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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邢红梅 丁平 王克荣 周晓云
根据GenBank中炭疽属Colletotrichum不同种的ITS序列差异,设计了毁灭炭疽菌Colletotrichumdestructivum的特异性引物F1/ITS4,由此建立的PCR检测体系可以从80个毁灭炭疽菌菌株中扩增得到1条486bp的特异性条带,而扩增其他近似或相关种的菌株时没有相应的特异性条带。该检测体系对毁灭炭疽菌基因组DNA的扩增灵敏度达到10pg。将引物F1/ITS4与ITS区通用引物进行套式PCR扩增后,检测灵敏度至少提高10 000倍,每克土中含有200个毁灭炭疽菌分生孢子时即可检测出。进一步利用此检测体系对携带病原菌的灌溉水、发病组织进行检测,均能快速准确地检测出...
关键词：
毁灭炭疽菌 红掌 分子检测 套式PCR
[期刊] 中国农业科学
[作者]
唐建辉 王伟 王源超
【目的】探索西瓜炭疽病菌(Colletotrichum orbiculare)的分子检测技术,为西瓜、甜瓜等生长期和采后炭疽病的快速、准确鉴定和检测提供技术和方法。【方法】根据GeneBank中Colletotrichum属的24个种ITS序列,比较设计出1对引物CY1/CY2(CY1:5′-CTTTGTGAACATACCTAACC-3′;CY2:5′-GGTTTTACGGCAGGAGTG-3′);进一步利用RAPD随机引物扩增西瓜炭疽菌C.orbiculare和菜豆炭疽菌C.lindemuthianum,找出在C.orbiculare中的特异性条带,经过克隆、测序后,设计出1对SCAR引物R...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
商蓓 付洁 罗泽青 胡小平 杨家荣
【目的】建立苹果黑星病菌(Venturia inaequalis(Cooke)Wint)的分子检测方法,以提高检测精确度,缩短检测时间。【方法】根据苹果黑星病菌与其他苹果病原真菌核糖体基因转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)序列间的差异,设计了1对特异性引物320A/320B,用于苹果黑星病菌的分子检测,对特异性引物扩增条件进行了优化,并验证和检验了引物的特异性和灵敏度。【结果】特异性引物的扩增条带约为320bp,优化的反应体系为:2μL MgCl2(25mmol/L),2.5μL 10×buffer,3μL dNTP(2.5mmol/L),1.2 μL...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汤学敏 林文燕 鄢庆枇 刘慧敏 彭英林 赵铨 林旭俊 郑江
溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)分布广,数量多,发病率高,是水产养殖中常见的条件致病菌,而对溶藻弧菌进行快速准确的识别鉴定是其病害防治的前提和基础。核酸适配体,因为具有较高的亲和特异性,在微生物的识别鉴定方面展现出了巨大的优势。本文利用核酸适配体和适配体筛选产物,通过结合、洗涤、加热分离、PCR扩增以及电泳检测等步骤,对溶藻弧菌进行了检测鉴定。结果表明,适配体和筛选产物都能对溶藻弧菌及其灭活菌进行较好的识别鉴定,适配体筛选产物对溶藻弧菌的检测下限为10~3cfu/mL,而对其灭活菌的检测下限为10~2cfu/mL,适配体对溶藻弧菌及其灭活菌的检测下限都可达到10 cfu/mL。该方法对溶藻弧菌有较好的亲和特异性,并能较好地区分溶藻弧菌与哈维氏弧菌等水产常见病原菌,在水产病害的检测中显示了较好的应用前景。
关键词：
核酸适配体 溶藻弧菌 PCR 灭活 检测
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高士刚 曾蓉 徐丽慧 罗金燕 陈磊 戴富明
【目的】开发一种可同时检测黄瓜靶斑病菌（Ｃｏｒｙｎｅｓｐｏｒａ ＣａｓｓｉｉＣｏｌａ）、黄瓜炭疽病菌（ＣｏｌｌｅｔｏｔｒｉＣｈｕｍ ｏｒｂｉＣｕｌａｒｅ）和黄瓜细菌性角斑病菌（ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｙｒｉｎｇａｅ ｐｖ．ｌａＣｈｒｙｍａｎｓ）的三重ｐＣｒ快速检测方法。【方法】根据ｉｔｓ或１６ｓ ｒ ｄｎａ序列分别设计黄瓜靶斑病原菌、黄瓜炭疽病菌和黄瓜细菌性角斑病菌特异性检测引物；通过鉴定引物的特异性，筛选可在目标菌株中扩增出特异片段的特异引物；选择可以组合的３种病原菌特异性引物进行三重ｐＣｒ，对引物浓度、退火温度、延伸时间和循环数分别进行优化，优化三重ｐＣｒ体系。【结果】针对黄瓜靶斑病菌、．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
许秀兰 张岩 杨春琳 袁川 刘应高
从四川二郎山人工云杉林分离得到云杉叶疫病病原菌，采用真菌通用引物ＩＴＳ１和ＩＴＳ４扩增得到的序列与ＮＣＢＩ中的根球壳孢菌（ＲｈＩｚｏＳｐｈａｅＲａ ｋａｌｋｈｏｆｆＩ）相似度达９９％。比较分析了ＮＣＢＩ及四川二郎山分离到的根球壳孢菌ＩＴＳ区序列，采用软件ｐＲＩｍｅＲ５．０设计２０个引物。通过对３２株菌株ＤＮａ进行ｐＣＲ扩增及产物测序，筛选得到３个特异性引物对ｚＹｚ６、ｚＹｚ７、ｚＹｚ８。改变ＤＮａ模板浓度进行扩增检测，在２５μｌ ｐＣＲ反应体系中，引物对ｚＹｚ６ｆ／ｚＹｚ６Ｒ检测灵敏度最高，可达到０．１ ｐｇ／μｌ。利用ｚＹｚ６ｆ／ｚＹｚ６Ｒ对四川二郎山人工云杉针叶ＤＮａ进行检测，扩增得到３１．．．
关键词：
云杉叶疫病 根球壳孢菌 分子检测
[期刊] 西南农业学报
[作者]
鲁增辉 贺宗毅 贺元川 张德利 陈仕江
本研究尝试利用一种简单快速的分子检测方法对发酵过程中的冬虫夏草菌进行检测,并验证该方法的可行性。首先分别在固体和液体培养基中成功培养出冬虫夏草菌,然后在冬虫夏草菌发酵产物18S rRNA基因的NS3/NS6区域设计引物,利用PCR扩增的方法得到冬虫夏草菌特有的基因序列。结果表明,扩增产物含有冬虫夏草特异性的2个Cfo I酶切位点(GCGC)位点和2个Rsa I酶切位点(GTAC),与已有研究结果一致,证明该方法在检测冬虫夏草发酵产物方面具有快速、简单、准确的优点。
关键词：
冬虫夏草 发酵产物 检测
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡晓 刁保卫 李杰 王卉 梁未丽
[目的]本文旨在研究河弧菌在30和37℃条件下群体感应信号分子CAI-1、AI-2和N-酰基高丝氨酸内酯(AHL)的动态变化水平以及群体感应系统相关基因在不同来源河弧菌菌株中的分布及信号分子产生情况。[方法]制备待测菌株的无菌培养上清液,分别用群体感应信号分子CAI-1、AI-2和AHL特异性检测菌株MM920、BB170和KYC55上清液中相应的信号分子。PCR检测不同来源河弧菌中群体感应系统组成的相关基因。通过测定偶氮酪蛋白的方法检测HapA蛋白酶活性。[结果]在30和37℃的培养条件下,河弧菌参考菌株VF85003菌液上清液中CAI-1、AI-2和AHL信号分子水平均随菌体密度的增加而升高。相同菌体密度时,37℃培养上清液中的CAI-1和AI-2水平高于30℃培养的,但AHL水平均低于30℃培养的。对70株不同来源的河弧菌菌株进行PCR检测,发现其中45株河弧菌含有全部群体感应系统组成的相关基因;45株菌株上清液中大多数的CAI-1、AI-2和AHL信号分子水平分布在100～1 000的范围内,但并非所有菌株都具有这3种信号分子。45株河弧菌中有48.89%的菌株HapA蛋白酶活性检测为阳性,51.11%的菌株检测结果为阴性。[结论]VF85003培养上清液中CAI-1、AI-2和AHL信号分子水平呈密度依赖性升高,AHL信号分子的表达水平在温暖的环境(30℃)温度下较宿主温度(37℃)下更高,而CAI-1、AI-2信号分子则相反,在宿主温度(37℃)条件表达更高,提示其在河弧菌致病性和环境适应性生存方面的不同作用。群体感应系统组成基因的分布、3种信号分子表达水平和毒力因子金属蛋白酶HapA活性存在菌株间差异。
[期刊] 林业科学
[作者]
廖太林 李百胜 叶建仁 纪睿 吴翠萍 安榆林 陈建东
Fusarium circinatum, the causal agent of pitch canker disease, causes several serious diseases of pines. The pathogen infects a variety of vegetative and reproductive pine structures at different stages of maturity and produces a diversity of symptoms. Long distance spread of the disease occurs when...
关键词：
松树脂溃疡病菌 分子检测 巢式PCR
[期刊] 华北农学报
[作者]
王兴红
为了快速区分柑橘黑斑病菌、亚洲柑橘叶点霉菌、首都叶点霉菌和中国柑橘叶点霉菌,在ITS1和18S区域设计了针对柑橘黑斑病菌、首都叶点霉菌和中国柑橘叶点霉菌的上游引物,以ITS4作为下游引物,并对所设计引物的特异性和退火温度进行了筛选,对引物的灵敏度进行了验证,并进行了果园疑似病斑的检测。结果表明,在退火温度为60℃时,引物Pc1/ITS4仅能从柑橘黑斑病菌中扩增出593 bp的特异性条带,引物Pct4/ITS4仅能从首都叶点霉菌中扩增出551 bp的条带,引物Pcc1/ITS4仅能从中国柑橘叶点霉菌中扩增出
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王楠 王剑 尹丹韩 高观朋 王伟
【目的】探索和优化检测条件,建立同时检测草莓灰霉病菌Botrytiscinerea,炭疽病菌Colletotrichum gloeosporioides和黄萎病菌Verticillium dahliae的三重PCR检测体系,为3种病害的早期快速诊断和鉴定提供技术和方法。【方法】选择可以组合的3种病原菌特异引物,研究多重PCR的影响因素,优化PCR退火温度,采用正交试验方法,以3个引物组、TaqDNA聚合酶、dNTP和Mg2+六因素三水平优化多重PCR体系。【结果】建立并验证适合上述草莓主要病原菌的三重PCR最佳检测体系,可分别扩增出729、539和450bp的特异条带,最适退火温度为50℃,2...
[期刊] 水产学报
[作者]
樊景凤 梁玉波 宋立超 王斌 臧红梅 李文哲
以凡纳滨对虾红体病病原菌副溶血弧菌为抗原,免疫兔获得高免血清,建立一种快速检测凡纳滨对虾红体病病原菌副溶血弧菌的ELISA技术。采用棋盘滴定法确定抗原和抗血清的最适工作浓度分别为106CFU·mL-1和1∶2000;病原菌检测灵敏度为每孔104CFU;抗血清与其它细菌标准菌株的交叉反应结果均呈阴性;阻断实验中的阻断率达75.88%;交叉反应和阻断实验结果表明该方法具有较高的特异性。将该方法标准化后检测了30份人工感染后的凡纳滨对虾和健康凡纳滨对虾,阳性检测率分别为93.3%和13.3%,表明该技术不仅能够检测已发病的凡纳滨对虾,而且能够检测带菌的凡纳滨对虾,这对于水产养殖业中疾病的早期诊断有着...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张宝俊 李志岗 郭明霞 徐玉梅 王建明
采用自行设计的、能对镰刀菌18srDNA进行特异性扩增的1对引物,利用PCR-RFLP对尖孢镰刀菌以不同方式侵染的植株进行跟踪检测。结果表明,应用PCR-RFLP检测程序可检测出处于侵染初期和潜育期的枯萎病菌,说明PCR-RFLP能够快速、灵敏、准确地对枯萎病进行早期诊断。
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜向党 焦显芹 莫娟 张素梅 侯春彬 李新生
为了解河南地区鸡猪源CTX-M型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的流行情况,并进行基因型分析,通过表型确证试验检测产ESBLs大肠杆菌,分别用5组CTX-M型引物对其进行聚合酶链式反应扩增。表型确证试验检测结果显示,鸡、猪源大肠杆菌中产ESBLs菌株检出率分别为62.8%(59/94)和78.3%(36/46)。PCR扩增结果进一步显示,鸡源大肠杆菌中CTX-M型ESBLs阳性率为89.8%(53/59),其中CTX-M-2组型14株,CTX-M-9组型26株,CTX-M-2和CTX-M-9组型13株;猪源大肠杆菌CTX-M型ESBLs的阳性检出率为69.4%(25/36),其中,CTX-M-...
关键词：
大肠杆菌 耐药 CTX-M
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
朱乐 顾鹏 张胜 孔丽琴 冯耀泽
为探究样本温度、细菌浓度对水分子结构的改变从而明确细菌浓度检测的机理,以金黄色葡萄球菌悬浊液样本为例在水的特征吸收波段(1 334～1 539nm)对不同温度下不同浓度细菌进行表征和检测。首先,通过对比不同预处理方法,得到最佳预处理方法,然后利用多级成分分析分别建立一级模型(温度与光谱的关系模型)和二级模型(细菌浓度与光谱的关系模型)。结果表明,Savitzky-Golay卷积平滑结合连续小波变换的预处理方法最优。一级模型可以精确表征样本温度,其校正相关系数(correlation coefficient,RC)和校正均方根误差(root mean square error,RMSEC)分别为0.997和0.37℃。对温度贡献较大的波长对应水溶剂化层OH-(H_2O)_(1,4)和超氧化物O_2-(H_2O)_4、游离水和游离OH-(S0)及具有1个氢键的水分子(S1),该模型预测相关系数R_P和预测均方根误差RMSEP分别为0.997和0.37℃。二级模型可以较好表征样本浓度,其校正相关系数R_C和校正均方根误差RMSEC分别为0.887和0.891log CFU/mL。对细菌浓度贡献最大的波长对应H_2O非对称伸缩振动V_3,具有1个氢键的水分子(S1)、具有3个氢键的水分子(S3)及具有4个氢键的水分子(S4),预测相关系数RP和预测均方根误差RMSEP分别为0.869和0.858log CFU/mL。本研究所建模型均具有较好的检测精度和适应性,表明水的结构特性对细菌悬浊液温度、细菌浓度检测起重要作用。
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