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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙藤芹 汪文俊 梁洲瑞 刘福利 孙修涛 曹原 王飞久
采用基于16S rDNA的高通量测序技术对山东长岛紫菜养殖区的细菌多样性分布进行了研究,并与环境因子进行关联分析,以探究紫菜养殖对环境的影响。结果显示,长岛海区水环境细菌多样性较丰富,呈现由近岸区(CDCNS)、养殖区(CDPF)、外海区(CDCOS)递减的趋势。分别基于所有细菌组成以及相对丰度最高的前20个属/种的聚类结果均显示,CDCNS和CDCOS区聚在一起,明显区别于CDPF区。CDPF区的特异优势菌包括鼠尾菌属(Muricauda)、假单胞菌属(Pseudomonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、赤杆菌属(Erythrobacter)、海杆菌属(Marinobacter)。3个区域均未检测到河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonastetraodonis)、柠檬假交替单胞菌(Pseudoalteromonas citrea)等疑似紫菜致病菌。溶解氧(DO)和pH呈现由近岸向外海逐渐降低的趋势,总颗粒悬浮物(TSS)反之。CDPF区氨氮(NH_4~+-N)含量最低,盐度最高。关联分析发现,环境因子与环境微生物之间具有一定的相关性,如嗜氨菌属(Ammoniphilus)的丰度与NH_4~+-N浓度具显著正相关性,CDPF区最低,CDCOS区最高;盐单胞菌属的分布与盐度具显著正相关性,CDPF区盐单胞菌属含量显著高于其他2个海区。研究表明,紫菜养殖海区细菌群落结构特征与环境因子具有关联性,其间的互作机制尚需进一步深入研究。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王振毅 张俊彬
以实验室循环水养殖系统养殖金钱鱼1周和1个月后的2组养殖水体样品(分别为A、B)作为研究对象,滤膜抽滤富集水样中的细菌,提取细菌基因组DNA,采用Mi Seq高通量测序方法测序16S r DNA的PCR扩增产物,进行细菌多样性比较分析、物种组成分析及聚类分析。结果表明:从2个样品测序中获得15 259条有效序列,其中A样品为9 092条,B样品为6 167条;在97%相似度下将其聚类,共产生90个OTUs(operational taxonomic units);多样性指数分析表明,A样品细菌群落多样性明显大于B样品的;样本中的细菌种类包含8个门、16个纲、28个目、38个科、48个属,其中A样品以变形菌门(Proteobacteria)的海单胞菌属(Thalassospira)和弧菌属(Vibrio)占优势,相对丰度分别为14.51%和13.29%,B样品以拟杆菌门(Bacteroidetes)的Aureispira和Dyadobacter占优势,相对丰度分别为44.67%和17.63%。表明随着时间的推移,鱼体生长产生的可溶性代谢产物和溶解性有机物逐渐积累以及水体p H的变化,改变了细菌生长的微环境,出现了细菌种群演替和适应的现象。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李革雷 陈昌福 高宇 刘振兴 谭晶晶
采用16SrDNA克隆文库技术,对位于武汉市少潭河水库养殖基地3种养殖模式[根据放养鱼所占比例,草鱼75%、鲢15%、鳙6%、异育银鲫4%,为模式1(MSH1);草鱼75%、鲢15%、鳙3%、匙吻鲟3%、异育银鲫4%,为模式2(MSH2);草鱼75%、鲢15%、匙吻鲟6%、异育银鲫4%,为模式3(MSH3)]水体中细菌多样性进行研究。系统发育分析结果表明:3种养殖模式中细菌的16SrDNA克隆文库的序列总共分布于10个门,分别是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、疣...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵旺 黄星美 邓正华 温为庚 陈明强 王雨 沈铭辉 夏光远 张钰伟 于刚
美济礁地貌独特、生物资源丰富,其海域微生物与渔业资源正被开发利用。为了解夏季美济礁潟湖海水养殖区细菌多样性及其与环境因子的相关性,试验通过高通量测序技术分析了该海区海水细菌的群落结构组成,探索了主要环境影响因子,并采用PICRUSt对菌群功能进行了预测分析。美济礁潟湖海水细菌群落组成丰富,分属于29个门、57个纲、152个目、256个科、439个属,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)。各个站点的3个水层之间的alpha多样性指数指数均存在差异,但均未达到显著水平。通过冗余分析发现,主要环境影响因子为盐度、COD/NO_3-N、活性硅酸盐、COD。通过PICRUSt功能预测,微生物功能以新陈代谢(氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量产生与转换)、遗传信息处理(蛋白质翻译与修饰、DNA复制重组和修复)及信息处理(信号转导机制、辅酶运输、无机离子运输)为主。该研究分析夏季美济礁潟湖养殖区海水细菌群落结构及其与环境因子的关系,为认识南海微生物多样性与合理开发利用、海域渔业的开发、生态系统的保护修复提供基础数据。
关键词：
美济礁 微生物多样性 功能预测 环境因子
[期刊] 水产学报
[作者]
马景雪 张培玉 王宗兴 郑明刚 高萍 曲凌云 郑风荣
为了研究近海贝类开放养殖水域、细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系，本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本，分析不同水质因子(水温、盐度、pH、溶解氧、叶绿素a、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化，并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样本和栉孔扇贝组织样本微生物群落结构和多样性的差异，探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示，水样本细菌群落结构共检测到42个门，94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成，其中变形菌门为优势菌门，主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份，细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月；弧菌OTU水平多样性分析结果显示弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化，与水温的变化趋势一致，8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明，叶绿素含量（μg/L）和亚硝酸盐（mg/L）的浓度对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量（mg/L）和DO（mg/L）对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落结构共检测出45个门，软壁菌门为优势菌门，主要包括支原菌属，与磷酸盐含量（mg/L）具有显著正相关。弧菌优势菌分离鉴定结果显示，7—11月养殖环境中的优势菌为溶藻弧菌和哈维弧菌。研究表明，养殖活动通过改变水体中的叶绿素和亚硝酸盐的含量对水体中的微生物群落结构产生了一定的影响，同时磷酸盐和DO的变化对弧菌属水平的群落结构也产生了一定的影响。本研究结果可为贝类疾病的发生提供一定的理论支撑。
关键词：
贝类养殖 环境因子 高通量测序 群落结构
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
金风杰 蒋德明 王亭芳 孙霏 常忠义 赵云龙 高红亮
【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张信娣 陈瑛
将红螺菌科的红假单胞菌应用于三角帆蚌(Hyriopsis cum ingii)养殖水体,测定水化学环境因子和微生态群变化情况。结果表明,光合细菌可稳定养殖水体pH,去除氨氮、亚硝基氮、总氮,降低COD,改变水体氮磷比;光合细菌能有效控制异养细菌、弧菌、气单胞菌数量,对真菌的增殖也有一定抑制作用,避免养殖水体水质恶化。
[期刊] 水产学报
[作者]
吴小梅 林茂 鄢庆枇 江兴龙 张娴
为了更有针对性地防控水产动物细菌性病害的发生和流行,本实验对美洲鳗鲡及其养殖水体耐药细菌的种属特征及耐药情况开展了相关研究。首先采集美洲鳗鲡不同部位(表皮、鳃、肠道)及其养殖水体的样品,经5种抗菌药物平板筛选耐药菌株,然后采用K-B纸片扩散法检测细菌对抗菌药物的耐药性,同时测定耐药菌株的16S r DNA序列,进而分析耐药菌的种属分布和多重耐药性。结果显示,经耐药平板筛选分离纯化得到108株细菌,分别属于气单胞菌属、柠檬酸杆菌属、不动杆菌属等20个属;其中,93.5%的菌株对3种(含)以上的抗菌药物具有耐药性,86.1%的菌株对3类(含)以上的药物具有抗性。对阿莫西林的耐药率高达90.7%,对...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韩红宾 华梁 霍元子 张建恒 吴海龙 韦章良 陈群芳 何培民
对2012年12月至2013年4月黄海绿潮暴发前江苏紫菜养殖海域绿藻显微繁殖时空分布特征进行了研究。结果表明,在每月的调查中,调查海域绿藻显微繁殖体密度高值区均集中在如东近岸紫菜养殖海域。调查海域绿藻显微繁殖体数量在时间分布上呈逐渐升高的趋势。2012年12月至2013年4月调查海域平均绿藻显微繁殖体数量分别为56、71、471、550和1 049 ind/L。应用ITS序列与5S rDNA间隔序列分析并构建系统发育树发现,江苏紫菜养殖海域绿藻显微繁殖体种类组成为浒苔(Ulva prolifera)和曲浒苔(Ulva flexuosa)。通过对调查海域绿藻显微繁殖体种类构成比例分析发现,在绿潮...
关键词：
黄海 紫菜养殖区 绿潮 浒苔 显微繁殖体
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邓霏 鄢庆枇 黄伟卿 熊何健 王程程 马英
以16S r DNA为分子标记,通过构建克隆文库、限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析等技术手段,研究大黄鱼(Larimichthys crocea)网箱养殖水体中细菌的群落结构。样品采自福建省宁德市三都湾富发养殖基地。随机选取5个不同养殖网箱水样混合,取3 L混合水样过滤富集细菌后提取总DNA,用细菌通用引物27F和1 492R扩增其16S r RNA基因,构建克隆文库。从文库中随机挑选154个克隆子进行分析,得到137个阳性克隆,92种RFLP带型。对部分代表性克隆子进行测序的结果表明,大黄鱼养殖水体中细菌多...
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
何梦莹 熊英 程凯
为研究3类淡水养殖水体（精养虾蟹池、湖泊养殖水体和精养鱼池）细菌群落结构与硝化速率的关系，通过16S rRNA 基因高通量测序与流式细胞仪分析了15个养殖水体的细菌种群结构和总菌数，并测定了硝化速率。结果表明：淡水养殖水体中的优势菌群门为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Acidobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes），且夏季细菌群落的多样性显著高于春季（P<0.05）。春季的亚硝酸盐氧化细菌（NOB）为Nitrotoga和硝化杆菌（Nitrobacter），其中硝化杆菌的丰度与硝化速率呈显著正相关（P<0.05），且精养鱼池中NOB的丰度显著高于另两类型水体（P<0.05）；夏季NOB以硝化螺菌（Nitrospira）为主，其丰度也与硝化速率显著正相关(P<0.05)，且湖泊散养水体中NOB的丰度显著高于另两类水体（P<0.05）。此外，春夏两季节的黄单胞菌目（Xanthomonadales）的丰度均与硝化速率显著正相关。上述结果说明，养殖水中NOB的分布受季节和养殖水体类型的影响，而硝化速率则受多种细菌的共同影响。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵翔刚 罗衡 刘其根 赵良杰 蔡林荣 戴亮亮 张真
为了研究养殖沙塘鳢(Odontobutis obscurus)对稻田水体及底泥的微生物群落结构及多样性的影响,2015年于浙江海盐江南四阡现代农业公司进行了沙塘鳢的稻田养殖实验,利用DGGE(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术对养殖过程中的稻田水体及底泥中细菌的16S r DNA片段进行指纹图谱分析。DGGE条带测序分析结果显示:稻田水体及底泥共检测到包括α-变形菌亚门(Alphaproteobacteria)、β-变形菌亚门(Betaproteobact
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
梁洲瑞 孙藤芹 汪文俊 刘福利 曹原 梁启迪 孙昕 孙修涛 王飞久
2016年11月～2017年3月对山东日照阜鑫渔港紫菜(Pyropia sp.)养殖海域开展调查,分析该海域浮游植物群落结构和营养盐的时空分布特征及其相关性。结果显示,调查海区中无机氮(DIN)、磷酸盐(PO_4~(3–)-P)及硅酸盐(SiO_3~(2–)-Si)浓度均表现为自近岸海区到外海区逐渐降低的趋势;硝酸盐、SiO_3~(2–)-Si、PO_4~(3–)-P、DIN和溶解有机氮(DON)等营养盐的浓度均因月份的不同具有显著差异;调查海区营养水平总体为中营养型,浮游植物丰度为(0.049～3.031)×10~4 cells/L,浮游植物的生长受控于SiO_3~(2–)-Si和PO_4~(3–)-P的几率较大;该海区共检出硅藻门27属37种,甲藻门7属8种,金藻门1属1种,主要优势种为骨条藻(Skeletonema sp.)、角毛藻(Chaetoceros sp.)、圆筛藻(Coscinodiscus sp.)等;盐度的大幅降低和丰富的营养盐、氨氮(NH_(4+)~(-N))和PO_4~(3–)-P浓度的显著变化可能分别是导致1、3月浮游植物多样性指数显著降低的主要原因;调查海区NH_(4+)~(-N)浓度和DIN/P值与浮游植物多样性指数均呈负相关关系,其中,非紫菜养殖区的负相关程度达到显著水平,而养殖区的负相关程度不显著,表明条斑紫菜(Pyropiayezoensis)养殖可能有利于降低该海域的NH_(4+)~(-N)水平和DIN/P值、提高浮游植物群落结构稳定性及物种多样性,从而有利于防止赤潮的发生。研究结果可为该海域环境保护、赤潮防治以及水产养殖活动的开展等提供基础数据。
关键词：
紫菜养殖 浮游植物 营养盐 分布
[期刊] 淡水渔业
[作者]
苏艳秋 罗国强 顾继锐 陶勇
为了解光合细菌(Photosynthetic bacteria)在水产养殖应用中的作用机制,采用PCR-DGGE技术研究不同浓度光合细菌对养殖水体和底泥两个微环境细菌群落的影响。结果显示:水样菌群和底泥菌群有显著差异,各聚为一簇,水样菌群多样性比底泥丰富且波动性更大,泥样菌群则相对稳定,受外源菌群影响较小;添加光合细菌可显著增加水体菌群多样性,促使SAR11族未培养α-变形菌等固有菌群数量增加,从而影响水样菌群结构;同一阶段不同处理水样菌群多聚在一起,显示出较高结构相似性,不同处理并未造成组间菌群结构明显差异;光合细菌投加12 d后出现浓度减少。鉴定分析发现水样中46个菌群归属21个属,底泥1...
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