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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张平 马晓乾 马玲
将榛实象甲成虫饲喂含有1.8×10~8 CFU·mL~(-1)粘质沙雷氏菌的榛叶后取样,使用针对16S rDNA V3-V4区域的Illumina MiSeq平台对样品中肠细菌进行测序,并比较所有样品中肠细菌群落的组成和结构.结果表明:粘质沙雷氏菌改变了榛实象甲成虫中肠细菌群落结构,变形菌门比例显著上升,放线菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门比例显著下降;健康雌、雄虫中肠细菌群落结构简单,无明显差异.
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨移斌 艾晓辉 曹海鹏 杨先乐 姚嘉赟 沈锦玉
对患病中华鳖(Trionyn sinensis)进行病原分离、鉴定及药敏实验。从患病中华鳖肝、肾、脾及腹水分离纯化病原菌,经理化特性测定及16S rRNA序列分析对其进行鉴定,开展人工感染试验,并利用K-B进行药敏特性分析。结果显示分离菌株HD01为本次引发中华鳖病害的病原菌,其对中华鳖的LD50为4.48×106CFU/g。HD01株理化特性与粘质沙雷氏菌一致,16S rRNA序列与粘质沙雷氏菌同源性为99%,综合判定分离菌株为粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)。HD01株对氟苯尼考
[期刊] 林业科学
[作者]
翟婉璐 钟哲科 高贵宾 杨慧敏
【目的】研究覆盖对雷竹林土壤细菌群落结构及多样性的影响,为科学评价该种植模式的生态风险提供科学依据。【方法】调查并采集不同覆盖年限(0、3、6、9、12年)雷竹林土样,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析16S rDNA土壤细菌基因V3-V4区域,鉴定细菌类群,并结合测定土壤的N、P和有机质等化学指标分析覆盖经营土壤细菌群落结构演变及多样性影响。【结果】1)测序共获得598个OTUs,计280 548条读数,平均读长453.5 bp。调查林地土壤细菌优势门为变形菌门、酸杆菌门和放线菌门(平均
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李蒋伟 侯生珍 王志有 桂林生
【目的】本文旨在研究饲粮精粗比例对藏羔羊小肠细菌多样性的影响。【方法】选取210只早期断奶藏羔羊,随机分为7组,每组30只,分别给以精粗比例为80∶20、70∶30、60∶40、50∶50、40∶60、30∶70、20∶80的基础饲粮,预饲期10 d,试验期90 d。试验结束后,每组随机选择3只试验羊屠宰,采集小肠食靡样品,通过ITS高通量测序技术测定空肠细菌丰度及多样性指数。【结果】(1)Ace、Chao1指数变化趋势相似,精粗比40∶60组显著高于其余各处理组;各处理组间和组内Beta多样性没有明显差异(P>0.05)。(2)对门水平细菌分布前十菌群门类进行显著性分析,各处理组优势菌门均为变形菌门,其丰度均大于30.7%,且60∶40组远高于其余各组(P0.05);30∶70组厚壁菌门丰度显著高于其余各处理组(P<0.05);80∶20、50∶50组软壁菌门丰度显著高于其余各组(P<0.05);芽单胞菌门和绿弯菌门分布趋势相似,均为60∶40组显著高于其余各组(P<0.05),且随着精粗比变化有先升高后降低的趋势。(3)科水平下:鞘脂单胞菌科为优势菌科,且60∶40组丰度高于其余各处理组(P0.05),但80∶20、70∶30组分别有个体支原体菌科占据小肠细菌90%以上;80∶20组Pyrinomonadaceae最高(P<0.05),且有随精粗比降低而丰度下降的趋势;黄色杆菌科30∶70组显著高于其余各处理组(P<0.05);毛螺旋菌科40∶60组高于其余各组(P<0.05),芽单胞菌科和噬几丁质菌科的丰度随着精粗比的增高,且在60∶40组时达到最高值(P<0.05)。(4)小肠细菌功能基因集中于46个代谢途径,多集中于氨基酸代谢方面、碳水化合物代谢、生物膜转运等方面。【结论】探索了不同精粗比饲粮肠道微生物的组成和结构变化。在本试验条件下,随着饲粮精粗比变化,小肠微生物多样性和丰度均呈现不同程度变化,群落组成与结构也有相应的变化;当饲粮精粗比为60∶40时小肠微生物更适合定植生长。
关键词：
精粗比 藏羔羊 小肠微生物
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
熊慧 黎丹 梁国辉 王智 魏宝阳
采用16S r DNA分子生物学分析方法,分别对试验组(喂食含Cry1Ab蛋白培养基上饲养的果蝇)和对照组(喂食普通培养基上饲养的果蝇)的拟环纹豹雌、雄蛛肠道细菌进行分析。发现,拟环纹豹蛛肠道细菌丰富,雌蛛肠道细菌丰富度大于雄蛛肠道细菌丰富度;优势菌属分别是短杆菌属(Brevibacterium)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、德沃斯氏菌属(Devosia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、Leucobacter、杆菌属(Brachybacterium)、梭菌属(Clostridium);Bt蛋白对拟环纹豹蛛肠道细菌多样性有一定的影响,对放线菌属(Actinomycetes)的影响最小,对乳杆菌属(Lactobacillus)和梭菌属(Clostridium)的影响较大。
关键词：
拟环纹豹蛛 Bt蛋白 肠道细菌 多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
曹辉 李燕歌 周春然 宁留芳 杨洪强
【目的】根区土壤微生物是影响根系环境的重要因素，炭化苹果枝是废弃果树枝条低氧高温热解产物，研究施用炭化苹果枝对苹果根区土壤细菌和真菌的群落结构及其多样性的影响，为炭化苹果枝的合理应用以及改善果园土壤生物学性状提供理论依据。【方法】在春季，将长势一致的２年生‘富士’苹果幼树（砧木为平邑甜茶）移栽到含有不同质量比（０—４％）炭化苹果枝的盆栽土壤中，于移栽１２０ ｄ后采集土样，提取基因组ｄＮＡ，通过ＰＣＲ扩增建立文库，利用Ｍｉｓｅｑ平台ｉｌｌｕＭｉＮＡ第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学分析土壤细菌１６ｓ Ｒ ＲＮＡ基因Ｖ３＋Ｖ４区域和真菌ｉＴｓ１区域的丰富度和多样性指数以及群落结构。【结果】从．．．
[期刊] 草业科学
[作者]
邓錡璋 王绍明 邱成书 刘红玲
为揭示大田中丛枝菌根(AM)真菌对植物根围细菌群落的影响，本研究以甘草(Glycyrrhiza uralensis)为对象，设置接种摩西球囊霉(Glomus mosseae)、接种根内球囊霉(Glomus intraradices)和不接种对照(CK) 3个处理进行田间试验，采用高通量测序技术分析不同接种处理之间细菌群落多样性、结构、功能和形成差异的驱动因子。研究结果表明，接种AM真菌(Gi和Gm)显著改变了土壤养分含量，接种后速效磷含量和pH显著高于CK处理(P <0.05)，但Gi中糖类物质代谢和脂质代谢的功能菌的相对丰度显著低于Gm和CK，这表明Gi可能会抑制土壤糖类物质代谢和脂质代谢，并且AM真菌接种可能是通过影响甘草根围磷的有效性从而影响土壤细菌群落的分布。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
牛洪涛 李陆逸 刘宝生 郭慧芳
为明确粘质沙雷氏菌Ｓ－ＪＳ１对甜菜夜蛾和斜纹夜蛾致病力的温度效应，采用饲毒法测定了该菌在不同使用温度和培养温度下的杀虫活性。结果表明，在２２～３１℃的使用温度范围内，粘质沙雷氏菌Ｓ－ＪＳ１对甜菜夜蛾和斜纹夜蛾３龄幼虫的致病力呈正温度系数，但在３１～３４℃，对甜菜夜蛾的致病力下降，呈负温度系数。对于２２～３４℃的培养温度，２８℃培养的粘质沙雷氏菌ＳＪＳ１对甜菜夜蛾和斜纹夜蛾致病力最高。因此，在一定的培养温度范围内，随着温度的升高，该菌对甜菜夜蛾和斜纹夜蛾致病力与温度先呈正相关，到达最佳致病力温度后再呈负相关。
[期刊] 草业科学
[作者]
李腾飞 刘崇义 靳旭妹 曹馨悦 陈新义 王莹莹 龙明秀
利用渭北果园行间种植的优质牧草,研究不同配比混合干草对奶山羊公羔瘤胃及肠道细菌微生物区系的影响,为渭北旱塬"果–草–畜"生态种养循环模式提供理论基础。选择24只2月龄体重相近且健康的萨能奶山羊公羔,随机分成4组,每组3个重复,每个重复2只羊。以当地传统饲喂方式为对照组(CK),主要为农作物秸秆[玉米(Zea mays)秸秆和小麦(Triticum aestivum)秸秆]、紫花苜蓿(Medicago sativa)和少量田间杂草;3个处理组,分别由两种干草按1:1的比例混合组成,即紫花苜蓿+燕麦(Avena sativa)混合干草(Ⅰ组)、紫花苜蓿+多年生黑麦草(Lolium perenne)(Ⅱ组)、毛苕子(Vicia villosa)+多年生黑麦草(Ⅲ组),饲喂85 d后进行取样测定。利用16S rDNA技术对瘤胃和盲肠细菌组成进行测定分析。结果显示:1)与CK组相比,Ⅱ组可以显著提高羔羊肠道菌群Alpha多样性(P 0.05)。2)在肠道细菌相对丰度中,3个处理组厚壁菌门相对丰度显著高于CK组(P <0.05)。综上,饲喂不同果园混合干草可以提高羔羊胃肠道细菌群落多样性,增加胃肠道中有益细菌的丰度,减少致病菌的丰度,促进羔羊健康,其中以紫花苜蓿+多年生黑麦草混合干草效果最佳。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
汪毅 闫明磊 李航 黄旭雄 李松林
以商品饲料为对照组(A组)、喷涂市售光合细菌菌液(B组)、红假单胞菌菌液(C组)和红螺菌菌液(D组)饲料为试验组,研究饲料喷涂不同光合细菌对凡纳滨对虾幼虾[(1.21±0.24) g]生长、肝胰腺消化酶活性及肠道微生物群落组成的影响。结果显示:光合细菌处理组(B、C和D组)的增重率高于对照组,但差异不显著(P>0.05); C组和D组对虾肝胰腺淀粉酶活力显著高于对照组(P0.05)。高通量测序结果表明,随着对虾的生长,其肠道微生物丰富度和多样性均提高。摄食喷涂光合细菌饲料后对虾肠道γ-变形细菌纲所占百分比减少,其中C组和D组γ-变形细菌纲比例显著低于对照组(P<0.05)。各组对虾肠道中检测到的占比大于0.5%的主要微生物属有9个,分别为希瓦氏菌属(Shewanella)、气单胞菌属(Aeromonas)、嗜冷菌属(Algoriphagus)、纤维弧菌属(Cellvibrio)、GpXIII、小梨形菌属(Pirellula)、浮霉状菌属(Planctomyces)、假单胞菌属(Pseudomonas)和红细菌属(Rhodobacter)。使用光合细菌没有显著改变对虾肠道微生物群落的整体丰富度和多样性,但在一定程度上丰富对虾肠道微生物属水平的组成。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
余宙 贺韶韶 庄浩楠 袁格格 陈功 于欢
‘BLTY’品系辣椒叶片对1～3龄斜纹夜蛾幼虫有较高的胃毒性。为进一步探明这种胃毒性与肠道细菌群落结构及多样性的相关性，利用illuminationHiSeq技术对斜纹夜蛾3龄幼虫取食胃毒性的‘BLTY’品系、无毒性的‘FXBX’辣椒及人工饲料后肠道细菌16S rRNA的特异性区域进行测序，应用Usearch和R语言软件分析其肠道细菌群落结构、物种丰度及多样性的差异。结果表明，厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为斜纹夜蛾3龄幼虫肠道细菌的共有优势菌门。相较于取食无胃毒性的‘FXBX’辣椒叶片和人工饲料，取食‘BLTY’ 品系辣椒叶片的肠道菌群Alpha多样性指数显著上升，菌群组成和结构差异显著。在门水平上，变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度升高；在属水平上，有益菌肠球菌属（Enterococcus）相对丰度降低，而致病菌沙门氏菌属（Salmonella）、布鲁氏菌属（Brucella）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）相对丰度显著升高。KEGG代谢差异分析发现，取食‘BLTY’品系辣椒会使肠道细菌外源化合物的生物降解和代谢通路的相对丰度显著上升。以上结果说明斜纹夜蛾在取食‘BLTY’ 品系辣椒后肠道细菌群落结构和多样性均发生变化，即有益菌的相对丰度下降，而致病菌的相对丰度上升。
关键词：
辣椒 斜纹夜蛾 抗性 肠道细菌 菌群结构
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙藤芹 汪文俊 梁洲瑞 刘福利 孙修涛 曹原 王飞久
采用基于16S rDNA的高通量测序技术对山东长岛紫菜养殖区的细菌多样性分布进行了研究,并与环境因子进行关联分析,以探究紫菜养殖对环境的影响。结果显示,长岛海区水环境细菌多样性较丰富,呈现由近岸区(CDCNS)、养殖区(CDPF)、外海区(CDCOS)递减的趋势。分别基于所有细菌组成以及相对丰度最高的前20个属/种的聚类结果均显示,CDCNS和CDCOS区聚在一起,明显区别于CDPF区。CDPF区的特异优势菌包括鼠尾菌属(Muricauda)、假单胞菌属(Pseudomonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、赤杆菌属(Erythrobacter)、海杆菌属(Marinobacter)。3个区域均未检测到河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonastetraodonis)、柠檬假交替单胞菌(Pseudoalteromonas citrea)等疑似紫菜致病菌。溶解氧(DO)和pH呈现由近岸向外海逐渐降低的趋势,总颗粒悬浮物(TSS)反之。CDPF区氨氮(NH_4~+-N)含量最低,盐度最高。关联分析发现,环境因子与环境微生物之间具有一定的相关性,如嗜氨菌属(Ammoniphilus)的丰度与NH_4~+-N浓度具显著正相关性,CDPF区最低,CDCOS区最高;盐单胞菌属的分布与盐度具显著正相关性,CDPF区盐单胞菌属含量显著高于其他2个海区。研究表明,紫菜养殖海区细菌群落结构特征与环境因子具有关联性,其间的互作机制尚需进一步深入研究。
[期刊] 林业科学
[作者]
贾若峰 谷奇 孙一鸣 陆鹏飞 俱世博 乔海莉
【目的】从肠道细菌多样性角度探究光肩星天牛幼虫对传统抗性树种洋白蜡的适应性原因。【方法】基于16S rDNA高通量测序技术，分别对用洋白蜡、旱柳饲喂的光肩星天牛幼虫肠道细菌进行了分子鉴定及多样性分析；然后通过富集培养，从未经饲喂的幼虫中筛选出了31株纤维素降解细菌，以透明水解圈直径（D）/菌落直径（d）为标准初步测定了各菌株纤维素降解能力；对降解能力最强的4个菌株进行了滤纸复筛试验。【结果】使用洋白蜡饲喂后，厚壁菌门、芽孢杆菌纲、乳杆菌目、链球菌科、乳球菌属为优势类群；使用旱柳饲喂后，厚壁菌门、芽孢杆菌纲、乳杆菌目、肠球菌科、肠球菌属为优势类群；变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌目、肠杆菌科、拉乌尔菌属在两者中都为优势类群。两者肠道细菌群落最显著的差异在于，取食洋白蜡幼虫链球菌科、乳球菌属相对丰度显著高于取食旱柳的幼虫，而肠球菌科、肠球菌属相对丰度显著低于取食旱柳的幼虫。直接取食洋白蜡枝干的幼虫肠道纤维素降解细菌种类丰富，隶属于4门、5纲、5目、7科、7属，15种；优势属包括微杆菌属、纤维单胞菌属、假单胞菌属；其中纤维素降解能力最强的4个菌株分别为2株假单胞菌和2株产黄纤维单胞菌；二者在滤纸复筛试验中显著地分解了滤纸，进一步验证了其良好的纤维素降解能力。【结论】在取食洋白蜡光肩星天牛幼虫肠道中，链球菌科、乳球菌属为优势类群，可能发挥重要功能但不直接降解纤维素；放线菌门下的微杆菌属、纤维单胞菌属和变形菌门下的假单胞菌属非优势类群但纤维素降解能力强，可能发挥降解纤维素的功能；上述菌群共存于光肩星天牛肠道，参与其适应洋白蜡的过程。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
林耀奔 叶艳妹 刘书畅 杨建辉
为了研究不同农地整治措施对土壤细菌的影响,通过高通量测序技术,对不同农地整治措施下土壤细菌多样性与种群结构进行对比分析。结果表明:(1)从细菌多样性来看,实施农地整治的样点土壤细菌多样性显著提高;(2)从细菌种群结构来看,实施田块归并、平整土地、筑造沟渠以及土壤培肥等措施有效提高了甲基暖菌属(Methylocaldum)、亚硝化单胞菌(Nitrosomonas)、脱硫线菌属(Desulfonema)等有益菌属的丰度;(3)通过与土壤环境因子的相关性分析,酸碱度、铜和铅含量是影响农地整治区土壤细菌多样性与结构的重要因素。该研究证实了农地整治对提高土壤细菌多样性和改善土壤质量的重要作用,也为农地整治工作的开展提供了科学依据。
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