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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
杨德吉 高桥秀彰 峰泽满 佐佐木修
利用来杭鸡的蛋壳强系和弱系的F2 代进行蛋壳强度相关QTL分析时 ,绘制了相应的连锁图谱。经过连锁分析 ,发现微卫星标记ABR36 2和ABR4 2 4分别与染色体已知的标记相连锁 ,分别位于 1号和 9号染色体。而在已经公布的红原鸡基因组序列中 ,这 2个标记的PCR产物序列染色体尚未定位。通过连锁关系分析 ,这 2段序列也分别定位于红原鸡 1号和 9号染色体上。
关键词：
染色体定位 微卫星 来杭鸡 红原鸡
[期刊] 水产学报
[作者]
郑娇 曹款 杨安冉 张静 王志勇 蔡明夷
黄姑鱼是我国重要的海水经济鱼类。然而，由于细胞遗传标记匮乏，黄姑鱼染色体仍然难以辨识。为了提高黄姑鱼染色体的配对识别水平，本研究利用荧光原位杂交（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ｆｉｓｈ）、吉姆萨染色和荧光染色技术分析了黄姑鱼染色体的特征。以总ｄｎａ为探针进行基因组ｄｎａ荧光原位杂交（ｇｅｎｏｍｉｃ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ｇｉｓｈ），从而获得黄姑鱼染色体图谱，可使每对染色体呈现特定的荧光信号。依据ｇｉｓｈ荧光信号分布模式，可以辨识黄姑鱼的２４对染色体。１８ｓ ｒ ｄｎａ ｆｉｓｈ结果显示，１８ｓ ｒ ｄｎａ只．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘成 杨足君 冯娟 迟世华 周建平 任正隆
【目的】寻找黑麦基因组中新的重复序列作为特异PCR标记。【方法】以普通小麦中国春、川农18、育成品系R111、绵阳11为对照,以荆州黑麦、秦岭黑麦、非洲黑麦、森林黑麦为材料,用RAPD法筛选到黑麦基因组中的一个高拷贝DNA片段OPD15940,将OPD15940输入到NCBI的BLAST框中进行比对。根据OPD15940设计特异PCR引物D15F和D15R,利用这对引物对小麦族物种进行扩增,验证OPD15940的特异性。进而利用原位杂交技术定位pScD15940在染色体上的位置。【结果】序列比对后发现OPD15940与重复序列Sukkula中近60个53bp的小片段有较高的同源性,但又不同于S...
关键词：
黑麦 重复序列 原位杂交 特异PCR
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马云 许尚忠 高雪 张英汉 辛亚平 高树新 任红艳
以中国西门塔尔牛肝脏组织为材料,运用同源序列克隆技术并结合RT-PCR技术,对牛ACAS 2基因的部分cDNA进行了克隆与序列分析,应用SUN bRH 7000型辐射杂种板对分离的牛ACAS 2基因进行了染色体定位。结果显示,本研究所获得的长为1 535 bp的cDNA序列为牛ACAS 2基因的部分编码序列,该段序列与人(G enB ank登录号:NM-139274)和小鼠(G enB ank登录号:NM-019811)的ACAS 2基因mRNA序列的相似性分别为91%和88%;牛ACAS 2基因被定位于牛的13号染色体上,与该染色体上的标记D IK 4350的距离为1.51 cR。
[期刊] 水产学报
[作者]
周贺 徐其征 高养春 张蕊 李霞 庄子昕 梁雨婷 李雅娟
对杂交三倍体泥鳅(4n♀×2n♂)的胚胎染色体进行了C带及染色体荧光原位杂交(FISH)分析,首次探讨了杂交三倍体泥鳅C带特征,为准确鉴别染色体提供依据,研究了核糖体5.8S+28S r DNA在杂交三倍体泥鳅胚胎中期染色体上的数目和位置。C带结果表明,杂交三倍体泥鳅的染色体C带包括臂端C带和着丝粒C带,没有发现臂间C带。M染色体只有1号染色体既有臂端C带又有着丝粒C带,但臂端C带均比着丝粒C带大,信号也比着丝粒的强;而其他M染色体及SM染色体、T染色体只有着丝粒C带。FISH分析显示,核糖体5.8S+2
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张学勇 李大勇
以小麦为重点 ,对小麦族植物中 DNA重复序列的划分、特点及其功能进行了概括 ,着重介绍了重复序列在基因组分化、DNA转座及在染色体联会和配对中的作用 ,并用一些实例就重复序列在起源和进化、染色体分子指纹图谱绘制、分子标记辅助选择及染色体操作中的应用作了比较全面的介绍。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐纯柱 张洪海 马建章
利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结...
关键词：
紫貂 线粒体基因组 进化
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李双双 薛龙飞 苏爱国 雷彬彬 王玉美 华金平
线粒体是真核细胞内的重要细胞器,是一种遗传上半自主性的细胞器,编码与自身功能相关的部分基因,参与生命活动一些过程。植物的线粒体基因组较动物的更为复杂,且与植物细胞质雄性不育和物种进化密切相关。本文概述了植物线粒体基因组测序工作,并在此基础上,综述了植物线粒体基因组的大小、组成形式、基因组序列的结构特征、基因组成,分析表达特点、RNA编辑、序列重组,以及线粒体基因组进化、线粒体相关的雄性不育机理研究的研究进展。
关键词：
植物 线粒体 基因组 序列分析
[期刊] 水产学报
[作者]
刘鹏飞 谷俊刚 毕燕会 周志刚
UV性别决定系统在一些低等生物生活史的单倍体阶段展现出特定的进化和遗传特性。本研究构建了一个海带雌配子体基因组的细菌人工染色体（BAC）文库。该文库包含31 872个克隆，插入片段平均长为115 kb，覆盖6.57倍的海带基因组。利用海带雌配子体特异性的标记FRML-1488的序列为探针筛选BAC文库，获得4个阳性BAC克隆。随机挑选一个克隆（638-C12）通过Roche454第二代测序平台进行测序，并经过间隔序列的扩增、克隆和测序，了解到该BAC克隆的插入片段长为86 996 bp。该序列位于海带基因组的Scaffold285上，占后者序列总长的22.4%。序列分析结果显示在雌配子体特异性标记FRML-1488的上游存在大量的微卫星以及Copia逆转录转座子等重复序列。综合这些信息，推测BAC克隆638-C12的插入片段可能与海带U染色体的性别决定区相关。本研究是BAC文库在海带性别相关序列图位克隆的首次应用报道，将有助于海带性别染色体结构的揭示及性别决定机制的解析。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李壮 黄玉碧
从小麦品种中国春中克隆了TaPhyB在染色体4D上的cDNA的全长编码序列,所得序列定位于4D染色体长臂上,被命名为TaPhyB3。通过中国春1D-4D-6D BAC文库的筛选,设计引物亚克隆得到光敏色素基因B的基因序列,其含有4个外显子和3个内含子。通过生物信息学软件的预测,该基因编码蛋白的功能结构域有6个:DAF DOMAIN,PHYTOCHROME REGION,PAS-ADOMAIN,PAS-B DOMAIN,HISTIDINE KINASE RELATED DOMAIN 1和HIETIDINE KINASE RELATED DOMAIN 2。编码序列与染色体倍数关系的分析结果表明Ta...
关键词：
小麦 蛋白结构 染色体 编码序列
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵志新 张蒙
【目的】串联重复序列存在于大多数真核生物基因组中,对于生物基因表达调控具有重要意义。本研究从基因组角度探究串联重复序列在克莱门柚基因不同区域的模体特征,为重复序列在基因调控中的作用提供提供参考。【方法】从Phytozome数据库下载克莱门柚全基因组序列和基因注解(gene annotation)数据,然后使用Phobos version 3.3.12软件抓取1~50 bp的重复单元,检测分析串联重复序列在基因内和基因间的密度及模体类型特征。【结果】克莱门柚基因组串联重复序列高密度的主要为短序列重复单元(1~7 bp),主要重复类别是单碱基、二碱基、六碱基、三碱基、七碱基、四碱基和22碱基等,且以A和T重复为主。克莱门柚基因组中最高和次高的串联重复序列密度在5’UTR和它的直接上游区域,即UI500和UI200;CDS中密度最低,且以3n模体(如3、9、12 bp等)为主要的重复单元。【结论】串联重复序列在克莱门柚基因组中的特征,与基因转录、翻译等功能有密切的关系,本研究对串联重复序列在植物基因组中的特征及作用有借鉴作用。
关键词：
克莱门柚 串联重复序列 密度 基因组
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赫崇波 高祥刚 王效敏 刘卫东 周遵春 木云雷 葛陇利
利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2...
关键词：
圆斑星鲽 线粒体基因组 控制区 系统进化
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴民华 陈依虹 谭靖怡 邹山扬 叶晓霞 黄琼林
为了探明岭南地区特色中药三桠苦的叶绿体基因组结构和序列特征，以三桠苦叶片为材料，采用试剂盒法提取DNA和构建测序文库，利用Novaseq平台进行高通量测序，再结合生物信息学手段进行序列拼接、注释和特征分析。结果显示：三桠苦叶绿体基因组为158 992 bp的环状四分体分子，含有134个基因；在三桠苦叶绿体基因组内找到86个简单重复序列，主要是A/T单核苷酸重复；检测到26 907个密码子，以A/T结尾的密码子有着更高的使用频次；序列比较分析表明，三桠苦与同科植物在非编码区存在更明显的序列变异；系统进化树揭示不同来源的三桠苦亲缘关系最近，但在基因组成和碱基序列上呈现出多样性。
关键词：
三桠苦 叶绿体基因组 结构特征 序列比对
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蒋宗良 张明 林勇 朱佳杰 黎明星 罗永巨 甘西
采用LA-PCR(long amplification polymerase chain reaction)扩增方法获得奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)线粒体基因组全序列。分析表明,序列全长16 632 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个长度为931 bp的主非编码区。A、T、G、C碱基的组成分别为27.89%、25.50%、15.62%、30.99%。基因排列与罗非鱼属的其他物种一致。13个蛋白质基因除COX1用TGT做起始密码子外,其他均以ATG为起始,终止密码子除COX2、Cyt b、ND4为不完整的T,其余基因均以典型的TAA...
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