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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
侯建文
杆状病毒作为生物杀虫剂具有安全、持效、不易产生抗药性等优点，而杆状病毒－昆虫细胞表达系统具有产量高、易控制、相对安全等优点，目前已有数百种外源蛋白在杆状病毒－昆虫细胞系统中表达。国外已报道了苜蓿银纹夜蛾核多角体病毒（ＡｃＮＰＶ）１３１．９ｋｂ［１］、...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
潘梦 付余 王笑言 徐永亮 杨汉春 张大丙
为揭示国内新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组3′末端的序列特点,用3′RACE和RT-PCR克隆DHV分离株C-GY株的基因组3′末端序列,并以GenBank中已知全序列的22株DHV作为参照,进行比较分析。结果表明,C-GY株基因组3′末端包含1 359 nt的3D、终止密码子TAA3、66 nt的3′UTR和15 nt的poly(A)。与其他DHV相同之处:C-GY的3D蛋白含453个氨基酸,亦包含小RNA病毒RNA聚合酶的5个特征基序。C-GY的3′UTR长度与台湾新型DHV相同,仅比韩国新型缺少1个C,但比DHV血清1型(DHV-1)长52 nt。分析3D和3′UTR核苷酸序列,可见C-G...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
兰涛 段远霖 吴为人 汪斌 周元昌 李生平 刁志娟
根据大米草Na+/H+泵基因已克隆的一段基因组DNA序列的保守区设计引物,利用RACE技术,从大米草中分离并克隆出Na+/H+泵基因的一段cDNA片段,长度为793 bp.该cDNA片段编码区推导出的氨基酸序列在NCB I网站上BLAST,结果显示该氨基酸序列与多种植物的Na+/H+泵的C端氨基酸序列相似.该结果可以推断所克隆的cDNA片段为大米草Na+/H+泵基因的3′端.将该cDNA对应的氨基酸序列与以前克隆的大米草Na+/H+泵基因的一段DNA所对应的氨基酸序列拼接,然后与多种植物的Na+/H+泵进行对位排列.结果显示,该氨基酸序列与芦苇、水稻、小麦、大麦、玉米、拟南芥和滨藜等植物的Na...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李萌 张雅林 王敦
棉铃虫核型多角体病毒(HearNPV)ORF44是一个功能未知的基因,研究对HearNPV ORF44基因的序列及原核表达进行了初步研究。结果表明,HearNPV ORF44基因全长1 137 nt,编码378aa,预测编码蛋白分子量为42.7 ku。序列分析显示,ORF44具有双相启动子特征序列,同时兼有杆状病毒早期和晚期基因转录启动子特征序列。ORF44的推导氨基酸序列中含有1个强跨膜螺旋区域,32个磷酸化位点和4个糖基化位点。除HzNPVORF45外,未发现与ORF44氨基酸同源性高于30%的基因。构建了pET-44表达载体,并在大肠杆菌BL21中得到了高效表达,表达的融合蛋白分子量为4...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王磊 钟鸣 郭志富 张丽 张佳 赵莉 李浩戈
采用改良的RT-PCR及5′RACE法,成功地克隆了朝鲜碱茅甜菜碱醛脱氢酶(BADH)基因cDNA 5′端序列,与已知序列拼接,获得了BADHcDNA全长1781bp,包含一个完整的开放阅读框(ORF),编码506个氨基酸。其含有醛脱氢酶高度保守序列VT/SLELGGKSP,及其后29位与酶功能有关的Cys。多序列比对和系统进化分析表明,朝鲜碱茅BADH与大麦BBD1同源性最高,并构建了PBI121-BADH植物表达载体。
[期刊] 水产学报
[作者]
范武江 李思发 王兵 孟庆辉
为探讨尼罗罗非鱼、萨罗罗非鱼及其杂交子代(Oreochromis niloticus ♀× Sarotherodon melanotheron ♂)IGF-Ⅰ基因结构差异,研究IGF-Ⅰ基因与此3种基因型罗非鱼耐盐性能差异之间的关系,通过3′-RACE的方法,从鳃的总RNA分别获得其IGF-Ⅰb基因的部分cDNA序列,长度分别为1076bp、1075bp和1079bp,包含完整的开放阅读框(ORF)546bp、一个终止密码及含polyA信号的3′UTR;ORF编码182个氨基酸,包括信号肽(44aa),成熟肽B区(29aa)、C区(10aa)、A区(21aa)、D区(8aa)及编码70aa的E...
[期刊] 华北农学报
[作者]
石生林 刘彦群 潘敏慧 鲁成
为丰富柞蚕核型多角体病毒分子生物学基础,通过PCR扩增克隆了ApNPVp11基因并进行了序列的生物信息学分析。ApNPVp11基因编码102个氨基酸,预测分子量11.2 kDa;氨基酸序列N端1~33位是信号肽序列,中部50~72位是跨膜区。PSI-BLAST搜索表明有20种核型多角体病毒编码蛋白与ApNPV P11蛋白有显著性匹配;比对分析发现P11蛋白氨基酸序列中部相对保守,两端变异较大。进化分析表明ApNPV属于NPV类群I且与EppoNPV、AgMNPV、CfDefNPV亲缘关系较近。
关键词：
杆状病毒 p11基因 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
罗辑 周国英 朱积余
油桐尺蛾核型多角体病毒广西株基因组序列由Sanger测序的方法得到。拼接后获得了121 268 bp序列,GC含量为36.76%。以长度不小于50 aa的序列认定为功能基因,共预测到131个开放阅读框,通过Blast比对,其中87个能注释到功能基因。对基因组序列进重复序列分析,共发现SSR位点174个,同源重复序列1个。在SSR位点中,包含6种长度的重复基序,且以富含AT的重复基序为主。同源重复序列两端为一59 bp片段或其一部分组成的重复序列,两端分别重复12次和7次,中间则为一段与重复片段无关的236 bp片段。与武汉株相比,广西株病毒在37个核心基因中有4个存在蛋白序列长度上的差异,而在...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
常润磊 林同 张宇宏 张琪 温秀军
【目的】测定同安钮夜蛾核型多角体病毒(OpdiNPV)pst I-G片断的序列,了解OpdiNPV的遗传结构和与其它昆虫病毒的进化关系。【方法】用pstⅠ酶切病毒基因组,电泳分离并回收pst I-G片段,连接到PUC18,转化入E.coli DH 5α,挑取阳性菌落测序。【结果】该片段长度为5056bp,有4个ORF,分别编码ODV-E66的C末端(EU 623602),P87/VP80的C末端(EU 732665),ODV-Ec43(EU 617337)和Ac108(EU 732666)。ac108基因和odv-ec43起始密码子上游都有1个晚期启动子结构域TAAG,odv-ec43基因起始...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘福秀 阮小蕾 何云蔚 李华平
【目的】了解水稻瘤矮病毒(RGDV)基因组结构与功能。【方法】根据已报道的RGDV基因组各片段末端序列及其反向重复特性,采用4轮RT-PCR的方法扩增RGDV基因组第6片段(S6),用生物学软件进行序列分析。【结果】得到了该病毒S6的全序列。S6全长1651bp,G+C含量39.13%,包含一个长的ORF,起始于第25位,终止于第1497位,编码490个氨基酸,分子量为53.3kD。【结论】该蛋白与伤瘤病毒(WTV)的P7的相似性为30.0%,与水稻矮缩病毒(RDV)的P7的相似性为31.7%。这是RGDVS6全序列的首次报道。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱姗颖 王文兵 朱江
目的对豆天蛾核型多角体病毒(CbNPV)的gp41同源基因进行克隆和序列分析,为进一步研究该病毒基因组的结构打下基础。方法从豆天蛾幼虫尸体中分离纯化了豆天蛾核型多角体病毒,提取其基因组DNA,用shotgun法构建了DNA片段的文库,并进行了全基因组测序。对CbNPV的gp41同源基因进行序列分析。结果CbNPV的gp41同源基因长度为933bp,编码310个氨基酸。氨基酸序列同源性分析结果表明,CbNPVGP41与I类NPV及II类NPVGP41的同源性分别为53%～61%和56%～73%。结论初步推测,CbNPV与II类NPV的亲缘关系可能更近。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吴玉新 张春玲 洪晓月
根据已知蚜虫的Buchnera trpB基因序列,设计了1对通用引物,通过PCR扩增法从桃蚜(Myzus persicae(Su lz-er))和豆蚜(Aphis craccivoraKoch)体内扩增出了其内共生菌Buchnera的trpB基因,序列长度约388 bp。通过对桃蚜和豆蚜体内的Buchnera trpB基因序列进行系统发育分析,结果发现桃蚜的Buchnera trpB基因序列与已知的麦双尾蚜(D i-uraphis noxia(Kurd j))的Buchnera trpB基因序列相近,而豆蚜的Buchnera trpB基因序列则与已知的豌豆蚜(Acryrthosi-phon p...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
燕薇 沈中元 唐旭东 徐莉 李前龙 肖圣燕 乐亚杰 付绪亮
【目的】克隆蓝叶虫微孢子虫RPB1(RNA聚合酶II大亚基)基因片段,对其基因及编码的蛋白序列特征进行生物信息学分析,进一步明确蓝叶虫微孢子虫的分类学地位,为深入探究RPB1基因编码蛋白的具体生物学功能奠定基础。【方法】根据家蚕微孢子虫RPB1基因序列,采用Primer Premier 5.0软件设计6对同源引物,利用PCR技术克隆蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段;通过GSDS、SMART、DNAstar、MEGA4.1等生物信息学分析软件对蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段进行系统发育分析。【结果】克隆得到了蓝叶虫微孢子虫RPB1基因片段序列,在Gen Bank登录号为KJ728831。该基因片段...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孔晓瑜 张留所 喻子牛 刘亚军 王清印
以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (1...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
方六荣 牛传双 肖少波 余晓岚 陈桦 陈焕春
以地高辛标记的伪狂犬病毒 (PRV)Ea株UL4 9.5基因片段为探针 ,同SalI、KpnI、BamHI消化的PRVEa株基因组DNA进行Southern杂交 ,确定SalI 2 .8kb、KpnI 17.0kb、BamHI 2 5 .0kb片段中含UL4 9基因。将SalI2 .8kb片段克隆到pUC119中 ,利用其中的BamHI进行亚克隆 ,获得重组质粒pUC2 .0。测定约 2 .0kb片段的全序列并进行序列分析 ,发现该片段包含UL5 0基因部分编码区 ,UL4 9.5基因和UL4 9基因的完整编码区 ,并且在UL4 9基因下游 ,还存在一段约 36 9个碱基的序列 ,经与人单纯疱...
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