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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
黄姣 霍锦倩 刘姣 祖尧 张庆华 李伟明 任建峰
建立肌型糖原磷酸化酶基因pygma和pygmb突变体斑马鱼疾病模型,对人类PYGM基因突变导致的糖原贮积症GSDⅤ(glycogen storage disease typeⅤ)的研究具有重要意义。利用CRISPR/Cas9技术成功地敲除了斑马鱼pygma和pygmb基因,分别获得pygma~((-11bp)-/-)和pygma~((+14bp)-/-)两种纯合突变体,以及pygmb~((+1bp)-/-)和pygmb~((-2bp)-/-)两种纯合突变体。过碘酸希夫糖原染色(periodic acidSchiff stain)实验显示pygma~(-/-)和pygmb~(-/-)纯合突变体心脏和肌肉组织出现明显的糖原累积。对野生型斑马鱼15个早期发育时间点以及12个成鱼组织中pygma和pygmb基因表达分析显示,pygma和pygmb早期发育阶段表达模式相似,从24hpf到125hpf,两基因表达量总体呈上升趋势;且pygmb的上升幅度大于pygma的上升幅度。在检测的12个组织中,pygma和pygmb只在少数几个组织中有明显表达。pygma在肌肉组织中表达最高,其次为心脏和皮肤组织;pygmb在心脏、脑、眼睛3个组织中高表达,在肌肉组织中也有表达,但表达量相对较低。斑马鱼pygma~(-/-)和pygmb~(-/-)突变体具有GSDⅤ病肌肉糖原累积的典型特征,该疾病模型的建立,为进一步研究糖原贮积症的发病进程、详细机制和药物筛选等治疗策略提供基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
李钰 何夙旭 张震 徐俐 丁倩雯 郭小泽 易敢峰 徐树德 马徐发 周志刚
近年来我国集约化水产养殖业发展势头强劲,而水产动物营养性疾病之鱼类脂肪肝的发病也逐渐迅猛起来,逐渐成为制约水产养殖业发展的因素之一,实验拟通过高脂饲料诱导建立斑马鱼营养性脂肪肝模型,为鱼类营养性脂肪肝相关研究工作的开展奠定基础。该实验分别以基础饲料和16%高脂饲料投喂1月龄斑马鱼,在投喂后第14、30、90天3个时间点取样,采用肝脏组织进行H.E染色、透射电镜、masson染色组织切片观察斑马鱼肝脏脂肪变性及纤维化程度;通过荧光定量PCR技术(q RT-PCR)检测斑马鱼肝脏脂合成及脂解相关基因:二酰甘油
关键词:
斑马鱼 高脂饲料 鱼类脂肪肝 肝纤维化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李燕群 钟萍 高志艳 朱柏羊 陈丹 孙昌辉 王平荣 邓晓建
【目的】对水稻斑马叶突变体zebra524进行表型鉴定和候选基因分析,为进一步探讨该基因功能及在农业生产上的应用奠定基础。【方法】用甲基磺酸乙酯(EMS)诱变粳稻品种日本晴建立突变体库,从突变体库中筛选得到1份苗期为斑马叶的突变体,该突变体被命名为zebra524。对突变体的表型进行系统观察,并调查其主要的农艺性状。然后,分别测量突变体苗期和孕穗期的叶片及灌浆期籽粒颖壳的光合色素含量。将突变体分别与正常绿色品种进行杂交,并调查杂交F1叶色表型和F2群体叶色分离情况。利用zebra524×冈46B的F2作为定位群体,对zebra524突变体进行基因定位和候选基因遴选,并进行DNA测序验证及编码蛋...
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
赵小倩 秦鹏 张菊平
性接触是性传播疾病的主要传播途径,通过性关系连接起来的一种社会关系而形成的性接触网络,在性接触网络上研究性传播疾病更加切合实际,建立的性传播疾病模型更加精确.因此,该文在性接触网络上考虑了含有异性恋的性传播疾病,建立了易感者-感染者-易感者(SIS)传播模型.利用网络上对逼近方法,将模型变为一个8维封闭常微分系统,计算出了模型的基本再生数R_0.当R_01时,获得了满足不同条件时正平衡点的存在性.并且满足一定条件时,系统会出现后向分支.最后,通过数值模拟验证了理论结果的正确性,为分析性传播疾病提供了理论依据.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
濮俊毅 黄新新 陆承平
【目的】猪链球菌2型(Streptococcus suis type2,SS2)菌株致病力各异,以斑马鱼为实验动物,建立了较为简便可靠的SS2致病力检测方法。【方法】选用1005尾AB系斑马鱼(Danio rerio)以检测SS2不同分离株的致病力。检测8株基因型均为mrp+ef+、对猪有致病力的SS2菌株。【结果】结果斑马鱼接种菌株12h后呈败血症病变,96h内对斑马鱼的半数致死量(LD50)在5.36×103至5.01×104cfu之间。上述接种菌株的斑马鱼均从体内重新分离到接种菌。同时检测1株基因型为mrp-ef-、对猪无致病力的SS2菌株,斑马鱼接种后96h内不表现任何病变,亦不出现死...
关键词:
斑马鱼 猪链球菌2型 半数致死量
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王岩 吴彪 刘志鸿 陈夕 于涛 王振原 孙秀俊 周丽青 郑言鑫
糖原直接影响牡蛎的风味和营养品质,常作为评价牡蛎品质质量的重要标准。近红外光谱模型可以实现糖原含量的快速准确检测。本研究以近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)为研究对象,采用微量蒽酮法、近红外技术分别获取了外套膜、鳃、闭壳肌、肝胰腺、唇瓣、性腺等6个组织及全部软体部混样共909份样品的糖原含量及光谱数据,结合最小二乘法建立了近江牡蛎6个组织及全软体部的糖原含量预测模型,并对该模型进行了外部验证和交叉验证。结果显示,所测样品光谱数据经一阶求导、乘法散射校正及平滑预处理后,建立的模型最优;所建立的7个模型的建模相关系数(R_(C))为0.9716~0.9963,其外部验证相关系数(R_(EV))以及交叉验证相关系数(R_(CV))分别为0.9490~0.9908和0.9694~0.9969,且模型交叉验证和外部验证的RPD值均大于2.5,表明所建立的模型能准确预测近江牡蛎相应组织样品的糖原含量。本研究建立的近江牡蛎糖原含量NIR分析模型,不仅丰富了牡蛎糖原含量检测方法的研究资料,还为实现近江牡蛎糖原成分的快速、准确测定提供了技术支撑,在近江牡蛎品质性状改良等领域具有重要的应用价值。
关键词:
近江牡蛎 近红外模型 冻干组织 糖原含量
[期刊] 统计与决策
[作者]
杨洋 宋向东 陆瑶 刘丽静
疾病地图经常应用于疾病地理分布的研究,由于相邻的区域之间,疾病相对风险比较相似,通常使用随机效应模型的方法,这样可以使估计值更为稳定。为进一步研究空间疾病风险的差异程度,我们提出了新的疾病风险结构模型,将离散的区域疾病风险连续化,并将模型建立在高斯随机场下,这样我们不仅可以估计每个区域个体的相对风险,还可以估计区域总体的疾病风险。
关键词:
疾病地图 高斯随机场 MCMC方法
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
田永胜 段会敏 唐江 陈张帆 马文辉 庞尊方 李文升 翟介明 毛东亮 王晓梅
表型数量性状对于鱼类分类、种质鉴别具有重要作用,表型性状中包含了丰富的遗传信息。利用多重比较、杂交系数比较、判别分析和主成分分析几种生物学多元统计方法,对云纹石斑鱼(♀)、鞍带石斑鱼(♂)及杂交后代"云龙斑"3个生物学群体的14个表型数量性状进行分析,结果显示:"云龙斑"与母本云纹石斑鱼在表型上的相似率达到27.27%,与父本鞍带石斑鱼的相似率达到54.54%。云纹石斑鱼与鞍带石斑鱼的相似率为54.54%。14个性状的平均杂交系数为76.01,证明杂交后代表型数量性状偏向于父本。通过判别分析和主成分分析筛
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
彭家宝 汪紫嫣 杨志刚 陈阿琴
Sirtuins (SIRT)是一类NAD+依赖性Ⅲ类去乙酰化酶家族,广泛参与生物体各项生理活动,特别是在卵巢发育方面发挥着重要作用。本研究运用生物信息学方法系统分析斑马鱼(Danio rerio) SIRT家族基因的染色体分布、基因结构、氨基酸序列、蛋白基序和保守结构域、理化性质、二级结构和三级结构及系统进化关系,并探究在卵泡不同发育时期的表达变化。结果显示,斑马鱼8个SIRT基因分布于斑马鱼的8条染色体上,序列长短不一,最长为SIRT6 (140 265 bp),最短为SIRT4 (7 101 bp),编码区为3~14个不等。斑马鱼SIRT氨基酸序列相似度较低,但都具有Sir2保守结构域和保守基序。斑马鱼SIRT蛋白均为亲水性蛋白,除SIRT3外,均为不稳定蛋白。亚细胞定位预测显示,斑马鱼SIRT家族蛋白主要定位于细胞质和细胞核。系统进化分析表明,斑马鱼SIRT1、SIRT2、SIRT3.2和SIRT4与金鱼(Carassius auratus)、青鳉(Oryzias latipes)具有共线性关系。蛋白互作网络(PPI)预测发现,SIRT蛋白与雌激素受体(ESR1)、叉头盒转录因子家族(FOXOs)、热休克蛋白家族(HSPs)、超氧化物歧化酶家族(SODs)等具有相互作用。实时荧光定量PCR分析显示,在卵泡发育过程中,SIRT1和SIRT2主要在卵黄发生中期(MV)表达;SIRT3和SIRT4主要在充分生长未成熟期(FG)表达;SIRT3.2、SIRT5、SIRT6和SIRT7主要在成熟期(GVBD)表达。本研究阐明了斑马鱼SIRT基因家族进化发育关系、结构功能特征以及在卵泡发育过程中的表达规律,可为进一步研究SIRT家族在鱼类卵泡发育过程中的作用提供参考。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
彭家宝 汪紫嫣 杨志刚 陈阿琴
Sirtuins (SIRT)是一类NAD+依赖性Ⅲ类去乙酰化酶家族,广泛参与生物体各项生理活动,特别是在卵巢发育方面发挥着重要作用。本研究运用生物信息学方法系统分析斑马鱼(Danio rerio) SIRT家族基因的染色体分布、基因结构、氨基酸序列、蛋白基序和保守结构域、理化性质、二级结构和三级结构及系统进化关系,并探究在卵泡不同发育时期的表达变化。结果显示,斑马鱼8个SIRT基因分布于斑马鱼的8条染色体上,序列长短不一,最长为SIRT6 (140 265 bp),最短为SIRT4 (7 101 bp),编码区为3~14个不等。斑马鱼SIRT氨基酸序列相似度较低,但都具有Sir2保守结构域和保守基序。斑马鱼SIRT蛋白均为亲水性蛋白,除SIRT3外,均为不稳定蛋白。亚细胞定位预测显示,斑马鱼SIRT家族蛋白主要定位于细胞质和细胞核。系统进化分析表明,斑马鱼SIRT1、SIRT2、SIRT3.2和SIRT4与金鱼(Carassius auratus)、青鳉(Oryzias latipes)具有共线性关系。蛋白互作网络(PPI)预测发现,SIRT蛋白与雌激素受体(ESR1)、叉头盒转录因子家族(FOXOs)、热休克蛋白家族(HSPs)、超氧化物歧化酶家族(SODs)等具有相互作用。实时荧光定量PCR分析显示,在卵泡发育过程中,SIRT1和SIRT2主要在卵黄发生中期(MV)表达;SIRT3和SIRT4主要在充分生长未成熟期(FG)表达;SIRT3.2、SIRT5、SIRT6和SIRT7主要在成熟期(GVBD)表达。本研究阐明了斑马鱼SIRT基因家族进化发育关系、结构功能特征以及在卵泡发育过程中的表达规律,可为进一步研究SIRT家族在鱼类卵泡发育过程中的作用提供参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
朱哲 胡沛男 李伟明 祖尧
转录因子TBX20在脊椎动物心脏的腔室发育和维护中起至关重要的作用。利用CRISPR/Cas9系统成功制备了斑马鱼tbx20突变鱼系,T7E1检测结果显示F_0敲除效率平均为42. 1%,测序分析F_1中突变种质遗传效率为36. 7%。F_2突变体中观察到心脏突变表型:48 hpf,心包腔肿大,静脉窦瘀血,环化异常,心脏结构变形; 3 dpf,心脏畸形拉伸成线状结构。原位杂交和qRT-PCR结果显示,突变体中vmhc表达上调,amhc和myl7表达下调。成功制备了斑马鱼tbx20突变体,结果表明tbx20纯合突变体心脏畸形,环化受到影响,为深入探究tbx20在早期心脏腔室分化过程中的作用奠定了基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
唐宇飞 刘晓红 常馨月 吴海珍 张元兴
为了研究白三烯B_4受体在斑马鱼发育和免疫中的功能,本实验利用RACE技术克隆得到了斑马鱼白三烯B_4受体样(BLT1-LikE)基因BLT1-LikE1和BLT1-LikE2的全长CDNA序列,其分别编码339和356个氨基酸。序列和结构分析发现,其编码的2个蛋白均属于G蛋白偶联受体家族视紫红质蛋白亚族,并具有典型的G蛋白偶联受体的特征,与人的BLT1同源度达31%以上。进一步将2个基因与绿色荧光蛋白融合表达,发现其具有较好的细胞膜定位功能;WEsTERN印迹检测也证实,重组表达细胞的全细胞蛋白可与人源BLT1的多克隆抗体发生特异性相互作用。此外,荧光定量PCR分析结果显示,在斑马鱼幼鱼发育...
关键词:
斑马鱼 BLT1 基因克隆 基因表达
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
庞利铮 成仿云 钟原 蔡长福 崔虎亮
在紫斑牡丹主栽区甘肃筛选出一个由150株实生单株组成的关联分析群体,在对共计32个性状进行调查的基础上,对表型进行了变异统计分析、主成分分析和相关性分析。结果表明:该群体22个数量性状变异极显著(P<0.01),性状变异系数为10%~30%;10个分类性状变异类型丰富,表型变异在紫斑牡丹中具有代表性;主成分分析表明枝芽性状和叶片长度是主要的性状变异,表型变异在群体内分布均匀、无明显层次结构,但性状间存在不同层次的相关性。上述结果表明该群体是进行紫斑牡丹关联分析研究的理想群体。
关键词:
紫斑牡丹 关联分析 关联群体 表型 变异
[期刊] 管理评论
[作者]
孙彩虹 张博舒
本文利用多主体建模和社会网络理论构建了一个疾病传播与控制计算实验框架,并提出一个基于传播扩散力的疾病传播控制模型。在给定初始传染源的情景下,模拟疾病在网络上的传播过程,构建传染树,并提出一种基于传播扩散力的目标免疫算法。通过大量仿真实验发现,本文提出的目标免疫算法可针对传染源及其所处的网络位置和网络结构,识别出疾病传播中的关键路径和关键节点,及时有效地为疾病控制应急管理提供决策支持依据。
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