiellales、unclassified＿o＿＿Auriculariales、篮状菌属（Talaromyces）等优势真菌属。LEfSe差异分析结果显示，原小单孢菌属（Promicromonospora）细菌和木霉菌属（Xylomyces）真菌在红肉火龙果植株茎部中显著富集。【结论】内生微生物群落组成与红肉火龙果果肉中色素的产生、代谢积累密切相关；链霉菌属、未分类肠杆菌属、原小单孢菌属细菌及子囊菌门、青霉菌属、篮状菌属和木霉菌属真菌可能是红肉火龙果果肉色素合成与代谢积累相关的功能微生物。

[目的]探究嫁接对番茄植株根际微生物群落组成的影响，旨在揭示嫁接提高番茄植株抗性的机制并为构建解决番茄连作障碍体系提供参考。[方法]基于高通量测序技术，以番茄品种新砧1号和宝砧1号为砧木，桃太郎品种为接穗进行以下处理：新砧1号实生植株（简称：新砧）；新砧1号×桃太郎嫁接植株；（简称：桃太郎/新砧）；宝砧1号实生植株；（简称：宝砧）；宝砧1号×桃太郎嫁接植株；（简称：桃太郎/宝砧）；桃太郎实生植株。（简称：桃太郎）。采集番茄实生与嫁接处理植株根际土壤，比较分析番茄各处理根际土壤细菌和真菌的群落组成。[结果]与新砧、宝砧、桃太郎处理植株相比，桃太郎/新砧和桃太郎/宝砧处理植株细菌和真菌群落在不同分类水平上可操作分类单元(OTU)数量均发生明显变化。与砧木和接穗实生植株相比，番茄嫁接植株根际土壤中拥有更丰富的微生物OTU和特有OTU数量。番茄实生与嫁接植株间在根际土壤细菌和真菌多样性与丰富度上无显著差异（P>0.05）。在门分类水平上，在桃太郎/新砧处理植株根际土壤中，放线菌门和厚壁菌门细菌丰度占比均高于新砧和桃太郎处理植株；在桃太郎/宝砧处理植株中，绿弯菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门细菌丰度占比均高于宝砧和桃太郎处理植株。在属分类水平上，与新砧和桃太郎处理植株相比，桃太郎/新砧处理植株根际土壤中鞘氨醇单胞菌属、芽孢杆菌属、链霉菌属、unclassified＿f＿＿Micrococcaceae、norank＿f＿＿norank＿o＿＿Gaiellales细菌属丰度占比增加；与桃太郎处理植株相比，桃太郎/新砧处理植株根际土壤中增加特有优势菌属栖大理石菌属。与宝砧和桃太郎处理植株相比，桃太郎/宝砧处理植株根际土壤中，norank＿f＿＿norank＿o＿＿norank＿c＿＿Subgroup＿6、类诺卡氏菌、norank＿f＿＿norank＿o＿＿norank＿c＿＿Gitt-GS-136、norank＿f＿＿norank＿o＿＿norank＿c＿＿KD4-96、norank＿f＿＿JG30-KF-CM45属细菌丰度占比增加，同时增加特有优势菌属norank＿f＿＿norank＿o＿＿norank＿c＿＿JG30-KF-CM66菌属。在真菌门分类水平上，与番茄实生植株相比，嫁接植株根际土壤中油壶菌门真菌丰度占比提升，而子囊菌门真菌丰度占比下降。此外，桃太郎/新砧嫁接植株根际土壤中unclassified＿k＿＿Fungi菌门丰度占比增加，而桃太郎/宝砧嫁接植株根际土壤中unclassified＿k＿＿Fungi菌门丰度占比减少。在属分类水平上，与对应实生植株相比，桃太郎/新砧处理植株根际土壤中，根囊壶菌属、unclassified＿k＿＿Fungi、分枝孢子霉属真菌的丰度占比增加，桃太郎/新砧处理植株根际土壤中还缺失木霉属、曲霉菌属、unclassified＿o＿＿Eurotiales、unclassified＿o＿＿Sordariales等菌属，但与新砧处理植株相比，增加了镰刀菌属；在桃太郎/宝砧处理植株根际土壤中，根囊壶菌属、青霉属丰度占比增加，而分枝孢子霉属、木霉属、曲霉菌属、镰刀菌属、unclassified＿o＿＿Eurotiales、蛛网霉属等菌属缺失。[结论]与实生植株相比，嫁接不仅改变了番茄植株根际土壤微生物群落丰度占比，还改变了根际土壤微生物的群落组成。番茄嫁接植株根际土壤微生物群落组成的改良是嫁接植株抗性增强的重要原因之一。

为解析间作相生相克作物对香葱生长及抗性的作用机制，设置C：香葱单作处理、F：相克处理组合（香葱/豌豆间作）和H：相生处理组合（香葱/番茄间作），比较分析香葱间作不同作物对根系内生微生物群落组成的影响。结果显示：unclassified＿f＿Xanthomonadaceae、独岛杆菌属（Dokdonella）、黄杆菌属（Flavobacterium）、unclassified＿f＿Alcaligenaceae、德沃斯氏菌属（Devosia）细菌是香葱间作相生相克作物体系下香葱根系排名前5的共有优势内生细菌属；同时，嗜酸菌属（Acidovorax）细菌是相克处理组合：香葱/豌豆间作体系下，香葱根系中特有的优势内生细菌属。单镰刀菌属（Fusarium）、炭疽菌属（Colletotrichum）、Plectosphaerella、unclassified＿o＿Helotiales、新赤壳属（Neocosmospora）真菌是香葱间作相生相克作物体系下香葱根系排名前5的共有优势内生真菌属；赤霉属（Gibberella）和Acrocalymma属真菌是相生处理组合香葱/番茄间作体系下香葱根系中特有的优势内生真菌属；Dactylonectria和漆斑菌属（Myrothecium）真菌是相克组合处理（香葱/豌豆）间作体系下香葱根系中特有的优势内生真菌属。结果表明，香葱间作不同作物塑造了香葱根系相异的内生微生物群落，香葱间作相生作物体系中，香葱根系中形成了具有促进作物生长、提高作物抗性功能的内生微生物群落；而香葱间作相克作物体系中，香葱根系中形成了以病原微生物为主体的内生微生物群落，这可能是香葱间作不同作物产生相生相克现象的重要机制之一。

[目的]探索水松根际微生物群落结构和功能及随季节变化的规律。[方法]采用PCR-DGGE和Biolog-ECO微平板法测定不同季节水松根际土壤理化性质、微生物群落结构和功能，通过主成分分析和冗余分析等方法解析根际微生态各环境因子的内在规律。[结果]水松根际微生物群落中优势细菌为α-变形菌（Alphaproteobacteria）、酸杆菌（Acidobacteria）和δ-变形菌（Deltaproteobacteria），优势真菌为粪壳菌（Sordariomycetes）。夏季水松根际微生物量和微生物多样性最高。根际微生物的碳代谢能力在夏季最强，冬季最弱，大致表现为夏季>秋季>春季>冬季，速效氮可能是微生物群落碳代谢功能的主要驱动因子。[结论]水松根际微生物群落多样性和碳代谢能力在夏季最优，在冬季最差。季节因素显著影响着根际微生物群落结构和功能，开展相关研究时应充分考虑季节因素造成的波动。

为研究高粱、玉米残体腐解特征及腐解进程中秸秆腐解微生物群落功能多样性的变化，设置残体类型(高粱茎叶、玉米茎叶、高粱根系、玉米根系)、土壤类型(潮褐土、黄壤土)、氮处理(调节碳氮比、不调节)3个变量，通过2次试验分析不同腐解条件下残体的腐解特征(干物质降解率、碳矿化特征、纤维素、半纤维素和木质素的降解率),并使用BIOLOG-ECO板分析秸秆腐解微生物群落代谢多样性。结果表明，高粱、玉米残体腐解速率均表现出前期快后期慢的特征，表明在相同土壤和氮处理条件下，残体干物质降解率及碳矿化速率表现为高粱茎叶>玉米茎叶>高粱根系>玉米根系；由第2次试验可知，潮褐土条件下腐解60 d,高粱茎叶+N处理、玉米茎叶+N处理的干物质降解率分别为55.50%,48.00%,而高粱根系+N处理和玉米根系+N处理的干物质降解率分别为31.25%,16.75%。在相同土壤和氮处理条件下，同一作物根系的半纤维素、纤维素的降解率低于茎叶，腐解90 d,潮褐土条件下高粱根系+N处理对半纤维素、纤维素降解率分别比高粱茎叶+N处理降低了23.70,18.80百分点。对秸秆腐解微生物代谢多样性的分析表明，腐解30 d秸秆腐解微生物代谢活性最高，腐解90 d微生物代谢活性最低；与30 d相比，在腐解第1天，秸秆腐解微生物群落对胺类、酚酸类代谢能力较低，第90天秸秆腐解微生物群落对碳水化合物、氨基酸类、多聚物类代谢能力均明显降低。由此可见，在该试验条件下，高粱残体比玉米残体更易腐解，调节碳氮比可在一定程度上加速残体腐解，秸秆腐解30 d微生物代谢多样性最高。

采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术研究了2007年夏季桑沟湾不同养殖区水体微生物群落结构特征。DGGE指纹图谱分析表明,不同站位之间既存在共同图谱,又具有各自的特征谱带,总体上可分为4个区,湾外区、湾口区,湾中区和湾底区,分别与非养殖区、海带养殖区、综合养殖区、贝类单养与网箱养殖区行相对应;扇贝养殖区和牡蛎养殖区微生物相似性最高为94%,贝类单养与网箱养殖区和非养殖区相似性最低为41%,仅在网箱区发现对含氮污染物有去除作用的玫瑰杆菌属(Roseobacter)。17个站位表层水样共获得30个优势菌群,选择比较明显的12条带进行回收、扩增和测序,与GenBank中已经登录的细菌种群的同源性进行...

【目的】探究西藏不同产地湿生扁蕾根际土壤微生物群落组成特征，揭示根际土壤核心微生物菌群与根际土壤微生物群落的相互作用，以及影响微生物群落组成的环境因素。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术和生物信息学方法对西藏林芝市巴宜区（BY）、察隅县（CY）和工布江达县（GB）湿生扁蕾根际土壤微生物群落组成，及其与土壤理化因子间的相关性进行分析。【结果】湿生扁蕾根际土壤共获得4738个细菌OTUs和3600个真菌OTUs，BY样品根际土壤细菌和真菌丰富度指数最高，CY样品根际土壤细菌和真菌多样性指数最高；不同产地湿生扁蕾根际土壤细菌和真菌群落结构组成存在差异；根际土壤核心细菌菌群有322个属，核心真菌菌群有175个属；根际土壤细菌和真菌互作网络均具有模块化结构且以协同作用为主，核心微生物菌群相对分散，变形菌门、放线菌门、子囊菌门和担子菌门是根际土壤微生物的关键类群；相关性分析表明，核心微生物菌群的改变与土壤理化因子间存在不同程度的相关性；pH、总钾、总磷、总氮、速效钾和速效氮含量与根际土壤微生物群落结构组成显著正相关，总钾、总磷和总氮是影响根际土壤微生物α多样性的关键因子。【结论】不同产地湿生扁蕾根际土壤细菌和真菌群落组成及多样性存在一定的差异，根际土壤微生物菌群的改变与土壤理化因子间存在不同程度的相关性。本研究为湿生扁蕾人工种植及益生微生物菌群的筛选提供了理论依据。

【目的】解析不同咖啡废弃物覆盖下微生物群落结构与功能差异及其关键驱动因子，揭示咖啡废弃物调控土壤微生物群落演替机制，为热区咖啡种植园土壤健康保育技术开发提供理论依据。【方法】本研究开展于海南省万宁市兴隆热带植物园咖啡种质资源圃，分别设置未覆盖咖啡废弃物（C）、覆盖咖啡枯落物（L）、覆盖咖啡果皮（P）和同时覆盖咖啡枯落物和果皮（PL）4种覆盖处理；监测咖啡园生态系统微环境、土壤理化性质、土壤微生物群落丰度与多样性等指标，预测土壤微生物主要功能，同时分析土壤环境因子与土壤微生物群落结构之间的内在关系，探究咖啡废弃物覆盖驱动土壤细菌和真菌群落演替的关键因子。【结果】咖啡果皮覆盖显著提高土壤速效钾和碱解氮含量，提升效果分别达11.95%和16.19%，但对其他土壤理化性状指标影响不显著；一方面，咖啡果皮覆盖显著提高土壤细菌丰富度7.75%以及多样性指数2.79%；此外，咖啡果皮覆盖显著提高变形杆菌门和厚壁菌门细菌的相对丰度，提升效果分别达18.79%和82.52%；但显著降低蓝细菌门相对丰度70.17%。与之相比，咖啡枯落物覆盖显著提高厚壁菌门相对丰度59.05%，但显著降低蓝细菌门相对丰度73.32%。另一方面，咖啡枯落物覆盖显著提高子囊菌门真菌的相对丰度14.80%，但显著降低放线菌门真菌的相对丰度48.38%。尽管咖啡果皮或枯落物覆盖改变部分功能微生物的相对丰度，但土壤微生物主要功能未发生较大改变。【结论】咖啡果皮覆盖显著提高土壤速效钾和碱解氮含量，并促进细菌群落多样性和丰富度提升以及推动细菌群落结构的改变。咖啡果皮覆盖栽培有助于维持咖啡园土壤微生物群落结构与功能的相对稳定，进而促进咖啡园土壤健康保育以及咖啡种植产业的可持续发展。

采用红外吸收光谱分析技术以及液相色谱-质谱联用技术,对提取、纯化得到的火龙果果皮红色素进行官能团、组分及结构分析.结果表明:火龙果果皮红色素均为甜菜苷;共得到6种组分的甜菜苷,以5-O-β-葡萄糖-甜菜苷为主要成分.

【目的】解析保山山地碱性植烟土壤微生物群落多样性特征，考察深耕配施生物有机肥对土壤质量退化的阻遏效果，为区域植烟土壤的优化管理提供理论依据。【方法】以深耕（30 cm）为主处理，生物有机肥培肥为副处理，设置随机区组试验，分析测试土壤主要理化性质、酶活性和微生物群落结构组成；解析土壤主要理化性质和酶活性与微生物种群丰度间的关系。【结果】深耕+化肥+生物有机肥处理（处理CS）显著降低土壤容重和pH，分别降低28.64%和9.21%；显著提高土壤有机质、全磷、速效磷和速效钾含量及蔗糖酶和脲酶活性，分别提高31.54%、21.63%、165.31%、77.34%、21.68%、27.95%和238.55%。Alpha和Beta多样性分析结果表明，各处理细菌Chao1指数和Shannon指数差异不显著；处理CS显著提高真菌Chao1指数和Shannon指数（P<0.05），促进细菌和真菌群落差异性增强，对真菌群落结构组成的影响更为显著。群落结构组成结果表明，处理CS显著提高了变形菌门（Proteobacteria）和被孢霉门（Mortierellomycota）的种群丰度，分别提高74.32%和280.70%；降低了放线菌门（Acidobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、酸杆菌门（Actinobacteria）和担子菌门（Basidiomycota）的种群丰度，分别降低12.83%、21.88%、36.57%和70.04%。LEfSe分析表明，处理CS导致属水平的细菌和真菌显著差异性物种增加。BugBase表型预测和FUNGuild功能预测结果表明，处理CS显著影响土壤微生物功能类群，其中，致病性细菌和植物病原真菌丰度显著下降。相关性结果表明，土壤容重和pH是影响土壤细菌和真菌群落结构的主要理化因子。【结论】深耕配施生物有机肥降低土壤容重和pH，增加有机质和养分含量，促进土壤微生物功能多样性形成，提高土壤酶活性，是碱性植烟土壤质量提升的有效措施。

[目的 ]揭示杜仲种子内的微生物群落组成和多样性，丰富杜仲相关微生物资源。[方法 ]本研究采用传统培养法和高通量测序技术对杜仲种子内生微生物群落组成和多样性进行分析，同时基于FAPROTAX和FUNGuild数据库对其进行功能注释。[结果 ]从杜仲种子中共分离获得真菌40株（3门11属），优势属为曲霉属（Aspergillus）(30%)；细菌142株（1门6属），其中，土壤芽孢杆菌属（Solibacillus）(47.18%)为主要优势属。高通量测序获得141个真菌OTUs，隶属于6门101属；442个细菌OTUs，隶属于24门313属。在属水平，种子优势真菌属为Apiotrichum(31.28%)和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）(26.07%)；优势细菌属主要为假单胞菌属（Pseudomonas）(16.66%)和乳杆菌属（Lactobacillus）(9.68%)。功能注释结果显示：真菌以降解有机物、促进宿主植物生长、促进宿主对土壤养分的吸收、改善土壤环境微生物群落结构以及致病菌群为主；细菌以化能异氧、有氧化能异养以及具有发酵和固氮作用的菌群为主。[结论 ]杜仲种子内携带多种有益功能菌和潜在致病菌，这些微生物对植物的生长发育具有重要影响。同时本研究还分离到多株有益功能菌，这将为后续人为调控种子微生物组以增强植物健康提供微生物资源。

对分离自贵州紫皮百香果果腐病病原菌进行形态学及分子鉴定，确定致病菌15株，分属可可毛色二孢菌(Lasiodiplodiabrasiliensis)，层出镰孢菌(Fusariumproliferatum)，间作壳菌(Diaporthetectonendophytica、D.unshiuensis、D.tectonae、D.hubeiensis)；致病性观察显示，15株致病菌中包括弱致病力菌株1株、中致病力菌株4株、较强致病力菌株4株、强致病力菌株6株，L.brasiliensis菌株BXG–Z–1及D. hubeiensis菌株均为强致病力菌株。分析百香果不同发育阶段真菌微生物多样性，结果表明，百香果花、百香果幼果、百香果成熟果实真菌OTU数量分别为26、23、20,Simpson指数为0.095～0.113，真菌群落多样化程度低；Shannon指数均低于0.5，真菌微生物类群落分布均匀程度低，与之相对应的，Microdiumspp.相对丰度在百香果不同发育阶段均超过90%；百香果花中Cladosporiumspp.、Ruineniaspp.相对丰度最高，幼果时降至最低，至成熟果实期又再次上升；百香果花中Trichoderma spp.、Bipolaris spp.、Amanita spp.、Monilinia spp.、Cercospora spp.相对丰度显著高于百香果幼果的，并随着果实发育成熟降至最低。

对分离自贵州紫皮百香果果腐病病原菌进行形态学及分子鉴定，确定致病菌15株，分属可可毛色二孢菌(Lasiodiplodiabrasiliensis)，层出镰孢菌(Fusariumproliferatum)，间作壳菌(Diaporthetectonendophytica、D.unshiuensis、D.tectonae、D.hubeiensis)；致病性观察显示，15株致病菌中包括弱致病力菌株1株、中致病力菌株4株、较强致病力菌株4株、强致病力菌株6株，L.brasiliensis菌株BXG–Z–1及D. hubeiensis菌株均为强致病力菌株。分析百香果不同发育阶段真菌微生物多样性，结果表明，百香果花、百香果幼果、百香果成熟果实真菌OTU数量分别为26、23、20,Simpson指数为0.095～0.113，真菌群落多样化程度低；Shannon指数均低于0.5，真菌微生物类群落分布均匀程度低，与之相对应的，Microdiumspp.相对丰度在百香果不同发育阶段均超过90%；百香果花中Cladosporiumspp.、Ruineniaspp.相对丰度最高，幼果时降至最低，至成熟果实期又再次上升；百香果花中Trichoderma spp.、Bipolaris spp.、Amanita spp.、Monilinia spp.、Cercospora spp.相对丰度显著高于百香果幼果的，并随着果实发育成熟降至最低。

【目的】在枫香根际接种植物促生微生物（PGPM），研究PGPM对土壤理化性质和枫香叶色的影响以及对枫香根际微生物群落组成结构和多样性特征的改变，探明外源PGPM对植物和土壤微生物的影响。【方法】以句容市句容林场长势一致的7年生枫香为对象，通过田间接种试验并利用Illumina MiSeq高通量测序技术研究接种黏质沙雷氏菌（NJ2D）、摩西斗管囊霉（BJ04）对枫香根际土壤理化性质、叶色参数及根际土壤微生物群落结构和多样性特征的影响。【结果】1）处理组的枫香根际土壤全氮、全磷、土壤有机质、有效磷含量、土壤含水率（%）和土壤pH较对照均显著提高（P <0.05）;2）单接种BJ04菌剂的枫香叶片中叶绿素a、叶绿素b、总叶绿素和类胡萝卜素含量均较对照显著提高（P <0.05），而双接种NJ2D+BJ04菌剂枫香叶片的花青素含量显著提高（P <0.05）;3）对照与处理组的枫香根际微生物多样性也存在显著差异（P <0.05），其中，单接种NJ2D、BJ04和双接种NJ2D+BJ04菌剂的枫香根际细菌的OTU（操作分类单元）数量较对照均显著增加（P <0.05），而丛枝菌根真菌（AMF）的OTU数量较对照均显著降低（P <0.05）;4）根际微生物高通量测序结果显示，放线菌门、变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门和芽单胞菌门为枫香根际土壤中主要优势细菌菌群；球囊霉属、根生囊霉属和Dominikia为枫香根际土壤中主要AMF的优势菌群。接种处理后，枫香根际的酸杆菌门、绿弯菌门和浮霉菌门的物种丰度较对照均显著减小（P <0.05），而变形菌门和放线菌门的物种丰度较对照则显著增加（P <0.05）。【结论】接种解磷菌、丛枝菌根真菌以及复合菌剂NJ2D+BJ04均可改善土壤微环境，并对枫香秋季叶色变化产生影响。

结合有机农场土壤特性演变的长期定位研究,重点对比分析有机与常规种植蔬菜地土壤微生物群落特征的差异。结果表明:有机蔬菜地土壤微生物量,酸性磷酸酶、脲酶、过氧化氢酶活性及可培养真菌、放线菌菌落数显著高于常规蔬菜地。采用土壤磷脂脂肪酸(PLFA)分析法得到的有机、常规地块土壤细菌生物量分别为12.64 nmol.g-1和7.29 nmol.g-1,并且差异显著(P<0.05)。主成分分析结合R型聚类分析的结果表明,有机种植地块的土壤微生物群落特征的综合评分高于常规种植地块。