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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
苏天凤 江世贵 张殿昌 周发林 黄建华 朱彩艳 杨丽诗
对捕自粤东海域的47尾野生褐菖鲉Sebastiscus marmoratus线粒体DNA控制区序列进行了扩增和序列变异分析,并结合GenBank中10种其他平鲉亚科的同源序列,分析了平鲉亚科的分子系统。结果表明,所获序列长度在538~544bp之间,具69个碱基替换位点和36个插入/缺失位点;控制区碱基组成中,A、T、C、G含量分别为34.5%、29.0%、15.8%、20.7%。共检测到38个单倍型。该种群的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.978和0.0192。以鲉亚科棘鲉Hoplosebastes armatus作为外群构建的分子系统树显示,褐菖鲉为11种平鲉亚科中较早...
关键词:
褐菖鲉 线粒体DNA 遗传变异 分子系统
[期刊] 水产学报
[作者]
李玉龙 王彬 王爱勇 于旭光 李轶平 韩振华 付杰 董婧
为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区序列片段长度为557558 bp,其A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为34.3%,29.7%,14.1%,21.9%。在控制区序列片段中,共检测到16个多态性核苷酸位点,定义了16种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(π=0.0032±0.0021,h=0.70
[期刊] 华北农学报
[作者]
涂剑锋 徐佳萍 王洪亮 李一清 邢秀梅
为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0. 600~0. 959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0. 006 3~0. 012 6)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST> 0. 5、基因流Nm
[期刊] 水产学报
[作者]
丁奎 张辉 张秀梅 宋娜 高天翔
为研究许氏平鲉养殖群体与野生群体遗传结构及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得许氏平鲉线粒体DNA控制区高变区片段,并对其进行比对分析。结果显示,在长度为451 bp的线粒体控制区片段中,养殖群体单倍型多样度(0.540±0.067~0.815±0.021)明显低于野生群体(0.883±0.053~0.944±0.028),而核苷酸多样度(0.001±0.001~0.007±0.004)与野生群体(0.004±0.003~0.007±0.004)相差不大,遗传多样性水平均较低。在52个单倍型中,养殖群体仅占12个,且有6个单倍型与野生群体共享。群体间遗传分化指数和AMOVA分析结果显示,养殖群体...
[期刊] 水产学报
[作者]
宋娜 高天翔 王志勇
采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指...
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 高兵兵 李忠炉 单斌斌 宋娜
物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个单倍型,其中共享单倍型7个;单倍型多样性指数的范围为0.61±0.12~0.86±0.05;核苷酸多样性指数的范围为0.003 3±0.002 4~0.005 3±0.003 4;32个单倍型构建的邻接关系树和最小跨度树均可分为2个单倍型类群,单倍型类群A共有22个单倍型,全部由海南文昌和三亚新村群体构成,单倍型类群B共有10个单倍型,除Hap13外,其余全部由台湾新竹群体构成;台湾新竹群体与海南2个群体之间存在显著差异,但海南文昌群体和三亚新村群体之间无显著差异;中性检验与核苷酸不配对分布分析的结果均显示,短棘鲾2个单倍型类群可能发生了群体扩张事件,扩张时间分别为52 500~105 000和67 600~135 200年前。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 李杰 尹飞 彭士明 柳敏海 施兆鸿
利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量。30条线粒体控制区序列共定义了11个单倍型,存在27个多态性位点,产生27个突变。其中,包含简约信息位点13个,发生转换7次,颠换1次,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.892,核苷酸多样性(Pi)为0.013 8,平均碱基差异(K)为6.473。采用邻接法(Neighbor-joining,N...
关键词:
条石鲷 线粒体控制区 遗传多样性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
郑德锋 赵金良 周文玉
采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼Collichtysiucidus南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼的mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778~782bp,序列长度变异主要是由位点的插入或缺失造成,识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1、CSB2、CSB3序列。共检测到多态位点66个,占全部序列的8.44%,检测到单倍型33种,平均单倍型多样性(Hd)为0.9347±0.0175,平均核苷酸多样性(π)为0.0175±0.0023。棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K2-P)为0.0017~0.0228,群体间的遗传距离为0.0023~0.0433...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
冯冰冰 李家乐 牛东红 陈琳 周志强 郑岳夫 郑凯宏
通过对我国四大海域野生三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个群体线粒体DNA控制区基因片段进行扩增和测序,得到长度为530 bp的片段。分析结果表明:83条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为36.6%、16.1%、36.6%、10.7%。共检测到91个变异位点,其中缺失/插入位点2个,转换位点76个,颠换位点3个,转换、颠换同时存在位点10个。83个个体具有66种单倍型(hap lotype),单倍型比率为79.5%,对9个群体用MEGA3.1构建NJ分子树,聚类结果显示黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚在了一起,南海3个群体相对遗传距离...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李隐侠 李齐发 刘振山 赵兴波 潘增祥 孙源荣 徐银学 谢庄
根据家犬线粒体基因组DNA序列设计引物,获得了藏獒(Tibetan mastiff)线粒体DNA D-loop区全序列,并以灰狼、郊狼作为外类群对藏獒、家犬亚种内6个大型家犬品种进行了系统发育分析。试验结果发现:藏獒线粒体DNA D-loop区序列全长1250 bp,与家犬源序列的同源性为96.06%,其中有20个碱基缺失;系统发育分析发现藏獒、家犬亚种内6个大型家犬品种与灰狼聚为一大类,而郊狼自成一类,说明藏獒与其他家犬品种一样起源于灰狼,是家犬亚种内的一个品种,在分类地位上隶属于食肉目、犬科、犬属、狼种、家犬亚种;在家犬亚种内,藏獒与英国牧羊犬、兰伯格犬聚为一类,而德国牧羊犬与瑞典猎鹿犬、...
[期刊] 水产学报
[作者]
左艳玲 林岳光 梁晓旭 马天峰 庆宁
采用DNA序列分析方法,分析拟平鳅不同地理种群间的遗传变异和亲缘关系。共检测了12条水系87尾拟平鳅的mtDNA控制区序列,在477bp片段中有95个核苷酸变异位点,其中39个单个多态位点,56个简约信息位点。系统发育分析(NJ)结果显示,华南西部沿海地区拟平鳅20个单倍型分成3支;分支I由广东西部独立入海水系和珠江水系的种群组成,分支Ⅱ由广西东部独立入海水系和海南岛昌化江的种群组成,而海南岛的万泉河和南渡江种群聚合成分支ⅡI。表明海南岛不同水系的拟平鳅已经发生了遗传分化,一部分与广西的种群相似,另一部分是海南特有的。3个分支内的变异率(0.583%~1.775%)都明显小于各分支间的变异率(...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 张海强 蔡生力 戴习林
运用线粒体DNA(mt DNA)控制区部分基因序列测序技术对6个凡纳滨对虾养殖群体(S1、S2、G1、G2、K1和SG)的遗传多样性和系统进化关系进行了分析。结果显示,在检测到的146个单倍型中,144个为单群体特有,其余两个为群体S1和S2共享。6个群体的单倍型多样性(HD)为0.42–0.99,核苷酸多样性(π)为0.00–0.08,其中,单倍型多样性最高的是群体K1(HD=0.99±0.01),核苷酸多样性最高的是群体S2(π=0.08±0.04)。综合考虑,遗传多样性最低的为群体S1(HD=0.42±0.08,π=0.00),遗传多样性最高的是群体S2(HD=0.88±0.02,π=0...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
海萨·艾也力汗 郭焱 孟玮 杨天燕 阿达可白克·可尔江
为了解塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)种群遗传多样性和遗传结构,本研究分析了库玛拉克河(KMlK)、木扎提河(Mzt)、塔什库尔干河(tSKEG)、喀拉喀什河(KlKS)、玉龙喀什河(YlKS)、克孜勒苏河(KzlS)、车尔臣河(cEc)7个群体共143个线粒体控制区序列变异个体,获得了39个单倍型。其中,cEc群体与其他群体间遗传分化显著,无共享单倍性。群体间遗传差异的分子变异分析表明,在所有群体中大多数的变异来源于群体间;而排除cEc群体后,大多数变异则来源于群体内(81.01%),群体间的遗传变异小(16.68%)。塔里木裂腹鱼不同群体间的基因流(NM)为0....
[期刊] 水产学报
[作者]
张辉 高天翔 庄志猛 金显仕
比较分析了中国对虾养殖群体与野生群体mtDNA控制区序列。研究结果显示,在长度为563bp的mtDNA控制区片段中,中国对虾养殖群体与野生群体序列间存在一定程度的遗传差异。野生群体的基因多样度为0.9672,略高于养殖群体(0.9380),两群体间未检测到共享单倍型;野生群体mtDNA控制区核苷酸多样度为0.0106,养殖群体核苷酸多样度为0.0094,略低于野生群体的核苷酸多样度。基于K-2P模型计算得到中国对虾两群体间的平均遗传距离为0.0108,野生群体个体间平均遗传距离为0.0107,养殖群体个体间平均遗传距离为0.0095;单倍型最小跨度树和NJ系统树均未检测到显著的谱系结构。确切P...
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
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