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[期刊] 林业科学研究
[作者]
湛欣 鲁好君 赵帅 陈晓阳 邓小梅
［目的］本研究旨在建立红椿ＳＳＲ－ＰＣＲ最佳反应体系，并筛选适于红椿ＳＳＲ分析的高多态性引物。［方法］通过Ｌ１６（４５）正交试验设计，确立红椿ＳＳＲ－ＰＣＲ最佳反应体系；利用优化后的体系对来自楝科植物的１３５对ＳＳＲ引物，在６个不同的红椿居群中进行扩增，筛出能有效扩增的引物并进一步筛选出适于红椿的高多态性引物。［结果］（１）１０μＬ基于荧光ｄ ＵＴＰ的ＳＳＲ－ＰＣＲ体系中包含：１０×ｂＵｆｆｅＲ １．０μＬ，Ｔａｑ酶（５ Ｕ·μＬ－１）０．１μＬ，Ｍｇ ＣＬ２（２５ＭＭｏＬ·Ｌ－１）０．８μＬ，ｄ ＮＴＰ（２００ ＭＭｏＬ·Ｌ－１）０．０２５μＬ，荧光ｄ ＵＴＰ（１ ＮＭｏＬ·μＬ－１）０．０．．．
关键词：
SSR 红椿 体系优化 引物筛选
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张冬梅 杨娅 沈熙环 茹广欣
油松是我国特有的重要乡土针叶树种,开发合适的油松PCR-SSR引物并建立优化的反应体系,是开展油松天然群体和种子园人工群体遗传研究的基础.该研究以油松总DNA为材料,分析了Taq聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度以及引物浓度对PCR-SSR扩增结果的影响,筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物12对,建立了稳定的、可重复的油松PCR-SSR最佳反应体系及PCR扩增参数.研究结果表明:在15μL SSR-PCR反应体系中,样本最适宜浓度为30 ng,Mg2+的最适浓度为0.25 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为250 nmol/L;Taq聚...
关键词：
油松 SSR标记 引物 反应体系 优化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王芳 廖柏勇 李培 刘明骞 李俊成 吴琳瑛 林玮 陈晓阳
［目的］借鉴以往楝属文献报道的ＳＳＲ引物，筛选高度多态性、稳定性高、重复性好的苦楝ＳＳＲ引物，为苦楝遗传图谱构建、ＱＴＬ定位和分子标记辅助选择育种等研究领域应用奠定基础。［方法］本研究采用单因素法和正交试验设计进行ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系优化，并利用该体系以８个不同种源的苦楝基因组ＤＮＡ为模板，从１３５对候选ＳＳＲ引物中进行引物筛选。［结果］苦楝ＳＳＲ－ＰＣＲ最优反应体系为：１．０μＬ ５０ Ｎｇ·μＬ～（－１）模板ＤＮＡ，１．２μＬ １００μｍｏＬ·Ｌ～（－１）引物，１．０μＬ １０ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）Ｄ ＮＴＰＳ，０．８μＬ ２５ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）ｍｇ～（２＋），０．１５μＬ ５ ．．．
关键词：
苦楝 SSR-PCR 体系优化 引物筛选
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
黄芳芳 何长青 闫丽君 汪灵丹 徐刚标
在单因素试验基础上,采用正交试验优化影响观光木SSR-PCR扩增的5种主要影响因素,获得最佳反应体系(10μL)为:Mg2+1.0 mmol,d NTP 0.20 mmol,引物0.25μmol,Taq DNA聚合酶0.75 U,模板DNA 60ng。利用优化SSR-PCR扩增体系,从12对引物中筛选出5对多态性高、重复性好的引物。这为进一步开展观光木种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
观光木 SSR 体系优化 引物筛选
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏辉 李志刚 宋书宏
以大豆(Glycine maxL.)为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对大豆SSR扩增结果的影响,并确定影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量。以CTAB法提取的大豆叶片DNA为模板,应用L16(44)正交设计对影响大豆SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适合大豆SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。大豆SSR-PCR优化反应体系为:2.0μL10×PCRBuffer,30 ng模板DNA,150μmol/LdNTP,0.4μmol/LSSR引物,1.5 UTaqDNA聚合酶,2.0 mmol/L Mg2+,加ddH2O至终体积20.0μL...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李培 阙青敏 王芳 李俊成 朱芹 廖柏勇 陈晓阳
[目的]优化相关序列扩增多态性(SRAP)体系内的不同组分,建立适用于红椿SRAP分子标记的反应体系,并进一步从SRAP引物组合中筛选出稳定、多态性好的引物组合,为红椿遗传多样性研究奠定试验基础。[方法]针对SRAP-PCR反应体系中5个因素各设置8个水平,先利用单因素试验确定浓度梯度,后在确定的梯度范围内选定4个水平,按照正交试验L16(45)进行优化,结合正交直观分析法和新复极差法对各因素进行优化筛选。[结果]确定最优体系为总体系25μL,模板DNA 25 ng,上下游引物各0.3μmol·L(-1)
[期刊] 华北农学报
[作者]
白锦荣 潘会堂 张启翔
采用L16(54)正交设计和二因素完全随机试验,分析了月季SSR-PCR反应体系的主要成分TaqDNA聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度d、NTP浓度以及引物浓度对扩增结果的影响,建立了适合月季的SSR反应体系。研究结果表明:在20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶宜加入1.5 U,样本最适宜浓度为30~40 ng,Mg2+的最适浓度为1~1.5 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为1μmol/L。用建成的反应体系对19对引物筛选,对12个月季品种扩增,3%的琼脂糖凝胶电泳检测,品种间DNA谱带多态性丰富,证明该体系稳定可靠。
关键词：
月季 SSR 正交试验 反应体系
[期刊] 华北农学报
[作者]
张超杰 徐维华 刘万好 唐美玲
以黑珍珠和砂蜜豆为材料,对AFLP分析过程中模板DNA的制备、酶切与连接、酶切连接产物的预扩增与选择性扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等过程中易出现的问题及其解决方法作了对比研究,建立了一套适合于甜樱桃的AFLP分子标记体系。共筛选了64对引物,其中30对扩增效果理想,能够得到清晰、稳定的条带,平均每对引物扩增条带为60条。该体系的建立为研究甜樱桃遗传多样性和标记农艺性状的技术平台构建奠定了基础。
关键词：
甜樱桃 AFLP
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李显煌 高丽云 王娟 张贵良 唐军荣 叶鹏 雷瀚 辛培尧
以云南金花茶为试验材料,利用试剂盒法、SDS法及CTAB法3种方法提取其DNA,并对3种方法的提取结果进行比较;经初筛合成云南金花茶EST-SSR引物,并对影响SSR-PCR体系的Mg~(2+)、Taq DNA聚合酶、dNTP、引物及模板DNA这5个因素进行L_(16)(45~)正交实验,以期建立较为稳定的云南金花茶SSR-PCR体系。试验结果表明:试剂盒法提取得到的云南金花茶DNA质量最好且符合SSR分子标记试验。各因素对PCR扩增效果的影响程度为:Mg2+>引物> Taq DNA聚合酶> dNTP>模板DNA。试验最终确定的金花茶SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为:2.0μL Taq Buffer、1.5μL Mg2+(25 mmol/L)、0.3μL dNTP(10 mmol/L)、0.2μL Taq DNA聚合酶(5 U/μL)、前后引物各0.4μL(10μmol/L)、0.5μL模板DNA(50 ng/μL)、14.7μL ddH_2O。建立和优化云南金花茶SSR反应体系,可为云南金花茶不同种群的遗传变异研究提供基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾新平 孙晓波 梁丽建 邓衍明 苏家乐 周建涛
为了建立适合绣球的ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系，采用正交设计Ｌ２５（５６）对影响ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系的５个主要因素（Ｍｇ２＋、ｄ ＮＴＰＳ、引物、ｄＮＡ模板和ＴＡｑ聚合酶）在５个水平上进行优化，筛选出每个因素的最佳水平，建立适合绣球的ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系。结果表明，２０μＬ的ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系中，ｄＮＡ模板用量为６０ Ｎｇ，Ｍｇ２＋浓度为１．５ ＭＭｏＬ／Ｌ，ｄ ＮＴＰＳ浓度为０．３ ＭＭｏＬ／Ｌ，引物浓度为０．４μＭｏＬ／Ｌ，ＴＡｑ聚合酶用量为０．８ Ｕ。扩增程序为：９４℃预变性５ ＭｉＮ；９４℃变性１ ＭｉＮ，最佳温度退火４０ Ｓ，７２℃１ ＭｉＮ，３３个循环；７２℃延伸１０ ＭｉＮ，４．．．
关键词：
绣球 SSR-PCR 正交设计 反应体系
[期刊] 华北农学报
[作者]
王利英 乔军 石瑶 王振英 李素文
为应用分子标记建立一套快速准确的杂交种鉴定方法,利用已有的236对SSR分子标记对3个茄子品种进行多态性标记筛选,并进行待测品种的分子标记纯度鉴定以及田间纯度鉴定,获得特定品种的指纹信息。结果显示,筛选出用于茄子纯度鉴定的多态性引物15对,利用该系列引物进行纯度鉴定,品种1-2010、3-2010和9-2010纯度结果分别为98%,96%和100%,在此基础上获得了对应品种的指纹信息。应用SSR进行茄子品种纯度鉴定与田间检测结果一致,证明分子标记检测茄子杂交种纯度可行且高效,具有一定的理论和应用价值。
关键词：
茄子 纯度鉴定 多态性引物 SSR
[期刊] 西南农业学报
[作者]
任鹏鸿 韩睿 马胜超 李莉
本研究通过单因子优化试验和L16(45)正交试验设计的方法,对菊芋SSR-PCR反应体系进行优化。结果表明,20μl最佳反应体系:10×PCR扩增缓冲液,2.5 mmol/L Mg2+,0.20 mmol/L dNTPs,0.30μmol/L正反引物,0.2 U Taq DNA聚合酶和50 ng模板DNA。利用该优化体系,从100个SSR引物组合中筛选出12个清晰且多态性高的引物组合对3个品种的菊芋DNA序列进行扩增,得到58个位点,其中多态性位点39个,多态率为67.2%;建立3个菊芋品种分子识别卡,用2对引物组合的6个多态性位点即可将其分开。本研究为后续应用SSR分子标记技术对菊芋进行种质...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
闫丽君 王红霞 黄芳芳 何长青 梁艳 徐刚标
以伯乐树叶片为材料,利用单因素试验及正交试验对影响伯乐树SSR-PCR扩增的主要因素进行了优化。结果表明,伯乐树SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为:Mg2+1.25 mmol/L,d NTP 0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,引物0.3μmol/L,DNA 90 ng。这为利用SSR标记进一步开展伯乐树种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
伯乐树 SSR-PCR 体系优化
[期刊] 华北农学报
[作者]
胡小利 马庆 包海柱 范瑞 孙希利 马蓉
为建立食用向日葵分子标记反应体系,以食用向日葵四叶期叶片为DNA模板提取材料,采用单因素试验和正交试验设计,对SSR-PCR反应体系中的6因素(10×PCR Buffer、Mg2+、d NTPs、引物、Taq DNA聚合酶和DNA模板)在5水平上进行正交优化试验,并比较了不同浓度Mg2+、Taq DNA聚合酶、模板DNA对扩增效果的影响,结果表明,各因素水平变化对反应体系的影响为Mg2+>Taq DNA聚合酶(引物)>DNA模板>10×PCR Buffer>d NTPs。最终建立食用向日葵SSR-PCR最佳反应体系为:在总体系为20μL的SSR-PCR反应体系中包括10×PCR Buffer ...
关键词：
食用向日葵 SSR-PCR 体系优化
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陶巧静 曹斌 钱萍仙 饶慧云 刘蓉 吴月燕
利用正交试验设计Ｌ１６（４５）筛选适合葡萄ＳＳＲ标记的ＰＣＲ反应体系，对５２份葡萄种质进行ＳＳＲ标记，采用ＵＰＧＭＡ聚类法分析葡萄诱变群体和亲本的遗传关系．优化的葡萄ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系为：ＭＧ２＋１．５ ＭＭｏＬ·Ｌ～（－１），ｄ ＮＴＰ ０．２ ＭＭｏＬ·Ｌ～（－１），ＴＡｑ酶１．０Ｕ，引物０．４μＭｏＬ·Ｌ～（－１），模板ｄＮＡ ５０ ＮＧ，总体积２０μＬ．４８对引物共扩增出２７０条带，其中多态性条带２４９条，多态性百分率为９２．２％，有３１对引物的多态性百分率达到了１００％．每对引物可扩增３～１０个等位基因，平均为５．６个．５２个葡萄样品的遗传相似系数为０．６８１～０．８８９，各诱变．．．
关键词：
葡萄 SSR 体系优化 诱变 遗传多样性
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